صرف نظر از دوره آغازین عصر غیبت کبری که رای غالب فقهاء مبتنی بر عدم مشروعیت دولت و نفی هر گونه همکاری با آن استوار بود، در دوره های بعد این نگرش منفی بتدریج تغییر یافت . تاسیس دولت آل بویه، منجر به تعدیل تاریخی دیدگاه فقهای شیعه و بازنگری در مبنای فکری دولت گردید. فقهای این دوره همکاری با سلطان را مطرح کردند و فتوی به همکاری با سلطان عادل یا جائری که اقامه حدود می کند، دادند. با روی کار آمدن صفویه، دومین تحول فقه سیاسی رقم خورد و زمینه مشارکت سیاسی بیشتر فقها فراهم گردید. در این دوره نخستین بار مشروعیت دولت غیرمعصوم (ع) یا پادشاه عادل، مورد پذیرش قرار گرفت . در این دوره حاکمیت نیابتی سلاطین مطرح گردید. محقق کرکی ولایت عامه فقیه را طرح و برای نخستین بار به "ولایت عامه" فقیه، رنگ سیاسی داده و قلمرو اختیارات فقیه را در عرصه های سیاسی گسترش داد. بزرگترین تحول فقه سیاسی شیعه در عصر محقق نراقی صورت گرفت زیرا وی نخستین فقیه شیعی است که ولایت فقیه را به طور مستقل عنوان کرد، و اختیارات وسیعی برای فقیه قایل شد. وقوع جنبش مشروطیت نیز فقه سیاسی شیعه را با چالشهای نظری جدیدی رویاروی ساخت . نائینی هر چند به ولایت فقیه مستلزم بود ولی آن را محدود به امور حسبه نمود. پیروزی انقلاب اسلامی و تصدی مستقیم امور از سوی فقها و علما و رویاروئی آنها با چالشهای نظری و عملی، فقه حکومتی را با تحولات بی سابقه ای مواجه ساخت . در این دوره مباحث نظری درباره دولت حول مبانی مشروعیت و قلمرو اختیارات دولت متمرکز گردید. نظریه انتصابی فقیه و نظریه انتخابی فقیه در این دوره مطرح گردیده و دو دیدگاه مطلقه و مقیده در قلمرو اختیارات ولایت فقیه شکل گرفت .