شناخت مفهوم قرآن در حکمت متعالیه، مبیّن جایگاه قرآن در هستی شناسی صدرایی است، و حاصل این شناخت، تبیین ارتباط قرآن و انسان و جهان هستی است. از منظرحکمای متاله، همچنان که قرآن کلام الله و کتاب الهی است، انسان و جهان هستی نیز کلام و کتاب الهی هستند. و موجودات کلمات الله اند، و همچون آینه ای هر کدام به قدر مرتبه وجودیشان مظهر اسماء و صفات حق تعالی می باشند. در این میان انسان کامل که خلیفه الله است، آینه تمام نمای صفات جمال و جلال الهی است، که حق تعالی، با اسم جامع الله، در وی تجلی نموده است. از آن روی از بین موجودات عالم، انسان کامل را که از آن به حقیقت محمدیه تعبیر می شود،کلمه تامه الهی نامیده اند. از طرفی انسان، عالم صغیر و عصاره هستی است، و عالم کبیر نیز انسان کبیر است، و در اصل، نسخه رونوشت یکدیگرند. کلام خدا امری بسیط و واحد، و همان "کن وجودی" است که همو علت ایجاد آفاق و انفس معرفی شده است. پس در نهایت، حقیقت قرآن و انسان و هستی همان کلام الله است که تعین آن در مراتب هستی به صورت انسان و عالم و یا به صورت کتابی بین دو جلد ظهور یافته است. سیر در آفاق و انفس محتاج وسیله است. وسیله در حکمت متعالیه، استدلال و شهود است در پرتو وحی. حکیم متاله با استمداد از عرفان و برهان و در پرتو مشکاه وحی، سیر در آفاق و انفس می کند و با کشف حجاب های ظلمانی و نورانی، ملکوت هستی را مشاهده نموده و در نهایت به وصال حقیقه الحقایق عزّاسمه نایل می شود. حکمت متعالیه حل غوامض و مشکلات هستی شناسی را بدون تمسّک به مشکات وحی و نبوّت، میسور نمی داند. با این بیان برای کشف حقیقت قرآن باید از خود قرآن اقتباس نور کرد و با برهان و عرفان در پرتو وحی، صراط مستقیم را پیمود تا حقایق هستی منکشف گردد.

مسأله ی نظام احسن از دیرباز مورد توجه بسیاری از فیلسوفان و متکلمان قرار گرفته است. این مسأله از طرفی با علم، حکمت و عنایت خداوند و غایتمندی افعال الهی و مسأله ی شرور گره خورده است. از طرف دیگر این مساله با رشد علم و فناوری بشر در نظام پیچیده ی هستی مورد توجه فیلسوفان و اندیشمندان غرب قرار گرفته است. پس این مساله به عنوان یکی از مسائل مهم فلسفی در مباحث مربوط به جهانشناختی اهمیت دارد و به عنوان یکی از مسائل کلامی در تبیین مسائل اعتقادی مثل رابطه ی شرور و عدل الهی و وجود نقایص موجود در نظام هستی و غایتمندی ا فعال الهی و حکیم بودن واجب الوجود کاربرد دارد. لذا علامه طباطبایی و شهید مطهری در آثار خود به صور گوناگون به تأمل در این مسأله پرداخته اند.