برخی از میکروارگانیسم ها که به عنوان افراطی دوست از آن ها یاد می شود قادر به زندگی در مناطقی هستند که برای اکثر میکروارگانیسم های دیگر مرگ آور است. دریاچه های نمک با شوری در حد اشباع یکی از این محیط ها هستند. توانمندی های زیست فن آوری میکروارگانیسم های محیط های پرشور باعث اهمیت بررسی آن ها شده است. دریاچه ارومیه بزرگترین سطح آبی کشور و یکی از دریاچه های فوق شور در جهان، در شمال غربی ایران است که شبیه دریای پر شورgreat در آمریکاست. در این پژوهش تنوع زیستی پروکاریوت های نمک دوست دریاچه نمک ارومیه با استفاده از روش های کشت، هیبریداسیون فلورسانس در محل، الکتروفورز با گرادیان ماده دناتوره کننده قطعات تکثیر شده 16s rdna و کتابخانه ژنی 16s rdna بررسی شده است. فراوانی سلول ها در دریاچه بوسیله رنگ آمیزی مستقیم با dapi مشخص گردید که این میزان (108×4-106×2/1) سلول در هر میلی لیتر بوده است. فراوانی آرکی و باکتری در این دریاچه به ترتیب 55%–1/36 و 5/55%-5/48 بوده که با استفاده از روش هیبریداسیون فلورسانس در محل با پروب های مخصوص هر قلمرو مشخص گردیده است. تعداد سلول های زنده بدست آمده در کشت (106×6/6-102×4/1) در هر میلی لیتر بود. در مرحله اول نمونه برداری در مهرماه 1389، 323 جدایه از سواحل شرقی دریاچه جداسازی شد که 53 سویه برای مطالعات بیشتر انتخاب شدند که متعلق به 18 جنس و 39 گونه بودند که در سه راسته firmicutes (6/78%)، proteobacteri (4/21%) وactinobacteria (8/1%) قرار گرفتند. در مرحله دوم نمونه برداری در تیرماه 1391 نیز از سواحل شرق و غرب دریاچه نمونه برداری شد که از بین 228 جدایه حاصل، توالی 16s rdna برای 36 سویه منتخب، تکثیر و ترادف یابی شد که از نظر فیلوژنتیک سویه های آرکی در 8 گونه و سه جنس halorubrum (44%)، haloarcula (8/38%) و haloterrigena (1/11%) قرار گرفتند. باکتری های جدا شده هم به دو جنس salicola و pseudomonas تعلق داشتند. در روش غیر وابسته به کشت کلونینگ- تعیین توالی، کتابخانه ژنی آرکی ها متعلق به 5 جنس halonotius، halolamina،haloquadratum ،halomicroarcula و halorhabdus بودند. کتابخانه کلون های باکتریایی نیز در 4 راسته bacteroidetes، cyanobacteria، actinobacteria و firmicutes قرار داشتند. کلون های کتابخانه قطعه ای از ژن bop (به عنوان یک مارکر ملکولی) متعلق به 4 جنس halorubrum، natrialba، haloquadratum و natrinema بودند. برای بررسی بیشتر تنوع زیستی هالوآرکی ها به موزات بررسی 16s rdna، تنوع زیستی ژن bop نیز مطالعه شد. این پژوهش نشان داد که فیلوژنی bop با فیلوژنی16s rdna رابطه تنگاتنگی دارد. در روش الکتروفورز با شیب غلظت 33 باند از ژل(18 باکتری و 15 آرکی) انتخاب، تکثیر و ترادف یابی شده که از نظر فیلوژنتیک سویه های باکتری در 4 جنس salinibacter، mangroviflexus، pseudomonas، cesiribacter و دو راسته proteobacteria و bacteroidetes قرار دارند. سویه های آرکی شامل سه جنس halonotius و haloquadratum ، halorubrum و در راسته euryarchaeota قرار می گیرند. در این پژوهش هم پوشانی در بین نتایج حاصل از روشهای وابسته به کشت و غیر وابسته به کشت کم بود که این امر را می توان به تعداد بسیار کم جدایه های تعیین توالی شده و تفاوت در سه تکنیک به کار رفته نسبت داد.