نام پژوهشگر: حمید ابطحی

تولید پیلی نوترکیب باکتری ویبریو کلرا و ارزیابی آنتی ژنیسیته آن
پایان نامه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی - دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی استان مرکزی 1390
  سمیه کیایی   حمید ابطحی

مقدمه : یکی از مهمترین فاکتورهای بیماری زای باکتری پیلی هم تنظیم شونده با توکسین (tcp) است. این پیلی به عنوان اولین فاکتور در کلونیزاسیون و تداوم باکتری ها در روده کوچک مورد نیاز است. باکتری پیلی هم تنظیم شونده با توکسین به صورت پیلی تشکیل دهنده دسته ای است که به شکل هماهنگ با توکسین کلرا(ct) تنظیم می شود. توکسین کلره به عنوان بخشی از ژنوم باکتریوفاژ رشته ای (ctxq) است به طوری که این باکتریوفاژ از پیلی هم تنظیم شونده با توکسین به عنوان رسپتور خود استفاده می کند. هدف از این مطالعه تولید یک واکسن نوترکیب برای ویبریو کلره در آینده است. مواد وروش کار : در این تحقیق با استفاده ازروش pcr، ژن پیلی هم تنظیم شونده با توکسین از ویبریوکلرا تکثیر گردید. پس از تخلیص، ژن های فوق در ناقل های پلاسمیدی pet32a وpgex4t-1 جهت بیان کلون شدند. سپس ساختارهای پلاسمیدی نوترکیب وارد میزبان هایی از باکتری اشریشیا کلی شدند. تولید پروتئین ها توسط iptg القاء و بهینه سازی شرایط محیط کشت صورت گرفت. پروتئین های نوترکیب با استفاده از کیت های ni-nta وgst خالص و آزمایش وسترن بلات برای تایید پروتئین های نوترکیب انجام گرفت. میزان پروتئین ها با استفاده از روش براد فورد اندازه گیری شد. نتایج: نتایج تحقیق حاضر بیان موفقیت آمیزی از پروتئین های نوترکیب در دو سلول میزبان از سویه های اشرشیاکلی مانندe-coli bl21(dh3) plyss و e-coli bl21(dh3)را ثابت کرد. پروتئین های نوترکیب بوسیله کروماتوگرافی تمایلی ((ni-nta/gst) تخلیص شدند. الگوی واکنش این پروتئین ها با آنتی بادی های ضد آن ها، نشان داد که این پروتئین ها خاصیت آنتی ژنیک دارند. نتیجه گیری: نتایج بدست آمده از این مطالعه نشان داد ،پروتئین های نوترکیب بدست آمده از پیلی هم تنظیم شونده با توکسین که به عنوان مهمترین فاکتور ویرولانس در باکتری ویبریوکلرا به حساب می آید، بوسیله وکتورهای مناسبی مانند pgex4t-1و pet32aتولید شد. در کشور ایران، طی چند سال اخیر مراقبت های بهداشتی به شکل چشمگیری افزایش پیدا کرده است، علی الرغم این تلاش ها هنوز در مناطق مختلفی از کشور شیوع هایی از این بیماری دیده می شود. از آنجا که در این مطالعه نشان داده شد، این پروتئین ها دارای خاصیت آنتی ژنیسیته هستند، ممکن است به عنوان کاندید جهت طراحی واکسیناسیون باکتری ویبریوکلرا در نظر گرفته شوند. واژگان کلیدی: ژن پیلی هم تنظیم شونده با توکسین، ویبریو کلرا، واکنش زنجیره ای پلی مراز، پروتئین نوترکیب، اشریشیا کلی.

کلون، بیان، تخلیص و بررسی آنتی ژنیسیته نواحی آنتی ژنیک پروتئین vaca هلیکوباکتر پیلوری
پایان نامه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی - دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی استان مرکزی - دانشکده پزشکی اراک 1391
  لیلا حسن زاده   حمید ابطحی

زمینه و هدف: هلیکوباکتر پیلوری شایع ترین باکتری است که جوامع انسانی را در بعد جهانی مبتلا به عفونت ساخته است. ژن vaca از مهمترین شاخص های بیماری زایی این باکتری می باشد که باعث تشکیل واکوئل های اسیدی در سیتوپلاسم سلول و تخریب سلول های اپیتلیال معده می شود. هدف از این مطالعه بیان بالا و بررسی خواص آنتی ژنیک پروتئین نوترکیب vaca هلیکوباکتر پیلوری در سرم انسان و موش آلوده با هدف طراحی واکسن علیه هلیکوباکتر پیلوری در آینده است. مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی، قطعه حاوی ناحیه دارای بالاترین خاصیت آنتی ژنیک ژن vaca به طول 1233 جفت باز براساس برنامه های بیوانفورماتیکی بدست آمد، پس از تکثیر ناحیه مورد نظر با استفاده از روش pcr، در ناقل پلاسمیدی pet32a کلون و بیان شد. پس از خالص سازی پروتئین نوترکیب، آنتی ژنیسیته آن به روش وسترن بلات با سرم افراد آلوده به عفونت فعال هلیکوباکتر پیلوری و سرم موش های تلقیح شده با پروتئین نوترکیب خالص شده بررسی شد. یافته ها: نتایج pcr و تعیین توالی نشان داد که ژن هدف به درستی در ناقل مورد نظر کلون شده است. بیان پروتئین با استفاده از iptg القا شد. پروتئین بیان شده به وسیله کیت ni-ntaتخلیص و سپس دیالیز گردید و با آنتی بادی های استفاده شده در وسترن بلات واکنش داد. پروتئین نوترکیب با وزن ملکولی 65 کیلو دالتون و غلظت mg/ml1/2 بدست آمد. نتیجه گیری: پروتئین نوترکیب vaca دارای خاصیت آنتی ژنیک و ایمنوژنیک می باشد. بنابراین می توان از آن به عنوان کاندید مناسبی برای طراحی کیت های تشخیصی و واکسن هلیکوباکتر پیلوری استفاده نمود.

تولید پروتئین نوترکیب لایزوستافین و بررسی فعالیت ضد استافیلوکوکی آن بر علیه استافیلوکوک اورئوس تحت شرایط in vitro و in vivo
پایان نامه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی - دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی استان مرکزی - دانشکده پزشکی 1392
  لیلا فرهنگ نیا   حمید ابطحی

زمینه و هدف: استافیلوکوک اورئوس عامل طیف وسیعی از عفونت ها، از عفونت های پوستی تا انتشار آن ها و عفونت های سیستمیک منجر شونده به نارسایی ارگانی و مرگ می باشد. مقاومت دارویی در این گروه از پاتوژن ها یک نگرانی جهانی است و نیازمند توسعه ی عوامل درمانی جدید می باشد. لایزوستافین یک نمونه از این عوامل است. لایزوستافین یک باکتریوسین تولید شده بوسیله ی استافیلوکوک سیمولانس می باشد که باعث کشتن سلول های استافیلوکوک اورئوس از طریق تخریب دیواره سلولی استافیلوکوک می شود. هدف از این مطالعه بیان بالا و بررسی فعالیت ضد استافیلوکوکی پروتئین نوترکیب لایزوستافین بر علیه استافیلوکوک اورئوس تحت شرایط in vitroو in vivo می باشد. مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی، قطعه حاوی ناحیه پپتید بالغ ژن لایزوستافین به طول 738 جفت باز پس از تکثیر با استفاده از روش pcr در ناقل پلاسمیدیpet32a کلون و بیان شد. پس از خالص سازی بر اساس کروماتوگرافی تمایلی، پروتئین نوترکیب لایزوستافین با روش وسترن بلات با استفاده از سرم موش های تلقیح شده با پروتئین تجاری لایزوستافین بررسی شد. سپس فعالیت ضد استافیلوکوکی لایزوستافین نوترکیب تولید شده در آزمایشگاه در شرایط in vitro و in vivo ارزیابی گردید. یافته ها: نتایج pcr و تعیین توالی نشان داد که ژن هدف به درستی در ناقل پلاسمیدی کلون شده است. بیان پروتئین با استفاده از iptg القا شد. پروتئین بیان شده بر اساس کروماتوگرافی تمایلی به وسیله کیت ni-nta تخلیص و با آنتی بادی های استفاده شده در وسترن بلات واکنش داد. پروتئین نوترکیب با وزن مولکولی 42 کیلو دالتون به دست آمد. نتایج حاصل از بررسی فعالیت ضد استافیلوکوکی نشان داد که لایزوستافین نوترکیب قادر به لیز سلولی و کشتن سلول های استافیلوکوک اورئوس در بینی حیوان می باشد. نتیجه گیری: پروتئین نوترکیب لایزوستافین قادر به لیز سلول های استافیلوکوک اورئوس می باشد، از این رو این پتانسیل را دارد که در پیشگیری و درمان عفونت های استافیلوکوکی به کار گرفته شود. بنابراین با تولید پروتئین خالص و فعال لایزوستافین در آزمایشگاه می توان آن را به عنوان یک داروی موثر برای استافیلوکوک اورئوس مطرح کرد.

تشخیص هلیکوباکتر پیلوری در مدفوع بر اساس آنتی بادیهای ضد پروتئین نوترکیب caga
پایان نامه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی - دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی استان مرکزی - دانشکده پزشکی اراک 1393
  مهتاب بنیادی   حمید ابطحی

1 -1 –چکیده: زمینه و هدف:هلیکوباکتر پیلوری یک باسیل گرم منفی که هم اکنون به عنوان عامل اتیولوژیک گاستریت مزمن ولنفوم معده شناخته شده است.احتمالاً این باکتری معمول ترین عفونت مزمن باکتریال در انسان بوده که تقریباً نیمی از جمعیت جهان را آلوده نموده است.ژن caga یکی از پروتئین های سطحی غشاء خارجی هلیکوباکتر پیلوری است که از قدرت ایمنی زایی بالایی بر خوردار است که پس از ورود به سلولهای اپی تلیال معده،منجر به دوکی شدن سلول میزبان وتخریب آن می شود همچنین وجود این ژن در باکتری باعث مستعد شدن آن برای کلونیزاسیون بیشترو توانایی بیشتر این ارگانیسم جهت پاسخ ایمنی شدیدتر در سلولهای اپی تلیال معده می گردد.هدف از انجام این طرح تحقیقاتی با تولید ناحیه انتی ژنیک پروتئین caga و تزریق این پروتئین به حیوان آزمایشگاهی آنتی بادی ضد آن تولید گردد.سپس با انجام آزمایش وسترن بلات وجود پروتئین ترشح شده از باکتری در مدفوع مبتلایان به هلیکوباکتر پیلوری بررسی شد واز این پروتئین می توان برای تهیه و طراحی کیت های تشخیصی و حتی طراحی واکسیناسیون استفاده کرد. مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی، قطعه حاوی ناحیه دارای بالاترین خاصیت آنتی ژنیک ژنcaga به طول1245 جفت بازکه در تحقیقات قبلی در گروه میکروب شناسی بدست آمد. ناحیه ژنوم مربوط به نواحی آنتی ژنیک caga وارد سلول escherichia coli گردید. پس از خالص سازی پروتئین نوترکیب، آنتی ژنیسیته آن به روش وسترن بلات با سرم رت های تلقیح شده با پروتئین نوترکیب خالص شده بررسی شد ،سپس با انجام آزمایش وسترن بلات وجود پروتئین ترشح شده از باکتری در مدفوع مبتلایان به هلیکوباکتر پیلوری بررسی شد. یافته ها: نتایج pcr و تعیین توالی نشان داد که ژن هدف به درستی در ناقل مورد نظر کلون شده است. بیان پروتئین با استفاده از iptg القا شد. پروتئین بیان شده به وسیله کیت ni-nta تخلیص گردید و با آنتی بادی های استفاده شده در وسترن بلات واکنش داد. آنتی بادی ضد پروتئین نوترکیب caga قادر به شناسایی شکل طبیعی این پروتئین درمدفوع تقریباً 70 %از بیمارانی که تست آنتی ژن مدفوعی شان مثبت شده است بود. نتیجه گیری: پروتئین نوترکیب caga دارای خاصیت آنتی ژنیک و ایمنوژنیک می باشد.با استفاده از تولید نواحی آنتی ژنیک پروتئین ،تولید آنتی بادی ضد آن ،پروتئین طبیعی caga را در مدفوع مبتلایان شناسایی کرد. بنابراین می توان از آن به عنوان کاندید مناسبی برای طراحی کیت های تشخیصی و واکسن هلیکوباکتر پیلوری استفاده نمود. واژگان کلیدی: هلیکوباکتر پیلوری، نواحی آنتی ژنیک، پروتئین نوترکیب، پروتئین caga، تست آنتی ژن مدفوع.

بررسی فنوتیپ و ژنوتیپ مقاومت به ضدعفونی کننده های آمونیوم چهار ظرفیتی در باکتری های جنس استافیلوکوکوس جدا شده از بیمارستان ولیعصر اراک در سال 1392
پایان نامه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی - دانشگاه علوم پزشکی اراک - دانشکده پزشکی اراک 1393
  نونا طاهری   احسان اله غزنوی راد

استافیلوکوکوس ها از عوامل بسیارمهم در ایجاد عفونت های بیمارستانی می باشند.مقاومت به مواد بیوسایدی حاوی ترکیبات چهارظرفیتی آمونیوم در این دسته از باکتری ها نقش بسزایی در حضور و باقی ماندن آنها در محیط بیمارستان دارد.هدف از این مطالعه بررسی فنوتیپ و ژنوتیپ مقاومت نسبت به ترکیبات چهار ظرفیتی آمونیوم و کلرهگزیدین دی گلوکونات در سویه های جدا شده از عفونت ها و محیط بیمارستان می باشد تا بتواند گام موثری در جهت ارتقا وضعیت بهداشتی بیمارستان بردارد. روش کار ??? ایزوله استافیلوکوکوس از محیط بیمارستان و عفونت ها جمع آوری گردید.حساسیت به مواد بیوسایدی شامل بنزالکونیوم کلراید، بنزتونیوم کلراید و کلرهگزیدین دی گلوکونات به روش colorimetric broth microdilution سنجیده شد. pcr برای یافتن ژن های g,j,h, bqac a , smr , nor a , bla z انجام گرفت. نتایج ?? ? از سویه ها نسبت به بنزالکونیوم کلراید و?/?? ? از سویه ها نسبت به بنزتونیوم کلراید با ?g/ml mic < 128 ? 2 به عنوان مقاوم و یا با حساسیت کاهش یافته در نظر گرفته شدند.تمام سویه ها با ?g/ml mic < 1 ? 0.5 نسبت به کلرهگزیدین دی گلوکونات حساس بودند.?/?? ? از ایزوله ها دارای ژن bqac a و ?? از سویه ها دارای ژن smr و ?? ? از سویه ها دارای ژن nor a و ?/?? ? دارای ژن bla z بودند. بحث و نتیجه گیری نتایج این پژوهش که برای اولین بار در ایران حضور ژن های بیوسایدی را در استافیلوکوکوس های جدا شده از محیط و تجهیزات بیمارستانی بررسی می کند، حاکی از درصد بالای ژن های مقاومت به مواد بیوسایدی از جمله bqac a و nor a در میان ایزوله های محیطی و بالینی استافیلوکوکوس می باشد که نیاز به توجه و تحقیق بیشتر در زمینه نوع و میزان ماده بیوسایدی مصرفی در محصولات بیوسایدی مورد استفاده در بیمارستان را طلب می کند. واژگان کلیدی: استافیلوکوکوس ، ترکیبات چهارظرفیتی آمونیوم، کلرهگزیدین دی گلوکونات ، ژن bqac a

کلون، بیان، تخلیص و بررسی آنتی ژنیسیته نواحی جدید دارای بالاترین خاصیت آنتی ژنیک زیر واحد بتای آنزیم اوره آز هلیکوباکترپیلوری در نمونه های سرم انسانی بیماران مبتلا به عفونت هلیکوباکترپیلوری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه رازی - دانشکده علوم 1393
  احسان رئوفی   حمید ابطحی

زمینه و هدف: هلیکوباکتر پیلوری شایع ترین باکتری است که جوامع انسانی را در بعد جهانی مبتلا به عفونت ساخته است. ژن ureb از مهمترین شاخص های بیماری زایی این باکتری می باشد. اوره آزیک آنزیم مولتی مر با وزن مولکولی بالا می باشد (kda 530 )و به دو زیر واحد ،? (kda 26.5 ) و ? (kda 61.7 )تقسیم شده است و این دو زیر واحد اصلی یکی از اختلافات مهم اوره آز هلیکوباکتر پیلوری با آنزیم های اوره آزسایر باکتری ها می باشد. در بررسی های ایمیونوژنیسیته ای که بر روی آنزیم اوره آز انجام شده است، نشان می دهند که آنتی بادی های مونوکلونال که با اپی توپ هایی از اوره آز b و aطراحی شده اند و فعالیت اتصالی بالایی با اوره آز در محیط آزمایشگاهی دارند، آنتی ژنیسیته ی زیر واحد b غالب تر و حفاظت شده تر است در مقایسه با زیر واحد a . هدف از این مطالعه بیان و بررسی خواص آنتی ژنیک پروتئین نوترکیب ureb هلیکوباکتر پیلوری در سرم انسان با هدف طراحی واکسن علیه هلیکوباکتر پیلوری در آینده است. مواد و روش ها: در این مطالعه تجربی، قطعه حاوی ناحیه دارای بالاترین خاصیت آنتی ژنیک ژن ureb به طول 603 جفت باز براساس نرم افزارهای بیوانفورماتیکی در زمینه epitope mapping بدست آمد، پس از تکثیر ناحیه مورد نظر با استفاده از روش pcr، در ناقل پلاسمیدیpbsk کلون شد و سپس به منظور تولید پروتئین نوترکیب در ناقل پلاسمیدی pet32a بیان شد. پس از خالص سازی پروتئین نوترکیب به وسیله کیت ni-nta، آنتی ژنیسیته آن به روش وسترن بلات با سرم افراد آلوده به عفونت فعال هلیکوباکتر پیلوری بررسی شد. یافته ها: نتایج pcr و تعیین توالی نشان داد که ژن هدف به درستی در ناقل مورد نظر کلون شده است. بیان پروتئین با استفاده از iptg القا شد. پروتئین بیان شده تخلیص و سپس دیالیز گردید و با آنتی بادی های استفاده شده در وسترن بلات واکنش داد. پروتئین نوترکیب با وزن ملکولی 42 کیلو دالتون بدست آمد. نتیجه گیری: پروتئین نوترکیب ureb دارای خاصیت آنتی ژنیک و ایمنوژنیک می باشد. بنابراین می توان از آن به عنوان کاندید مناسبی برای طراحی کیت های تشخیصی و واکسن هلیکوباکتر پیلوری استفاده نمود.