میوه زیتون به سبب دارا بودن خواص غذایی، بهداشتی و دارویی مفید از دیرباز توجه بشر بوده و روغن آن یکی از بهترین روغن های نباتی شناخته شده است . عمر طولانی و قدرت زیست این درخت در اراضی سنگلاخی و شیب دار، همچنین کیفیت و کمیت بالای روغن آن، موجب شده که افزایش سطح زیر کشت زیتون، برای جبران بخشی از کمبود روغن های نباتی در ایران، در راش برنامه های وزارت کشاورزی قرار گیرد. باوجودیکه ایران احتمالا یکی از خاستگاههای اولیه زیتون به شمار می رود ولی توده های بومی آن هنوز شناخته نشده اند. تاکنون شناسایی ارقام زیتون براساس صفات ظاهری جز در چند رقم محدود، بطور کامل صورت نگرفته است . از طرفی شناسایی ارقام براساس صفات ظاهری از جمله شکل و اندازه برگ و میوه به علت وجود تنوع زیاد و نیاز به صرف مدت زمان طولانی امری دشوار به نظر می رسد، در این تحقیق سعی گردیده از نشانگرهای مولکولی که امروزه در تمامی عرصه های علوم کاربرد وسیعی یافته اند بعنوان یک ابزار تحقیقاتی سریع و مطمئن برای شناسایی ارقام زیتون استفاده شود.بدین منطور نمونه های برگ و دانه گرده ارقام زیتون از گرگان جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل شدند. استخراج پروتئین از دانه های گرده، با استفاده از سه نوع بافر استخراج انجام شد و بهترین وضوح طیف نواری را، بافر استخراج تریس - کلراید 0/1 مولار با ph8 حاوی گلسیرول 10 درصد نشان داد. برای استخراج پروتئین از برگ زیتون بدلیل وجود فرآورده های ثانویه مانند پلی فنل ها و چربیها و ... که مانع از انجام یک استخراج خوب می شوند، ترکیبات مختلفی بکار برده شد و بهترین نتایج از بافر استخراج 0/1 مولار تریس - کلراید با ph7/6 حاوی 2/5 درصد مرکاپتواتانول، 3 درصد پلی اتیلن گلیکول، 1 درصد سرم آلبومین، 5 میلی مولار متابی سولفیت سدیم، 7 درصد ساکارز و 1 درصد pvp40 بدست آمد. مقایسه طیف نوربندی پروتئین های محلول برگ و دانه گرده نشان داد که پروتئین های دانه گرده از ثبات و وضوح بهتری برخوردار بودند. پروتئین های استخراج شده از برگ به سبب دشواری استخراج و وجود پلی فنل ها دارای ثبات کمتر بوده و در رنگ آمیزی باکوماسی بلو وضوح نواربندی کمی داشتند. در بررسی آنزیم ها، 7 سیستم آنزیمی بررسی شدند که از بین آنها سه آنزیم est و mdh و adh دارای چند شکلی بودند. آنزیم های px و acp هیچگونه فعالیتی را نشان ندادند و آنزیم های cat و sod اگر چه فعال بودند ولی چند شکلی را نشان ندادند. تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای پروتئین های محلول و آنزیم های est و mdh انجام گرفت . نتایج نشان داد که بین رقم زرد (شاهد) و رقم g2 خویشاوندی نزدیک وجود دارد. بررسی مشخصات ظاهری نشان می دهد که بین این دو رقم شباهت ظاهری نیز وجود دارد. رقم h2 نسبت به سایر ارقام با این گروه تشابه بیشتری داشت . ارقام m1 و m2 در گروه دوم و ارقام h3 و i2 در گروه سوم نیز گرفتند.