نام پژوهشگر: سیدکمال کاظمی تبار

: جداسازی و کلونینگ ژن های رمزگردان آنتی بیوتیک 2،4 - دی استیل فلورورگلوسینول (dapg) از ژنوم سودوموناس فلورسنس و بررسی بیان آن در e.coli نوترکیب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده علوم کشاورزی 1389
  پیمان سلیمانی   سیدکمال کاظمی تبار

استرین های خاصی از سودوموناس های فلورسنت ساکن ریزوسفر، به دلیل حفاظت از گیاهان در برابر انواع بیمارگرها در سال های اخیر توجه بسیاری را به خود جلب کرده اند. توانایی تولید متابولیت های ضدمیکروبی از جمله خصوصیات مهم این باکتری ها می باشد که در حفاظت از گیاهان در برابر بیمارگرهای نقش کلیدی را ایفا می کنند. سودوموناس های فلورسنت قادر به تولید آنتی بیوتیک هایی هستند که در کنترل زیستی (biocontrol) بیمارگر های گیاهی نقش دارند. 2و4- دی استیل فلوروگلوسینول (dapg)، یکی از مهمترین آنتی بیوتیک هایی است که توسط استرین های pseudomonas fluorescens تولید میشود. این آنتیبیوتیک علاوه بر خاصیت ضدقارچی دارای خواص ضدباکتریایی، ضدویروسی، ضدنماتدی در شرایط آزمایشگاهی میباشد. ژن های مسئول ساخت و سنتز این آنتی بیوتیک را با حروف phlنمایش می دهند که مخفف فلوروگلوسینول می باشد. کاربرد استرینهای phl منفی (استرین های فاقد ژن های کد کننده (2,4- dapg در مقایسه با استرین هایphl مثبت، اهمیت استرین های phl مثبت را در کنترل بیماری های گیاهی نشان داده است. ژن هایی که توانایی تولید این آنتی بیوتیک را به استرین های مولد می دهد، در استرین p. fluorescens q2-87 در یک قطعه 5/6 کیلوبازی قرار گرفته اند. آنالیز توالی نوکلئوتیدی این ناحیه، شش ژن که در سه واحد نسخه برداری سازماندهی شده اند را آشکار نموده است. با توجه به این که کارایی استرین های مختلف باکتری سودوموناس فلورسنت در تولید و آزادسازی این آنتی بیوتیک متفاوت است، لذا لزوم بکارگیری بهترین استرین از این نظر ضروری می نماید. بدین منظور پس از بررسی و مقایسه استرین های گوناگون ایران از نظر تولید این آنتی بیوتیک، استرین ایرانی utpf100 از باکتری سودوموناس فلورسنت که بالاترین کارایی را از نظر تولید آنتی بیوتیک برخوردار است، انتخاب گردید، بررسی ها نشان داده است که این استرین نسبت به استرین جهانی cha0 از قابلیت بیشتری در تولید این آنتی بیوتیک برخوردار است. از طرفی کارایی متغیر استرین های بیوکنترل در زمان ها و مکان های مختلف از جمله موانع عمده توسعه تجاری عوامل بیوکنترل بوده است. اغلب این تغییر پذیری مربوط به تفاوت در خصوصیات فیزیکی و شیمیایی محیط های طبیعی است که عوامل بیوکنترل در آنجا به کار گرفته می شوند. این امر نیاز و اهمیت شناسایی و کلون سازی ژن های dapg و استفاده از فن آوری های جدید و کارآمد برای تولید محصولات آنها را بیان می دارد. بدین منظور طرح حاضر با هدف جداسازی ژن های dapgاز ژنوم باکتری سودوموناس و کلون سازی آن در وکتور بیانی pet و بیان آن در باکتری bl21 به منظور تولید بالای آن در آینده طراحی شده است.

ساخت سازه های پلاسمیدی مناسب جهت بیان اختصاصی بافت و بررسی بیان موقت ژن با استفاده از سیستم اگرواینفیلتریشن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1390
  ناهید احمدی   حسن رهنما

پیشبرها یکی از عناصر کلیدی مهندسی ژنتیک برای بیان هدفمند ژن ها محسوب می شوند.پیشبرهایe8و2a11پیشبرهای ویژه بافت میوه گیاه گوجه فرنگی می باشند.e8یک ژن مرتبط با بیوسنتز اتیلن است. پروتیین e8عضوی از خانواده دی اکسیژنازها و مربوط به 1-آمینوسیکلوپروپان 1-کربوکسیلیک اکسیداز است که مرحله آخر مسیر بیوسنتز اتیلن را کاتالیز می کند.ژن 2a11نیز در میوه بیان می شود. mrna،2a11ابتدا در تخمدان و در مرحله شکفتگی کامل گل کشف شد که تا 1 درصد از کل جمعیت mrnaتجمع یافته در طی رسیدگی میوه را تشکیل می دهند.به منظور بیان اختصاصی ژن در غده های سیب زمینی عمومی ترین پیشبر مورد استفاده پیشبرpatatinاست.پاتاتین ها گروهی از گلیکوپروتیین ها هستند که به وسیله یک خانواده چند ژنی رمزسازی می شوند.این پروتیین ها بیش از 40 درصدپروتیین های محلول در غده سیب زمینی را به خود اختصاص می دهند.پیشبرکلاس i بطور عمده مسئول بیان پاتاتین های غده بوده و بنابراین الگوی بیان اختصاصی برای غده را داشته و در بخش بافت پارانشیمی غده به مقدار زیاد وجود دارند.هدف از این تحقیق همسانه سازی پیشبرهای اختصاصی میوه(e8و 2a11) و پیشبر اختصاصی غده(پاتاتین کلاس i یا pat1)، و بررسی بیان اختصاصی آن می باشد.پس از استخراج dnaیژنومی از گیاهان گوجه-فرنگی وسیب زمینی پیشبرهای e8، 2a11و pat1با استفاده از پرایمرهای اختصاصی هر یک از پیشبرها، در ناقل همسانه ساز ptz57r/t همسانه سازی شدند.سپس پلاسمیدهای نوترکیب در باکتری e. coliسویهxl1blue تراریخت گردیدند و سلول هایlacz?غربال شدند.قطعه-های مورد نظر با دو آنزیم برشی hindiiiو bamhiجدا و خالص سازی شدندسپس جایگزین پیشبر دایمی camv35sدر ناقل دوگانه pbi121گردیدند.ناقل دوگانه pbi121با دارا بودن ناحیهt-dna، حاوی ژن گزارش گر گاس وپیشبرcamv35sواجد مشخصات لازم جهت استفاده برای انتقال ژن از طریقاگرواینفیلتریشن به گیاه بود و به همین دلیل به عنوان ناقل هدف جهت کلون سازیپیشبرهایe82a11و pat1و ژنhbsagانتخاب شد.پلاسمیدهای نوترکیب به روش شوک حرارتی بهسویه lba4404agrobacterium tumefaciensمنتقل گردیدند.با استفاده از روش اگرواینفیلتریشن بیان اختصاصی ژن گاسدر بافت های گیاهان گوجه فرنگی وسیب زمینی مورد بررسی قرار گرفت.نتایج حاصل نشان داد که در مقایسه با پیشبر camv35s، پیشبرهای e8، 2a11و pat1نیز با کارایی بالایی باعث بیان ژن گاس در میوه ها و غده-هامی شوند.پس از تایید پلاسمیدهای نوترکیب، ژن hbsagبا دو آنزیم bamhiو saciاز ناقل pma-t جدا شد و تحت کنترل پیشبر عمومی camv35sو پیشبرهای e8،2a11وpat1جایگزین ژنگاس در ناقل دوگانهpbi121گردید.سپس پلاسمیدهای نوترکیب در سویهxl1blueباکتری e. coliتراریخت شدند.با هضم آنزیمی حضور ژن hbsagتایید شد.

بررسی بیوسیستماتیک جنس شیرین بیان glycyrrhiza l. (papilionaceae) درجنگل های هیرکانی شمال ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه مازندران - دانشکده علوم پایه 1391
  حمیده حسن نژاد دیوکلایی   فاطمه فدایی

گیاه شیرین بیان با حدود 30 گونه در جهان به تیره ی بقولات ( fabaceae ) تعلق دارد . بر اساس فلوراایرانیکا این جنس دارای 3 گونه g. glabra، g. echinata و g. aspera در ایران می باشد که دو گونه از آن از جنگل های هیرکانی جمع آوری شده است. مطالعه کنونی به منظور بررسی جمعیت های گونه g. glabra و g. echinata در استان های شمالی ایران (گلستان، مازندران و گیلان) با اسنفاده از صفات ریخت شناسی و بررسی تنوع ژنتیکی صورت گرفته است. به این منظور 11جمعیت ازگونه g. echinata و 4 جمعیت از گونه g.glabra برای بررسی صفات ریخت شناسی مورد ارزیابی قرار گرفت و 22 جمعیت که 18 جمعیت آن متعلق به گونه g.echinata و4 جمعیت متعلق به گونه g.glabra بودند، مورد ارزیابی ژنتیکی قرار گرفتند. به منظور ارزیابی تنوع مولکولی جمعیت های شیرین بیان، dna ژنومی با استفاده از روش ctab استخراج گردید. پس از استخراج، کیفیت و کمیت dna از طریق اسپکتروفتومتر و ژل الکتروفورز مورد بررسی قرار گرفت. در مرحله بعد واکنش زنجیره ای پلی مراز از طریق pcr با پرایمر rapd بررسی شد و آنالیز خوشه ای از طریق برنامه ntsys به انجام رسید. در بررسی های مورفومتری انجام شده، پس از جمع آوری نمونه ها، اندازه گیری و بررسی صفتهای مختلف در این گیاهان انجام گردیده و از طریق نرم افزار spss موردتجزیه و تحلیل آماری قرار گرفت. نتایج به دست آمده از مقایسه ماتریس های صفات مورفولوژیکی و داده های مولکولی تا حد زیادی با هم تطابق دارند. به طور کلی بررسی تنوع ژنتیکی شیرین بیان با استفاده از نشانگر rapd نشان داد که این نشانگر در شناسایی نواحی چند شکلی و تخمین فاصله ژنتیکی می تواند موثر و مفید باشد. واژه های کلیدی: شیرین بیان، glycyrrhiza، تنوع ژنتیکی، rapd، مورفومتری، جنگل های هیرکانی

بررسی بیوسیستماتیک populus alba و populus caspica در شمال و شمال شرق ایران با استفاده از مارکر مولکولی rapd
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه مازندران - دانشکده علوم پایه 1392
  طاهره نگاری   سیدکمال کاظمی تبار

جنس صنوبر از تیره بیدها است که دارای کاربردهای فراوان از جمله تولید کاغذ و چوب می باشد.populus caspica (سفیدپلت)، بومی جنگل های هیرکانی می باشد وpopulus alba (سپیدار) در منطقه خراسان به خوبی رشد می نماید. به جهت ارزش زیاد این دو گونه در صنعت و اقتصاد، بررسی میزان تنوع ژنتیکی آن ها اهمیت زیادی دارد. به همین جهت بررسی بیوسیستماتیک این دو گونه، با استفاده از نشانگرهای مولکولی و مورفولوژیکی انجام گردید. 16 جمعیت از استان های مازندران، گیلان و خراسان رضوی جمع آوری شد و با 6 آغازگر rapd، واکنش زنجیره ای پلیمراز انجام گردید، سپس با استفاده از نرم افزارntsys-pc (2.02)، میزان تنوع ژنتیکی مشخص گردید که بر این اساس بین جمعیت های دو گونه تنوع ژنتیکی وجود دارد ولی تفکیک دو گونه میسر نگردید. بررسی مورفومتری، با انتخاب 26 صفت کمی و کیفی انجام گردید. سپس با استفاده از نرم افزار spss-ver.16، داده های به دست آمده مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفت، که بر این اساس دو گونه سفیدپلت و سپیدار کاملا و به طورمشخص از یکدیگرتفکیک شدند.

بررسی تغییرات مواد موثره درپونه معطر ( mentha pulegium) با استفاده از مواد موتاسیون زا
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری - دانشکده علوم کشاورزی 1388
  فرامرز میر   محمدحسین سنگتراش

قسمت های مختلف گیاه پونه معطر دارای تانن، مواد رزینی، مواد پکتیکی، قند و اسانس است. این اسانس که مقدار آن بر حسب واریته های مختلف گیاه و مشخصات محل تغییر می کند دارای90- 75 درصد از ترکیبات ستن دار مخصوصاً پولگون، الکل های توتال به مقدار 12ـ7%، لیمونن و دیپانتن است. اسانس مذکور به اسانس پونه یا penny royal oil مرسوم است و با درخشندگی آبی رنگ جلوه می کند که علت آن وجود ماده ای به نام آزولن در آن است. بر اساس نتایج منتشر شده افزایش در سطح پلوئیدی اغلب با افزایش در ماده خشک گیاه و متابولیتهای ثانویه همراه است. به این دلیل در این تحقیق به منظور بررسی میزان تغییر در مواد موثره پونه معطر با توجه به تأثیر گذاری مواد شیمیایی موتوسیون زا مانند تریفلورالین و کلشی سین مطالعه ای در دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری و دانشگاه سیستان و بلوچستان صورت گرفت