در این تحقیق، یک جمعیت f2 متشکل از 188 بوته حاصل از تلاقی بین دو رقم خالص بینام و کادوس در سال 1387 در مزرعه تحقیقاتی دانشکده علوم کشاورزی دانشگاه گیلان کشت و صفات مرتبط با عملکرد دانه اندازه گیری شد. dna ژنومی والدین و افراد جمعیت f2 به روش ctab استخراج و سپس با استفاده از 85 نشانگر ssr و 20 نشانگر aflp مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که 37 نشانگر ssr و 35 نشانگر aflp چندشکلی خوبی در بین والدین داشتند که برای تهیه نقشه پیوستگی جمعیت با استفاده از نرم افزار mapmanager مورد استفاده قرار گرفتند. نقشه حاصل، 7/1445 سانتی مورگان از ژنوم برنج را پوشش داد و فاصله متوسط هر دو نشانگر مجاور از یکدیگر 57/21 سانتی مـورگان بود. تجزیه qtl توسط نرم افزار qtl cartographer 2.5 با استفاده از روش مکان یابی فاصله ای و مکان یابی فاصله ای مرکب برای صفات مورد مطالعه انجام شد. نتایج نشان داد که از 12 کروموزوم برنج، 8 کروموزوم حامل 26 ناحیه (qtl) کنترل کننده 9 صفت مهم مطالعه شده در این تحقیق بودند. برای ارتفاع بوته چهار qtl روی کروموزوم های 4، 5 و 7 (دو qtl)، برای طول خوشه چهار qtl روی کروموزوم های 3، 6 و 7 (دو qtl)، برای وزن هزار دانه یک qtl روی کروموزوم 3، برای تعداد خوشه در بوته سه qtl روی کروموزوم های 3، 6 و 10، برای تعداد دانه پُر در خوشه چهار qtl روی کروموزوم های 3، 5 (دو qtl) و 9، برای تعداد خوشه چه پوک در خوشه دو qtl روی کروموزوم های 3 و 4، برای عملکرد دانه چهار qtl روی کروموزوم های 3، 6، 7 و 10، برای روز تا 50 درصد گلدهی نیز سه qtl روی کروموزوم های 1، 3 و 6 و برای روز تا رسیدگی کامل تنها یک qtl روی کروموزوم 6 در هر دو روش مکان یابی گردید. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که نشانگرهای rm314، rm60، m74-p51-4، m47-p70-3، rm314 و rm314 احتمالاً می توانند به ترتیب به عنوان نشانگرهای پیوسته با صفات طول خوشه، وزن هزار دانه، تعداد خوشه در بوته، تعداد دانه پُر در خوشه، روز تا 50 درصد گلدهی و روز تا رسیدگی کامل جهت انتخاب به کمک نشانگر در برنامه های به نژادی مورد استفاده قرار می گیرند.