زعفران crocus sativusl.)) ازجمله گیاهان بومی ایران بوده که دارای خواص دارویی وادویه‏ای متعدد می‏باشد و به لحاظ اقتصادی درایران و جهان حائز اهمیت است. در فلور ایرانیکا 9 گونه از جنس کروکوسcrocus))گزارش شده است. یکی ازکاربردهای مهم تکنیک‏های مولکولی بررسی وبرآورد سطح تنوع ژنتیکی در ژرم‏پلاسم‏ها وجمعیت‏ها، برای استفاده مطلوب ازآن‏ها دربه‏نژادی ومدیریت حفظ ذخایر ژنتیکی گیاهان می‏باشد. با توجه به اهمیت اقتصادی زعفران و تنوع ژنتیکی گسترده جنس crocusدر ایران، هدف از این تحقیق بررسی تنوع ژنتیکی بین گونه های زعفران بومی ایران و کاربرد روش های مختلف مولکولی و مقایسه نتایج آنهامی باشد. بدین منظور 20 کلون وحشی جمع آوری شده از مناطق مختلف کشور و 5 کلون زراعی مورد کشت در استان های خراسان با استفاده از نشانگرهای مولکولی rapd و issr و همچنین نقوش پروتئینی برخی از نمونه ها با روش sds-page بررسی گردید. ارزیابی تنوع با استفاده از 13 نشانگر issr و 18 نشانگر rapd انجام گرفت. بالاترین مقدار میزان اطلاعات چندشکلی ((picمتعلق به نشانگرiscr5و بیانگر کارایی بهتر این نشانگر در نمایش تمایز بین ژنوتیپ ها بود. درصد چند شکلی نشانگرهای issr بیشتر از rapd بود که کارایی بهتر این نشانگرها را بیان می-کند. نتایج حاصل از الگوی پروتئینی، حضور 25 باند پروتئینی را نشان داد که بیشترین تعداد باند (19 باند) در ژنوتیپ منطقه رشتخوار مشاهده شد. براساس نتایج تجزیه واریانس مولکولی سهم تنوع بین گروه ها 43 و داخل گروه ها 57 بود. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای به روش upgma مبتنی بر ضرایب فاصله ژنتیکی نی در هر سه روش رسم شد. تجزیه به مولفه های اصلی نیز نتایج نمودار خوشه ای را تأیید کرد. مشاهده چند شکلی dna در کلون های زراعی رایج استان خراسان می تواند بیانگر وجود تنوع کلون-های زعفران زراعی ایران می باشد و این احتمال وجود دارد که همه از یک کلون واحد منشأ نگرفته اند و پتانسیل مطالعات بیشتر را دارند. در نهایت می توان گفت این جنس از تنوع بالایی برخوردار است و گونه-هایc. spesiosus و c. cansellatus تنوع بالایی در درون خود برخوردارند. گونه های c. michelsonii و c. sativus تنوع درون گونه ای کمتری دارند.همچنین روش های مورد استفاده در این تحقیق همخوانی داشتند.