در این تحقیق، جداسازی و شناسایی مولکولهای بزرگ dna با روش الکتروفورز میدان پالسی مورد مطالعه و بررسی قرار گرفته است . انواع روش های الکتروفورز میدان پالسی و عوامل موثر بر عملکرد آن از قبیل: شکل، زاویه و شدت میدان، نوع و قدرت یونی بافر، نوع و غلظت آگاروز، دما و ... معرفی، بحث و نتیجه گیری شده است . سپس یکی از این روش ها که ددارای مزایای بیشتری نسبت به سایر روش ها بوده تحت عنوان الکتروفورز "میدان پالسی همگن متشکل از خطوط هم پتانسیل موازی" انتخاب گردید. در مرحله بعد نسبت به طراحی و ساخت دستگاه و سپس آزمایش های فنی آن اقدام شد. با استفاده از مولکول های استاندارد dna، آزمایش های متعددی برای ارزیابی صحت و بهینه کردن شرایط عملکرد دستگاه انجام گرفت . در هر مرحله از آزمایش ها عوامل موثر بر جداسازی تغیر داده شد تا سرانجام شرایط بهینه برای جداسازی مولکول های dna تا اندازه بیش از 2mb به دست آمد. نتایج به دست آمده از این پژوهش عبارتند از: -1 دستگاه الکتروفورز میدان پالسی متشکل از خطوط هم پتانسیل موازی طراحی و ساخته شد. -2 روشی برای برسی صحت عملکرد دستگاه ساخته شده ارائه گردید. -3 عوامل موثر بر عملکرد دستگاه مورد بررسی قرار گرفت که شرایط بهینه آن به قرار زیر است : -گرادیان ولتاژ میدان الکتریکی: 6/cm برای مولکول های کوچکتر از 1mb و 2 الی 47/cm برای مولکول های بزرگتر از 1mb. -زاویه بر همکنش میدان: 120 درجه. -زمان پالس : زمان های پالس ثابت 90، 105 و 120 ثانیه برای محدوده های از 90kb تا 2/2mb . -زمان آزمایش :حداقل 70 ساعت . -دما: 12-14 درجه سانتی گراد. -بافر: tbe 0/05m(0/5x) . -ژل: آگاروز با غلظت 1(w/v) درصد. با استفاده از دستگاه ساخته شده در شرایط بهینه فوق الذکر موفق به جداسازی اجزاء نمونه استاندارد saccharomyces cerevisiae در گسترده وزن مولکولی 90kb تا 2/2mb شدیم.