پژوهش حاضر با عنوان شناسایی و اولویت بندی مسایل آموزشی فراگیران دوره های آموزش الکترونیکی دانشگاه تربیت مدرس با استفاده از مدلسازی ساختاری تفسیری انجام شده است. در این پژوهش پس از مرور مطالعات پیشین، 4 بعد مسایل مشارکت و تعامل، مسایل انعطاف پذیری، مسایل محتوا و مسایل مالی، و همچنین تعداد 9 شاخص چالش های تعامل فراگیران با اساتید و سایر فراگیران، چالش های مشارکت فعال فراگیران در تولید دانش، چالش های رشد شخصیتی و مهارت های اجتماعی فراگیران، چالش های انطباق دوره با تفاوت های فردی فراگیران، چالش های کنترل بر شیوه یادگیری و اختیاری بودن زمان و مکان یادگیری، چالش های کیفیت، طراحی، تدوین و ارایه محتوای آموزشی، چالش های طراحی و امکانات نرم افزارهای و واسطه های آموزشی، چالش های هزینه های تحصیلی برای فراگیران و چالش های اختصاص منابع مالی برای ارتقاء فنی و کیفی دوره های آموزش الکترونیکی و انگیزش مالی اساتید به منظور بررسی مسایل آموزشی فراگیران انتخاب شد و با استفاده از مدلسازی ساختاری تفسیری، ارتباط این ابعاد و شاخص ها با یکدیگر مورد بررسی قرار گرفت. گردآوری مسایل آموزشی فراگیران در یک مدل واحد و تعیین شدت اثرگذاری آنها بر یکدیگر ، از جنبه های نوآوری این پژوهش می باشد. نتایج این پژوهش مشخص نمود که شاخص" اختصاص منابع مالی برای ارتقاء فنی و کیفی دوره های آموزش الکترونیکی و انگیزش مالی اساتید" با اولویت ترین مسئله در دوره های آموزش الکترونیکی می باشد. لذا شایسته است مدیران و برگزارکنندگان دوره های آموزش الکترونیکی، با تلاش در زمینه چالش های اختصاص منابع مالی برای ارتقاء فنی و کیفی دوره های آموزش الکترونیکی و انگیزش مالی اساتید، زمینه مناسبی را برای مرتفع نمودن سایر مسایل آموزشی فراگیران فراهم نمایند. از آنجایی که این پژوهش مسایل موجود در دوره های آموزش الکترونیکی را صرفاً از دیدگاه فراگیران مورد بررسی قرارداده است، شایسته است پژوهش های آتی در زمینه مسایل موجود در دوره های آموزش الکترونیکی از دیدگاه سایر ذینفعان دوره های آموزش الکترونیکی تعریف و اجرا گردند.