بهبود ارقام گندم به خصوص از نظر کیفیت نانوایی لازمه بررسی تنوع ارقام گندم می باشد .کیفیت گندم نیز متکی به بیان پروتئین های گلوتنین با وزن مولکولی بالا می باشد.در این مطالعه به منظور بررسی تنوع اللی ارقام گندم نانوایی(t. aestivum l.) ایرانی 65 رقم گندم با استفاده از شش نشانگر مبتنی بر est مورد بررسی قرار گرفت و همه نشانگرهای مورد بررسی چند شکلی نشان دادند. در مجموع 33 الل در جمعیت کل بدست آمد که بیشترین آن مربوط به جایگاه با ca679329با 8 الل بود. بیشترین میزان pic و کمترین میزان pi مربوط به جایگاه های tc85294 ، ca679329 و bq607256 بدست آمد که نشان می دهد جایگاه های مذکور بیشترین شانس شناسایی ارقام را دارند .تجزیه خوشه ای و تجزیه به محورهای اصلی(pcoa) نیز تا حد زیادی نشان داد که نشانگرهای مورد استفاده قابلیت مناسبی برای تفکیک ارقام داخلی و خارجی دارند و نتایج هر دو روش موئد همدیگر بود. تجزیه واریانس مولکولی جزء واریانس بین جمعبت ها را 18 درصد و جزء واریانس درن جمعیتی را 82 درصد نشان داد بطوری که جزء واریانس درون جمعیتی معنی دار نشان نداد.