تولید واریته های مقاوم با استفاده از تکنیک های مهندسی ژنتیک می تواند با عث افزایش عملکرد در گیاهان شود. از ژن های منتقل شده به گیاه پنبه (gosssypium hirsutum) ژن های chi و glu است که باعث ایجاد مقاومت به بیماری پژمردگی ورتیسیلیوزی می شود. در زمان تولید گیاهان تراریخته، اولین مرحله در تعیین خصوصیات آنها، تخمین این است که چه تعداد نسخه از ژن انتقالی به ژنوم گیاه وارد شده، زیرا این امر میزان بیان و میزان پایداری بیان ژن انتقالی را شدیداً تحت تأثیر قرار می دهد. این کار معمولاً توسط آنالیز سادرن بلات انجام می شود، که به مقدار مواد گیاهی نسبتاً زیادی نیاز داشته و پرهزینه و پرزحمت است. به علاوه، برآوردها غالباً به طور صحیح منعکس کننده حضور نسخه های باز آرایی شده ژن انتقالی نیستند. رویکردهای جدید به این مسئله می تواند کمک بزرگی برای بیوتکنولوژیست های گیاهی باشد. از real-time pcr می توان به منظور تعیین تعداد نسخه ژن انتقالی در گیاهان تراریخته استفاده کرد. تعداد نسخه ژن های chi و glu در نسل های t0 و t2 پنبه تراریخته با مقایسه نتایج real-time pcr کمی مربوط به این ژن ها با ژن کنترل داخلی مربوطه (ترهالوز 6-فسفات سنتاز) محاسبه گردید. با بهینه سازی شرایط pcr، برآورد بسیار دقیقی با تعداد 2 نسخه در نسل t0 و 4،3 و 6 نسخه در نسل t2 گیاهان تراریخته کسب شد. به علاوه، با استفاده از تخمین تعداد نسخه ژن هدف و ژن کنترل داخلی، مشاهده شد که بازآرایی ژن های انتقالی احتمالاً بیش از چیزی که شناخته شده اتفاق می افتد. پس به منظور تعیین تعداد نسخه کامل ژن در طی ترانسفورماسیون ژنتیکی از یک روش سریع و قابل اعتماد استفاده شد. انعطاف پذیری این روش مناسب شرایطی است که در آن بهینه سازی دقیق تمام اجزای واکنش غیر ممکن و نشدنی است. در نهایت، کیفیت اطلاعات بدست آمده بالاتر از چیزی است که توسط آنالیز سادرن بلات می تواند حاصل شود.