نام پژوهشگر: میترا خلیلی

بررسی گلیکوزیلاسیون آنتی ژن (apical membrane antigen) ama1 در پلاسمودیوم فالسیپاروم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده علوم پایه 1391
  میترا خلیلی   زهرا زمانی

یک فرآیند مهم در چرخه زندگی پلاسمودیوم فالسیپاروم تهاجم به گلبولهای قرمز انسان است. ورود به سلولهای میزبان نیازمند آنتی ژن ama1 می باشد. بدلیل اینکه در یوکاریتوها آنتی بادیهایی که بر علیه این آنتی ژن ایجاد می شود می تواند مانع تهاجم شود بنابراین ama1 یکی از اهداف اولیه در تولید واکسن به شمار می رود. گفته می شود گلیکوزیلاسیون پروتئینهای سطحی در بسیاری از اعمال سلولی نظیر شناسایی سلولها سیگنالینگ و خاصیت آنتی ژنی نقش دارد. عقیده بر این است که کربوهیدراتهای موجود در سطح انگل مالاریا توسط سیستم ایمنی میزبان شناسایی می شوند. در این پژوهش تصمیم بر تلخیص آنتی ژن ama1 از انگل پلاسمودیوم فالسیپاروم گرفته شد. برای اینکار از روش استفاده شده متدوال (tragger and jonson) و روش دوم که روش تغییر یافته از متد (raadfar) بود با این روش درصد پارازیتمی 80% افزایش یافت. نمونه های انگل با استفاده از بافر مخصوص اولتراسانتریفیوژ شده و آنتی ژنها جدا شدند و سپس برای انجام sds page مورد استفاده قرار گرفتند و سپس با استفاده از روش الکتروالیوشن تلخیص و با استفاده از لوله های مخصوص تغلیظ شدند پس از این مراحل و انجام sds page با استفاده از رنگ آمیزی نیترات نقره مورد بررسی قرار گرفتند. پس از آن ایمونوبلاتینگ انجام گرفت و جهت بررسی گلیکوزیلاسیون آنتی ژن مورد نظر از کیت q proteome oglycan glycol protein kit qproteome total glycoprotein kit استفاده شد. در نتیجه این بررسیها از آنتی ژن تلخیص شده پس از انجام sds page و رنگ آمیزی نیترات نقره در موقعیت 83kda یک باند حاصل شد. همچنین پس از انجام بلاتینگ نیز یک باند منفرد در محل kda 83 حاصل آمد در بررسیهایی که با کیت به عمل آمد نیز هر دو نوع گلیکوپروتئین نوع n و o بدست آمد در نهایت برای مقایسه با انواع طبیعی این آنتی ژن با نوع نو ترکیب و سنتیک آن به بررسی آماری پرداخته شد که نتایج حاصل عدم وجود سایتهای گلیکوزیلاسیون مناسب بر روی نمونه های نو ترکیب را اثبات نمود

بررسی مقایسه ای بیان ژنهای کلیدی در مسیرهای تنظیم کننده پر توانی (ژنهای بن یاخته ایoct4 و sox2، micro rna های mir-302و mir-145 و ژن بازدارنده تومور p53 ( در نمونه های توموری و غیرتوموری معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1390
  میترا خلیلی   مجید صادقی زاده

چکیده: مقدمه: برخی از مسیرهای سیگنالینگ که برای رشد و تکوین طبیعی ضروری هستند، در شروع و پیشرفت سرطان دخالت دارند که این نشان دهنده یک ارتباط قوی میان سلولهای جنینی و سلولهای سرطانی می باشد. القاء بیان تعداد معینی از ژنهای اختصاصی برای سلولهای بنیادی جنینی (escs) خصوصاً oct4 و sox2 می تواند باعث شود سلول تمایز یافته به سلول پایه پر توان القاء شده یا سلول ips باز برنامه نویسی گردد. ژنهای oct4 و sox2 به صورت یک مجموعه ای کنترل کننده، ژنهای مهم برای قابلیت سلولهای بنیادی را فعال و ژنهای مورد نیاز برای تمایز را مهار می کنند. از این رو نقش این ژنها در سرطان مورد توجه قرار گرفته است. microrna ها نظیر گروهmir302-367 نیز در تنظیم پروسه خودبازسازی و پرتوانی esc دخالت دارند. بیان گروهmir302-367 محدود به سلولهای esc می باشد. جالب توجه است که فاکتورهای اختصاصی رونویسیoct4 وsox2 جایگاه اتصال روی پروموتر گروهmir302-367 دارند و بیان آن را تنظیم می کنند. mir-145 و p21 اهداف مستقیم بازدارنده تومور p53 هستند. mir-145 با مهار فاکتورهای هسته پرتوانی نظیر oct4،sox2 باعث خاموش کردن خودبازسازی و تمایز سلولهای esc می شود و p21 باعث توقف سیکل سلولی در مرحله g1 و ممانعت از ورود به فاز s می گردد. باز برنامه نویسی می تواند توسط عملکرد ژنهای بازدارنده تومور به ویژه p53 و اهداف پایین دست آن مانند مهار شود. این احتمال وجود دارد که بیان مجدد ژنهای دخیل در بازبرنامه نویسی مثل sox2 و oct4 و کاهش بیان p53 و اهداف پایین دست آن مانند p21 و mir-145 در ایجاد سرطان دخالت داشته باشند. در این مطالعه هدف مقایسه بیان ژنهای اصلی دخیل در مسیر پرتوانی (oct4، sox2، p21، mir-145 و (mir 302b در بافت توموری و غیر توموری معده و همچنین ارزیابی ارتباط میان سطح بیان این ژنها با گرید یا درجه تومور بود. مواد و روشها: تعداد 40 نمونه توموری و غیر توموری انسانی مورد نیاز این تحقیق از تومور بانک وابسته به انستیتو کانسر امام خمینی وابسته به دانشگاه علوم پزشکی تهران جمع آوری شدند. در این مطالعه بیان کل ژنهای کاندید توسط real time pcr ارزیابی شد. از u6snrna به عنوان کنترل داخلی برای نرمالیزه کردنmicrornas و از gapdh برای سایر ژنها استفاده شد. در نهایت نیز بیان پروتئین oct4 و همچنین sox2 در بافتهای توموری و غیر توموری معده توسط تکنیک ایمونوهیستوشیمی بررسی گردید. نتایج: داده های ما نشان داد که بیان p21 و mir-145در بافتهای توموری معده نسبت به جفت بافت غیر توموری مربوطه کاهش معنی داری نشان دادند. نتایج مشابهی برای بیان sox2 و واریانتهای oct4 بدست آمد، اگرچه این کاهش تنها در مورد تومورهای گرید بالا معنی دار بود. آنالیز منحنی roc جهت ارزیابی قابلیت ژنهای مورد نظر در تشخیص و افتراق صحیح نمونه های توموری از غیر توموری انجام شد. سطح زیر منحنی auc برای تمامی ژنها بجز oct4b بالای 60 درصد و معنی دار بود. sox2 بالاترین درجه افتراق (auc=79%, p= 0.000) را نشان داد. اگرچه ترکیب داده های mir-145 و p21 (auc=71%, p=0.004) و داده های واریانتهای oct4 (auc=75%, p=0.008) قدرت تشخیصی بهتری نسبت به استفاده از هر کدام به تنهایی دارد. هماهنگ با نتایج داده هایreal time pcr ، نتایج ایمونوهیستوشیمی (ihc) نیز بیان sox2 را در بافتهای توموری و غیر توموری معده نشان داد اما در سطح پروتئین هیچ بیان هسته ای برای oct4a مشاهده نگردید. بحث: برخلاف این حقیقت که بیان ژنهای اختصاصی hesc در تومورها افزایش می یابد، داده های ما نشان داد که بیان mir-302b، واریانتهای oct4 و sox2 در تومورهای گرید بالا به طور معنی داری کاهش می یابد. بنابراین اینطور به نظر می رسد که ایزوفرمهای oct4، sox2 و همچنینmir-302b در ممانعت از تکثیر غیر کنترل شده سلول نقش دارند. همینطور احتمالاً غیر فعال شدن بازدارنده های تومور p21 و mir-145جهت شروع و پیشرفت روند تومور زایی ضروری باشد. بر اساس منحنی roc به نظر می رسد که ارزیابی بیان sox2 به تنهایی و mir-145 و p21 با همدیگر جهت تشخیص سرطان معده آگهی دهنده است. کلمات کلیدی: بازبرنامه نویسی، ips، oct4، sox2، mir-145، mir-302b و سرطان معده