در این پایان نامه، ابتدا به مطالعه درباره گراف های برچسب دار dna و ویژگی های آن می پردازیم. سپس درباره گراف dna که حالت خاصی از گراف های بر چسب دار dna است، بحث می کنیم و با استفاده از مفهوم این گراف ، یک روش جدید محاسباتی بر پایه نظریه گراف برای تعیین توالی رشته های dna با نانو حفره ها ارائه می دهیم. در مقایسه با روش های ارائه شده بوسیله نویسندگان دیگر، روش ما از این رو که مستقل از طول الیگنوکلئوتید ها (k) است، ساده تر و کارآمد تر می باشد. در ادامه برای مشخص سازی رشته های dna ، بوسیله بعضی از عناصر نظریه گراف و توصیفگرهای ریاضی، یک نمایش جدید گرافی و عددی برای آنالیز کردن رشته های dna بر اساس کدون ها، ارائه می دهیم. سودمندی روش ما بوسیله یک محک برای تشابه بین یک ژن انسانی و هشت نوع ژن دیگر، شرح داده می شود.