نام پژوهشگر: مجید صادقی زاده

بررسی تاثیر کورکومین قرار گرفته در دندروزوم بر لاین های توموری و سلول های بنیادی از طریق مطالعه پروفایل بیان ژن های oct4, htert, survivin و bax قبل و بعد ازتاثیر دارو
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  عباس پادگانه   مجید صادقی زاده

کموتراپی، امروزه از رایج ترین استراتژی های درمانی سرطان می باشد. با این حال، عود مجدد و تاثیرات ثانویه شدید در این شیوه درمانی، نیاز به طراحی، تولید و کشف داروهای موثر تر با خطرات جانبی کمتر را مشهود می سازد. کورکومین با نام علمی diferuloylmethane، پلی فنلی زردرنگ و جزء فعال اصلی گیاه زردچوبه یا curcuma longa می باشد. این ماده از طریق مهار چندین مسیر سیگنالینگ سلولی قادر به جلوگیری از تکثیر، تهاجم، متاستاز ، رگ زایی و القای آپوپتوز می باشد. با این حال، حلالیت بسیار ضعیف کورکومین در محیط آبی، امکان استفاده گسترده از این ترکیب ارزشمند را محدود نموده است. دندروزوم ها نسل جدیدی از ناقلین با ویژگی هایی از قبیل حلالیت در آب، خنثی بودن بار الکتریکی، زیست سازگاری، شاخه دار بودن، داشتن ابعاد نانو و عدم توکسیسیته سلولی، از قابلیت بالایی جهت انتقال ژن به سلول های انسانی برخوردار می باشند و در تحقیقات پیشین این گروه جهت ترنسفکشن و ایمنی زایی مورد استفاده قرار گرفته اند. در پژوهش حاضر، برای نخستین بار، قابلیت دندروزوم ها در افزایش رسانش یک ترکیب دارویی مورد بررسی قرار گرفته است. بدین منظور، تاثیر تیمار فورمولاسیون دندروزومی کورکومین در مقایسه با کورکومین آزاد بر سلول های ags با منشا توموری آدنوکارسینومای معده مورد بررسی قرار گرفت. از تکنیک فلوسایتومتری جهت بررسی تاثیر تیمار دارو بر چرخه سلولی و القای آپوپتوز استفاده گردید. همچنین جهت بررسی تاثیر دارو بر بیان ژنهای oct-4، htert، survivin و bax از تکنیک rt-pcr نیمه کمی استفاده شد. بر اساس نتایج بدست آمده، فورمولاسیون کورکومین با دندروزوم، حلالیت آبی این ماده ی شدیدا هیدروفوب را به میزان قابل توجهی افزایش می دهد. تیمار سلول ها با کورکومین آزاد پس از 6 ساعت، سبب القاء توقف چرخه سلولی در فاز g2/m گردید، در حالیکه این تاثیر در مورد فورمولاسیون دندروزومی دارو، 4 ساعت پس از زمان تیمار مشاهده شد. تصویر برداری میکروسکوپ فلورسنت نیز ورود سریع تر و بیشتر دارو در اثر تیمار فورمولاسیون دندروزومی را تایید نمود. همچنین، القای آپوپتوز در سلول ها، در پایان 18 ساعت زمان تیمار، در مورد فورمولاسیون دندروزومی کورکومین 48 درصد و در مورد کورکومین آزاد 20 درصد مشاهده شد که کارایی دندروزوم ها در افزایش ورود و تاثیر کورکومین را پیشنهاد می نماید. همچنین، کاهش نسبی بیان ژن های oct-4 variants b & a، htert و survivin که از ژن های دخیل در قدرت بالای تکثیر و بقای حیات سلول های سرطانی می باشند، و همچنین افزایش سطح بیان ژن پروآپوپتوتیک bax ، حاکی از تاثیر مهاری کورکومین بر بقا و ورود تدریجی سلول ها به مسیر آپوپتوز می باشد.

بررسی کارایی روشpcr-rapd درتشخیص تنوع ژنتیکی ماهیان کپور علفخوار ماده(ctenopharyngodon idella) و کپورسرگنده نر hypophthalmichthys nobilis)) و نسل دورگه f1حاصل آنها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده منابع طبیعی و علوم دریایی 1381
  شیرین جمشیدی   محمد رضا کلباسی

تنوع ژنتیکی و وراثت پذیری نشانگر های rapd در ماهیان کپور علفخوار (ctenopharyngodon idella)،کپور سرگنده نر (hypophtalmichthys nobilis) و نسل f1 حاصل از هیبریداسیون آنها مورد مطالعه قرار گرفت .بررسی نتایج نهائی حاصل از 86 باند تولید شده مبین آن است که در تمامی باند های حاصل از rapd ، الگوی والدین در پروفایل های نسل f1دیده شده که نشان دهنده نفوذ بالا و طبیعت غالب نشانگر های مذکور می باشد. میزان تفاوت جزئی چند شکلی های نشانگر های مورد استفاده که در نسل f1 با والدین دیده شده است؛ نشان می دهد که برخی لوکوس های والدین هتروزیگوس می باشند که موجب تفاوت کم در هیبرید حاصل از دو جنس میگردد. میزان فاصله ژنتیکی برای دو گونه کپور علفخوار و سرگنده طبق فرمول nei ، 3/0 وبرای هیبرید تری پلوئید .....

شناسایی ژن سنتز کننده کیتین در زنگ برگ گندم و بررسی تظاهر آن در سطح rna
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1388
  زینب خفاجی   بهرام محمد سلطانی

چکیده زنگ های غلات (زنگ زرد یا نواری ، قهوه ای یا برگی ، سیاه و یا ساقه )، از مهمترین آفات گندم می باشند. بیماری زنگ برگ گندم از نظر گستردگی جهانی در مناطق زیر پوشش کشت گندم از مهمترین بیماری های گندم می باشد. درک مولکولی بهتر از ارتباط این پاتوژن با میزبانش امکان اتخاذ استراتژی های جدید جهت کنترل بیماری فراهم خواهد کرد. جهت مطالعه میانکنش پاتوژن و میزبان نیاز به کاربرد متدهای تحقیقات ژنتیکی از جمله کشت در پلیت و دست ورزی ژنتیکی است. برخلاف زنگ ساقه، زنگ برگ گندم در پلیت قابل کشت نیست و روش های ترانسفورم کردن آن کار آمد نیستند. لذا احتمال داده می شود تفاوت اجزای دیواره سلولی این قارچ با زنگ ساقه آن را از این نظر را متمایز کرده باشد. کیتین یکی از ساختار های اصلی دیواره سلولی در قارچ ها میباشد و تا کنون پنج ژن سازنده کیتین در زنگ ساقه شناسایی و معرفی شده اند. هدف کلان این تحقیق جداسازی و بررسی بیان ژن های ناشناخته درگیر در سنتز کیتین در زنگ برگ با استفاده از پنج ژن سازنده کیتین در زنگ ساقه میباشد و جهت انجام این پروژه در صدد یافتن توالی یکی از این ژن ها هستیم. چهار est که همولوژی بالایی با ژن های کد کننده کیتین زنگ ساقه نشان میدهد در بانک est خصوصی موسسه کشاورزی کانادا یافت شدند. در این پژوهش برای اولین بار بیان ژنهای سازنده کیتین در دو مرحله از زندگی زنگ برگ مورد بررسی قرار گرفت و بیان این ژن ها مشخص گردید. همچنین بخشهایی از توالی دو ژن سنتز کننده کیتین در زنگ برگ تعیین شد. واژگان کلیدی : زنگ برگ گندم، ژن سنتز کننده کیتین، تعیین توالی

بررسی اثر کاهش بیان ژن plgf در سلولهای اپیتلیال رنگدانه ا ی شبکیه انسانی ( rpe ) جهت مهار نو- رگزایی مشیمیه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  حسن اکرمی   زهرا-سهیلا سهیلی

چکیده استحاله سنی ماکولا (amd) ، شایع ترین علت کاهش بینایی در افراد بالای60 سال، در کشورهای پیشرفته است. اکثر موارد، کاهش شدید بینایی ناشی از amd ، به دلیل تغییرات ترشحی ماکولا روی می دهد. در نوع تر بیماری، نو- رگزایی مشمیه (cnv) و در نتیجه خونریزی زیر شبکیه، باعث از دست دادن بینایی می شود. سلول های اپی تلیال رنگدانه ای شبکیه (rpe) در حفظ ونگهداری و عملکرد طبیعی شبکیه نقش مهمی دارند. با استفاده از روشهای مهندسی بافت، پرده آمنیوتیک، به عنوان بستری برای کشت سلول های rpe و جایگزین کردن آنها با سلولهای rpe آسیب دیده در شبکیه چشم مطرح گردیده است. ما روشی را برای کشت سلول های rpe روی پرده آمنیوتیک استفاده کردیم. الگوی بیان ژن در سطح رونویسی مارکرهای اختصاصی سلولهای rpe، شامل ژن های rpe65 ، cralbp ، cd68 ، tyrosinase ، vegfکه در عملکرد طبیعی سلولهای rpe نقش دارند، با استفاده از روش real-time pcr کمی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بررسی بیان کمی نشان داد که رونویسی ژنهای rpe65، cd68 و vegf در سلولهای rpe کشت شده بر سطح پرده آمنیوتیک نسبت به سلولهای rpe کشت شده بر سطح ظروف کشت پلاستیکی افزایش داشته اند. از طرفی کشت سلولهای rpe بر سطح پرده آمنیوتیک تأثیری بر بیان ژن های cralbp و تیروزیناز ندارد. این نتایج نشان می دهد که پرده آمنوتیک مانع از تمایززدایی سلول های rpe می شوند. تعدادی فاکتور مهم در مسیر آبشاری رگزایی وجود دارند. با وجود این، نقش اصلی vegf، در شروع نو- رگزایی و بیماری های ترشحی چشم مشخص شده است. مهار طویل مدت vegf عوارض منفی از قبیل افزایش فشار خون و ترمبوزیس را در بیماران ایجاد می کند. میانکنش vegf با vegfr-1 به واسطه plgf القا می شود، به همین جهت plgf به عنوان ژن کاندید برای مهار نو- رگزایی در مشمیه مورد بررسی قرار گرفت. در این تحقیق نشان داده شد که مهار plgf در سلولهای rpe اثری بر تکثیر سلولی و مرگ برنامه ریزی شده سلولی ندارد. همچنین اختلاف محسوسی در بیان ژنهای rpe65, cralbp and tyrosinase در سلولهای rpe تیمار شده با sirna علیه ژن plgf، در مقایسه با سلولهای rpe تیمار شده با scrambled-sirna و سلولهای rpe بدون تیمار، مشاهده نشد. مهار بیان ژن plgf در سلول های rpe موجب کاهش چشم گیری در رگزایی در in vitro بوسیله سلول های huvecs شد. همچنین مطالعه بیان کمی رونویسی 84 ژن کلیدی درگیر در رگزایی حاکی از تغییر بیان 20 ژن پس از فرونشانی بیان ژن plgf در سلولهای rpe دارد که در بین آنها 12 ژن افزایش و 8 ژن (علاوه بر ژن plgf) کاهش بیان را نشان می دادند.

جدا سازی باکتریهای بومی تولید کننده آنزیم کلسترول اکسیداز و انجام مطالعات ژنتیکی بر روی آنها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1389
  حامد اسمعیل لشکریان   حسین شهبانی

هدف از این پژوهش جداسازی میکروارگانیسمهای بومی مولد کلسترول اکسیداز، غربالگری میکروبهای جداسازی شده بر اساس میزان تولید آنزیم و فعالیت آنزیمی و انجام مطالعات ژنتیکی می باشد. به منظور دستیابی به سویه بومی مولد آنزیم کلسترول اکسیداز (cho) ، نمونه های خاک، آب، پسآب کارخانجات چرم و پوست، صابون سازی فرآورده های لبنی جمع آوری گردید. نمونه های گرفته شده در محیط کشت غربالگری که تنها منبع کربن آن کلسترول می باشد،کشت داده شد. سپس جهت انجام آنالیز فیلوژنیک، بخشی از توالی ژن 16s rrna بوسیله روش pcr و با استفاده از پرایمرهای استاندارد ازدیاد گردید. در مرحله بعد، آزمایش سنجش فعالیت آنزیمی متصل به غشا و خارج سلولی بر روی باکتری فوق انجام گردید و فعالیت آنزیمی کلسترول اکسیداز سویه جداسازی شده سنجیده شد و تاثیر شرایط متفاوت دمایی و ph و نیز غلظتهای مختلف از سوبسترا مورد بررسی قرار گرفت. در آخر ژن مربوطه با روش pcr جداسازی، در وکتور بیانی pet23a کلون و در میزبان e.coli bl21 plyss بیان گردید. در این مطالعه میکروارگانیسم بومی مولد کلسترول اکسیداز با قابلیت ترشح آنزیم خارج سلولی جدا گردید. این باکتری بواسطه خصوصیات مورفولوژیکی،بیوشیمیایی و روشهای تائیدی مولکولی جزء گونه rhodococcus با قابلیت ترشح خارج سلولی و متصل به غشا طبقه بندی گردید. این آنزیم در محدوده وسیع از ph و دما فعال بوده، دما و ph بهینه آن به ترتیب c?35 و 5/7 می باشد.

کلونینگ ، بیان و تعیین خصوصیات ساختاری آنزیم بازیافت کننده لوسیفرین (lre) از گونه ایرانی lampyris turkestanicus
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1389
  رحمان امام زاده   سامان حسینخانی

به فرایند تولید نور در سیستم های زیستی بیولومینسانس اطلاق می شود. در فرایند نور افشانی حشرات شبتاب، آنزیم بازیافت کننده لوسیفرین (lre) عملکرد کلیدی در بازیافت لوسیفرین از اکسی لوسیفرین دارد. در این مطالعه، lre گونه ایرانی lampyris turkestanicus با استفاده از روش های مبتنی بر race (5/-race و 3/-race) و rt-pcr تکثیر و کلون شده است. بررسی توالی cdna حاصل نشان می دهد که توالی کامل t-lre به طول 924 جفت باز توانایی کد کردن پروتئینی به طول 307 آمینواسید را دارد. بعلاوه بررسی توالی حاصل مشخص کرد که t-lre دارای 46 و 45 درصد همسانی با توالی های a-lre (از گونه photinus pyralis) و g-lre ( از گونه luciola cruciata) است. توالی t-lre به صورت فعال در با کتری e. coli بیان شد و قابلیت افزایش نشر نور آنزیم لوسیفراز در سنجش جفت شده نشان داده شد. در ادامه بیان t-lre در سیستم بیانی پروکاریوتی تحت شرایط مختلف شامل استفاده از فولدازهای شیمیایی، بیان همزمان با چپرون های سلولی و استفاده از فناوری پروتئین الحاق شده بررسی شد. بعلاوه بررسی بیان t-lre در سیستم بیانی pichia pastoris انجام گرفت. در نهایت مطالعات بازتاخوردگی t-lre با روش های مختلف مطالعه شده است.

بررسی توانایی تحویل و بیان ژن gfp توسط نانوزیست-ذرات مشتق از فاژ لامبدا در سلولهای یوکاریوتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1399
  محمد خلج کندری   مجید صادقی زاده

چکیده ژن درمانی یکی از پرآوازه ترین رشته های تحقیقاتی دانش پزشکی است که نویدبخش درمان برخی بیماریهایژنتیکی و سرطان است. با اینحال این رشته با مشکلات زیادی از جمله فقدان حاملهای ژنی کاملا بی خطر برای استفاده در بالین مواجه است. چون فاژها تمایلی به سلولهای پستانداران ندارند لذا حاملهای بی خطر و جذابی به حساب می آیند. در این پژوهش برای دست یابی به یک حامل ژنی مبتنی بر فاژ لامبدا، توالی کدکننده پروتئین gfp با استفاده از پلاسمید pegfp-n1 به عنوان الگو توسط pcr تکثیر و در ناقل فاژی lambda zap®-cmv xr تحت کنترل پروموتر cmv وارد گردید. سازه حاصل با استفاده از عصاره بسته بندی gigapack iii gold packaging به صورت برون سلولی بسته بندی و ذرات فاژی نوترکیب ?-gfpتولید شدند. آلوده سازی سلولهای رده ags انسانی با ذرات فاژی حاصل نشان داد که ذرات فاژی می توانند به سلولها وارد و با کارآیی کمی (حدود 0.02%) باعث بیان ژن gfp شوند. با اینحال، علارغم کارآیی پایین بیان، تکثیر توالی ترانس ژن توسط pcr با استفاده از dna تام استخراج شده از سلولهای تیمار شده با ذرات فاژی ?-gfp نشان داد که کارآیی ورود به سلولها نسبتا قابل توجه است. برای افزایش کارآیی ورود و بیان ژن، ذرات فاژی?-gfp با اتصال شیمیایی ملکولهای ترانسفرین به سطح آنها هدفگیری شده، بدین ترتیب نانوحامل ژنی هدفمند (tf-targeted ?-gfp) بدست آمد. اتصال ملکولهای ترانسفرین به سطح ذرات فاژی با الیزا بررسی و فعال بودن آنها با انجام cell-elisa نشان داده شد. بررسیهای کمی نشان داد که به طور میانگین 1123 ملکول ترانسفرین به هر ذره فاژی اتصال یافته است. این یک یافته منحصر بفرد است زیرا با استفاده از روش معمول فاژنمایی(phage display) تنها امکان نمایش 420 نسخه در بهترین حالت وجود خواهد داشت. در ادامه توانایی ورود نانوحامل ژنی هدفمند به سلولهای 293t با تکنیک ایمنوسیتوشیمی بررسی شد و نشان داد که ذرات هدفمند با کارآیی بسیار بالاتری نسبت به ذرات غیرهدفمند (ذرات فاژی اتصال نیافته با ترانسفرین) می توانند به سلولهای رده 293t انسانی وارد شوند. همچنین توانایی انتقال و بیان ژن توسط نانوحامل ژنی هدفمند به سلول های 293t با استفاده از تکنیک facs بررسی شد. نتایج حاصل از facs نشان داد که کارآیی انتقال و بیان ژن توسط نانوحامل در اثر اتصال و هدفگیری با ترانسفرین از 61/0% (توسط ذرات غیرهدفمند) به 7/6% (توسط نانوحامل ژنی هدفمند) افزایش یافته است. روی هم رفته این نتایج نشان می دهند که راهکار استفاده از اتصال شیمیایی ملکول-های هدف گیری به سطح ذرات فاژی به عنوان یک راهکار نوین می تواند به نمایش تعداد بیشتری از ملکول هدف گیری در سطح فاژ بیانجامد که به نوبه خود می تواند باعث بهبود کارآیی انتقال ژن بکمک فاژ به سلول های پستانداران شود.

طراحی و ساخت ناقلین حامل 3?utr و 5?utr ژن oct4 به منظور مانیتور کردن اثر عوامل تنظیم کننده ی بیان ژن oct4 در رده ی سلولی p19 و سلول بنیادی cce
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  سعیده قیاسوند   مجید صادقی زاده

ژن oct4 نقش بسیار حیاتی در بقاء، پرتوانی و خودبازسازی سلول های بنیادی جنینی ایفا می کند. بیان oct4 در سلول های بنیادی بالغ و انواعی از سلول های سرطانی و رده های سلولی مختلفی تشخیص داده شده است. این ژن تنها در پستانداران دیده شده و از نظر تکاملی حفاظت شده است به طوری که توالی آمینواسیدی oct4 انسانی با موش %87 شباهت دارد و از نظر سازماندهی ژنومیک نیز کاملاً مشابه هستند. همولوگ ژن oct4انسانی را در کروموزوم 17 موش می‎توان مشاهده کرد. مولکول mrna طی ترجمه پروتئین تولید می کند اما نواحی دارد که ترجمه نمی شوند، در یوکاریوت ها این نواحی شامل cap ، 3utr ، 5utr و دم پلی a می باشد. 5utr اغلب حاوی جایگاه اتصال ریبوزوم است همچنین توالی-های تنظیمی متعددی ممکن است در 5utr دیده شود. 3utr بخش خاصی از mrna، که به دنبال ناحیه ی کدینگ قرار گرفته است، در پایداری و تنظیم بیان و طول عمر و تعیین جایگاه سلولی mrna نقش دارد. نقش oct4 در ایجاد ips و فرضیه ی csc و کمک به حفظ خصوصیات esc ، اهمیت بررسی تنظیم بیان و خصوصیات این ژن را بیش از پیش نشان می دهد. در این تحقیق برای بررسی نقش تنظیمی نواحیutrs ژن oct4، 3?utr و 5?utr این ژن در ناقل گزارشگرpgl3 کلون شد و پلاسمیدهای pgl3-3?utr و pgl3-5?utr و pgl3-3?-luc-5?utr تولید شد. بیان لوسیفراز به عنوان یک ژن گزارشگر در رده ی سلولی کارسینومای جنینیp19 و سلول بنیادی جنینیr1 و سلول بنیادی بالغ bmsc و سلول های فیبروبلاست موش، پس از ترنسفکت نمودن پلاسمیدها با لیپوفکتامین2000 و یا کلسیم فسفات، با استفاده از لومینومتر مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که وجود 3?utr این ژن موجب کاهش بیان لوسیفراز در همه ی رده های سلولی بررسی شده می گردد اما 5utr این ژن در سلول های مختلف تأثیر متفاوتی از خود نشان داد. در p19 موجب افزایش و در رده های دیگر موجب کاهش بیان لوسیفراز شد. کاهش معنادار url در حضور 3?utr این ژن در همه ی رده های سلولی می تواند به علت اتصال عوامل تنظیم کننده ی مانند mirnas به این ناحیه باشد

بررسی بیان ژنهای suz12، cbx7 و cbx8 در نمونه های آدنوکارسینومای معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1389
  مریم قلندری   مهرداد بهمنش

تغییرات اپی ژنتیکی بیان ژنها در کنار تغییرات ژنتیکی نقش مهمی را در ایجاد و پیشرفت تومور ایفا می کنند.پروتئینهای گروه پلی کمب از جمله مهار کننده های بیان ژنها هستند که سرنوشت سلول ها را در جریان تکامل و تمایز تعیین می کنند. این پروتئینها را براساس عملکرد و بیوشیمی به دودسته ی prc1 و prc2 تقسیم می کنند که هریک از چندین زیرواحد پروتئینی تشکیل شده اند. برهم خوردن فعالیت پروتئین های گروه پلی کمب در بسیاری سرطان ها نشان داده شده است. suz12، cbx7 و cbx8 سه زیر واحد از پروتئین های گروه پلی کمب هستند که در صورت برهم خوردن الگوی بیان آنها می توانند با ایجاد سرطان ارتباط داشته باشند. ما بیان این ژنها را در نمونه های توموری معده در مقایسه با بافت غیر سرطانی مجاور بررسی کردیم. 30 نمونه توموری بهمراه بافت حاشیه تومور از بانک تومور ایران جمع آوری شد.rnaی بدست آمده از هر نمونه به cdna تبدیل شد و برای ژن cbx7 با تکنیک rt-pcr نیمه کمی و برای ژنهای cbx8و suz12 با تکنیک real-time pcr تکثیر صورت گرفت.ژن gapdh بعنوان کنترل داخلی در نظر گرفته شد. در مطالعه ما بطور کلی تفاوتی در بیان ژن های suz12، cbx7و cbx8 بین نمونه های توموری و حاشیه تومور مشاهده نشد هرچند در هریک از نمونه ها تفاوت در بیان بین نمونه توموری و حاشیه تومور قابل مشاهده بود از آنجاییکه پروتئین های گروه پلی کمب تنظیم کننده های کلیدی تغییرات اپی ژنتیکی هستند برهم خوردن الگوی بیان این پروتئین ها نمایانگر برهم خوردن ساختار اپی ژنتیکی سلول در سلول سرطانی است. ما در مطالعه ی خود واریانت جدیدی با طول 627 جفت باز را برای ژن cbx7 شناسائی کردیم بررسی توالی این واریانت با نرم افزار runner gene نشان داد که جهش ایجاد شده باعث افزایش طول این واریانت شده و طول پروتئین حاصل از ترجمه این واریانت از 521 به 821 اسید آمینه افزایش می یابد. بررسی توالی پروتئینی درپایگاه داده موتیف جدیدی را در این پروتئین نشان نداد.

طراحی و مقایسه حساسیت و دقت دو حسگر زیستی بیان کننده ژن گزارشگر لوسیفراز تحت پروموترهای cada و pbr برای تشخیص فلزات سنگین نظیر سرب و کادمیوم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1390
  اسماعیل نورمحمدی   مجید صادقی زاده

حسگر زیستی باکتریایی به باکتری هایی اطلاق می شود که از لحاظ ژنتیکی به نحوی طراحی شده اند که قادرند در حضور یک عامل فیزیکی یا شیمیایی در محیط، یک سیگنال قابل اندازه گیری تولید کنند. این حسگر ها از دو بخش: پروموتر (که حضور عامل هدف را تشخیص می دهد) و ژن گزارشگر (که به پروموتر متصل بوده و تولید سیگنال زیستی می کند) تشکیل شده است. حسگرهای زیستی واجد توانایی بسیار بالایی در تشخیص آلودگی های محیطی هستند. در این تحقیق ساخت، حساسیت و اختصاصیت دو حسگر زیستی با استفاده از پروموتر اپرون pbr به همراه ژن تنظیمی pbrr از پلاسمید pmol30 متعلق به باکتری رالستونیا متالیدورانس و پروموتر اپرون cada به همراه ژن تنظیمی cadc از پلاسمید pi258 متعلق به باکتری استافیلوکوکوس اورئوس مورد بررسی قرار گرفت. از ژن لوسیفراز کرم شب تاب به عنوان گزارشگر استفاده شد. حسگر ساخته شده توسط ناحیه پروموتری pbr و ناحیه پروموتوری cada به ترتیب pgl3- luc/pbr-biosensor و pgl3-luc/cad-biosensor نامگذاری شد. از باکتری e.coli سویه dh5? به عنوان میزبان استفاده شد. نتایج به دست آمده نشان داد که حسگر زیستیpgl3-luc/pbr-biosensor قادر است، غلظت-های بین 100-1 میکرومولار سرب را تشخیص دهد و می تواند نسبت به سرب به صورت اختصاصی عمل کرده و در حضور فلزاتی مثل روی، کادمیوم، قلع و نیکل، بیان ژن گزارشگر مشاهده نشد. علاوه بر این، نسبت به حسگر ساخته شده توسط chakraborty (با ناحیه پروموتری یکسان) 50 برابر حساسیت بیشتری دارد. حسگر pgl3-luc/cad-biosensor قادر است غلظت های بین ?? نانومولار تا ?? میکرومولار سرب را تشخیص دهد. این حسگرنسبت به سرب به صورت اختصاصی عمل نکرده و حضور کادمیوم در محیط نیز می تواند باعث فعال شدن پروموتر و بیان ژن گزارشگر شود. کلمات کلیدی: حسگر زیستی باکتریایی، پروموتر اپرون pbr، پروموتر اپرون cada، فلزات سنگین، آلودگی، تشخیص، لوسیفراز

کلون سازی و بررسی بیان فاکتور 9 کربوکسیله در رده سلولی حشره s2 (دروزوفیلا)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1390
  جعفر وطن دوست   مجید صادقی زاده

نقص یا کمبود فاکتور 9 انسانی (یا فاکتور کریسمس) که در مسیر انعقاد نقش کلیدی دارد موجب بیماری هموفیلی b میگردد. در حال حاضر روش معالجه معمول این بیماری ژنتیکی جایگزین درمانی است که با استفاده از فاکتور 9 مشتق از پلاسمای انسان سالم و یا نوع نوترکیب آن انجام می گیرد. اما امکان آلوده بودن پروتئین های مشتق از پلاسمای انسان به انواع ویروس ها و پریون ها محققین را به سمت تولید انواع نوترکیب این پروتئین سوق داده است. برای تولید پروتئین های داروئی در اغلب موارد تغییرات بعد از ترجمه لازم است و سامانه های بیانی پستانداران در این رابطه معمولا اولین کاندید هستند. با توجه به مشکلات بیان پروتئین های نوترکیب در سلول های cho از جمله بیان پایین و ناکارآمدی در گاما کربوکسیلاسیون، لذا رده سلولی اشنایدر (s2) مشتق از دروزوفیلا برای تولید فاکتور 9 انسانی مورد آزمایش و بررسی قرار گرفت. نشان داده شد که بیان فاکتور 9 انسانی در سلول های s2 بسیار بیشتر از سلول های cho است. همچنین فعالیت بیولوژیکی فاکتور 9 و رسوب آن توسط باریوم سیترات موید قابلیت سلول های s2 برخلاف سایر سلول های حشرات در گاما کربوکسیلاسیون فاکتور 9 است. با توجه به اینکه گاماکربوکسیلاسیون یکی از اصلی ترین تغییرات بعد از ترجمه است که برای فعالیت فاکتور 9 ضرورت دارد، تاثیر بیش بیانی آن در این میزبان در انجام گاماکربوکسیلاسیون فاکتور 9 بیان شده نیز مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج نشان داد که برخلاف سلول های پستانداران، بیش بیانی گاما کربوکسیلاز باعث بهبود بیان و فعالیت فاکتور 9 می گردد.

مطالعه مهار استرس اکسیداتیو سلولهای مزانشیمی تیمار شده با هیدروکینون توس نانوکورکومین دندروزومی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1390
  شیما ناظم   مجید صادقی زاده

بنزن یکی از شناخته شده ترین ترکیبات موجود در آلودگی هواست که با ورود به بدن انسان متابولیسم آن در کبد آغاز می شود. از جمله متابولیت های این ترکیب در کبد، هیدروکینون است که از طریق گردش خون وارد مغز استخوان می شود و توسط آنزیم های موجود در این بافت دستخوش اکسیداسیون می گردد و باعث القای استرس اکسیداتیو می شود. بنابراین با مصرف آنتی اکسیدان ها تا حدودی می توان این عدم تعادل و استرس القا شده را به حالت عادی بازگرداند. از جمله مواد آنتی اکسیدان می توان به کورکومین ، پلی فنول هیدروفوب استخراج شده از ریشه گیاه زرچوبه، اشاره کرد. از معایب این ترکیب دارویی جذب پایین و متابولیسم سریع و در نتیجه محدودیت استفاده از آن به دلیل زیست ماندگاری ضعیف می باشد. لذا در این پژوهش به منظور افزایش زیست ماندگاری کورکومین، از نانو پلیمر دندروزومی این ترکیب استفاده شد. در این مطالعه اثرات محافظتی نانو کورکومین در مقابل استرس القا شده توسط هیدروکینون در سلول های بنیادی مزانشیمی ارزیابی شد. به این منظور یک گروه از سلول های مزانشیمی به مدت 24 ساعت تنها با هیدروکینون تیمار شدند و گروه دیگر به مدت 12 ساعت با نانو کورکومین پیش تیمار شدند و سپس به مدت 24 ساعت در معرض هیدروکینون قرار گرفتند. سپس میزان گونه های فعال اکسیژن (ros) توسط پروب فلورسنت dcfh-da و نیز میزان پراکسیداسیون لیپیدی توسط tbars، در دو گروه اندازه گیری و مقایسه شد. از سوی دیگر بیان ژن های آنتی اکسیدان کاتالاز (cat)، سوپراکسید دسموتاز 1 (sod1) و هم اکسیژناز 1 (ho1) توسط تکنیک real time rt-pcr ارزیابی گردید. نتایج نشان داد پیش تیمار سلول ها با نانو کورکومین باعث کاهش میزان ros سلول و نیز پراکسیداسیون لیپیدی می شود و همچنین بیان ژن های آنتی اکسیدان cat و ho1 افزایش می یابد و لذا نانوکورکومین سلول ها را از اثرات مخرب هیدروکینون محافظت می کند

استفاده از سلول های شبه الیگودندروسیت و سلول های استرومایی مغز استخوان بیان کننده ژن ‍cntf در درمان مرکب ضایعه نخاعی contusive درموش صحرایی آزمایشگاهی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1391
  حجت اله عباس زاده   تقی طریحی

هدف: سلول درمانی و ژن درمانی از روش های جدید درمانی هستند که می توانند در بهبود ضایعات نخاعی موثر باشند. هدف از انجام این پژوهش استفاده از سلول های شبه الیگودندروسایت و سلول های استرومایی مغز استخوان بیان کننده cntf در درمان نخاع ضایعه دیده با روش contusive در موش صحرایی آزمایشگاهی می باشد. مواد و روش ها: سلول های bmscs از استخوان موش های صحرایی استخراج شد. پس از سه مرحله پاساژ این سلول ها، ابتدا به نوروسفر و سپس به سلول های بنیادی عصبی تمایز داده شد و در مرحله القا با استفاده از bfgf، pdgf، hrg(heregulin) و triiodothyronine (t3) به سلول های شبه الیگودندروسیت متمایز شد. سپس وکتور ترشحی با استفاده از ترانسفکت وارد سلول های bmscs شد و پس از پایدار شدن سلول ها، بیان ژن آن در سطح rna بوسیله rt-pcr و بیان پروتئینی با استفاده از وسترن بلاتینگ و الیزا مورد ارزیابی قرار گرفت و سلول های ترانسفکت شده به همراه سلول های شبه الیگودندروسیت جهت تزریق آماده شدند. در مرحله in vivo تعداد 74 سر موش صحرایی ماده بالغ به 8 گروه تقسیم شد. گروه اول یا sham فقط تحت عمل جراحی لامینکتومی قرار گرفت، در حالی که در بقیه گروه ها پس از لامینکتومی، contusion ایجاد شد. در گروه شاهد 1 (c1) پس از contusion هیچ درمانی صورت نگرفت. در بقیه گروه ها، 7 روز پس از ضایعه تزریق صورت گرفت، به این ترتیب که در شاهد 2 (c2) µl9 نرمال سالین، در گروه (e1) سلول های bmscs تمایز نیافته، در گروه (e2) سلول های nsc، در گروه (e3) سلول های شبه الیگودندروسیت، در گروه (e4) سلول های bmscs ترانسفکت شده و در گروه (e5) سلول های bmscs ترانسفکت همراه با سلول های شبه الیگودندروسیت، در تمام گروه ها تزریق به شکل داخل نخاعی انجام شد. در همه ی گروه ها یک روز قبل از sci تا 12 هفته بعد بهبودی حرکتی حیوان به وسیله تست bbb مورد بررسی قرار گرفت. در پایان هفته 12 سگمان های نخاعی t12-l1با استفاده از روش های هیستومورفولوژی و ایمونوهیستوشیمی در محل ضایعه بررسی گردید. یافته ها: مطالعات نشان داد که درصد قابل توجهی از سلول های کشت داده شده پس از پاساژ چهارم سلول های bmscs می باشند. بررسی مارکرهای دیگر به خصوص o4, o1, oligo2 نشان داد که در مرحله القا ترکیب hrg، pdgf، bfgf و t3 (25ng/ml) می تواند نقش موثری در تمایز سلول های بنیادی عصبی به سلول های شبه الیگودندروسیت داشته باشد. سلول های ترانسفکت شده دارای بیان پروتئین بالاتری نسبت به سلول های ترانسفکت نشده بودند. گروه های تجربی سلول درمانی بهبودی حرکتی معنی داری را نسبت به گروه های کنترل داشت. این بهبودی در هفته های دوم تا چهارم مشخص تر بود اما در فاصله هفته های چهارم تا دوازدهم میزان بهبودی کندتر گردید. یافته های هیستومورفومتری نشان دهنده ی کاهش معنی دار حفره در ناحیه مرکزی پیوند در گروه های تجربی نسبت به گروه های شاهد بود. نتیجه گیری: پیوند همزمان سلول های شبه الیگودندروسایت و سلول های استرومایی مغز استخوان بیان کننده ژن cntf اثر سینرژیست داشته و باعث بهبود نسبی حرکتی در موش صحرایی دارای ضایعه نخاعی با روش contusive می شود.

درمان مرکب ضایعات نخاعی از نوع کانتیوژن به وسیله سلول های استرومایی مغز استخوان ترانسفکت شده با ژن نوروتروفین 3 و سلول های عصبی شبه گابارژیک
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1391
  شهرام دارابی   تقی طریحی

مقدمه: سلول های استرومایی مغز استخوان منبع مناسبی برای ژن درمانی و سلول درمانی است. دراین مطالعه سلول های استرومایی مغز استخوان به نوروسفر و سپس سلول های عصبی شبه گابارژیکی تبدیل شدند. همچنین سلول های استرومایی مغز استخوان به وسیله ژن nt3 ترانسفکت شدند. سلول های استرومایی مغز استخوان ترانسفکت شده با ژن nt3 و سلول های شبه گابارژیک در نخاع موش صحرائی مدل آسیب نخاعی، به عنوان استراتژی جدید درمان ضایعات نخاعی پیوند شدند. مواد و روش ها: سلول های استرومایی مغز استخوان از موش صحرائی جداشده و در محیط کشت dmem/f12 حاویb27،egf وbfgf قرار گرفت تا نوروسفر ایجاد شود. سپس سلول های بنیادین عصبی حاصل از نوروسفر جهت ایجاد سلول های عصبی شبه گابارژیک به وسیلهretinoic acid ،creatine وcntf تحت القا قرار گرفتند. سلول های استرومایی مغز استخوان، سلول های بنیادین عصبی و سلول های شبه گابارژیک به وسیله مارکرهای اختصاصی ارزیابی شدند. از سوی دیگر سلول های استرومایی مغز استخوان به وسیله ژن nt-3 ترانسفکت شدند. سپس سلول های استرومایی مغز استخوان ترانسفکت شده با ژن nt-3 و سلول های شبه گابارژیک به درون نخاع موش صحرائی آسیب دیده پیوند شدند. در تمام گروه ها تست رفتاری bbbو emgقبل و بعد از آسیب نخاعی تا هفته دوازدهم صورت گرفت و در پایان نخاع جهت مطالعات بافتی مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: در بررسی به وسیله rt-pcr ژنهایneuro d1 ،gad1 ،gad2 ،vgat و sox2 در سلول های شبه گابارژیک بیان شدند در حالیکه در سلول های استرومایی مغز استخوان فقط oct4 و fibronectin بیان گردید. در طی روند القا افزایش بیان گابا مشاهده گردید. ترانسفکشن سلول های استرومایی مغز استخوان با ژن nt-3، نشان دهنده افزایش 2 برابری در بیانnt3 در سلول های ترانسفکت شده بود. پس ازپیوند سلول های استرومایی مغز استخوان ترانسفکت شده با ژن nt3 به همراه سلول های شبه گابارژیک در موش های صحرائی ضایعه دیده، اندازه کیست در نخاع کوچک تر و عملکرد حرکتی و تست bbb، بهبودی بیشتری در گروه های درمانی مرکب نسبت به گروه های درمانی دیگر نشان داد. نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که درمان مرکب نخاع آسیب دیده با سلول های شبه گابارژیک به همراه سلول های استرومایی مغزاستخوان ترانسفکت شده با ژن nt3 نتایج بهتری نسبت به سایر گروه های درمانی داشتند. بنابراین استفاده از این سلول ها می تواند استراتژی امیدوارکننده ای برای درمان آسیب نخاعی باشد.

مطالعه مقایسه?ای اثر کاروتنـوئیدهای اصلی زعفران،کروسین وکروستین، بر تکثیر سلولی و آپوپتوز (نسبت بیان bax/bcl-2) در رده سلولی آدنوماکارسینومای انسانی ags
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1391
  ریحانه هوشیار   مجید صادقی زاده

مقدمه: زعفران،کلاله خشک شده قرمز رنگ گیاه کروکوس ساتیووس است که مهم ترین کاربرد آن در طب مدرن به عنوان عامل ضدسرطانی بوده است. سرطان معده دومین علت مرگ و میر ناشی از سرطان در سراسر جهان می?باشد. علیرغم استفاده از جراحی، اشعه درمانی و شیمی?درمانی، میزان بقاء پنج ساله در بیماران در حدود 20 درصد می?باشد. مکانیسم مولکولی زعفران و تشکیل دهنده های اصلی آن که سبب سمیت سلولی در سلول های تومور می شوند، به اندازه کافی مطالعه نشده است. بنابراین در این تحقیق تاثیر دو کاروتنوئید زعفران به تنهائی و به شکل مخلوط، بر القاء آپوپتوز و چرخه تقسیم سلولی سلول های آدنوکارسینومای معده ags و نرمال hfsf-pi3 به طور مقایسه ای مطالعه شد. مواد و روش?ها: در ابتدا ســـلول ها با مقادیر مختــلف از کروسین، کروستین و مخـــلوط کاروتنوئیدهای زعفران (hb-89) برای زمان های مختلف انکوبه شدند. میزان بقاء سلولی به کمک روشmtt اندازه گـــیری شد. تاثیر ترکیبات مذکور بر چرخه سلولی سلول ها با روش فلوسیتومتری بررسی شد. همچنین برای تعیین تعداد ســـلول های آپوپتــــوتیک از رنگ آمیزی انکسین و سنجش فعالیت آنزیم های کاسپازی استفاده گردید. بیان bcl-2 و bax در سطوح rna و پروتئین توسط rt- rcr و وسترن بلات بررسی شدند. نتایج و بحث: نتایج مطالعه ما نشان داد که ترکیبات فوق تکثیر سلول های سرطانی ags را مهار کرده در حالی که بر تکثیر سلول های نرمال hfsf-pi3 تاثیری نداشتند. مطالعات فلوسیتومتری در کنار بررسی فعالیت آنزیم های کاسپاز نشان دادند که درصد سلول های آپوپتوزی تفاوت قابل توجه ای را در سلول های ags قبل و بعد از تیمار داشتند. بیان bcl-2 و bax در رده سلولی سرطانی تیمار شده به ترتیب کاهش و افزایش نشان داد. در نتیجه نسبت bax/bcl2 در سلول های ags در مقایسه با سلول های hfsf-pi3 افزایش معنی داری (p<0.5) نشان داد. مخلوط hb-89 در مقایسه با کروسین و کروستین، به طور موثرتری رشد و تکثیر سلول های سرطان معده ags را مهار کرده و همچنین آپوپتوز را القاء کرده است.

راه اندازی روش pcr poly (a) -tailed universal reverse transcription برای تکثیر غیر وابسته به توالی روتا ویروس گاوی بازآرایی شده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده پزشکی 1391
  الهام احمدی   حوریه سلیمان جاهی

چکیده گروه a روتاویروس بیشترین عامل مهم گاستروانتریت ویروسی انسان در جهان است، بنابراین تشخیص و درمان این بیماری از اهمیت ویژه ای برخوردار است. تصور بر این است که تغییرات آنتی ژنیک شیفت، دریفت و بازآرایی ژنومی درون یک قطعه، مکانیسم های تکاملی روتاویروس باشند. تکثیر متوالی ویروس با moi بالا در کشت سلول و همچنین عفونت های مزمن در گروه-های هدف با نقص ایمنی، در تکامل آن نقش دارد. از آنجا که مطالعات قطعات بازآرایی شده برای تشخیص توالی های ضروری برای تکثیر و بسته بندی مفید است، هدف از انجام مطالعه ی حاضر بررسی توانایی روشpoly(a)-tailed universal reverse transcription pcr در تشخیص قطعات استاندارد و بازآرایی شده است. با این هدف، راندمان تکثیر با این روش، برای تکثیر سویه ی rf از روتاویروس گاوی بررسی شد. ما توانایی روش poly(a)-rt-pcr پس از page و رنگ آمیزی نیترات نقره را برای ردیابی ویژه دو قطعه ی بازآرایی شده ارزیابی نمودیم. برای استفاده از این روش روتاویروس روی رده ی سلولی ma-104 متراکم تک لایه ای با moi یک، کشت داده شد و هر پاساژ برای بررسی بیشتر پروفایل های ژنومی توسط ژل پلی آکریل آمید 10 درصد به مقادیرمورد استفاده تقسیم و فریز شد. ژنوم rna دو رشته ای استخراج و توسط پلی آدنیلاسیون دم پلی آ در انتهای 3^ ژنوم هدف تک رشته ای افزوده شد و سپسrna برچسب دار برای تکثیر و ردیابی قطعات استاندارد و بازآرایی شده روتاویروس سویه یrf استاندارد و بازآرایی شده با استفاده از rt-pcr استفاده شد. cdna توسط آغازگر طراحی شده از zebra fish و بدون استفاده از آغازگرهای از قبل طراحی شده تولید شد. به منظور تایید امکان این رهیافت، rt-pcr با آغازگرهای اختصاصی و ژنوم اصلاح نشده نیزانجام شد. نتایج، بازآرایی ژن از طریق پاساژهای سریالی روتاویروس را نشان داد، که طی آن ژن های nsp1وnsp3 با الگوی مهاجرت متفاوت در الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید و در زمینه ای ازهمتاهای استاندارد مشاهده شدند. بر خلاف قطعات استاندارد تکثیر ضعیف قطعات بازآرایی شده بیش از همتایان استاندارد خود نشان داده شد، که شاید به دلیل توالی کوتاه در قطعات استاندارد باشد. نتایج تاکید می کند که rt-pcr نسبت به انواع بازآرایی شده تمایل به تکثیر الگوهای کوتاه دارد و نمی تواند برای ردیابی توالی های بازآرایی شده در زمینه ای ازتوالی های همولوگ استاندارد استفاده شود، بنابراین poly(a)-rt-pcr توسعه یافت. در این مطالعه یک دستورالعمل جدید برای تولید cdna با طول کامل از rna های غیر آدنیله (بدون دم پلی آ) برای روتاویروس معرفی شده است. مشکلات بالقوه در طی مطالعه نشان می دهد که احتمالا متابولیت هایی در طی تکثیر روتا ویروس تولید می شود که به پلی آدنیلاسیون مقاومت نشان می دهد، که اثبات آن نیاز به مطالعه بیشتر دارد. کلمات کلیدی: تکثیر، گاستروانتریت، poly(a)rt-pcr، بازآرایی، روتاویروس.

تاثیر ماده شبه استروژنی نونیل فنل بر بیان mrna ژن های ویتلوژنین و زونا پلوسیدا 3.1 و به عنوان نشانگر زیستی در تاس ماهی جوان ایرانی (acipenser persicus)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم دریایی 1391
  شیرین جمشیدی   محمد رضا کلباسی

از آنجا که افزایش مواد آلاینده شبه استروژنی در اکوسیستم های آبی می تواند تاثیرات متفاوتی در ماهی، دیگر موجودات آبزی و بطور غیرمستقیم روی زندگی انسان داشته باشد؛ هدف از انجام این تحقیق با توجه به حضوراینگونه مواد در دریای خزر، بررسی تاثیر غلظتهای متفاوت ماده شبه استروژنی 4-نونیل فنل بر میزان تغییرات پروتئین ویتلوژنین و بیان ژن های ویتلوژنین و زونا پلوسیدا 3.1 در تاسماهی ایرانی نابالغ، بوده است. در این خصوص 3 غلظت متفاوت 4-نونیل فنل (1، 10 و100 میلی گرم بر کیلوگرم وزن ماهی) بصورت داخل صفاقی به 36 قطعه تاسماهی جوان ایرانی (با میانگین وزن 300 گرم) تزریق و به عنوان گروه شاهد از 17 بتا استرادیول (5 میلی گرم بر کیلو گرم وزن ماهی) استفاده شد. تزریقات مذکور در روزهای یکم، هفتم و چهاردهم تکرار شد و 72 ساعت پس از آخرین تزریق، نمونه های لازم از خون و کبد تهیه گردید. پس از استخراج rna کبد و سنتز cdna از آن، تغییرات بیان ژنهای ویتلوژنین و زونا پلوسیدا3.1 در مقایسه با ژنهای بتا اکتین و18s rrna به عنوان ژنهای کنترل داخلی مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین برای بررسی تغییرات پروتئین ویتلوژنین در پلاسمای خون، پلاسمای ماهیان تیمار شده پس از تولید آنتی بادی پلی کلونال از لیپوویتلین تخمک ماهیان بالغ به روش elisa، ارزیابی شد و به منظور شناسایی ساختار مولکولی ژن ویتلوژنین، کلونینگ و توالی یابی ژن مذکور نیز انجام پذیرفت. نتایج تحقیق موید آن است که بیان ژنهایvtg و zp3.1 در تبعیت از میزان غلظت نونیل فنل به صورت معنی داری در ماهیان تحت تیمار در مقایسه با گروه شاهد افزایش یافته است که میزان این افزایش حد واسط گروه کنترل منفی و گروه کنترل مثبت بوده است. همچنین نتایج بررسی مقادیر پروتئین vtg پلاسما خون نشان داد که نونیل فنل علاوه بر تحت تاثیرقرار دادن بیان mrna در بافت کبد توانسته است که تولید پروتئین vtg را در سرم خون ماهیان نابالغ نیز افزایش دهد. با جدا سازی قطعه 659 بازی از vtg نشان داده شدکه 220 اسید آمینه آن تشابه بالایی را با دیگر تاسماهیان دارا می باشد و توالی بدست آمده از ژن مذکور در بانک ژنی ncbi مورد ثبت قرار گرفت. از دیگر نتایج شایان توجه این تحقیق آن بود که ژن کنترل داخلی بتا اکتین در این ماهی بر خلاف انتظار تحت تاثیر نونیل فنل قرار گرفته و میزان آن بصورت معنی داری کاهش پیدا نمود؛ بعلاوه تغییرات میزان بیان ژن vtg در ماهیان نر مورد مطالعه افزایش معنی داری را در مقایسه با ماهیان ماده نشان داد. در جمعبندی نهایی می توان اظهار نمود که مواجهه تاسماهی ایرانی با ماده نونیل فنل منجر به تغییر نابهنگام پروفایل ژنی و پروتئینی در این ماهی گردیده که ممکن است در آینده در فرآیند بلوغ نهایی، تکامل اندام جنسی، بروز رفتارهای تولید مثلی و مهاجرت به رودخانه تاثیرات منفی داشته باشد. لذا با توجه به گزارش ورود این ماده در آبهای دریای خزر لازم است تا تدابیر لازم جهت حفاظت ماهیان در برابر اینگونه مواد بعمل آید.

استفاده از روش تله گذاری (tfd)برای فاکتور رونویسی و رتروژن nanog در سلول های بنیادی امبریونیک کارسینومای p19 به منظور کاهش یا مهار بیان ژنهای پایین دست آن.
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1391
  سیدمحمدعلی حسینی راد   طراوت بامداد

ژن درمانی تکنیکی است که برای تصحیح ژنهای مسئول در بروز بیماری مورد استفاده قرار می گیرد. یکی از استراتژی هایی که در ژن درمانی استفاده می شود، تنظیم بیان ژن ها در سطح پس از رونویسی (rnai) و یا پیش از رونویسی (tfd) می باشد. tfdها اولیگونوکلئوتیدهای اگزوژن از جنس dna (و در برخی موارد rna هستند) که دارای توالی اتصال توافق شده یک فاکتور رونویسی خاص می باشند و می توانند برای اتصال به فاکتور رونویسی موردنظر با عناصر cis اندوژن موجود در ژن رقابت کنند و بنابراین باعث مهار یا کاهش بیان ژن در یک رفتار کاملاً اختصاصی به صورت پیش از رونویسی می شوند. سلول های بنیادی سرطان (cscs) جمعیت کوچکی از سلول های توموری هستد که بیولوژی شبیه سلولهای بنیادی و شباهت های ژنتیکی دارند. این سلولها دارای مارکرهای منحصر بفرد، توانایی خودنوزآیی، بیان ژنهای سلولهای بنیادی و خواص بیولوژیکی میباشند که باعث تسهیل در پیشرفت، مقاومت به درمان و تشکیل تومور می-شوند. سلول p19 یک لاین سلولی پرتوان کارسینومای جنینی است که به علت سرطانی بودن، خاصیت پرتوانی و خودنوزآیی می تواند به عنوان مدلی برای مطالعه ی cscs قرار بگیرد. هسته ی تنظیمی رونویسی در سلول های بنیادی شامل سه فاکتور رونویسی nanog، oct-4 و sox2 می باشد که به صورت تعاونی و همزمان بیان ژن های دخیل در حفظ حالت بنیادی بودن را کنترل می کنند. در این پژوهش دو decoy برای فاکتور رونویسی nanog مورد استفاده قرار گرفت، na-enh و na-cr2. نتایج نشان دهنده ی این بوده است که استفاده از decoy برای فاکتور رونویسی nanog باعث کاهش بیان ژن های پایین دست آن می شود (nanog, oct-4, sox2, esrrb, dppa4, fgf-4) و از آنجایی که بیان این فاکتور در سلول های سرطانی مرتبط با افزایش مقاومت به شیمی درمانی است، می تواند به عنوان هدف درمانی مناسبی در ژن درمانی سرطان باشد.

تنوع ژن های mhc در جمعیت های پرورشی و وحشی ماهی آزاد دریای خزر (salmo trutta caspius)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده منابع طبیعی و علوم دریایی 1391
  کاوه خسرویانی   مجید صادقی زاده

ماهی آزاد دریای خزر (salmo trutta caspius) یکی از گونه های بومی دریای خزر می باشد که از نظر زیست محیطی بسیار مورد توجه بوده و حفاظت و بازسازی ذخایر مبتنی بر حفظ تنوع ژنتیکی آن اهمیت بالایی دارد. خصوصیات ویژه این گونه چون بازارپسندی و کیفیت بالای گوشت تمایل به تکثیر و پرورش این گونه در بخش آبزی پروری کشور ایران را افزایش داده و لاروهای بدست آمده از نسل f1 این ماهی در استان هایی چون مازندران، تهران، زنجان و گیلان در حال پرورش می باشند. در این تحقیق قرابت ژنتیکی مولدین پرورشی شده نسل پایه و نسل f1 بدست آمده از آنها، با ذخیره وحشی ماهی آزاد دریای خزر از منظر ژنوم عملکردی mhc مورد آزمون قرار گرفت. به این منظور واریانس ژنتیکی دومین اگزون ژن های mhc کلاس ii? (daa) و ii? (dab) با استفاده از روش sscp و توالی یابی، در جمعیت های پرورشی لفور، نسل f1 لفور، تنکابن، نسل f1 تنکابن و جمعیت وحشی (به نام قراردادی کلاردشت)؛ هر جمعیت حداقل 30 نمونه، مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج تحقیق نشان می دهد ژنوم mhc در ماهی آزاد دریای خزر دارای چندشکلی بالایی بوده و جایگاه های daa و dab به ترتیب واجد 15 و 12 الل می باشند، که جمعیت وحشی کلاردشت دارای بیشترین و جمعیت پرورشی تنکابن و نسل f1 آن کمترین غنای اللی را دارند. به طور کلی در جمعیت های پرورشی و وحشی ماهی آزاد دریای خزر الل های daa*03، daa*10 و dab*11 این ژنوم بیشترین فراوانی را داشته و از جمعیت وحشی به نسل f1 حاصل از مولدین پرورشی، از غنای اللی کاسته شده و از 27 الل شناسایی شده، در جمعیت پرورشی لفور کاهش ذخیره ژنی، از 6 الل به 9 الل در نسل f1 رسیده و در جمعیت پرورشی تنکابن از 11 الل به 13 الل رسیده است. هتروزیگوتی مشاهده شده (ho) جمعیت های پرورشی لفور، نسل f1 لفور، تنکابن، نسل f1 تنکابن و وحشی کلاردشت به ترتیب برابر 60/0، 66/0، 70/0، 63/0 و 73/0 بوده و هتروزیگوتی مورد انتظار اصلاح شده (uhe) این جمعیت ها به ترتیب برابر 79/0، 82/0، 81/0، 78/0 و 82/0 می باشد. شاخص فاصله ژنتیکی درونی (f) این جمعیت ها به ترتیب برابر 23/0، 17/0، 12/0، 17/0 و 10/0 می باشد. شاخص فاصله بین جمعیتی (fst) ذخیره وحشی کلاردشت نسبت به جمعیت های پرورشی لفور، نسل f1 لفور، تنکابن و نسل f1 تنکابن به ترتیب برابر 007/0، 011/0، 009/0 و 016/0 و بین جمعیت های پرورشی لفور و تنکابن نسبت به نسل f1 آنها برابر 096/0 و 037/0 می باشد. توالی نوکلئوتیدی الل های جایگاه daa و dab به ترتیب دارای تنوع نوکلئوتیدی 062/0 و 012/0 ، فاصله غیرهمسان بین اللی (dn) 075/0 و 013/0 و dn/ds برابر 9/1 و 3/1 می باشند. با توجه به افزایش فاصله ژنتیکی جمعیت های پرورشی از ذخیره وحشی ماهی آزاد دریای خزر، از بچه ماهیان تکثیر شده در مزارع پرورشی برای بازسازی ذخایر این گونه نباید استفاده شود و برای جلوگیری از افزایش درون آمیزی و کم شدن غنای ژن های عملکردی مهم مانند ژنوم mhc در جمعیت های پرورشی، می-توان از شناسنامه ژنتیکی در این جمعیت ها استفاده و تکثیر این مولدین طی لقاح مخلوط اسپرم و تخمک بهینه شود.

بررسی پروفایل بیان mirnaها در حضور و عدم حضور مورفین در رده ی سلولی be (2)-c
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1392
  روح الله نخعی سیستانی   مجید صادقی زاده

اعتیاد یک فنوتیپ چند ژنی و چند عاملی است که در نتیجه ی اختلالات مولکولی که در مدار پاداش مغزی از جمله آمیگدال، پره فرونتال کورتکس و ... بوجود می آید اتفاق می افتد. در پاسخ به مورفین نقش عوامل رونویسی نظیر creb و fosb، گیرنده هایی نظیر انواع گیرنده های اپیوئیدی، ژن های دخیل در انتقال گیرنده ها و مسیرهای پیام رسانی نظیر پروتئین g نشان داده شده است. یکی از تنظیم کنندگان کلیدی بیان ژن ها mirnaها هستند که می توانند باعث تنظیم کاهشی mrnaی هدف خود گردند. در مطالعه ی حاضر به منظور شناخت بهتر پاسخ سلول ای نسبت به مورفین از رخ نمایه نگاری mirnaها استفاده گردید. در مطالعه ی حاضر رده ی سلول ای be (2)-c که منشأ نوروبلاستومایی دارد انتخاب و توسط مورفین تیمار داده شد. سپس از هر نمونه rna استخراج شد و رخ نمای mirnaها با استفاده از کیت qpcr array شرکت exiqon تعیین گردید. نتایج مطالعه ی حاکی از این بود که 43 mirna دچار تغییر بیان می شوند که از این تعداد 10 mirna افزایش بیان و 33 mirnaی دیگر کاهش بیان نشان می دهند. شاخص ترین آنها عبارتند از: has-mir-29a*، has-mir-646، has-mir-639، has-mir-1539، has-mir-412 و has-mir-937. بررسی مسیرهای مولکولی که توسط این mirnaها تنظیم می شوند مسیرهایی نظیر mapk، long term potentiation و ... را مشخص می کند که پیش از این نیز ارتباط آنها با اعتیاد نشان داده شده است. ژن های هدف بر اساس دو ویژگی متعاون بودن mirnaها و بیان در نورون ها ، انتخاب شدند و بیان رونوشت آنها توسط pcr کمی تعیین گردید. تمامی 20 ژنی که به عنوان هدف mirnaهای پاسخگو به مورفین انتخاب شدند تغییر بیان متناسبی را نشان دادند. با توجه به تعداد بسیار بیشتر mirnaهای کاهش بیان یافته به نظر می رسد که در پاسخ به تیمار مزمن مورفین سلول ی مورد بررسی غالب ژن های پاسخگو القا می شوند. از میان ژن های هدف مورد بررسی تا کنون ارتباط پنج ژن jazf1، c1orf21، dnajc13، gas7 و hic2 با هیچ نوعی از اعتیاد نشان داده نشده است و برای اولین بار در مطالعه ی حاضر معرفی می شوند. تعدادی از این ژن-ها در برخی جنبه های اندوسیتوز دخالت دارند. لذا به نظر می رسد که مسیر اندوسیتوز یکی از عمده مسیرهایی است که در اثر تیمار مورفین دچار اختلال می شود و همین امر شاید توجیه کننده ی عدم توانایی مورفین در مقایسه با آگونیست های آن در حساسیت زدایی گیرنده های اپیوئیدی باشد. به طور کلی می توان گفت که در این مطالعه مجموعه ی mirnaهایی که در پاسخ سلول ای نسبت مورفین دخالت دارند مشخص گردید که می توان نقش آنها را در اعتیاد به صورت in vivo بررسی نمود. به علاوه می توان از این mirnaها، پس از تأیید in vivo، به عنوان نشانگر جهت اهداف تشخیصی استفاده نمود. از سوی دیگر مسیر اندوسیتوز که در این مطالعه به عنوان یکی از مسیرهای کلیدی در پاسخ سلول ای به مورفین معرفی گردیده است به صورت بالقوه می تواند رمزگشای تفاوت پاسخ ناشی از مورفین نسبت به آگونیست های آن باشد و درک تغییرات ناشی از مورفین در این مسیر به درمان اعتیاد کمک نماید.

بررسی تاثیر نانو کورکومین دندروزومی بر چرخه سلولی و ویژگی پرتوانی رده های توموری و سلول های بنیادی بالغ از طریق مطالعه تغییرات کمی بیان ژن های oct4، sox2، nanog، mir-302 وmir-145
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1392
  مریم طهماسبی بیرگانی   مجید صادقی زاده

کورکومین ترکیبی ضد سرطان با حلالیت آبی و دسترسی زیستی پائین می باشد. در این پروژه کورکومین در نانو میسل های پلیمری فاقد سمیت سلولی تحت عنوان دندروزوم پوشش دهی شد. داده های میکروسکوپ الکترونی گذاره، آنالیز dls و hplc نانوکورکومین دندروزومی را ساختارهای کروی با قطر 142 نانومتر با پایداری فیزیکی و شمیائی قابل قبول معرفی کرد. همچنین نتایج آنالیز hplc بازدهی ورود کورکومین به این حاملین را بالا و در حدود 87% برآورد کرد. نقش انکوژنی مارکرهای پرتوانی سلول های بنیادی نظیر oct4، sox-2 و nanog در طیف وسیعی از سرطان ها گزارش شده است لذا هدف قرار دادن این ژن ها می تواند راهکاری نوین در جهت مهار رشد سلول های سرطانی باشد. در تحقیق حاضر پتانسیل نانوکورکومین دندروزومی بر مسیرهای پرتوانی دو رده سلولی توموری گلیوبلاستوما و مثانه مورد ارزیابی قرار گرفت. آزمون های mtt، فلوسیتومتری، انکسین و کاسپاز به منظور بررسی چگونگی ااقای مرگ و اپوپتوسیس در سلول ها و واکنش کمی real-time pcr نیز به منظور بررسی بیان ژن های پرتوانی oct4a، oct4b1، sox-2 و nanog در کنار mir-145 به عنوان تنظیم کننده فرادست این ژن ها پس از تیمار داروئی مورد استفاده قرار گرفت. نتایج حاصل نشان داد که نانوکورکومین دندروزومی به صورت وابسته به زمان و غلظت اپوپتوسیس را در هر دو رده سلولی توموری القا می کند. با این حال در سلول های غیرتوموری تاثیر سیتوتوکسیکی مشاهده نشد. نتایج حاصل از real-time pcr نیز حاکی از کاهش معنی دار بیان ژن های پرتوانی پس از تیمار با نانوکورکومین دندروزومی است. تنظیم کننده فرادست mir-145 اگرچه در رده سلولی توموری مثانه پیش و پس از تیمار داروئی فاقد بیان بود اما در رده سلولی توموری گلیوبلاستوما پس از تیمار داروئی به میزان قابل توجهی افزایش یافت که می تواند بیانگر این فرضیه باشد که در این رده توموری کاهش بیان ژن های پرتوانی طی مکانیسمی وابسته به mir-145 حادث می شود.

بررسی اثر داروی نانوکورکومین دندروزومی بر روی میزان مهاجرت و بیان ژن های هدف اصلی مسیر پیام رسانی wnt در رده سلولی سرطانی sw480
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1392
  محمد جواد دهقان   مجید صادقی زاده

سرطان کولون یکی از اصلی ترین عوامل مرگ ناشی از سرطان، در جهان است. فعالیت بیشتر از حد مسیر پیام رسانی سلولیwnt یکی از عوامل ضروری در شروع و پیشرفت سرطان کولون است؛ ازاین رو، مهار مسیر پیام رسانیwnt ممکن است نقش درمانی مهمی در درمان سرطان کولون ایفا کند؛ از طرفی ثابت شده است کورکومین (مشتقی از ریشه زردچوبه) باعث مهار این مسیر میشود؛ تاکنون مطالعات اندکی به بررسی اثر این دارو بر روی میزان بیان ژن های هدف این مسیر پرداخته اند. در این تحقیق ما از داروی کورکومین که با نانوحاملی از دندروزوم احاطه شده است ( به این وسیله حلالیت و جذب آن افزایش پیدا کرده است) در جهت بررسی قدرت این دارو در مهار متاستاز سلولی و همچنین جهت بررسی تاثیر آن بر روی بیان 4 ژن هدف تنظیمی مسیر پیام رسانی wnt با عنوان zeb-1، hef-1، cld-1 وmmp-2؛ که فعالیت اصلی آنها مشارکت در امر تهاجم و حرکت سلولی است، استفاده کردیم؛ از این رو از روش های مختلفی از جمله آزمونmtt ، چسبندگی سلولی، بسته شدن شکاف، chamber transwellو real time-pcr استفاده کردیم؛ در نهایت، در نتیجه ارزیابی با آزمون mtt، غلظت ic50 در زمان 24، 48 و 72 ساعت به ترتیب 15، 10.5 و 7.5 مایکرومولار بدست آمد؛ ارزیابی با آزمون های چسبندگی سلولی، بسته شدن شکاف و transwell chamber، کاهش معناداری در میزان چسبندگی و متاستاز سلول های سرطانی sw480 در تیمار با غلطت های 3 و 6 مایکرومولار را نشان داد. در پایان، بررسی میزان بیان ژن ها با کمکreal time-pcr، کاهش معناداری در بیان ژن های zeb-1، hef-1، cld-1 و mmp-2، در غلظت 15 مایکرومولار نانوکورکومین را نشان داد. در نتیجه، در طی این تحقیق ثابت شد که نانوکورکومین از طریق کاهش بیان ژن هایzeb-1، hef-1، cld-1 و mmp-2، باعث کاهش نرخ بقا، چسبندگی سلولی و متاستاز سلول های سرطانی sw480 سرطان کولون میشود.

مطالعه ی اثر نانوکورکومین پلیمری روی بیان long non-coding rna ژن meg3 ، mir-29a وmir-185 در رده های سلولی سرطانی انسان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1391
  مینا زمانی   مجید صادقی زاده

سرطان یکی از مهمترین عوامل مرگ و میر در جهان است؛ لذا توجه به پیشگیری و درمان آن از اهمیت زیادی برخوردار است. تغییرات ناهنجار اپی ژنتیک شامل متیلاسیون dna و تغییرات هیستونی نقش مهمی در سرطان زایی دارند. از آن جایی که این تغییرات نسبت به تغییرات ژنتیکی برگشت پذیرند، بالقوه درمان اپی ژنتیکی در برگرداندن برخی از این تغییرات ناهنجار کارا می باشد. آنالیز ترانسکریپتوم حاکی از رونویسی 90% ژنوم در یوکاریوت می باشد. این در حالی است که تنها 1-2% رونوشت ها کدکننده ی پروتئین هستند.meg3 یک rna غیر کد کننده (long non coding rna) سرکوب گر تومور می باشد که در اغلب بافت های نرمال بیان می شود و در بسیاری از سرطان ها بیان آن با هیپرمتیلاسیون پروموتر کاهش می یابد. درمان های اپی ژنتیکی حال حاضر شامل مواد هیپومتیله کننده dna و مهارکننده ی هیستون داستیلازها هستند. ترکیبات غذایی زیست فعال از جمله کورکومین توانایی ایجاد تغییرات در متیلاسیون dna را دارند. متیلاسیون dna توسط dnmt1, 3a, 3b کاتالیز می-شود و نقش قابل توجه تغییرات اپی ژنتیک در سرطان زایی نشان می دهد تنظیم کننده های اپی ژنتیک اهداف درمانی مهمی برای سرطان هستند. در این مطالعه با هدف بررسی اثرات اپی ژنتیکی نانوکورکومین روی فاکتورهای کلیدی در سرطان ، ارتباط بیانی meg3 با mirnaهای تنظیم کننده ی dnmtها شاملmir-29a با هدف گیری dnmt3a,3b و mir-185 با هدف گیری dnmt1 تحت اثر تیمار با نانوکورکومین مورد مطالعه قرار گرفت. غلظت مناسب برای تیمار رده های سلولی مورد نظر با استفاده از تست mtt تعیین شد، سپس بررسی بیان meg3 با q-pcr انجام شد که نشان دهنده ی افزایش بیان (0.05>p) آن تحت تیمار با نانوکورکومین بود. به دنبال بررسی های بیوانفورماتیک و تعیین جزایر cpg با استفاده از توالی یابی بیسولفیت و msp، مشخص شد نانوکورکومین توانایی ایجاد هیپومتیلاسیون در ناحیه ی پروموتری این ژن را دارد. در ادامه بررسی تغییرات بیان dnmtها و mirnaهای مورد نظر با q-pcr انجام شد که نتایج نشان دهنده ی افزایش بیان mirnaها (0.01>p) و کاهش بیان dnmtها (0.05>p) تحت اثر تیمار با نانوکورکومین بود. بنابراین می توان گفت نانوکورکومین توانایی القای هیپومتیلاسیون dna و متعاقبا احیای بیان ژن های سرکوب گر تومور کلیدی که حین سرطان زایی خاموش شده اند را دارا است.

تشخیص سرب موجود در خون افراد در معرض آلودگی هوا توسط حسگر زیستی pgl3-luc/pbr و بررسی افزایش بیان ژن زیرواحد a گیرنده های سروتونینی (5ht3a) سطح گلبول های سفید در مجاورت سرب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1392
  ندا صایب نیا   مجید صادقی زاده

حسگر زیستی باکتریایی به باکتری هایی اطلاق می شود که از لحاظ ژنتیکی به نحوی طراحی شده اند که قادرند در حضور یک عامل فیزیکی یا شیمیایی یک سیگنال قابل اندازه گیری تولید کنند. این حسگر ها از دو بخش پروموتر و ژن گزارشگر تشکیل شده اند. در این تحقیق دو حسگر زیستی pgl3-luc/pbr-biosensor و pgl3-luc/cad-biosensor به منظور تعیین سطح سرب پلاسما (pll) مورد استفاده قرار گرفته اند. سرب فلزی با اثرات زیا ن آور بسیار است، اما در مورد مسیرهای مولکولی ایجاد سمیت سرب اطلاعات کمی در دست است. در این تحقیق، سلول های تک هسته ای خون (pmnc) در معرض غلظت های 10، 45 و ug/dl100 کلرید سرب قرار گرفتند و پس از 18 ساعت میزان تغییر بیان ژن زیرواحد a گیرنده ی سروتونینی (5-ht3a) نسبت به نمونه ی کنترل بررسی گردید. همچنین میزان بیان این ژن در دو فرد با pllهای 27/18 و ug/dl 633/7 با فرد دارای pll ug/dl537/1 مقایسه گردید. براساس نتایج، بیان ژن 5-ht3a با افزایش غلظت سرب افزایش می یابد. منصوری و همکاران دریافتند سرب باعث کاهش سروتونین خارج سلولی می-گردد، بنابراین در اینجا این فرضیه مطرح می گردد که سرب با افزایش بیان ژن 5-ht3a سبب افزایش گیرنده های سروتونینی سطح سلول و در نتیجه کاهش میزان سروتونین خارج سلولی می گردد. از طرفی، گیرنده های سروتونینی در انتقال سدیم، پتاسیم و کلسیم نقش دارند، با توجه به این که سرب با یون های دو ظرفیتی رقابت می کند، در این انتقال با کلسیم رقابت کرده و سلول به عنوان پاسخی برای کاهش انتقال کلسیم، گیرنده های سروتونینی را از طریق افزایش بیان ژن آن ها افزایش می دهد. این اطلاعات می تواند باعث افزایش دانش ما در زمینه ی اثرات زیان آور سرب از جمله اثرات عصبی-رفتاری شامل کسالت، فراموشی، تحریک پذیری، افسردگی، خستگی، ناتوانی جنسی، کاهش غریزه ی جنسی و ضعف و بیماری های قلبی که از جمله آثار ناشی از کاهش سطح سروتونین در بدن نیز هستند و شناسایی روش های اثربخش به منظور درمان اختلالات مربوط به سرب گردد. کلمات کلیدی: سرب، حسگر زیستی، گیرنده سروتونینی، 5-ht3a، سروتونین، سلول تک هسته ای خون محیطی، pbmc

انتقال dna و rna به سلول های یوکاریوتی با واسطه نانوسامانه لیپوزومی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1392
  ریحانه رمضانی تمیجانی   مجید صادقی زاده

امروزه بخش عظیمی از تحقیقات پزشکی، زیست شناسی و شیمیایی به تولید یک ساختار غیر ویروسی کارآمد برای انتقال ژن اختصاص یافته است. در میان ساختارهای موجود، لیپوزوم های خنثی به دلیل داشتن ساختاری ساده و خودسامانده و در ضمن غیر سمی بودن آنها از ارزش بسزایی برخوردارند. با این وجود به دلیل کارایی پایین این ساختارها در محصورسازی dna، تا کنون در حیطه انتقال ژن توجه کمی به آنها شده است. در این رساله با استفاده از تکنیک آبگیری- آبدهی دو مرحله ای و دقت در آبدهی کنترل شده و تدریجی، برای اولین بار درصد بسیار بالایی از مولکول dna (98%) داخل یک غشاء دولایه لیپیدی خنثی، متشکل از dmpc و کلسترول محصورسازی شد. ساختار فسفولیپیدی حاصل از پایداری بسیار بالایی برخودار بود؛ به طوری که بعد از گذشت 6 ماه همچنان مولکول dna را داخل ساختار خود حفظ کرده و از آن در مقابل آنزیم-های تخریب کننده محافظت نمود. این وزیکول های دولایه فسفولیپیدی که اندازه ای بین 150-100 نانومتر داشتند؛ با استفاده از میکروسکوپ الکترونی مورد مطالعه قرار گرفتند. در تصاویر میکروسکوپی مشخص شد که این لیپوزوم ها همانند ویروس ها توانایی بالایی در ادغام غشائی از خود نشان می دهند. این سامانه لیپوزومی خنثی با انتقال dna و rna به سلول های یوکارتی cho تولید کننده پایدار gfp، توانست درصدی از ژن gfp را خاموش سازد. هر چند که کارایی انتقال پایین تر از لیپوزوم کاتیونی تجاری (لیپوفکتامین) بود ولی با توجه به مزایای منحصر به فرد این حامل ها می توان امید داشت که با بهینه سازی شرایط، در آینده ای نه چندان دور جایگاه ویژه ای در سیستم های انتقالی بیابند.

بررسی اثر مهاری نانوکورکومین پلیمری بر پروموتر ژن human telomerase reverse transcriptase (htert) از طریق القای مسیر tgf?1 در رده ی سلولی سرطانی کبد (huh7)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1391
  مولود شریعتی   مجید صادقی زاده

آنزیم تلومراز با حفظ و نگه داری انتهای کروموزوم ها نقش مهمی را در سرطان زایی و نامیرایی سلولی ایفا می کند. مطالعات نشان داده است که بیان زیر واحد پروتئینی تلومراز ، htert ، در بیش تر سرطان ها افزایش می یابد . بررسی ناحیه ی پروموتری htert نواحی اتصالی متعددی را برای فاکتور های فعال کننده و سرکوب کننده نشان می دهد . در این رابطه tgf?1 به عنوان یکی از مهم ترین مسیر های مهار کننده ی بیان ژن htert مطرح می شود. از طرف دیگر از میان ترکیبات مهار کننده ی تلومراز می توان به کورکومین اشاره کرد که جزو ساختاری اصلی پودر زردچوبه است و از ساقه ی زیرزمینی گیاه curcuma longa استخراج می شود و به طور انتخابی باعث القای مرگ سلول های سرطانی از طریق آپوپتوز می شود . از آن-جایی که حلالیت کورکومین در محیط های آبی کم می باشد استفاده از یک نانو حامل پلیمری بر این مشکل غلبه کرده و باعث بهبود خصوصیات ضد سرطانی آن در محیط های in vivo و in vitro می شود . از این رو با توجه به نقش 1?tgf به عنوان یکی از مهار کننده های اصلی ژن htert در رده ی سلولی سرطانی کبد ، huh7 ، اثر نانوکورکومین پلیمری در القای مسیر سیگنال دهی tgf?1 در این سلول ها مورد بررسی قرار گرفت . بنابراین آزمون mtt برای ارزیابی قابلیت بقای سلول های huh7 تیمار شده با نانوکورکومین در زمان های 24، 48 و 72 ساعت انجام شد . هم چنین بررسی تغییرات بیان ژن های مسیر tgf?1 ( tgf?1 ، smad3 و smad7 ) ، ژن e2f1 ( میانجی گر عملکرد مهاری tgf?1 ) و ژن htert از طریق rt-pcr در سلول های huh7 تیمار شده با غلظت µm 15 نانوکورکومین ، حاکی از القای مسیر tgf?1 ( p<0.001 ) و در نتیجه کاهش بیان ژن htert ( p<0.001 ) در طی 72 ساعت پس از تیمار با نانوکورکومین بود . از طرف دیگر نتایج ترنسفکشن سلول های huh7 با وکتور pgl4.14 حاوی ناحیه ی اثر مسیر tgf?1 در پروموتر ژن htert در شرایط تیمار با غلظت های 15 و 20 میکرومولار از نانوکورکومین ، نشان دهنده ی کاهش فعالیت لوسیفرازی این وکتور نسبت به حالت کنترل بود ( p<0.0001 ). نتایج این تحقیق نشانگر نقش نانوکورکومین پلیمری در کاهش بیان ژن تلومراز از طریق القای مسیر tgf?1 در سلول های huh7 می باشد ترکیبی موثر ، که این امر نشانگر قابلیت نانوکورکومین پلیمری به عنوان ترکیبی موثر در راستای درمان سرطان می باشد .

بررسی بیان ژنهای میتوکندریایی و تعدادی از ژنهای هستهای کمپلکس یک میتوکندری در افراد مبتلا به بیماری فردریش آتاکسیا
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1392
  محمد حسین صالحی   سید مسعود هوشمند

میتوکندری، نقشی حیاتی در متابولیسم سلولی و تولید انرژی دارد. که درون غشاء داخلی میتوکندری با کمک 5 مجموعه آنزیمی و طی روند فسفریلاسیون اکسیداتیو انجام می شود. این زنجیره تنفسی از زیرواحدهای پروتئینی تشکیل شده که برخی توسط dna میتوکندری و برخی هم توسط dna هسته رمز می شوند . کمپلکس i، پیچیده ترین و بزرگترین کمپلکس زنجیره تنفسی است که زیرواحدهای آن توسط dna میتوکندریایی و dna هسته رمز می گردد. نقص در این کمپلکس به تنهایی و یا با اشتراک با دیگر کمپلکسها فراوانترین نقص در زنجیره تنفسی گزارش شده است. فردریش آتاکسیا (frda) شایعترین آتاکسیای وراثتی است که دارای الگوی اتوزومال مغلوب است که محصول ژن frda بنام فراتاکسین در سلولهای غنی از میتوکندری بیان می شود. گسترش تکرارهای سه نوکلئوتیدی gaa در اینترون اول ژن frda بر روی کروموزوم شماره 9 سبب کاهش بیان mrna فراتاکسین و در نتیجه کاهش پروتئین فراتاکسین می شود. فقدان فراتاکسین باعث افزایش آهن میتوکندریایی می شود و به دنبال آن ایجاد رادیکالهای آزاد در میتوکندری افزایش می یابد و باعث صدمه به کمپلکس های زنجیره تنفسی خصوصا کمپلکس i می شود. نقص در کمپلکس i زنجیره تنفسی و استرس اکسیداتیوی میتوکندریایی در این بیماری گزارش شده است و اختلال در ژنهای هسته ای و میتوکندریایی کدکننده این کمپلکس، کاندیدی برای تاثیرگذاری بر این بیماری می باشند که استرس اکسیداتیو بنظر میرسد در بیماریزایی نقش دارد. ما در این مطالعه، نقص در زیرواحدهای میتوکندریایی و تعدادی از زیرواحدهای هسته‎ای کمپلکس i در بیماری فردریش آتاکسیا به تعداد 21 بیمار (12 مرد و 9 زن) را بررسی نمودیم و الگوی بیان ژنی بیماران را در قیاس با افراد کنترل به تعداد 24 کنترل آنالیز کردیم که در این پژوهش، از روش نسبی کمیت سنجی مبتنی بر استفاده از ژن reference و با استفاده از تکنیک real time pcr برای بررسی میزان بیان ژنهای هسته‎ای و میتوکندریایی در افراد مبتلا به بیماری فردریش آتاکسیا استفاده گردید. مطالعات ما در چهار ژن از این ژنهای مورد مطالعه کمبود بیان مشاهده شده را گزارش نمودیم که این ژنها عبارتند از: ژنهای nd2, nd4l و nd6 از ژنهای میتوکندریایی و ژن ndufa1 از ژنهای هسته ای که میزان کاهش بیان این ژنها از لحاظ آماری t تست و مقدار p<0.05 معنی دار است. آنالیز آماری بوسیله برنامه graphpad prism انجام گرفت. نتایج همچنین تغییرات بیانی در سایر ژنها را نیز نشان می‎دهد اما با توجه به مقدار p این تغییرات معنی دار نیستند. همچنین زیرواحدهای میتوکندریایی کمپلکس i نسبت به زیرواحدهای هسته ای این کمپلکس، الگوی بیانی متفاوتی را نشان داد. الگوی بیانی ژنهای میتوکندریایی و هسته ای اشاره به تاثیر تخریب میتوکندریایی و تخریب عصبی بیماری فردریش آتاکسیا دارد. در این آزمایش همچنین ارتباط این بیماری با بیومارکر fgf21 به همراه دو گروه یکی گروهی که مشکلات میتوکندریایی ندارند به عنوان کنترل منفی و یک گروهی که مشکلات میتوکندریایی دارند به عنوان کنترل مثبت بوسیله تست الایزا مورد ارزیابی قرار گرفت که نتایج تست مشخص کرد که میزان این بیومارکر در افراد فردریش بطور معنی داری (p<0.05) پایینتر از افراد کنترل مثبت و در حد نرمال بود. میزان آن نزدیک به افراد کنترل منفی می باشد و تغییراتی نسبت به افراد نرمال دیده نشده است. همچنین در میان افراد کنترل مثبت که مشکلات میتوکندریایی دارند هم میزان غلظت این بیومارکر در زنها به مقدار قابل ملاحظه ای بیشتر از مردان بدست آمد. در نهایت می توان گفت که بیومارکر fgf21 گزینه مناسبی برای بیماریهای میتوکندریایی می باشد اما بیومارکر مناسبی برای بیماری فردریش آتاکسیا نمی باشد.

بررسی تاثیر مهار پروتئین های شوک حرارتی در القاء آپوپتوز به واسطه نانوکورکومین پلیمری در رده ی سلولی سرطان معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1392
  علیرضا پناهی   مجید صادقی زاده

کورکومین یکی از ترکیبات زرد رنگ موجود در ریشه ی گیاه زردچوبه (curcuma longa) است که کاربردهای درمانی متعددی دارد. علی رغم این مطلب، متاسفانه زیست- دسترسی و حلالیت آن در محیط آبی محدود است و این امر یکی از محدودیت های استفاده از این دارو می باشد. یکی از روش های رفع این مشکل استفاده از نانوپلیمری بنام دندروزوم است. مطالعات مختلف حاکی از این است که ترکیب کورکومین- دندروزوم حلالیت بسیار بالایی دارد. بعلاوه این ترکیب در رده های سلولی سرطانی متعدد توانسته است که در غلظت های بسیار کمتری نسبت به کورکومین تنها، آپوپتوز ایجاد کند. کورکومین در سلول های سرطانی مختلف باعث تغییر الگوی بیان ژن های پروتئین های شوک حرارتی (hspها) می گردد. یکی از فرضیات در این مورد می تواند این باشد که تنش ناشی از کورکومین باعث بد تاخوردگی پروتئین ها می شود و سلول جهت مقاومت، بیان hsp های خود را افزایش می دهد. اما فرض دیگر می تواند این باشد که این تغییرات الگوی بیان hsp ها در راستای القای آپوپتوز ناشی از کورکومین انجام می گیرد. هدف مطالعه حاضر این هست که مشخص شود در رده ی سلولی سرطان معده (ags) در پاسخ به تیمار نانوکورکومین پلیمری، پروفایل بیان خانواده hspها چه تغییراتی متحمل می شود. سپس مشخص گردد که این تغییرات آیا در راستای القاء آپوپتوز است یا در جهت مقاومت سلولی. به این منظور در مطالعه حاضر ابتدا با استفاده از آزمون mtt، ic50 نانوکورمین پلیمری در زمان های24 ساعت،13 میکرومولار و 48 ساعت 12 میکرومولار تعیین شد. سپس رده سلول های سرطانی ags با غلظت 13 میکرومولار دارو در زمان 24 ساعت تیمار داده شد و تغییرات پروفایل بیان hsp ها را در مقایسه با رده سلولی کنترل)بدون تیمار( توسط روش real-time pcr بدست آمد و مشخص شد که در زمان 18 ساعت پس ازتیمار این تغییرات به حداکثر خود می رسد. به این طریق معلوم شد که hsp های hsp27، dnajb1، dnajc3، hsp90ab1 و hsp90b1 افزایش بیان معنی دار و hsp های hsp70a2 و dnajc15 کاهش بیان معنی داری نشان دادند. پس از مطالعه درباره ی نقش hsp های فوق مشخص شد که افزایش بیان hsp27 احتمالا نقش مقاومتی علیه القاء آپوپتوز دارد. جهت تایید این فرضیه، سلول با sirna های علیه hsp27 تیمار داده شدند تا بیان این hsp کاهش یابد. پس از تعیین زمان بندی جهت تیمار دارو و sirna به طور همزمان، رده ی سلولی ags با دارو و sirna تیمار داده شدند و میزان آپوپتوز با تست انکسین نسبت به کنترل که رده ی سلولی های ags فقط با دارو تیمار شده بود سنجیده شد و در نهایت مشخص گردید با کاستن از بیان hsp27 سلول ها نسبت به تیمار با نانوکورکومین پلیمری حساس تر می شوند و مرگ سلولی به میزان دو برابر افزایش می یابد (15/ 26 درصد و 61 / 52 درصد). بنابراین به نظر می رسد که رده سلول های سرطانی agsبیان hsp ها را جهت مقاومت در تیمار نانوکورکومین پلیمری افزایش می دهد. لذا پیشنهاد می گردد تا پس از انجام آزمون های تکمیلی، کاهش بیان hsp27 به عنوان استراتژی مکمل درمان سرطان معده به همراه نانوکورکومین پلیمری استفاده شود.

مقایسه ی بیان برخی از ژن های مرتبط با عملکرد کمپلکس prc2 در نمونه های آدنوکارسینومای معده و بافت نرمال مجاور آن و مطالعه ی اثر کاهش بیان suz12 در رده سلولی سرطان معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1392
  محمدرضا حجاری   مهرداد بهمنش

سرطان معده یکی از رایج ترین انواع سرطان در دنیاست و تقریبا هرساله حدود یک میلیون بیمار در سرتاسر دنیا تشخیص داده می شوند. بر این اساس بررسی مسیرهای محتمل مولکولی به منظور درک هرچه بیشتر مکانیسم های مولکولی درگیر در آن و در نهایت یافت بیومارکرها و روش های درمان مولکولی ضروری به نظر می رسد. در مطالعه ی حاضر به بررسی و مقایسه ی بیان ژن suz12، کدگذار عضوی از کمپلکس polycomb repressive complex2 بین نمونه های تومور آدنوکارسینومای معده و بافت نرمال معده پرداخته ایم. این کمپلکس وظیفه ی ایجاد تری متیلاسیون هیستونh3k27 را برعهده دارد و بدین طریق باعث مهار بیان ژن هدف می گردد. بررسی میزان بیان ژن hotair به عنوان مولکول همکار بالقوه suz12 نیز در مطالعه ی حاضر مورد بررسی قرار گرفته است. به علاوه، بیان ژن های jam2, jam3 و afap (کدگذار پروتئین های اتصالات محکم سلولی و سیتواسکلت) و همچنین ژن فاکتور رونویسی foxc1 به عنوان ژن هایی که احتمالا بتوانند در مسیرهای پایین دست prc2 عمل کنند، در مطالعه ی پیش رو صورت گرفت. نتایج حاکی از وجود تفاوت بیان ژن hotair به میزان 285/5 برابر(p-value=0.016) ، ژن jam2 به میزان 9/1 برابر (p-value= 0.04) ، ژن jam3 به میزان 73/0 (p-value= 0.035) ، ژن afap به میزان 89/3برابر (p-value= 0.048) و همچنین ژن foxc1 به میزان 81/3 برابر (p-value= 0.015) در بافت های توموری نسبت به بافت های نرمال می باشد. در نهایت به منظور بررسی بیشتر عملکرد ژن suz12 در سلول های معده، آنالیز اثر کاهش بیان ژن مذکور نیز در رده های سلولی معده صورت پذیرفت. نتایج حاکی از نقش این ژن در حیات سلول های معده می باشد. مطالعه ی حاضر پیشنهاد کننده ی نقش های احتمالی ژن های یاد شده در روند ایجاد و پیش روی سرطان معده می باشد. نتایج مطالعه ی پیش رو خواهد توانست دیدگاه های مناسبی برای مطالعات آینده روی ژن های مذکور در سرطان معده فراهم کند.

بررسی تغییرات بیان ژن های گیرنده دوپامین در بیماران مبتلا به سرطان ریه و مطالعه فارماکوژنتیک آن ها به منظور القاء آپوپتوز سلولی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1390
  مژگان شیخ پور   مجید صادقی زاده

نوروترانسمیتر ها مواد نشانه ای هستند که به عنوان واسطه های پیام رسان بین سلول ها در سیستم عصبی عمل می کنند. از آنجائیکه مکانیسم های تنظیم این نوروترانسمیتر ها ی کلاسیک بخوبی شناخته شده است، اخیراً مدارک جدیدی از نقش های واسطه ای نوروترانسمیتر ها در سیستم ایمنی ، کنترل تکثیر و تنظیم مهاجرت سلول های سرطانی و لوکوسیت ها بدست آمده است.دوپامین یکی از نوروترانسمیترها (انتقال دهنده های عصبی) مهم است. پنج ژن گیرنده دوپامینی) (dopamine receptor به نام های drd1,drd2,drd3,drd4 و drd5 تا کنون شناخته و کلون شده اند. بیان ژن های گیرنده دوپامین در مغز به خوبی شناخته شده است لیکن از بیان این گیرنده ها در سایر بافت ها و ارگان ها گزارشات کم و متفاوتی وجود دارد. تغییرات متعددی در بیان ژن های گیرنده دوپامینی در بیماری های سیستم عصبی ، ایمنی و سرطان ها گزارش شده است و نشان می دهد که دوپامین و رسپتورهایش نقش اساسی در این قبیل بیماری ها دارند. در مطالعه حاضر ابتدا بیان ژن های گیرنده دوپامین در سطح سلول های تک هسته ای خون محیطی افراد سالم مورد بررسی قرار گرفته و سپس پروفایل بیانی این ژن ها در دو گروه افراد سالم و مبتلا به بیماری سرطان ریه و همچنین در سطح خون ، بافت ریه و سلول های سرطانی بیماران مبتلا به این بیماری مقایسه می گردد .سلول های تک هسته ای خون محیطی توسط فایکول از خون جدا شده ، استخراج rna و سنتز cdna انجام می گردد. بررسی بیان ژن ها در نهایت توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز real time با استفاده از پرایمر های اختصاصی برای mrna پنج گیرنده به عنوان ژن های مورد مطالعه و ?-actin به عنوان کنترل داخلی انجام می گردد. در این تحقیق احتمال داده می شود که الگوی بیان و ساختمان ژن های گیرنده دوپامین در مبتلایان به سرطان ریه در مقایسه با افراد سالم دچار تغییر شده باشد بنابراین با مطالعه چگونگی بیان و ساختار ژن های مذکور در حالت های سلامت و بیماری و با استفاده ازتکنیک های کشت سلولی و فارماکوژنتیک وقوع آپوپتوز در سلول های سرطانی در محیط in vitro مورد بررسی قرار می گیرد.

تمایز سلول های بنیادی مزانشیمی مغز استخوان انسانی به سمت سلول های تولید کننده انسولین و بررسی نقش نانوکورکومین در حذف سلول های تمایزنیافته
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1391
  محمد امین جاویدی   مجید صادقی زاده

بر اساس گزارشات who شیوع جهانی دیابت برای تمامی گروه های سنی، 2.8% در سال 2000 بوده و این آمار در سال 2030 به 4.4% افزایش می یابد. علت اصلی دیابت نوع 1، عدم توانایی سلول های بتای پانکراس در تولید انسولین است. تزریق روزانه انسولین و پیوند کل اندام و یا جزایر لانگرهانس از روش های مرسوم برخورد/درمان این نوع دیابت محسوب می شوند که تا کنون مورد استفاده قرار گرفته اند. سال هاست که تحقیقاتی پیرامون استفاده از سلول درمانی به عنوان جایگزینی برای این روش های متداول صورت گرفته است. در اکثر پژوهش ها اهداف مشخصی (به عنوان مثال تولید انسولین و ایجاد دوباره یوگلایسمی) به دست آمده اند.سلول های بنیادی مزانشیمی (mscs) توانایی عبور از تیغه های لایه های زاینده داشته و سلول های مناسبی در پزشکی ترمیمی برای بسیاری از بیماری ها محسوب می شوند. می توان از چنین سلول های تمایزیافته ای در درمان دیابت نوع 1 استفاده کرد. می توان از طریق کشت ex vivo، mscs را به میزان فراوان به دست آورده و آنها را به سمت سلول های تولید کننده انسولین (ipcs) تمایز داد. مشکل مهم پیش روی این روش سلول درمانی، عدم تمایز برخی از سلول ها و احتمال ایجاد تومور، به علت حضور این سلول ها، در بیمارانی است که از این سلول های پیوند زده شده استفاده می کنند. ویژگی های ضدسرطانی کورکومین ترکیب اصلی گیاه زردچوبه – به عنوان یک ترکیب دارویی- و عدم تأثیر آن بر سلول های طبیعی مشخص شده است. به علاوه در تحقیقات فراوانی از کورکومین در برخورد با دیابت استفاده شده است. درنتیجه هدف اصلی این پروژه افزایش بازده تمایز msc های انسانی به سمت ipcs و حذف سلول های تمایزنیافته با استفاده از نانوکورکومین است. بازده جذب کورکومین بسیار پایین بوده و همین امر مانع دستیابی به پاسخ های مطلوب درمانی می شود. استفاده از کوروکومین در حامل های نانوذرات (نانوکورکومین) زیست ماندگاری این ترکیب افزایش می یابد. ابتدا با استفاده از تست mttدز مناسب نانوکورکومین مشخص شد. پس از تمایز، سلول ها با دز مناسب نانوکورکومین تیمار شدند. استخراج rna و واکنش های real time/rt pcr برای ژن های insulin، nestin و p53 انجام گرفت. جهت بررسی میزان ترشح انسولین به محیط، از روش الایزا استفاده شد. نتایج به دست آمده نشان می دهند، نانوکورکومین پلیمری –در دز مناسب- باعث کاهش بیان nestin –یک ژن کد کننده پروتئین که در پیش ساز های ipc بیان می شود- شده و هیچ تأثیر معنی داری بر بیان insulin در سطح mrna و پروتئین ندار

بررسی اثرات بیش بیان mir-326 بر فعالیت مسیر پیام رسانی hedgehog و القای آپاپتوز در سلول های بنیادی لوکمی میلوئیدی مزمن +cd34
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1391
  صادق باباشاه   مسعود سلیمانی

بیان و عملکرد نابجای microrna ها در لوکمی سطح جدیدی از پیچیدگی را در زمینه درک چگونگی توسعه و پیشرفت این بیماری ایجاد نموده است. با این حال، هدف گیری مسیر های پیام رسانی اختصاصی که مرتبط با ویژگی های تداوم و بقای سلول های بنیادی لوکمیایی باشد، تاکنون به خوبی روشن نشده است. مسیر پیام رسانی hedgehog که مسیر تکاملی به شدت حفاظت شده ای می باشد، به عنوان مسیری ضروری برای حفظ عملکرد سلول های بنیادی لوکمیایی شناخته شده است. فقدان این مسیر توسعه لوکمی میلوئیدی مزمن (chronic myeloid leukemia, cml) را که توسط انکوژن bcr-abl القا می شود، متوقف نموده و منجر به کاهش سلول های بنیادی cml می شود. بنابر این، به نظر می رسد کسب نابجای ویژگی خود نوزایی که به علت فعالیت نابجای مسیر پیام رسانی hedgehog ایجاد می شود، در پیشرفت cml نقش داشته باشد. این امر اهمیت مهار اهداف دیگری نظیر پیام رسانی hedgehog را در کنار مهار bcr-abl خاطر نشان می سازد. مهار چنین اهدافی که ویژگی خود نوزایی سلول های لوکمیایی را تنظیم می نمایند، در جهت ریشه کنی سلول های بنیادی لوکمیایی cd34+ حاوی انکوژن bcr-abl صورت می گیرد. تحقیق حاضر نشان داد که بیش تنظیمی ژن smo که نقش انتقال دهنگی پیام hedgehog را بر عهده دارد، با بیان کاهش یافته mir-326 در سلول های cd34+ گروهی از بیماران مبتلا به cml همراه است. افزون بر این، بیش بیان mir-326 بواسطه سیستم بیانی لنتی ویروسی منجر به تنظیم کاهش یافته ژن smo شد و این امر به کاهش تکثیر سلولی و افزایش میزان آپاپتوز در سلول های cd34+ cml منتج گردید. بنابراین، به نظر می رسد که smo هدفی مهم برای mir-326 در طی بیماری زایی cml باشد. مطالعه حاضر در واقع اولین مدرک در زمینه نقش تنظیم مسیر پیام رسانی hedgehog بواسطه microrna در پاتوفیزیولوژی cml است. یافته های مطالعه حاضر منتج به این پیشنهاد گردید که تنظیم کاهش یافته mir-326 مکانیسم محتملی برای فعالیت نامحدود انتقال دهنده پیام smo در مسیر انکوژنی hedgehog در cml است. بنابراین به نظر می رسد بازگرداندن سطوح بیانی mir-326 می تواند در زمینه ریشه کنی سلول های بنیادی/ اجدادی cd34+ cml که منبع بالقوه عود بیماری در مبتلایان cml به شمار می آید، مفید واقع شود.

نمایش سطحی آنزیم لاکاز باکتریایی در یک نانوسیستم القاشونده فنلی و ارزیابی کارایی حذف آاودگی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1391
  مهرنوش فتحی رودسری   خسرو خواجه

ترکیبات فنلی که به طور مرتب در نتیجه فعالیت های شهری و صنعتی تولید می شوند می توانند در اثر فعالیت آنزیمهایی مانند لاکازها به طور کامل سمزدایی شده یا به ترکیباتی با سمیت کمتر زیست پالایی شوند. هدف از تحقیق حاضر بیان القایی آنزیم لاکاز تنها در صورت مواجهه با ترکیبات آلاینده و سپس نمایش سطحی این آنزیم بر سطح سلولهای e. coli است تا دسترسی مناسبی میان آنزیم و سوبسترا به وجود آید. فاکتور فعال کننده رونویسی capr قادر است پروموتر القا شونده po را در حضور آلودگیها راه اندازی کند. در این مطالعه ژن لاکاز مقاوم به حرارت به سیستم نمایش سطحی aida-i متصل شده و پایین دست پروموتر po قرار داده شده است. نتایج نشان می دهد که در حضور غلظتهای مختلف فنل بیان لاکاز انجام می شود. همچنین وسترن بلات حضور آنزیم لاکاز تنها در غشای خارجی را تایید نمود. فعالیت آنزیم بر روی سطح سلولها نیز مورد سنجش قرار گرفت تا تاخوردگی صحیح آنزیم پس از عبور از خلال غشا بررسی شود. لاکاز نمایش داده شده بر روی سطح قادر به اکسیداسیون سوبسترای syringaldazin (sgz) و فنل موجود در محیط کشت می باشد. نتایج آزمون hplc نشان دهنده کاهش چشمگیر میزان فنل موجود در محیط کشت سلولهایی است که لاکاز را بر سطح خود نمایش داده اند.

بررسی اثرات داروی نانو کورکومین پلیمری در مدل متاستاتیک سرطان پستان در مدل حیوانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1392
  بهارک فرهنگی   زیور صالحی

سرطان پستان پنجمین علت مرگ ناشی از سرطان در کل سرطان ها است. بسیاری از داروهای ضد سرطان که امروزه مورد استفاده قرار می گیرند دارای منشاء گیاهی هستند. بسیاری از این محصولات گیاهی قادرند که چندین هدف را در سلول شناسایی کنند. یک نمونه پر کاربرد از این دسته داروهای گیاهی کورکومین است. علی رغم خواص داروئی منحصر به فرد کورکومین در درمان بیماری های مزمن از جمله سرطان، به دلیل زیست ماندگاری بسیار پایین به ویژه در محیط in vivo، توسط سلول ها به ندرت جذب شده و در بدن مدت زمان ماندگاری پائینی دارد. روش های مختلفی برای افزایش کارایی و اثربخشی کورکومین صورت گفته که یکی از آن ها، نانوذره دندروزوم بوده است. خواص ضد سرطانی نانوکورکومین در سرطانهای مختلف مانند سرطان روده و فیبروسارکوما مشخص شده است ولی ویژگیهای ضد متاستاتیک آن مورد بررسی قرار نگرفته است. از آنجائیکه بررسی اثر متاستازی ماده ای که به عنوان داروی ضد سرطان معرفی می گردد بسیار حائز اهمیت است، بر آن شدیم که برای اولین بار اثرمتاستازی نانوکورکومین را در محیط in vitro بررسی کنیم . همچنین تغییر پروفایل بیانی ژن هایvegf،mmp-9،cox-2 و nfb-k نیز مورد بررسی قرار خواهد گرفت. ابتدا سلول سرطانی 4t1 کشت داده شد. آزمونmmt برای تعیین سمیت سلولی در بازه های زمانی و غلظت های مختلف انجام شد و دوز موثر جهت تیمار دارویی سلول ها تعیین گردید. سلول های کشت شده با نانوکورکومین دندروزومی تیمار شد. سپس rna total دو گروه شاهد و تیمارشده استخراج شده و مطالعه کمّی بیان ژن های vegf، mmp-9،cox-2 و nfb-k با روش real-time pcr صورت گرفت. بیان ژن هایvegf، mmp-9و nfb-k کاهش معنی داری نشان داد اگر چه روند کاهشی مشاهده شده ژن cox-2معنی دار نبود. همچنین میزان متاستاز و مهاجرت سلولی از طریق آزمون بسته شدن شکاف (scratch assay)مورد بررسی قرار گرفت. میزان بسته شدن شکاف با غلظت ارتباط مستقیم دارد. در مجموع نتایج پژوهش حاضر نشانگر آنست که نانوکورکومین دندروزومی قابلیت مهار ژنهای دخیل در رگزایی و متاستاز را دارا می باشد و بنابراین می توان از آن جهت مقاصد بالینی برای جلوگیری از رشد سلولهای سرطانی استفاده نمود.

شناسایی و تعیین خصوصیات بیان ژن های پاسخگو به شوری (gdh1, glna2, ect c, ect d و lon) در یک جدایه بومی استرپتومایسس
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1392
  اکرم صادقی   مجتبی خیام نکویی

اکتواین ها (اکتواین و هیدروکسی اکتواین) میکروموجودات را قادر می سازند تحت تنش شوری زنده بمانند. در این مطالعه ساختار دقیق ژن های رمز کننده آنزیم های کلیدی مسیر سنتز اکتواین (ectc) و هیدروکسی اکتواین (ectd) در باکتری نمک دوست streptomyces c-2012 گزارش شده است. بررسی با استفاده از hplc نشان داد که این باکتری در حضور یا عدم حضور نمک (0.45 m nacl) قادر به تولید اکتواین و هیدروکسی اکتواین می باشد. بررسی کمی با استفاده از روش real time pcr نشان داد که رونویسی از روی اپرن ectabcd تحت تاثیر نمک افزایش می یابد. اثر القایی نمک در حضور اکتواین ها (1 mm) افزایش یافت. همچنین سطح رونویسی از ژن ectc در محیط حاوی نمک و اکتواین و نمک و هیدروکسی اکتواین به ترتیب 7/2 و 9/2 برابر افزایش یافت. تاثیر نمک بر رونویسی از ژن ectd بیشتر بود. افزایش نسبت برخی از اسید های آمینه داخل سلولی در شرایط تنش به شرایط غیر تنش در سلول های کشت شده در محیط حاوی اکتواین ها مشاهده شد. این یافته احتمالا به نقش مکمل اکتواین ها در افزایش مقاومت سلول ها در شرایط تنش زای محیطی اشاره می کند. جهت شناسایی ژن های جدید که در پاسخ به نمک بیان متفاوتی دارند از روش cdna-aflp استفاده شد. یکی از قطعاتی که بیان متفاوتی را در حضور نمک نشان داد (tdf-1) بود. این قطعه شباهت زیادی (72%) با ژن lon که یک پروتئاز وابسته به atp (پروتئاز la) را رمز می کند داشت. نتایج نشان داد که بیان ژن lon در محیط حاوی نمک تا 3 برابر افزایش می یابد. این افزایش در حضور اکتواین بیشتر (2/5 برابر) بود. این نتایج پیشنهاد می کند که دو سیستم حفاظت از پروتئین شامل اکتواین و پروتئاز la به صورت سینرژیک (هم افزا) مرتبط می باشند. بررسی مشخصات بیو شیمیایی، مورفولوژیکی و مولکولی سویه c-2012 نشان داد که این باکتری از جنس streptomyces می باشد. مطالعات فیلوژنتیکی بر پایه ژن 16s rrna و هیبریداسیون dna–dna مشخص نمود که این باکتری یک سویه از s. rimosus می باشد.

طراحی و ساخت ناقل نوترکیب حاوی ژن کدکننده پروتئین ترکیبی روتاویروسی جهت کاربرد به عنوان واکسن نوترکیب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1392
  سیما جعفرپور بروجنی   هدی آیت

روتاویروس مهم¬ترین عامل اسهال حاد در نوزادان و کودکان، هم در انسان و هم حیوانات می¬باشد. این ویروس سالانه در جهان، باعث مرگ 52700 کودک زیر 5 سال می¬شود. از آنجا که ارتقاء سطح بهداشت و سلامت، در کاهش ابتلا به این عفونت روتاویرسی تأثیر چندانی نداشته است، لذا واکسیناسیون به عنوان بهترین و موثرترین راه برای کنترل این عفونت پیشنهاد می¬شود. روتاشیلد اولین واکسن روتاویروسی بود که در آمریکا مجوز گرفت. اما در نهایت به علت ارتباطی که با انسداد روده پیدا کرد از بازار جمع¬آوری شد. اخیرا دو واکسن روتاویروسی (روتاریکس و روتاتگ) به وسیله¬ی سازمان بهداشت جهانی برای واکسیناسیون کودکان توصیه شده¬است. اگرچه این واکسن¬ها ایمنی¬زایی موثری در کشورهای توسعه¬یافته از خود نشان دادند، ولی چالش¬های قابل توجهی در خصوص استفاده از آن¬ها در کشورهای در حال¬توسعه وجود دارد. به عنوان مثال قیمت این واکسن¬ها یک فاکتور بسیار مهم برای کشورهای کم¬ درآمد است. هدف از این مطالعه، طراحی ساختار ژنی کدکننده¬ی پروتئینی می¬باشد، که همزمان بتواند خصوصیات آنتی¬ژنی طیف وسیعی از روتاویروس¬ها را در برگیرد. در این مطالعه با بررسی توالی¬های حفاظت¬شده و آنتی¬ژنتیک پروتئین¬های vp4 وvp6 ، ساختاری طراحی گردید و با روش soeing-pcr ساخته شد. ساختار حاصله در وکتور بیانی pet22b(+) کلون¬سازی گردید و همچنین کلیه خصوصیات آنتی¬ژنیک این قطعه از نظر پاسخ ایمنی هومورال و سلولی بررسی شد. با توجه به روشی که در طراحی این پروتئین به عنوان واکسن صورت گرفته است، این واکسن می¬تواند به عنوان کاندید اولیه واکسن نوترکیب علیه روتاویروس در کشورهای در حال¬توسعه و کم درآمد مورد بررسی قرار گیرد. انجام کلنی-pcr، تعیین توالی و بررسی هم ترازی توالی تأیید می¬کند که قطعه¬ی نوترکیب به درستی متصل و در وکتور قرار گرفته است.

مطالعه خاصیت ضدسرطانی نانوکورکومین دندروزومی در محیط in vitro و in vivo
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1390
  اسماعیل بابائی   مجید صادقی زاده

علی رغم پیشرفت های اخیر در زمینه درمان سرطان، این بیماری همچنان دومین علت مرگ و میر بعد از بیماری های قلبی-عروقی محسوب می شود. از سوی دیگر، نگرانی های ناشی از عوارض جانبی داروهای رایج امروزی و هزینه های هنگفت تهیه آنها باعث شده است تا در سال های اخیر دانشمندان توجه خود را به طب سنتی به عنوان منبعی غنی از ترکیبات شیمیائی با پتانسیل بالای داروئی و از همه مهمتر فاقد اثرات جانبی روی سلول های نرمال معطوف کنند. curcumin، پلی فنول مستخرج از گیاه زردچوبه، یکی از اهداف تحقیقاتی در این زمینه می باشد که از سالیان دور نه تنها در قالب افزودنی به غذا بلکه به عنوان داروی مسکن و ضد التهاب در پزشکی سنّتی مورد استفاده قرار می گرفته است. این ترکیب ارزشمند گیاهی دارای خواص ضدسرطانی در محیط های in vitro و in vivo نیز می باشد. با این حال عدم محلولیت آن در حلال های آبی از جمله مایعات فیزیولوژیکی بدن، دسترسی و ماندگاری زیستی آن را به شدت کاهش داده است. هدف از تحقیق حاضر، ارزیابی خاصیت ضدسرطانی کورکومین حل شده در نانوذرات دندروزوم o400 در دو محیط in vitro و in vivo می باشد. ابتدا نسبت مناسب دندروزوم/کورکومین (نانوکورکومین دندروزومی) تهیه و سمّیت آن با آزمون mtt و آنالیز چرخه سلولی روی سلولهای سرطانی wehi-164 و a431 و سلول های نرمال mef و pbmcs و به صورت مقایسه ای با کورکومین و دندروزوم تنها ارزیابی شد. سپس نوع مرگ سلولی با آنالیز apoptotic dna ladder، رنگ آمیزیannexinv و ایمنوبلاتینگ parp تعیین گردید. در ادامه کار مدل های توموری فیبروسارکوما در موش های balb/c ایجاد و رشد تومور، survival rate، پاسخ ضدتوموری سیستم ایمنی و تغییرات بیانی ژن های آپوپتوزی و تهاجمی مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج بدست آمده نشان دادند که دندروزوم نه تنها محلولیت کورکومین در محیط های آبی، بلکه جذب سلولی آن را نیز نسبت به کورکومین آزاد به طور معنی داری بهبود بخشیده است. همچنین، نانوکورکومین دندروزومی برای سلول های سرطانی سمّی بوده و آنها را در یک روش وابسته به زمان و دوز وارد آپوپتوز می کند. یافته های بدست آمده در سطح in vivo نیز نشان دادند که نانوکورکومین دندروزومی مانع از رشد تومورهای فیبروسارکوما شده و باعث بهبود survival rate آنها می شود. علاوه براین، بیان ژن های آپوپتوزی bax/bcl-2 و تهاجمی vegf، mmp-9 و cox-2 در بیوپسی های توموری موش های دریافت کننده این ترکیب نانوئی کورکومین نسبت به سایر موشها تغییر کرده بود. اثر ضدتوموری نانوکورکومین دندروزومی، تا حدودی مرتبط با تحریک سیستم ایمنی علیه سلول های توموری نیز بود. در مجموع، داده های حاصل ضمن معرفی فرمولاسیون جدید کورکومین (نانوکورکومین دندروزومی) به عرصه پزشکی داروئی، نشان می دهد که این ترکیب نانوئی به طور معنی داری نواقص بر سر راه استفاده های داروئی کورکومین را بهبود بخشیده توان ضدسرطانی آن را تقویت می کند.

مطالعه خاصیت ضدسرطانی نانوکورکومین دندروزومی در محیطin vitro و in vivo
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1390
  اسماعیل بابائی   محمد حسن

علارغم پیشرفت های اخیر در زمینه درمان سرطان، این بیماری همچنان دومین علت مرگ و میر بعد از بیماری های قلبی-عروقی محسوب می شود. از سوی دیگر، نگرانی های ناشی از عوارض جانبی داروهای رایج امروزی و هزینه های هنگفت تهیه آنها باعث شده است تا در سال های اخیر دانشمندان توجه خود را به طب سنتی به عنوان منبعی غنی از ترکیبات شیمیائی با پتانسیل بالای داروئی و از همه مهمتر فاقد اثرات جانبی روی سلول های نرمال معطوف کنند. curcumin، پلی فنول مستخرج از گیاه زردچوبه، یکی از اهداف تحقیقاتی در این زمینه می باشد که از سالیان دور نه تنها در قالب افزودنی به غذا بلکه به عنوان داروی مسکن و ضد التهاب در پزشکی سنّتی مورد استفاده قرار می گرفته است. این ترکیب ارزشمند گیاهی دارای خواص ضدسرطانی در محیط های in vitro و in vivo نیز می باشد. با این حال عدم محلولیت آن در حلال های آبی از جمله مایعات فیزیولوژیکی بدن، دسترسی و ماندگاری زیستی آن را به شدت کاهش داده است. هدف از تحقیق حاضر، ارزیابی خاصیت ضدسرطانی کورکومین حل شده در نانوذرات دندروزوم o400 در دو محیط in vitro و in vivo می باشد. ابتدا نسبت مناسب دندروزوم/کورکومین (نانوکورکومین دندروزومی) تهیه و سمّیت آن با آزمون mtt و آنالیز چرخه سلولی روی سلولهای سرطانی wehi-164 و a431 و سلول های نرمال mef و pbmcs و به صورت مقایسه ای با کورکومین و دندروزوم تنها ارزیابی شد. سپس نوع مرگ سلولی با آنالیز apoptotic dna ladder، رنگ آمیزیannexinv و ایمنوبلاتینگ parp تعیین گردید. در ادامه کار مدل های توموری فیبروسارکوما در موش های balb/c ایجاد و رشد تومور، survival rate، پاسخ ضدتوموری سیستم ایمنی و تغییرات بیانی ژن های آپوپتوزی و تهاجمی مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج بدست آمده نشان دادند که دندروزوم نه تنها محلولیت کورکومین در محیط های آبی، بلکه جذب سلولی آن را نیز نسبت به کورکومین آزاد به طور معنی داری بهبود بخشیده است. همچنین، نانوکورکومین دندروزومی برای سلول های سرطانی سمّی بوده و آنها را در یک روش وابسته به زمان و دوز وارد آپوپتوز می کند. یافته های بدست آمده در سطح in vivo نیز نشان دادند که نانوکورکومین دندروزومی مانع از رشد تومورهای فیبروسارکوما شده و باعث بهبود survival rate آنها می شود. علاوه براین، بیان ژن های آپوپتوزی bax/bcl-2 و تهاجمی vegf، mmp-9 و cox-2 در بیوپسی های توموری موش های دریافت کننده این ترکیب نانوئی کورکومین نسبت به سایر موشها تغییر کرده بود. اثر ضدتوموری نانوکورکومین دندروزومی، تا حدودی مرتبط با تحریک سیستم ایمنی علیه سلول های توموری نیز بود. در مجموع، داده های حاصل ضمن معرفی فرمولاسیون جدید کورکومین (نانوکورکومین دندروزومی) به عرصه پزشکی داروئی، نشان می دهد که این ترکیب نانوئی به طور معنی داری نواقص بر سر راه استفاده های داروئی کورکومین را بهبود بخشیده توان ضدسرطانی آن را تقویت می کند.

بررسی مقایسه ای بیان ژنهای کلیدی در مسیرهای تنظیم کننده پر توانی (ژنهای بن یاخته ایoct4 و sox2، micro rna های mir-302و mir-145 و ژن بازدارنده تومور p53 ( در نمونه های توموری و غیرتوموری معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1390
  میترا خلیلی   مجید صادقی زاده

چکیده: مقدمه: برخی از مسیرهای سیگنالینگ که برای رشد و تکوین طبیعی ضروری هستند، در شروع و پیشرفت سرطان دخالت دارند که این نشان دهنده یک ارتباط قوی میان سلولهای جنینی و سلولهای سرطانی می باشد. القاء بیان تعداد معینی از ژنهای اختصاصی برای سلولهای بنیادی جنینی (escs) خصوصاً oct4 و sox2 می تواند باعث شود سلول تمایز یافته به سلول پایه پر توان القاء شده یا سلول ips باز برنامه نویسی گردد. ژنهای oct4 و sox2 به صورت یک مجموعه ای کنترل کننده، ژنهای مهم برای قابلیت سلولهای بنیادی را فعال و ژنهای مورد نیاز برای تمایز را مهار می کنند. از این رو نقش این ژنها در سرطان مورد توجه قرار گرفته است. microrna ها نظیر گروهmir302-367 نیز در تنظیم پروسه خودبازسازی و پرتوانی esc دخالت دارند. بیان گروهmir302-367 محدود به سلولهای esc می باشد. جالب توجه است که فاکتورهای اختصاصی رونویسیoct4 وsox2 جایگاه اتصال روی پروموتر گروهmir302-367 دارند و بیان آن را تنظیم می کنند. mir-145 و p21 اهداف مستقیم بازدارنده تومور p53 هستند. mir-145 با مهار فاکتورهای هسته پرتوانی نظیر oct4،sox2 باعث خاموش کردن خودبازسازی و تمایز سلولهای esc می شود و p21 باعث توقف سیکل سلولی در مرحله g1 و ممانعت از ورود به فاز s می گردد. باز برنامه نویسی می تواند توسط عملکرد ژنهای بازدارنده تومور به ویژه p53 و اهداف پایین دست آن مانند مهار شود. این احتمال وجود دارد که بیان مجدد ژنهای دخیل در بازبرنامه نویسی مثل sox2 و oct4 و کاهش بیان p53 و اهداف پایین دست آن مانند p21 و mir-145 در ایجاد سرطان دخالت داشته باشند. در این مطالعه هدف مقایسه بیان ژنهای اصلی دخیل در مسیر پرتوانی (oct4، sox2، p21، mir-145 و (mir 302b در بافت توموری و غیر توموری معده و همچنین ارزیابی ارتباط میان سطح بیان این ژنها با گرید یا درجه تومور بود. مواد و روشها: تعداد 40 نمونه توموری و غیر توموری انسانی مورد نیاز این تحقیق از تومور بانک وابسته به انستیتو کانسر امام خمینی وابسته به دانشگاه علوم پزشکی تهران جمع آوری شدند. در این مطالعه بیان کل ژنهای کاندید توسط real time pcr ارزیابی شد. از u6snrna به عنوان کنترل داخلی برای نرمالیزه کردنmicrornas و از gapdh برای سایر ژنها استفاده شد. در نهایت نیز بیان پروتئین oct4 و همچنین sox2 در بافتهای توموری و غیر توموری معده توسط تکنیک ایمونوهیستوشیمی بررسی گردید. نتایج: داده های ما نشان داد که بیان p21 و mir-145در بافتهای توموری معده نسبت به جفت بافت غیر توموری مربوطه کاهش معنی داری نشان دادند. نتایج مشابهی برای بیان sox2 و واریانتهای oct4 بدست آمد، اگرچه این کاهش تنها در مورد تومورهای گرید بالا معنی دار بود. آنالیز منحنی roc جهت ارزیابی قابلیت ژنهای مورد نظر در تشخیص و افتراق صحیح نمونه های توموری از غیر توموری انجام شد. سطح زیر منحنی auc برای تمامی ژنها بجز oct4b بالای 60 درصد و معنی دار بود. sox2 بالاترین درجه افتراق (auc=79%, p= 0.000) را نشان داد. اگرچه ترکیب داده های mir-145 و p21 (auc=71%, p=0.004) و داده های واریانتهای oct4 (auc=75%, p=0.008) قدرت تشخیصی بهتری نسبت به استفاده از هر کدام به تنهایی دارد. هماهنگ با نتایج داده هایreal time pcr ، نتایج ایمونوهیستوشیمی (ihc) نیز بیان sox2 را در بافتهای توموری و غیر توموری معده نشان داد اما در سطح پروتئین هیچ بیان هسته ای برای oct4a مشاهده نگردید. بحث: برخلاف این حقیقت که بیان ژنهای اختصاصی hesc در تومورها افزایش می یابد، داده های ما نشان داد که بیان mir-302b، واریانتهای oct4 و sox2 در تومورهای گرید بالا به طور معنی داری کاهش می یابد. بنابراین اینطور به نظر می رسد که ایزوفرمهای oct4، sox2 و همچنینmir-302b در ممانعت از تکثیر غیر کنترل شده سلول نقش دارند. همینطور احتمالاً غیر فعال شدن بازدارنده های تومور p21 و mir-145جهت شروع و پیشرفت روند تومور زایی ضروری باشد. بر اساس منحنی roc به نظر می رسد که ارزیابی بیان sox2 به تنهایی و mir-145 و p21 با همدیگر جهت تشخیص سرطان معده آگهی دهنده است. کلمات کلیدی: بازبرنامه نویسی، ips، oct4، sox2، mir-145، mir-302b و سرطان معده

طراحی و بیان پروتئین نوترکیب چندگانه از دومین iii پروتئین e ویروس دنگی و ارزیابی ایمنی زایی آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده زیست شناسی 1392
  حسین فهیمی   مجید صادقی زاده

هدف: ویروس دنگی یک عامل بیماری زای منتقل شونده توسط پشه است که باعث بیماری تب دنگی و یا تب خطرناک خونریزی دهنده ی دنگی می گردد. عفونت های دنگی با درصد بالایی از مرگ و میر اغلب در نواحی گرمسیری و نیمه گرمسیری جهان دیده می شوند. در سالهای اخیر بروز و شیوع عفونت دنگی در نواحی مذکور افزایش یافته است. تخمین زده می شود که میلیون ها مورد از عفونت دنگی هر سال اتفاق می افتد و مردم زیادی در نواحی بومی این ویروس در معرض خطر می باشند. هر چهار سروتیپ ویروس دنگی (سروتیپ های 1 تا 4) قابلیت ایجاد عفونت در انسان را دارند. واکسیناسیون با یک آنتی ژن چهارگانه می تواند روش موثری برای ایجاد ایمنی محافظت کننده بر علیه این ویروس ها باشد. هدف این رساله طراحی و بیان یک پروتئین چهارگانه ی جدید با استفاده از قطعات دومین iii پروتئین پوششی چهار سروتیپ ویروس دنگی و ارزیابی ایمنی زایی آن می باشد. روش ها: برای طراحی پروتئین چهارگانه (ediiif) از روش ها و نرم افزارهای بیوانفورماتیکی مختلف استفاده شد. پروتئین طراحی شده در باکتری e. coli بیان شد و سپس ایمنی زایی آن در موش ارزیابی گردید. همچنین، ایمنی زایی پروتئین چهارگانه با پروتئین های نوترکیب حاوی دومین iii، به صورت فرمولاسیون های منفرد و چهارگانه، مقایسه گردید. نتایج: نتایج این مطالعه نشان داد که پروتئین چهارگانه می تواند هر دو سیستم ایمنی خونی و سلولی را تحریک کرده و باعث القای آنتی بادی های خنثی کننده بر علیه هر چهار سروتیپ ویروس گردد. با توجه به اینکه سیستم بیانی از باکتری e. coli به عنوان میزبان استفاده می کند، بنابراین می تواند افزایش مقیاس تولید کم هزینه ای داشته و برای ایجاد یک کاندیدای واکسن چندگانه و پیشگیری از عفونت های دنگی مفید باشد. نتیجه گیری: پروتئین ediiif دارای قابلیت ایمنی زایی مناسبی بوده و باعث القای آنتی بادی هایی می شود که می توانند با اتصال هم زمان به چهار سروتیپ ویروس دنگی، عفونت زایی آنها را خنثی کنند.

طراحی و استفاده از برخی نانو حاملهای شاخه دار در بهبود خواص ضد سرطانی کورکومین گیاه زردچوبه (curcuma longa)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  وحید عرفانی مقدم   علیرضا نعمانی

محققان نانوتکنولوژی سعی می کنند داروهایی طراحی کنند که دارای زیست دسترسی بالا، زیست سازگار و یا زیست تخریب پذیر باشد. نقش ضد سرطان کورکومین از گیاه ادویه ای زردچوبه، در سالهای اخیر در تحقیقات متعددی به اثبات رسیده است. اما محلولیت بسیار ضعیف آن در آب، کاربرد این ماده ضد سرطانی مهم را با مشکل مواجه می سازد. در این تحقیق تلاش گردید مولکول کورکومین زردچوبه به کمک ابزار نانوبیوتکنولوژی یعنی نانوحاملهای شاخه دار دندروزومی و دندریمری اصلاح شده، در دسترس رده سلولی توموری گلیوبلاستوما و رده سلولهای نرمال فیبروبلاستی قرار گیرد و تاثیرات کاربرد این ابزار بر بروز بهتر خواص ضد سرطان این مولکول مورد بررسی قرار گیرد. در این تحقیق در بخش اول با طراحی و سنتز یک پلیمر دو بخشی نوین monomethoxy poly (ethylene glycol)-oleate (mpeg-oa) تنها به روش انکپسوله کردن و در بخش دوم با اتصال کوالانی(کانجوگه کردن) کورکومین و پلی اتیلن گلیکول(peg) به سطح حامل دندریمری پلی آمیدوآمین(pamam)، تلاش شد با دو روش انکپسوله کردن و کانجوگه کردن دارو به نانوحاملها، زیست دسترسی کورکومین برای سلولهای سرطانی افزایش یابد. در بخش اول، سنتز حامل دوبخشی mpeg-oa و تایید ساختار، تعیین غلظت بحرانی تشکیل میسل(cmc)، بارگیری دارو و سمیت سلولی(آزمون mtt) و بررسی چرخه سلولی با روش pi و میزان آپوپتوز با روش pi/annexin-v-fluos بر روی رده سلولی کارسینومای مغزی (u87mg) مورد بررسی قرار گرفت. همچنین، در بخش اول، نتایج مطالعات میکروسکوپ الکترونی نیروی اتمی (afm)atomic force microscopy)) و آنالیز دینامیک پراکنش نوری(dls) (dynamic light scattering) نشان می دهد نانوذرات دندروزومی mpeg-oa طراحی شده دارای دو جمعیت خود آرا با ساختارهای کروی با میانگین اندازه ذرات میسلی 32/5±33/18 نانومتر و پلیمروزومی 65±4/99 نانومتر و پایداری فیزیکی بالایی می باشد. غلظت بحرانی تشکیل میسل mpeg-oa بسیار پایین(03/0 گرم در لیتر) است. مقدار ic50 از 48 میکرومولار برای کورکومین آزاد به 24 میکرومولار برای کورکومین انکپسوله شده در mpeg-oa کاهش می یابد و مطالعات چرخه سلولی و آپوپتوز نشان می دهد استفاده از کورکومین به همراه این ناقل mpeg-oa باعث افزایش جمعیت سلولی sub g1 و آپوپتوز می گردد. در بخش دوم، کانجوگه کردن peg و کورکومین به سطح دندریمر pamam با روشهای ftir و nmr تایید گردید و درصد میزان اتصال تخمین زده شد. سپس، سمیت سلولی(mtt) و بررسی چرخه سلولی با روش pi و میزان آپوپتوز با روش pi/annexin-v-fluos بر روی رده سلولی کارسینومای مغزی (u87mg) مورد بررسی قرار گرفت. مقدار ic50 از 48 میکرومولار برای کورکومین آزاد به 9/0 و 5/2 میکرومولار به ترتیب برای دندریمر 20 و 40 درصد کانجوگه با کورکومین و 5/13 میکرومولار برای کورکومین انکپسوله شده در دندریمر pamam، کاهش معنی داری یافت. در بخش دوم، مطالعات چرخه سلولی و آپوپتوز نشان می دهد استفاده از کورکومین به شکل کانجوگه و انکپسوله با دندریمر باعث افزایش جمعیت سلولی sub g1 و آپوپتوز می گردد. سپس در بخش دوم، واکنش کمی real-time pcr نیز به منظور بررسی بیان ژن های ضد آپوپتوزی xiap، rb1 وp21 پس از تیمار داروئی مورد استفاده قرار گرفت و نشان داده شد بیان ژنهای xiap وp21 بطور معنی داری کاهش می یابند. در مجموع، نتایج حاصل نشان داد که نانوکورکومین دندروزومی و دندریمری با افزایش غلظت حامل و کورکومین، مرگ برنامه ریزی شده (آپوپتوز) را در رده سلولی توموری u87mg القا می کند. نتایج بیان می کند با استفاده از این نانوحاملها، زیست دسترسی کورکومین به طور معنی داری نسبت به کورکومین آزاد افزایش می یابد و هر سه روش انکپسوله کردن در میسل/پلیمروزوم mpeg-oa و انکپسوله و کانجوگه کردن کورکومین در حاملهای دندریمری pamam موجب پایداری و بهبود انحلال کورکومین می گردد. هرچند کورکومین کانجوگه شده به دندریمر به نظر تیمار پایدارتر و مناسبتری نسبت به حالتهای انکپسوله شده می باشد. در نهایت، این تحقیق نشان می دهد این نانوحاملها می توانند به عنوان سیستمهای دارورسان مناسب برای انتقال کورکومین به سلولهای سرطانی u87mg در نظر گرفته شوند و می توانند کاندید مناسبی برای ادامه تحقیقات سرطان در مدلهای حیوانی در نظر گرفته شوند.

شناسایی پپتیدهای هدفمندکننده به سلولهای sw480 (سرطان روده) با استفاده از کتابخانه نمایش فاژی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1393
  بابک بخشی نژاد   مجید صادقی زاده

انعطاف پذیری بالای باکتریوفاژها در پذیرش انواع تغییرات سطحی پایه و اساس تکنیک نمایش فاژی را تشکیل میدهد. ظهور کتابخانه های فاژی، تکنیک نمایش فاژی را به فناوری با توان عملیاتی بالا تبدیل نموده است. در سالهای اخیر کتابخانه های تصادفی پپتیدی به عنوان یکی از مهمترین و پرکاربردترین کتابخانه های نمایش فاژی برای شناسایی و جداسازی مولکولهای دارویی (با خواص تشخیصی و درمانی) مورد توجه بسیار قرار گرفته اند. این کتابخانه ها را می توان علیه اهداف مختلفی مانند سلولها و بافتهای سرطانی غربالگری نمود که این امر منجر به شناسایی لیگاندهای اختصاصی سلولهای سرطانی می گردد. هدف از انجام پژوهش حاضر، غربالگری کتابخانه نمایش فاژی پپتیدی ph.d.tm-7 از طریق فرآیند بیوپنینگ جهت شناسایی لیگاندهای پپتیدی متصل شونده به سلولهای sw480 (رده سلولی آدنوکارسینومای روده انسانی) بود. در مجموع سه دور بیوپنینگ بر روی سلول sw480 به عنوان سلول هدف و سلولهای fibroblast ، ags، kyse-30 و huh-7 به عنوان سلولهای کنترل انجام شد. سلولهای کنترل برای انجام بیوپنینگ کاهشی و در جهت حذف پپتیدهای غیراختصاصی از کتابخانه مورد استفاده قرار گرفتند. سپس با انجام plaque-pcr بر روی پلاکهای به دست آمده از دور آخر بیوپنینگ قسمتی از ژنوم فاژهای متصل شونده به سلول sw480 که کدکننده پپتید نمایش یافته می باشد، تکثیر و در گام بعد dna تکثیرشده تعیین توالی گردید. از روشهای بیوانفورماتیکی و آزمایشگاهی جهت بررسی اختصاصیت پپتیدهای جداشده به سلول sw480 استفاده شد. سه دور بیوپنینگ کتابخانه فاژی منجر به غنی سازی تعدادی پپتید شد که از بین آنها توالی پپتیدی hamraqp دارای بیشترین فراوانی بود. نتایج به دست آمده نشان داد بیوپنینگ منجر به غنی سازی چهارده نوع پپتید گردیده است. همردیفی این توالیهای پپتیدی موجب یافتن دو موتیف چهار آمینواسیدی مهم (ha..ra و apdw) شد. sarotup به عنوان جامعترین پایگاه اطلاعاتی مربوط به پپتیدهای به دست آمده از بیوپنینگ کتابخانه های نمایش فاژی برای شناسایی توالیهای غیرمرتبط با هدف یا tup (target unrelated peptide) مورد استفاده قرار گرفت. آنالیز پپتیدهای به دست آمده با نرم افزارهای بیوانفورماتیکی در sarotup نشان داد شش توالی پپتیدی به دست آمده جزء توالیهای tup بوده و بنابراین فاقد قابلیت اتصال اختصاصی به سلول sw480 می باشند. پپتید موسوم به sw-pep1 با توالی hamraqp به عنوان فراوانترین توالی به دست آمده از بیوپنینگ که tup هم نمی باشد، برای بررسیهای بیشتر انتخاب گردید. آزمون اتصال فاژ به سلول و cell-elisa برای تایید اتصال اختصاصی sw-pep1 به سلول sw480 مورداستفاده قرار گرفت. نتایج این دو آزمون نشان داد پپتید sw-pep1 قابلیت بالایی در اتصال به سلول sw480 (در مقایسه با سلولهای کنترل) از خود نشان می دهد. به علاوه، این پپتید در مقایسه با پپتید کنترل (با توالی نامرتبط) از قابلیت بالاتری در اتصال به سلول sw480 برخوردار است. در مجموع نتایج ما نشان دهنده اختصاصیت پپتید sw-pep1 در اتصال به سلول sw480 بود. این پپتید اختصاصی سرطان کولون می تواند برای هدفمندسازی انواع ناقلهای رسانش ژن و دارو به سلولهای بدخیم روده مورد استفاده قرار بگیرد. بررسی قابلیت ex vivo و in vivo این پپتید در رسانش هدفمند ترکیبات تشخیصی و درمانی به سلولهای سرطان کولون نیازمند مطالعات بیشتری است. بدون تردید، این اطلاعات به درک توانمندی پپتید sw-pep1 برای استفاده در تشخیص و درمان هدفمند سرطان کولون کمک بسیاری خواهد نمود.

بررسی بیان و عملکرد برخی از mirna های دخیل در مسیر تمایز سلول های بنیادی قلب انسان به کاردیومیوسیت ها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  سمانه اختراعی طوسی   بهرام محمد سلطانی

تولید سلول های قلبی از طریق تمایز سلول های بنیادی، ره یافتی امید بخش برای ترمیم انفارکتوس قلبی است. در این پژوهش با بهره گیری از بررسی های بیوانفورماتیک، چند mirna انتخاب و مورد مطالعه قرار گرفت. در نهایت، نقش mir-590-5p در حین تمایز سلول های مشتق از کاردیوسفر (cdcs) به طور اختصاصی تر مورد بررسی قرار گرفت. تمایز cdcs (القاء شده با tgfb1) به سلول های مشابه کاردیومیوسیت، توسط pcr درزمان واقعی، icc و فلوسیتومتری تائید شد. الگوی بیان has-mir-590-5p و ژن های مرتبط با آن در حین این تمایز قلبی مورد بررسی قرار گرفت. همچنین اثر بیش بیانی mir-590 در تمایز cdcs مطالعه شد. ارزیابی الگوی بیانی mir-590 و ژن های هدف احتمالی اش (tgfbrs) در حین تمایز، کاهش بیان mir-590 و افزایش هم زمان tgfbr2 را به محض القاء با tgfb1 نشان داد (p<0.05). از این رو مدلی پیشنهاد گردید که طبق آن tgfb1 اثرات القائی- تمایزی خود را از طریق حفظ رونوشت و بیان tgfbr2 تقویت می کند. مطابق با این مدل، بیش بیانی mir-590 قبل و بعد از القاء با tgfb1، منجر به تغییر سطح رونوشت tgfbrs شد. داده های حاصل نشانگر این بود که بیش بیانی mir-590 قبل از القاء tgfb1 قادر است تمایز cdcs را از طریق کاهش سطح بیان tgfbr2 کاهش دهد.

طراحی و ساخت داربست بیوهیبرید بر پایه نانوکامپوزیت سه بعدی silk/swnt پوشیده شده از نانوالیاف فیبرونکتین با آرایش جهت دار به منظور بررسی عملکرد سلول های شوآن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  فاطمه متقی طلب   محمد علی شکرگزار

با توجه به کارآیی بالای کانال های عصبی به منظور استفاده در مهندسی بافت عصبی محیطی، در تحقیق حاضر کانال عصبی بر پایه فیبروئین ابریشم/نانولوله های کربنی تک دیواره/فیبرونکتین با استفاده از روش های الکتروریسی و خشک کن انجمادی ساخته شد و متعاقبا توپوگرافی، ساختار فیزیکی و شیمیایی آن با استفاده از روش های مختلف مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاکی از آن است که کانال عصبی متخلخل ساخته شده دارای ساختار فیزیکی و شیمیایی همگن بوده، از هدایت الکتریکی مناسبی برخوردار است. علاوه بر این، نانوالیاف فیبرونکتین که بر روی بستر فیبروئین ابریشم/نانولوله های کربنی تک دیواره الکتروریسی شده بودند از ظاهری جهت دار با آرایش منظم، تخلخل و قطر مناسبی برخوردارند. همچنین فیبرونکتین پس از فرآیند الکتروریسی دارای فعالیت زیستی قابل قبولی بوده، بدین ترتیب در رشد و چسبندگی سلول های شوان موثر واقع شد. پس از بررسی خصوصیات ساختاری، کانال های عصبی ساخته شده در شکاف 10 میلی متری عصب سیاتیک حیوان رت پیوند زده شدند. نتایج حاصل از بررسی بافت شناسی عصب پیوند زده شده پس از 5 هفته بیانگر ترمیم عصب در ناحیه فوقانی عصب بود. همچنین، در حیواناتی که عصب سیاتیک آنها با فیبروئین ابریشم/نانولوله های کربنی تک دیواره و فیبروئین ابریشم/نانولوله های کربنی تک دیواره/فیبرونکتین پیوند زده شده بودند، سرعت هدایت پیام عصبی بیشتری را نسبت به گروه های دیگر از خود نشان دادند. این امر می تواند احتمالاحاکی از احیای فعالیت عصب پس از پیوند، در نظر گرفته شود. علاوه بر این، تصاویر ایمنوهیستوشیمی نشان دهنده سلول های شوان بیشتری در گروه فیبروئین ابریشم/نانولوله های کربنی تک دیواره/فیبرونکتین در قیاس با گروه های دیگر بود. در نهایت، می توان نتیجه گرفت که کانال عصبی زیست سازگار بر پایه فیبروئین ابریشم/نانولوله های کربنی تک دیواره/فیبرونکتین با آرایش منظم از ساختار قابل قبولی به منظور استفاده در پیوند های عصبی برخوردار است.

جداسازی باکتری های تولیدکننده نانوذرات مغناطیسی به منظور ارزیابی در فرایندهای پاکسازی زیستی
پایان نامه دانشگاه الزهراء علیها السلام 1393
  پریسا تاجر محمد قزوینی   احمد نوزاد گلی کند

باکتری های مگنتوتاکتیک و نانوذرات مغناطیسی آنها به دلیل پتانسیل کاربردی خوب آنها در زمینه های بیوتکنولوژی و نانوتکنولوژی دارای جاذبه های خاصی هستند. علی رغم پراکندگی همه جایی باکتری های مگنتوتاکتیک در محیط های آبی، ثابت شده است که جداسازی و کشت آنها به صورت خالص بسیار دشوار می باشد و تنها تعداد بسیار اندکی از این باکتری های مشکل پسند در کشت خالص جدا شده اند. هدف اصلی این مطالعه جداسازی و کشت سویه های جدیدی از باکتری های مگنتوتاکتیک از کشور ایران به منظور بکارگیری آنها در زمینهٴ فرایندهای پاکسازی زیستی بود. در این پژوهش تعداد 30 نمونه از زیستگاه های مختلف ایران نمونه برداری شد. بررسی ها ارتباطی را مابین فاکتورهای فیزیکو شیمیایی مانند ph و آهن با رشد باکتری های مگنتوتاکتیک در میکروکوزم ها نشان داد. در مرحله جداسازی از روش capillary racetrack و جداسازی مغناطیسی برای خالص سازی و غنی سازی باکتری های مگنتوتاکتیک استفاده شد، سپس انواع مختلفی از محیط های جداسازی به طور همزمان برای جداسازی آنها در کشت خالص استفاده گردید. نهایتاً در این تحقیق، دو سویهٴ جدید از باکتری های مگنتوتاکتیک به نام های mtb-ktn90 و mtb-ktn92 از تالاب انزلی در محیط کشت جداسازی اصلاح شده، جدا گردیده و سپس در محیط کشت رویشی مناسب کشت داده شدند. بررسی های فیلوژنتیکی بر اساس ژن 16s rrna نشان داد که این دو باکتری جدید متعلق به رده alphaproteobacteria هستند. توالی های جدید ژن 16s rrna باکتری های جدا شده در پایگاه اطلاعاتی genbank در ncbi تحت عدد دسترسی توالی نوکلئوتیدی kf623694 و kj852768 به ترتیب برای باکتری mtb-ktn90 و mtb-ktn92 ثبت شد. نانوذرات مغناطیسی تولید شده توسط این باکتری ها به وسیله میکروسکوپ های الکترونی، دستگاه های پراش اشعه x و الگوی پراش الکترونی مورد بررسی قرار گرفتند. در این پژوهش برای اولین بار دو باکتری مگنتوتاکتیک متعلق به alphaproteobacteria معرفی شدند که قادر به رشد و سنتز مگنتوزوم ها در دمای بالاتر از c ˚30 بودند. امروزه پاکسازی زیستی فلزات سمی به وسیله باکتری های مگنتوتاکتیک و جداسازی مغناطیسی آنها از پساب یکی از جالب ترین زمینه های تحقیق می باشد. در این مطالعه پتانسیل حذف cs, sb, se, sr و co توسط هر دو باکتری alphaproteobacterium mtb-ktn90 و alphaproteobacterium mtb-ktn92 مورد ارزیابی قرار گرفت. بر اساس نتایج حاصله، مطالعات بر روی حذف کبالت توسط باکتری mtb-ktn90 و جداسازی مغناطیسی کبالت از محلول ها متمرکز گردید. مشاهده شد که بیشترین مقدار جذب فلز کبالت به وسیله بیومس پیرامون ph6/5 تا 7 می باشد. هنگامیکه غلظت خشک بیومس از g/l 0/009 تا g/l0/09 افزایش می یابد، بازده جذب از % 13/87به % 19/22 افزایش یافت. بیشترین مقدار جذب کبالت در 15 دقیقه اول مجاورسازی می باشد (mg/g dry weight 859/17). هنگامیکه غلظت اولیهٴ کبالت از 1 تا mg/l 225 افزایش می یابد، مقدار جذب فلز کبالت نیز افزایش پیدا می کند. نتایج جذب زیستی توسط دو مدل فرویندلیش و لانگمویر نیز مورد ارزیابی قرار گرفت. مقدار جذب فلز کبالت در شرایط بهینه شده برابر mg/g dry weight 15/42 ±1160/51 می باشد. همچنین نتایج نشان داد که %88/55 کبالت (در غلظت mg/l 1) می تواند بعد از فرایند جداسازی مغناطیسی زیست توده mtb-ktn90 بارگذاری شده با کبالت، از محلول خارج شود. مکانیسم جذب زیستی کبالت توسط میکروسکوپ الکترونی نگاره fesem، ftir و pixe مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت.

حذف ژن پروزامین سنتتاز (per)و مهار بیان اپرون virb در باکتری بروسلا ملی تنسیس سویه rev1 بمنظور تهیه سویه جهش یافته ضعیف شده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  علی رضا سعیدی نیا   مجید صادقی زاده

هدف از این مطالعه، داخل کردن کاست بیانی آنتی سنس درون کروموزوم باکتریایی جهت کاهش بیان طولانی مدت ژن هدف، و استفاده از کاست بیانی آنتی سنس (ابزار اصلی ناک داون ژنی) برای انجام حذف ژنی (ناک اوت) در سیستم باکتریایی، بود. لذا این روش برای حذف همزمان ژن کدکننده آنزیم پروزامین سنتتاز (per) و کاهش بیانی ژن virb1 در باکتری بروسلا ملی تنسیس سویه rev1 برای دستیابی به سویه جهش یافته ضعیف شده ای از آن بکار برده شد. در این مطالعه، کاست حذف متشکل از کاست بیانی آنتی سنس virb1 و کاست بیانی ژن مقاومت کانامایسین (kanr)، با انجام نوترکیبی هم ساخت بوسیله وکتور خودکشی جایگزین ژن per شد. حذف ژن per با انجام واکنشهای pcr و تعیین توالی قطعه تکثیر یافته، و حذف عملکرد ژن per با انجام واکنش rt-pcr، مورد تأیید قرار گرفت. عملکرد کاست بیانی آنتی سنس virb1 با انجام واکنش rt-pcr تأیید شد و ارزیابی بیان ژن هدف virb1 نسبت به ژن مرجع groel در سویه والد و جهش یافته بوسیله real-time rt-qpcr با استفاده از پرایمرهای اختصاصی صورت گرفت. میانگین بیان mrna ژن virb1 در سویه جهش یافته نسبت به سویه والد به طور متوسط 10 برابر کمتر بود. در نهایت، میزان ماندگاری سویه جهش یافته با تعیین cfu باکتری در رده سلولی j774 و در مدل موشی balb/c، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل، کاهش معنی داری را در توانایی ورود، تکثیر و ماندگاری سویه جهش یافته در درون سلول های میزبان نشان داد. همچنین مقایسه و مشاهده اختلاف معنی دار در میزان ماندگاری سویه جهش یافته فوق نسبت به سویه جهش یافته کنترل (حذف ژن per تنها با کاست بیانی kanr) در سلول های طحال موشی، بیانگر کاهش عملکرد اپرون virb از طریق اثر مهاری کاست بیانی آنتی سنس virb1، بود. بدین ترتیب نتایج ما نشان داد که سویه حاصل یک سویه جهش یافته دارای نقص در ساختار lps و کاهش در عملکرد سیستم ترشحی خود بوده و در نتیجه علاوه بر کاهش خطا در تمایز ما بین حیوان واکسینه شده و حیوان آلوده در تست های تشخیصی، می تواند با انجام تست های ایمنولوژیکی بعنوان یک سویه کاندید واکسن مورد بررسی قرار بگیرد.

بررسی پروتئین helicobacter pylori oipa به منظور تولید پروتئین نوترکیب برای اهداف ایمونولوژیک
پایان نامه دانشگاه الزهراء علیها السلام 1393
  محدثه محبوبی   طاهره فلسفی

پروتئین oipa (outer inflammatory protein a) یکی از مهمترین ادهزین‏های h. pylori و کاندید مناسبی برای ساخت واکسن است. ژن آن تحت تنظیم وضعیت on-off در ارتباط با بیان پروتئین oipa است. هدف از این مطالعه به دست آوردن یک کلون نوترکیب (با وضعیت on) از یک ایزوله بالینی h. pylori با میزان بیان بالا برای پروتئین غشای بیرونی (omp) با وزن مولکولی kda 35-33 است. برای تکثیر ژن oipa از سویه ایرانی، پرایمر اختصاصی این ژن بر اساس توالی oipa سویه استاندارد b8 h. pylori طراحی شد و با استفاده از این پرایمر ژن تکثیر و محصول pcr جهت تعیین توالی به genebank ارسال شد. پلاسمید pet28a و e. coli dh5α برای همسانه سازی و ترانسفورماسیون انتخاب شد. به منظور بیان پروتئین پلاسمید نوترکیب حاوی ژن oipa (pet28a-oipa) در e. coli bl21(de3) ترانسفورم شد. پروتئین‏ oipa از باکتری جداسازی و تخلیص شد و حضور پروتئین oipa با استفاده از آنتی‏بادی مونوکلونال آنتی his-tag و آنتی بادی اختصاصی بر علیه پروتئین 35-33 کیلودالتون تأیید گردید. کارایی محافظتی پروتئین oipa و بره‏موم به عنوان ادجوان در محافظت از موش c57bl/j در مقابل عفونت h. pylori تعیین شد. چهار گروه از موش‏ها به صورت مخاطی پروتئین oipa (واکسن)، پروتئین oipa و بره‏موم (واکسن- آدجوان)، بره‏موم (آدجوان) و pbs (کنترل) را دریافت کردند. سویه h. pylori b19 (caga+/vacas1m2) که از نمونه بیوپسی با علائم بالینی التهاب شدید گرفته شده بود، به طریق داخل معده‏ای برای آزمایشات ارزیابی ایمنی در موش استفاده شد. کولونیزاسیون h. pylori، شاخص التهاب در معده و میزان تیتر iga در سرم خون موش‏ها با روش شمارش باکتری (cfu)، پروتوکل‏های هیستوپاتولوژیکی استاندارد و الایزا تعیین گردید. توالی ژن oipa حضور قطعه 924 جفت بازی مرتبط با پروتئینی با وزن مولکولی 34 کیلودالتون را نشان داد (kj816695). میزان مشابهت ژن oipa با سایر ژنهای oipa منتشر شده در ncbi برابر 96-92% تعیین گردید. بیشترین مشابهت با کلون oipa مکزیکی مشاهده شد. میزان بار باکتریایی و شاخص التهاب به طور مشخصی در گروه موش‏های کنترل در مقایسه با گروه واکسن (oipa) بالاتر بود. تیتر iga آنتی oipa به طور مشخصی در گروه واکسن در مقایسه با سایر گروه‏ها بالاتر بود. در گروه بره‏موم، کاهش کمتری در بار میکروبی و شاخص التهاب در مقایسه با گروه واکسن مشاهده شد، اما به طور مشخصی از گروه کنترل پایین‏تر بود. بنابراین بره‏موم به تنهایی ممکن است به طور جزئی از موش‏های c57bl/j در مقابل عفونت h. pylori محافظت ‏کند. تجویز خوراکی بره موم به عنوان آدجوان همراه با واکسن oipa نسبت به واکسن به تنهایی اثر آدجوانی یا افزایشی نشان نداد. در واقع بره‏موم در مقابل از اثرات مؤثر واکسیناسیون پروتئین oipa جلوگیری کرد. یک توضیح حضور ترکیبات فنولیک، فلاونوئیدی یا سایر ترکیبات موجود در بره‏موم است که می‏تواند روی ساختار آنتی‏ژنیک پروتئین oipa اثر بگذارد و از فعال شدن ایمنی مخاطی توسط oipa جلوگیری کند. نتایج حاصل از این پژوهش بر نقش مهم oipa در بیماریزایی h. pylori تأکید دارد و oipa را به عنوان یک کاندیدای خوراکی در مقابل عفونت h. pylori معرفی می‏کند.

ساب کلونینگ و مقایسه ی فعالیت نوع طبیعی آنزیم تیروزیناز انسانی با انواع جهش یافته ی آن (m374t و m374d) در رده ی سلولی hek-293
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  آرمان شهریسا   مجید صادقی زاده

آنزیم تک زنجیره ای حاوی مس تیروزیناز، یک گلیکوپروتئین غشایی نوع i است که به گروه پروتئین های وابسته به مس نوع 3 تعلق دارد. این آنزیم در جایگاه فعال خود دارای دو اتم مس است که هریک توسط سه ریشه ی بسیار حفظ شده ی هیستیدین در موقعیت مناسب برای واکنش قرار می گیرند. تیروزیناز انسانی از اکسیژن ملکولی برای انجام دو مرحله ی اول مسیر سنتز ملانین یعنی ارتو-هیدروکسیلاسیون l-تیروزین به l-دوپا (فعالیت تیروزین هیدروکسیلازی) و اکسیداسیون متعاقب آن ها به دوپاکینون (فعالیت دوپا اکسیدازی) استفاده می کنند. در پژوهش قبلی این آنزیم برای به دست آوردن نوع جهش یافته ی دارای فعالیت دوپا اکسیدازی بیشتر مورد مهندسی پروتئین قرار گرفت. m374 یک ریشه ی بسیار حفظ شده در خانواده ی پروتئین های مس نوع 3 است که در جایگاه فعال تیروزیناز انسانی قرار گرفته است. این اسید آمینه در پژوهش قبلی با چهار اسید آمینه ی ترئونین (m374t)، آسپارتیک اسید (m374d)، لیزین (m374k) و آرژینین (m374r) تعویض شد و فعالیت اختصاصی آنزیم نوترکیب و این چهار جهش یافته در سویه ی e.coli bl21 مورد بررسی قرار گرفت. مشخص شد که دوجهش یافته ی اول فعالیت دوپا اکسیدازی بالاتری نسبت به نوع نوترکیب آنزیم دارند. در پژوهش کنونی، آنزیم نوترکیب به همراه دو جهش یافته ی اول به عنوان مدلی برای بررسی فعالیت دوپا اکسیدازی تیروزیناز انسانی در رده ی سلولی hek-293 بیان شدند. توالی های رمز کننده ی تیروزیناز پیشتر در حامل pet-28a(+) کلون شده بودند. قدم اول سابکلون قطعات رمز کننده ی تیروزیناز طبیعی و انواع جهش یافته m374d و m374t در pcdna3.1/his/lacz بود. برای معادل سازی تولید پروتئینی با شرایط تاخوردگی مشابه در تروزیناز های یوکاریوتی، توالی رمز کننده ی lacz به طور کامل خارج شده و توالی های رمز کننده تیروزیناز بدون حضور سیگنال نشانه به جای آن کلون شدند. برای تهیه میزان کافی از واریانت های آنزیمی مورد نظر برای اندازه گیری های بیوشیمیایی، نزدیک به 9 میلیون سلول hek293 با هر واریانت ترانسفکت شد. پس از گذشت نزدیک به 30 ساعت از زمان ترانسفکشن، هرنمونه با استفاده از بافر لیز-اتصال، لیز شد و محتویات آن با استفاده از کروماتوگرافی تمایلی خالص سازی شدند. فعالیت آنزیمی هیچ یک از نمونه ها قابل تشخیص نبود. برای کمک به تاخوردگی بهتر انواع آنزیمی، مراحل ترانسفکشن، لیز و خالص سازی همانند آنچه شرح داده شد، مجدداً انجام گشت. تنها تفاوت افزوده شدن l-dopa استریل با غلظت نهایی 1 mm به سلول ها بود. این بار نیز فعالیت آنزیمی قابل تشخیصی مشاهده نشد. تمام مراحل فوق بار دیگر تکرار شد و l-dopa با cuso4 با غلظت نهایی ?m 100 جایگزین شد. از آنجایی که فعالیت آنزیمی مشاهده نشد، حضور احتمالی یک مهار کننده در مراحل مختلف بررسی شد. مشخص شد که nacl مهار کننده تیروزیناز بوده و قادر به مهار کامل فعالیت تیروزیناز در غلظت ?m 800 می باشد. به همین منظور به جای خالص سازی نمونه های آنزیمی، فعالیت نسبی نمونه-های مختلف بررسی گشت. کلیه مراحل لیز سلول های ترانسفکت شده در داخل بافر pbs محتوی تریتون x-100 و مهار کننده ی پروتئاز انجام شد. پس از بررسی نمونه ها، جذب در محدوده ی 03/0-02/0 برای تمامی نمونه ها مشاهده شد که به دلیل پایین بودن مقادیر مشاهده شده نمی توان با اطمینان کامل آن را مرتبط به فعالیت دوپا اکسیدازی دانست. برای اطمینان از بیان مناسب سازه ها rt-pcr نیمه کمی در سطح rna و آنالیز وسترن بلات در سطح پروتئین انجام شد که نشان دهنده ی تولید شدن تمامی نمونه های آنزیمی در هر دو سطح بود. آنالیز وسترن بلات غلظت بسیار پایینی از تمامی نمونه ها نشان دارد. به همین دلیل اندازه گیری فعالیت آنزیمی نیازمند تهیه رده های سلولی که دائماً واریانت های مختلف آنزیم را تولید کنند است و کشت این رده های سلولی در حجم های بیشتر باید انجام گیرد که شامل حداقل 20 میلیون سلول در حال کشت برای هر نمونه می شود.

سنتز دندریمر g2 پلی اتیلن گلیکول-سیترات کانژوگه شده با کورکومین به منظور بررسی اثرات ضد ویروس های hiv-1 و hsv-1
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  سعیده ابراهیمی   محمد رضا آقاصادقی

دارو رسانی یکی از مهمترین کاربردهای فناوری نانو محسوب می شود. امروزه محققان با کمک نانوتکنولوژی حامل های دارویی را ابداع کرده اند که به صنعت داروسازی در جهت رفع مشکلاتی چون حلالیت و جذب پایین سلولی داروها کمک می کنند. کورکومین، یک داروی پلی فنلی طبیعی است که از گیاه زردچوبه بدست می آید. مطالعات مختلف اثرات آنتی اکسیدان، ضد ویروسی، ضد سرطان و ... کورکومین را نشان داده است. حلالیت آبی کم و دسترسی زیستی پایین کورکومین مشکلات عمده در استفاده از پتانسیل بالای دارویی آن می باشد. در این تحقیق برای غلبه بر مشکلات کورکومین روش های تحویل دارو مبتنی بر دندریمرها، در نظر گرفته شد و تلاش گردید با سنتز دندریمر زیست سازگار پلی اتیلن گلیکول-سیترات نسل دو و کانژوگه کردن کورکومین به آن حلالیت و دسترسی زیستی آن افزایش یابد و تاثیر آن در بروز بهتر خواص ضد ویروسی کورکومین مورد بررسی قرار گیرد. در بخش اول این تحقیق، ابتدا چند روش جدید و استفاده از شیمی سبز در سنتز دندریمر زیست سازگار و زیست تخریب پذیر پلی اتیلن گلیکول-سیترات نسل دو (g2)، بکار رفت و در نهایت روشی نوین و یک مرحله ای برای سنتز آن ابداع گردید. سپس چند روش مختلف برای اتصال مستقیم کورکومین به دندریمرg2 بررسی شد و در نهایت برای اولین بار در دنیا کورکومین بصورت مستقیم و بدون استفاده از لینکر به دندریمر g2 پلی اتیلن گلیکول-سیترات کانژوگه گردید. ساختمان و سنتز دندریمرهای نسل اول (g1) و دوم (g2) و همچنین کانژوگاسیون کورکومین به دندریمر با روش های ftir, hnmr و lcms تایید گردید. همچنین با آنالیز دینامیک نوری (dls) و مطالعات میکروسکوپ الکترونی نیروی اتمی (afm) اندازه، بار سطحی ذرات و مورفولوژی آنها مشخص گردید. با توجه به نتایج میانگین اندازه ذرات دندریمر g1، g2 و کانژوگه کورکومین-دندریمر g2 به ترتیب 15±75، 4±91 و 7±101 نانومتر بدست آمد، بار سطحی ذرات منفی بود و ذرات حالت تقریبا کروی داشتند. میزان کورکومین کانژوگه شده به دندریمر g2 با توجه به مقدار جذب محلول آن در 429 نانومتر و به کمک منحنی استاندارد حلالیت کورکومین در dmso، بدست آمد و مشخص شد که تقریبا یک دهم وزن کانژوگه کورکومین-دندریمر g2 را کورکومین تشکیل می دهد. در بخش دوم تحقیق مطالعات افزایش حلالیت و جذب سلولی کورکومین با توجه به جذب اختصاصی کورکومین در 400-450 نانومتر و با توجه به خصوصیت فلورسنس ذاتی آن با استفاده از اسپکترومتری، فلوسایتومتری و میکروسکوپ فلورسانس تعیین گردید. نتایج بیانگر تاثیر فوق العاده مطلوب و مناسب کانژوگه کردن کورکومین به دندریمر g2 در افزایش حلالیت آبی آن بود و همچنین نفوذپذیری سلولی از 20 % برای کورکومین به 80% در کانژوگه کورکومین-دندریمر افزایش یافت. بنابراین به نظر می رسد که کانژوگه کردن کورکومین به دندریمر تاثیر فوق العاده زیادی در افزایش حلالیت و جذب سلولی آن داشته و می تواند گزینه مناسبی جهت بهینه کردن کاربردهای درمانی کورکومین باشد. سپس آزمون xtt و تست آپوپتوز برای بدست آوردن سمیت ترکیبات و cc50 انجام شد و نتایج غیر سمی بودن حامل دندریمری پلی اتیلن گلیکول-سیترات g2 را تا غلظت های 400 و 600 میکرومولار برای سلول های hela و vero نشان داد و cc50 کانژوگه کورکومین-دندریمر 300 و 550 میکرومولار به ترتیب برای سلول های hela و vero بدست آمد. در نهایت سیستم ایمن ویریون های scr hiv، با قابلیت یک سیکل همانند سازی، امکان بررسی میزان مهار ویروس hiv-1 توسط کانژوگه کورکومین-دندریمر را فراهم ساخت. با سنجش میزان تولید پروتئین p24 توسط کیت الایزای p24 hiv، مشخص شد که کانژوگه کورکومین-دندریمر در غلظت 12 میکرومولار 50% تکثیر ویروس hiv-1 را مهار می کند (ic50: 12µm) و در غلظت 60 میکرومولار بیش از 90 درصد مهار ویروسی مشاهده گردید. مهار ویروس hiv-1 در غلظت های بسیار پایین تر از cc50 بیانگر پتانسیل بالای کانژوگه کورکومین-دندریمر را در مقابله با این ویروس می باشد و احتمالا عملکرد اختصاصی کورکومین در مهار عفونت ویروس hiv-1 را نشان می دهد. توان کانژوگه کورکومین-دندریمر برای بازداری ویروس hsv-1 نیز به وسیله روش tcid 50 و میزان cpe ایجاد شده بررسی و ic50 محاسبه شد. کانژوگه کورکومین-دندریمر در غلظت 285 میکرومولار 50% تکثیر ویروس hsv-1 را مهار کرد (ic50: 285µm). گرچه کانژوگه کورکومین-دندریمر توان مهار ویروس hsv-1 را نیز داشت ولی قدرت مهار کنندگی آن در ویروس hiv-1 بسیار بالاتر بود که این مسئله می تواند به دلیل مقاوم تر بودن، تولید تعداد پروتئین های بیشتر و dna دار بودن این ویروس باشد.

ارزیابی بیان ژن های متاستازی و تهاجم در رده سلول های بنیادی سرطان پستان (mda-mb-231) پس از بیش بیان cdna p53
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  نرگس باغی   مجید صادقی زاده

چکیده: سرطان پستان یک بیماری هتروژن است که از لحاظ بیولوژیکی انواع متنوعی دارد. انواع مختلفی از این بیماری پاسخ مناسبی به درمان می دهند، اما سرطان سینه نوع triple-negative (15 در صد از کل سرطان های پستان (به درمان ها پاسخ مناسبی نمی دهند و درصد بالایی از مرگ های ناشی از سرطان tnbc بر اثر رخداد متاستاز می باشد. tnbc از نظر سه نوع گیرنده استروژن و پروژسترون و her2 منفی است. بنابراین، در درمان این بیماری هورمون درمانی کارآیی ندارد. به همین خاطر پیدا کردن روش درمانی مناسب برای این بیماران ضرورت دارد. علاوه بر این شواهد زیادی وجود دارد که نشان دهنده ی نقش سلول های بنیادی سرطان سینه (bcscs) در فرایند متاستاز است. بنابراین، کشف ویژگی های زیستی bcscs می تواند در پیدا کردن روش درمانی جدید برایtnbcs مفید واقع شود. علاوه بر این،80 درصد سرطان های tnbc دارای جهش در ژنp53 هستند که این جهش نقش مهمی را درپیشروی فرایند متاستاز بازی می کند. با توجه به مطالعات انجام شده، کورکومین - ترکیب اصلی گیاه زردچوبه – بدون داشتن آثار جانبی مضر باعث آپوپتوز در سلول های سرطانی شده و از فرایند متاستاز جلوگیری می کند. در این پروژه، به بررسی تاثیر بیش بیان ژن p53 و نانوکورکومین (کورکومین+نانوحامل) در سلول های mda-mb-231 (رده سلولی سرطانی شبه بنیادی)، بر روی بیان ژن های متاستازی از جمله، snai1، zeb1، bmi1،vegf و با استفاده از روش real time pcr mmp2 و میزان مرگ برنامه ریزی شده سلول با استفاده از آزمایش فلوسایتوری پرداخته شد. در مجموع، بیش بیان نوع وحشی ژن p53 به همراه داروی نانوکورکومین باعث افزایش آپوپتوز در سلولهای mda-mb-231 می شود و نیز بیان ژن های متاستازی را کاهش می دهد. علاوه بر این میزان متاستاز در سلول های mda-mb-231 کاهش یافت که این امر بوسیله آزمایش پر شدن شکاف مشاهده شد. این نتایج بیانگر این است که استفاده نانوکورکومین و بیش بیان ژن p53 باعث مهار ژن های متاستازی در این نوع از سرطان سینه – که به شدت متاستاتیک است می_گردد. کلید واژه: نانوکورکومین، tnbcs،متاستاز، p53

شناسایی و رده بندی گونه های خانواده اسبچه ماهیان leiognathidae در سواحل استان هرمزگان با استفاده از صفات ریختی و تکنیکdna بارکدینگ
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده منابع طبیعی و علوم دریایی 1393
  عبدالله دیرستانی   مجید صادقی زاده

در این تحقیق، شناسایی و رده بندی گونه های خانواده اسبچه ماهیان در سواحل استان هرمزگان با استفاده از نشانگرهای ریختی و مولکولی (توالی بخشی ژن co1) مورد بررسی قرار گرفت. نتایج آزمون های آنالیز واریانس یک طرفه (anova)، آنالیز تابع تشخیصی (da) و تحلیل به مولفه های اصلی (pca) برای تحلیل صفات ریختی بیانگر کارایی بهتر صفات اندازشی در مقایسه با صفات شمارشی در تمایز گونه های مورد بررسی بود. نمودار رسته بندی و خوشه بندی، تفکیک گونه ها را بر اساس صفات اندازشی به خوبی نشان داد. نتایج مولکولی نیز نشان داد که ژن انتخابی co1، جهت شناسایی و بررسی روابط تبارشناسی خانواده اسبچه ماهیان مناسب بوده و قادر به تفکیک گونه ها می باشد هرچند تمایز مشاهده شده در گونه های a. fasciata و l. equulus کمتر از سطح دو گونه متعلق به دو جنس مختلف بود. میانگین فاصله ژنتیکی بین گونه ای بر حسب جفت باز، 3/14 درصد به دست آمد. با توجه به درخت تبارشناسی، گونه n. gerreoides در کنار equulitessp. و گونه a. fasciata در کنار گونه l. equulus موقعیت خواهر گروهی قرار گرفتند. فواصل ژنتیکی مشاهده شده با نتایج ریختی همسو بودند.

بررسی اثر نانوحامل پلی مری حاوی آنتی بیوتیک جنتامایسین به منظور کاهش باکتری درون سلولی بروسلا در موش های balb/c
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  علی هوشمند عنبرستانی   محمدعلی شکرگزار

بروسلا یک باکتری گرم منفی و درون سلولی است و بیماری بروسلوز که مشترک بین انسانها و حیوانات است را ایجاد می کند. جنتامایسین آمینوگلیکوزیدی است که با جلوگیری از بیان پروتئین باکتری در از بین بردن بروسلا بسیار موثر است ولی نفوذ پذیری کمی به سلول های یوکاریوتی دارد و قادر به درمان مناسب بیماری نیست. . دندریمر پلی اتیلن گلیکول سیترات g2 زیست سازگار و زیست تخریب می باشد و باعث افزایش ورود آنتی بیوتیک به سلول می شود. در این تحقیق تاثیر کاهش بروسلا توسط دوز های مختلف نانوحامل دندریمری نسبت به آنتی بیوتیک آزاد در موش های balb/c مورد بررسی قرار گرفت. این تحقیق نشان می دهد که حضور دندریمر g2 تاثیر مثبت در کاهش اثر بروسلا نسبت به درمان با آنتی بیوتیک آزاد در balb/c داشته و همچنین کونژوگه ایجاد شده مستقل از دوز می باشد.

بررسی اثر بیش بیان cdnaی p53 بر ژن های مسیرهای انکوژنی، ترمیم dna و توقف چرخه سلولی در سلول های سرطانی گلیومای u87 تیمار شده با نانوکورکومین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  ریحانه کشاورز   مجید صادقی زاده

در این پروژه به بررسی تاثیر افزایش بیان cdnaی p53 که یک مهار کننده تومور می باشد پرداخته شد و همزمان با آن تاثیر داروی ضد سرطان کورکومین برای بالا بردن کارایی ژن p53 مورد بررسی قرار داده شد. آزمون های mtt و فلوسایتومتری به منظور بررسی چگونگی مرگ و آپوپتوز در سلول ها و واکنش کمی real–time pcr به منظور بررسی بیان ژن های انکوژنی و چرخه سلولی پس از ترانسفکشن cdnaی p53 و تیمار با نانوکورکومین دندروزومی مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل از بررسی بیان ژن های چرخه سلولیp53، p21 و gadd45 و انکوژن های nf-kb و c-myc نشان داد که افزایش بیان cdnaی p53 در سلول های گلیوما u87mg و همزمان تیمار آن با نانوکورکومین دندروزومی افزایش معنی داری در بیان ژن های چرخه سلولی و کاهش چشمگیری در بیان ژن های انکوژنی دارد. همچنین نتیجه حاصل از آزمون انکسین اثبات بر وقوع آپوپتوز در این رده سلولی بود. در نتیجه می توان گفت که کاربرد همزمان افزایش بیان ژن p53 و نانوکورکومین اثر سینرژیسم داشته و در روند رو به رشد سلول توموری تاثیر گذاشته و آن را به سمت مرگ سلولی هدایت می کند

کلونینگ و تعیین توالی ژن لوسیفر از lampyrodea maculata و تعیین خصوصیات آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1385
  عبدالرحمان امام زاده   سامان حسینخانی

چکیده ندارد.

جداسازی، توالی یابی، کلونینگ و بیان ژن dna پلیمراز مقاوم به حرارت از ایزوله های ایرانی باکتریهای گرمادوست
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  احسان فراشاهی یزد   مجید صادقی زاده

چکیده ندارد.

مطالعه عملکرد ژن itpa در سلول های سرطانی cml (k-562)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  یاسمین دانایی   مهرداد بهمنش

چکیده ندارد.

ایجاد موتاسیون در ژن لوسیفراز با استفاده از تکنیکهای جهش زایی هدایت شده/ تصادفی جهت غربالگری آنزیمی با ویژگی های جدید
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  نرگس خرازانی تفرشی   مجید صادقی زاده

چکیده ندارد.

بررسی واریانتهای bcr-abl در بیماران لوسمی مزمن ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1385
  بهجت غلامی   مجید صادقی زاده

چکیده ندارد.

تشخیص موتاسیون ها مقاوم به دارو نواحی ymdd و flla ژن پلی مراز ویروس hbv در بیماران مبتلا به هپاتیت b از طریق روش (lcr) ligase chain reaction
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  لیلا خجاره   مجید صادقی زاده

چکیده ندارد.

مطالعه بیوفیزیکی اتصال dna به قطعه hc سم عصبی بوتولینیوم سروتیپ a جهت انتقال ژن به روش غیر ویروسی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  لیلا حسنی   مجید صادقی زاده

چکیده ندارد.

بررسی بیان ژن گیرنده d2 دوپامینی در موش های حساس شده با مورفین در حضور و عدم حضور لیتیم کلراید
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  هدی مهرگان   مجید صادقی زاده

چکیده ندارد.

بهبود فعالیت و پایداری پروتئاز باکتری بومی با روش جهش زایی هدفمند
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  محسن اصغری   مجید صادقی زاده

چکیده ندارد.

مطالعه اثرات خاموش شدن بیان ژن e1a آدنوویروس تیپ 5 با استفاده از تکنیک rnai در سلول های سرطانی hek 293
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم انسانی 1386
  هاله وثقی   مهرداد بهمنش

چکیده: انکوپروتئین e1a آدنوویروس تیپ 5 یک فاکتور تنظیمی می باشد که موجب کنترل فرایند رونویسی ژن های آدنوویروس می گردد. همچنین این پروتئین با تغییر در عملکرد پروتئین های مهم سلولی از جمله p21 و rb مسبب ایجاد شرایط مساعد برای همانندسازی ژنوم ویروس و ترانسفورم کردن سلول های میزبان می گردد. هدف از تحقیق حاضر مهار پایدار بیان ژن e1a در سلول های رده hek 293 با استفاده از تکنیک rnai بوده، تا اثرات این مهار بر روی سلول های فوق بررسی شود. برای رسیدن به این هدف ناحیه پروموتر u6 و shrna از پلاسمید کد کننده sirna اختصاصی علیه ژن e1a و پلاسمید کنترل آن که اهدائی دکتر hacker بودند به پلاسمید pcdna3.1 منتقل گردیدند. سپس سازه های ساخته شده با روش لیپوفکشن به سلول های سرطانی hek 293 ترانسفکت.....

بررسی نقش لوپ انعطاف پذیر در مکانیسم ایجاد نور و تاثیر آن بر روی پارامترهای سینتیکی در لوسیفراز photinus pyralis با استفاده از موتاسیون هدفدار
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  علی مرادی   سامان حسینخانی

آنزیم لوسیفراز حشره شب تاب در طی دو مرحله، مرحله اول با نقش لیگازی با استفاده از atp و mg2+ و مرحله دوم با نقش مونواکسیژنازی و با استفاده از o2 باعث تبدیل سوبسترای خود، لوسیفرین به ترکیب برانگیخته اکسی لوسیفرین می شود که در هنگام برگشت به حالت پایه ایجاد نور با بازده کوانتایی بالا می کند. در بین حشرات تنها گونه p. hirtus از railrod worms به طور طبیعی دارای بیولومینسانس نشر نور قرمز است. وجود r353 در گونه p. hirtus که در بقیه لوسیفرازهای با نشر نور سبز حذف شده، یکی از ویژگیهای ساختاری بارز آن است. ورود اسیدآمینه آرژینین در موقعیت مشابه در گونه ایرانی l. turkestanicus باعث شیفت نور قرمز و پایداری حرارتی شد. در این رساله برای بررسی بیشتر نقش این موقعیت در رابطه با مکانیسم ایجاد رنگ نور از ورود چهار اسید آمینه (r، k، e، q) با اندازه زنجیره جانبی مشابه ولی با بار متفاوت در گونه p. pyralis استفاده شد. ورود اسید آمینه های با بار مثبت (r356، k356) باعث شیفت رنگ نوری از سبز به قرمز شد در حالیکه ورود اسید آمینه با بار منفی (e356) تاثیر کمتر و اسید آمینه با بار خنثی (q356) تاثیری بر روی شیفت رنگ نوری نداشت. به منظور بررسی ارتباط بین عملکرد نشر نور و ساختار، مطالعات ساختاری با استفاده از هومولوژی مدلینگ و تکنیک فلورسانس انجام شد. نتایج به دست آمده از هومولوژی مدلینگ تغییرات ساختاری را به صورت یکسری برآمدگی در لوپ انعطاف پذیر در مورد موتانت ها نسبت به لوسیفراز وحشی نشان داد. تغییرات رنگ با جابجایی لوپ در مورد موتانت ها منطبق است. نتایج به دست آمده از فلورسانس فشردگی ساختاری را در مورد موتانت های e356 و q356 و افزایش انعطاف پذیری در مورد موتانت k356 نشان داد. از مهمترین نتایج سینتیکی می توان به افزایش پایداری نسبی در مورد جهش q356 و کاهش پایداری در مورد موتانت های با بار مثبت (r356, k356) و منفی (e356) اشاره کرد.

مطالعه همانندسازی dna ویروس آبله مرغن - زونا (vzv) در شرایط آزمایشگاه (in vitro)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1377
  محمدمهدی یعقوبی   مجید صادقی زاده

زیست شناسی مولکولی ویروس آبیه مرغان - زونا (vzv) که از عوامل مهم بیماریزای انسانی و عضو خانواده هرپس ویریده می باشد، نسبت به سایر اعضای هم خانواده اش مانند hsv - 1 پیشرفت چندانی نداشته است . علت مهم این امر آن است که ویروس در کشت سلول به صورت آزاد وجود ندارد و برای مطالعه باید با روشهای سخت و وقت گیری آن از سطح سلول جدا نمود. در حالی که ژنهای لازم برای همانندسازی dna ویروس hsv - 1 به تعداد هفت ژن از میان هفتاد ژن آن با روش challberg شناسایی شده است ، اما هنوز حداقل ژنهای ضروری برای همانندسازی dna ویروس vzv ناشناخته است . در این پژوهش سعی بر آن بود تا به روش شالبزگ و با استفاده از چهار کاسمید هم پوشان حاوی ژنوم vzv می توانند پس از ورود همزمان به درون سلول منجر به cpe و پلاک شوند، تکثیر پلاسمید حاوی منشا همانندسازی ویروس در حضور آن کاسمیدها بررسی شود. نتایج نشان داد که این پلاسمید می تواند در حضور چهار کاسمید در سلول همانندسازی در ژنوم ویروس قرار داشته و فعال نیز می باشند. حال برای جداسازی حداقل ژنهای لازم برای همانندسازی dna ویروس می توان به روش زیر کلون سازی این ژنها را از داخل کاسمیدها بیرون کشید.

بررسی اثر نیتریک اکسید (no) روی همانندسازی ویروس تبخال ویروس آبله مرغان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1378
  جعفر شاه بیگ   مجید صادقی زاده

اثرات مهاری نیتریک اکسید روی همانندسازی ویروس تبخال از سلول فیبروبلاست کلیه میمون سبز آفریقایی (vero) مورد تحقیق قرار گرفته شد. همانندسازی یا عفونت زایی ویروس تب خال در سلولهای vero توسط یک ترکیب دهنده نیتریک اکسید یعنی سدیم نیتروپروساید مهار شد. در این بررسی از پلاسمید نوترکیب pcmvinos به منظور بیان آنزیم نیتریک اکسید سنتاز جهت تولید نیتریک اکسید برای بررسی اثر no استفاده شد. همچنین در این تحقیق از ترکیب مهار کننده آنزیم نیتریک اکسید سینتاز جهت تایید اثر نیتریک اکسید، حاصل از عملکرد آنزیم مذکور مورد استفاده قرار گرفت . و مانند سایر محققان نشان داده شد که no از رشد ویروس تب خال جلوگیری بعمل آورده و می تواند بعنوان یک داروی ضد ویروس بکار برده شود.

بررسی الگوی مقاومت دارویی و پلاسمیدی سویه های کلبسیلای جدا شده از عفونتهای ادراری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1381
  جبار گنجی   مرتضی ستاری

کلبسیلاها پاتوژن های فرصت طلبی هستند که در ایجاد عفونت های ادراری بیمارستانی نقش دارند. در این جنس ، کلبسیلا پنومونیه از اهمیت ویژه ای برخوردار است. این میکروارگانیسم ها به دلیل اکتساب پلاسمیدهایی که چندین ژن مقاومت دارویی مختلف را کد می کنند ، به آنتی بیوتیک های متعددی از جمله سفالوسپورین های وسیع الطیف و آمینوگلیکوزیدها مقاومند.

بررسی کارآیی ترانس فکشن در سلول اندوتلیال رگ بند ناف انسان و هپاتومای انسانی-7 به روش پلیمر دندروزوم و مقایسه آن با روش فسفات کلسیم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1379
  رضا ذوالفقاری امامه   مجید صادقی زاده

انتقال ‏‎dna‎‏ به داخل یاخته های پستانداران بوسیله دندروزومها، یکی از جدیدترین روشهای انتقال ‏‎dna‎‏ به داخل یاخته محسوب می شود که مزایای زیادی نسبت به روشهای قدیمی تر مانند فسفات کلسیم، دکستران، لیپوزومها، دندریمرها و الکتروپوریشن دارند. دندروزومها، ارزان، خنثی و غیر سمی هستند. یاخته های اندوتلیال رگ بندناف انسان، نقش مهمی در خونسازی، عملکرد رگها و ایمنی زایی دارند با توجه به این اعمال فیزیولوژیک مهم یاخته های اندوتلیال، انتقال موفق یک نسخه سالم از ژن به داخل یاخته های غیر طبیعی، به تولید پرتئین منجر می شود که در نتیجه، نقص یاخته ای را بهبود می بخشد. از نظر تئوری، پیوند این یاخته های دستکاری شده ژنتیکی به سرخرگها، می تواند تحولی در زمینه پزشکی باشد. در این تحقیق، بوسیله دندروزومها، پلاسمیدهای ‏‎pcmv62‎‏، ‏‎pcmv4‎‏ (به ترتیب، محتوی ژنهای فعال کننده ما قبل اولیه 62 و 4 ویروس آبله مرغان-زونا ‏‎(-varicella-zoster virus (vzv)‎‏ و ‏‎pon284‎‏ (محتوی ژن ‏‎lacz‎‏) را وارد یاخته های هپاتومای انسانی-7 ‏‎-human hepatoma-7(huh-7)‎‏ و کلیه جنینی انسان 293 ‏‎-human embryonic kidney 293 (hek293)‎‏ و پلاسمید ‏‎pcmv4‎‏ را وارد یاخته اندوتلیال نمودیم و انتقال ‏‎dna‎‏، به وسیله آزمایش نقطه گذاری ‏‎dna‎‏ روی کاغذ نیتروسلولز نشان داده شد. همچنین برای اولین بار در شرایط آزمایشگاهی و با استفاده از دندروزومها، بیان ژن بالایی را در یاخته ‏‎huh-7‎‏ به وسیله آزمایش فعالیت بتا-گالاکتوزیداز اندازه گیری کردیم. نتایج ما، استفاده از دندروزومها را برای انتقال ‏‎dna‎‏ به داخل یاخته های حساس مانند یاخته های اندوتلیال، توصیه می کند.

ساخت و کلونینگ ‏‎cdna‎‏ فاکتور محرکه کلنی گرانولوسیت انسانی ‏‎(hg-csf)‎‏
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1380
  علی رضا سعیدی نیا   مجید صادقی زاده

فاکتور محرکه کلنی گرانولوسیت انسانی ‏‎(hg-csf)‎‏ یکی ازفاکتورهای رشد خونساز می باشد که تکثیر و تمایز سلول های پیش ساز گرانولوسیت نوتروفیلی و تشکیل کلنی نوتروفیلی سلولهای مغز استخوان را تحریک می کند. این فاکتور همچنین تمایز نهایی بعضی از سلول های لوسمی میلوئیدی را القا می کند. ‏‎hg-csf‎‏ در منوسیت ها و ماکروفاژهای انسانی در پاسخ به آندوتوکسین باکتریایی، و همچنین در رده های سلولی انسانی نظیر کارسینوهای حفره دهانی ‏‎chu-2‎‏ و کارسینومای مثانه 5637، تولید می شود.هدف از انجام این پژوهش، استخراج ‏‎rna‎‏ کل از سلول های منوسیت انسانی تحریک شده، سنتز ‏‎hg-csf dscdna‎‏ و در نهایت کلون کردن ‏‎cdna‎‏ سنتز شده در یک ناقل کلونینگ مناسب می باشد. در ابتدا، سلول های منوسیت از خون محیطی فرد طبیعی جداسازی شد. این سلول ها کشت داده شده و به طو همزمان به وسیله محرکهای لیپوپلی ساکارید باکتریایی ‏‎(lps)‎‏ و اینترفرون گامای انسانی (لاندا ‏‎hifn-‎‏ )تحریک شد. ‏‎rna‎‏ کل از سلول ها استخراج شد و به دنبال آن ‏‎cdna‎‏ دارای ترادف راهنما (کدکننده پروتئین اولیه) و ‏‎cdna‎‏ فاقد ترادف راهنمایی (کد کننده پروتئین بالغ) ‏‎hg-csf‎‏ با استفاده از پرایمرهای اختصاصی و بر اساس روش ‏‎rt-pcr‎‏ سنتز شد. همچنین هر دو ‏‎cdna‎‏ مذکور به طور همزمان از ‏‎rna‎‏ کل استخراج شده ازسلول های کارسینو مای مثانه انسانی 5637 سنتز شد. در مرحله بعدی هر دو ‏‎cnda‎‏ منوسیتی فاقد و دارای ترادف راهنما با استفاده از آنزیم محدودگر ‏‎styi‎‏ که بر روی ژل الکتروفورز تشکیل سه قطعه مجزا می دهد، مورد تایید قرار گرفت. سپس ‏‎cdna‎‏ دارای ترادف راهنما درون ناقل کلونینگ ‏‎pbluescriptiisk‎‏ داخل و در باکتری ‏‎e.coli‎‏ (سویه ‏‎(top10f‎‏ کلون شد. به دنبال غربالگری، کلنی های صحیح انتخاب شد و ناقل نوترکیب از باکتری های ترانسفورم شده، استخراج شد و با استفاده از آنزیم های محدودگر ‏‎bamhi, ecori, styi, ncoi‎‏ تایید شد. برای تایید نهایی، ناقل نوترکیب واجد اینسرت صحیح انتخاب و تعیین توالی ‏‎(sequencing)‎‏ شد. بعد از تایید ترادف نوکلئوتیدی ‏‎cdna‎‏ کلون شده، با استفاده از پرایمرهای اختصاصی، ناقل نوترکیب به عنوان الگو، و با کمک ‏‎cdna, pcr‎‏ فاقد ترادف راهنما سنتز و در ناقل کلونینگ ‏‎‏‎‏‎pbluescriptiisk‎‏ داخل و در باکتری ‏‎e.coli‎‏ (سویه ‏‎top10f‎‏) کلون شد. به دنبال غربالگری، کلنی های صحیح انتخاب شد و ناقل نوترکیب از باکتری ها ترانسفورم شده، استخراج شد و با استفاده از آنزیم های محدودگر ‏‎bamhi, ecori, styi, ncoi‎‏ تایید شد. تایید نهایی، ناقل نوترکیب واجد اینسرت صحیح انتخاب و تعیین توالی ‏‎(sequencing)‎‏ شد. بعد ازتایید ترادف نوکلئوتیدی ‏‎cdna‎‏ کلون شده، با استفاده از پرایمرهای اختصاصی، ناقل نوترکیب به عنوان الگو، و با کمک ‏‎cdna, pcr‎‏ فاقد ترادف راهنما سنتز و در ناقل کلونینگ ‏‎pbluescriptiisk‎‏ داخل و در باکتری ‏‎top10f‎‏ کلون شد. در نهایت کلون صحیح انتخاب و با استفاده از آنزیم محدودگر مورد تایید قرار گرفت.

مقایسه ملکولی ژنوم ویروس هرپس سیمپلکس نوع 1 جداشده از بیماران ایرانی با سوش خارجی ‏‎kos‎‏ از طریق ازدیاد ژن ‏‎dna‎‏ پلی مراز ‏‎(ul30)‎‏
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1380
  راحله مسعودی   مجید صادقی زاده

ویروس هرپس سیمپلکس از خانواده هرپس ویریده می باشد که عامل تبخال در انسان است و به دلیل گسترش و شیوع منحصر به فرد در جمعیت های انسانی بسیار مورد توجه می باشد. در طول 25 تا 30 سال گذشته در کشورهای مختلف تحقیقات بسیاری روی بیولوژی ملکولی و پاتوژنز این ویروس صورت گرفته است. از جمله در ژاپن ایزوله های ژاپنی را یافته اند که از نظر ‏‎rflp‎‏ با هم مشابه بوده اما با ایزوله های سایر کشورها تفاوت دارند. نتایج مشابه در سایر کشورها تفاوت معنی داری در مناطق برش آزنیمی ژنوم این ویروس در نواحی مختلف جغرافیایی و نژادهای مختلف نشان می دهد. بررسی پلی مورفیسم برخی از ژن های ضروری ویروس مانند ژن تیمیدین کیناز منجر به یافتن سوش های مقاوم به داروی آسیکلوویر شده است. در ایران ژنوم این ویروس از لحاظ ملکولی بررسی نشده است و هدف اصلی این تحقیق بررسی ملکولی ژنوم است. بدین منظور ‏‎dna‎‏ را بعد ازعفونت سلول های ‏‎vero‎‏، با روش فنل-کلروفرم استخراج نموده و بوسیله نشانگر ساخته شده از پلاسمید ‏‎pnn2‎‏ (حاوی ژن ‏‎dna‎‏ پلی مراز سوش خارجی ‏‎kos‎‏) ساترن بلات انجام شد. نتیجه مثبت آزمایش تاییدی بر وجود تیپ 1 این ویروس است. ژن ‏‎dna‎‏ پلیمراز یکی از ژن های ضروری ویروس است که برخی جهش ها در این ژن باعث مقاومت به داروی آسیکلوویر می شود. برای تکثیر این ژن، پرایمرهای ویژه ‏‎pcr‎‏ طراحی شد. محصول ‏‎pcr‎‏ توسط چند آنزیم محدودگر برش داده شد که نقشه هضم آنزیمی چهار آنزیم ‏‎hinf,haeiii,xhoi<ecori‎‏ در ایزوله ایرانی با سوش خارجی تشابه نشان داد که این خود تایید ملکولی برای ویروس ایرانی می باشد. از طرفی نقشه هضم آنزیمی ایزوله های ایرانی برای آنزیم ‏‎dpni‎‏ نسبت به سوش خارجی تفاوت نشان داد. اگر این تفاوت در سایر ایزوله های ایرانی نیز مشاهده شود می توان از آن به عنوان مارکر تشخیصی برای ایزوله های ایرانی استفاده کرد و نیز با تحقیقات زیادتر می توان سوش های مقاوم به داروی آسیکلوویر را یافت.

استفاده از روش ‏‎dna‎‏ واکسن جهت بررسی بیان ژن شماره 52 ویروس واریسلازوستر
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1380
  هدا آیت   مجید صادقی زاده

ویروس واریسلازوستر vzv عامل دو بیماری آبله مرغان و زونا می باشد. این ویروس بر پایه شباهتهای مورفورلوژیک به همراه ویروس هرپس سیمپلکس یک ‏‎hsv-2, hsv-1‎‏ جز زیر خانواده ‏‎alphaherpesririnae‎‏ قرار گرفته است. عدم وجود مدل حیوانی و تیتر کم ویروس آزاد از سلول باعث شناخت کم از بیولوژی مولکول vzv شده است. تشخیص 1.3 ژنهای vzv و عملکرد آنها از روی شباهتشان با توالی های مشابه در ژنوم ‏‎hsv-1‎‏ صورت گرفته است. مدل ارائه شده برای همانندسازی ‏‎dna‎‏ در vzvاز روی ویروس مشابه آن hsv-1 الگوبرداری شده است. در ویروس hsv-1 هفت ژن لازم برای همانند سازی ‏‎dna‎‏ ویروس پیدا شده اند، تمام این 7 ژن دارای همولوژگ در توالی ژنوم vzv هستند. با این وجود آزمایش مشابه برای پیداکردن ژنهای دخیل در همانند سازی ‏‎vzv dna‎‏ به نتیجه نرسید. علت عدم همانند سازی وابسته به منشا در vzv با بدلیل رخ دادن جهش در پلاسمیدهای سنتزی و غیرفعال شدن آنها بدلیل نیاز به ژنهای دیگر دخیل در همانندسازی می باشد. هدف این تحقیق بررسی بیان ژن کمون شده 52 (جز کمپلکس هلیکاز - پریماز) و اطمینان از بیان و صحت کموناژ آن بود. به این منظور از تکنیک نوین ‏‎dna‎‏ واکسن استفاده شد. در این روش بدنبال تزریق ‏‎dna‎‏ پلاسمیدی به میزبان و بیان آن در مدل حیوان، پاسخ های ایمنی ایجاد می شود. تولید آنتی بادی بر ضد آنتی ژن بیان شده، می تواند حضور پروتئین را در ‏‎invitro‎‏ مشخص کنند.

ساخت پلاسمیدهای نو ترکیب برای واکسن ژنی هیاتیت ‏‎b‎‏ و بررسی بازدهی آنها در محیط ‏‎invivo , invitru‎‏
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1379
  مهدی کدیور   مجید صادقی زاده

ویروس هپاتیت ‏‎(hbv)b‎‏ عامل ایجاد هپاتیت حاد، مزمن و سرطان اولیه سلولهای کبدی در انسان است. بیش از 360 میلوین نفر در دنیا به این ویروس آلوده هستند. ایران با میزان آلودگی 3 درصد، جزو مناطق با شیوع متوسط می باشد.موثرترین دارو جهت درمان هپاتیت b‎‏ ، اینترفرون ‏‎a‎‏ است اما به لحاظ وجود عوارض جانبی و گرانی در استفاده از آن محدودیت وجود دارد. بنابر این پیشگیری توسط ایمن سازی موثرترین روش مقابله با این معضل و بهترین راه برای ریشه کنی این بیماری می باشد. با وجود توسعه واکسن های متفاوت برای این بیماری مثل واکسن های مشتق از پلاسما و واکسن های نوترکیب، متاسفانه هنوز به علت قیمت بالای این واکسن ها و برخی مشکلات همراه با آنها، نمی توان به ایمن سازی توده ای نوزادان که بهترین راه برای ریشه کنی این بیماری است، دست یافت. بنابراین تحقیق در زمینه تولید واکسن های جدید، ارزان و موثر، هنوز ادامه دارد. در این میان واکسن های ژنی از جمله عرصه های نوین و امیدبخش است زیرا به کمک این نوع واکسن ها اولا احتیاج به سنتز پروتئین در مقیاس بالا به منظور تهیه واکسن نیست و ثانیا چون محصول این نوع واکسن ها در محیط طبیعی بدن سنتز می شوند، بنابراین به نسبت واکسن های نوترکیب که در محیط غیرطبیعی بدن سنتز می شوند، از ایمنی زایی بالاتری برخوردارند. یکی از بحثهای اساسی در مورد واکسن های ژنی بازدهی و ایمنی زیستی آنهاست. در این پژوهش با ایجاد حذفهای هدفدار در ناحیه ‏‎3-utr‎‏ و اسکلت پلاسیمد ‏‎prc/ cmv-hbs (s)‎‏ که دارای ژن ‏‎ayw‎‏ (کدکننده آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت b‎‏ ) است، سه پلاسمید دیگر به نامهای ‏‎pmak/34 , pmak/48‎‏ و ‏‎pmak/32‎‏ ساخته شد. هدف از ساخت این پلاسمیدها، رسیدن به پلاسمیدی با بازدهی بیشتر و ایمنی زایی بالاتر و همچنین میزان ایمنی زیستی بهتر بود. بازدهی بیان پلاسمیدها در محیط ‏‎in vitro‎‏ و کشت سلولی روش وسترن بلات مشخص شد و بازدهی ایمنی زایی آنها در محیط in viro‎‏ به روش ‏‎elisa‎‏ مشخص گشت. نتایج مطالعاتin vitro‎‏ و in viro‎‏ مشخص ساخت که پلاسمید ‏‎pmak/48‎‏ دارای قدرت بیانی مشابه با پلاسمید ‏‎prc/ cmv-hbs(s)‎‏ و حتی کمی بالاتر از آن می باشد، ضمن اینکه تعداد بازهای این پلاسمید 15 درصد از تعداد بازهای پلاسمید ‏‎prc/ cmv- hbs (s)‎‏ کمتر است و بنابراین از ضریب ایمنی زیستی بالاتری نسبت به آن برخوردار است.

مطالعه مولکولی و فراساختمانی اثر ضد آپوپتوزی دپرنیل بر مرگ نورون های حرکتی نخاع بعد از آکسوتومی عصب سیاتیک در نوزادان موش صحرایی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1381
  مرضیه پناهی   تقی طریحی

در این تحقیق به بررسی و مطالعه فراساختاری و ملکولی خاصیت آنتی اپوپتوزی دپرنیل بر مرگ نورون های حرکتی نخاع بعد از آکسوتومی عصب سیاتیک در نوزادان موش صحرایی پرداخته شده است.