نام پژوهشگر: محمدعلی برومند

تعیین الگوی فلاژلین (flic) سودوموناس آئروژینوزا در سویه های بالینی به روش pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  مرجان رشیدان   مرتضی ستاری

مقدمه: سودوموناس آئروژینوزا اغلب پاتوژن شایع جدا شده از عفونت های سوختگی است که به دلیل پایداری بالا در محیط و مقاومت بالای آنتی بیوتیکی به صورت ذاتی و اکتسابی می باشد. با توجه به اهمیت فلاژل در پاتوژنز عفونت های سودوموناس آئروژینوزا امروزه استفاده از پلی کلونال آنتی بادی ضد فلاژلین برای درمان چنین عفونت هایی مورد توجه قرار گرفته است. شناسایی و تعیین تیپ فلاژلین ((flic و همچنین تعیین فراوانی تیپ a و bدر نمونه های بالینی بر اساس محصول ژن pcr هدف این مطالعه می باشد. مواد و روش: در این مطا لعه مجموعه ای از 73 سویه سودوموناس آئروژینوزا در ارتباط با بیماران دچار سوختگی از چندین بیمارستان در تهران جمع آوری شده است. پس از تایید ایزوله ها با تست های بیوشیمیایی، روش pcr برای تکثیر کامل ژن فلاژلین مورد بررسی قرار گرفت. آنتی بادی ضد فلاژلین تیپ a برای تایید سویه های تیپ a استفاده شد. نتایج: نتایج pcr نشان داد که 25/76% سویه ها دارای تیپ a فلاژلین با قطعاتی به طول تقریباً bp1200 و 75/23% سویه ها دارای تیپ b با قطعاتی به طولbp1400 می باشند. آنتی بادی علیه فلاژلین تیپ a تنها با ایزوله های تیپ a آگلوتینه شد. نتیجه گیری: استفاده از روش مولکولی pcr در تعیین تیپ فلاژلین سویه های بالینی سودوموناس آئروژینوزا می تواند مکملی برای تشخیص سریع سروتیپ فلاژلین بر اساس محصول pcr ژن فلاژلین باشد. اندازه ژن و تعداد اسیدآمینه می تواند مسئول تفاوت هایی بین تیپ a و b به ویژه در نواحی متغیر باشد . کلمات کلیدی : سودوموناس آئروژینوزا , فلاژلین , تایپینگ , pcr

شناسایی ژن های کد کننده آنزیم های تغییر دهنده آمینوگلیکوزیدها (aac(3)-iia،-ia ant(2) و aph(3)-ia) در میان اشریشیا کلی یوروپاتوژن جدا شده از ادرار با روش pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1389
  ندا سلیمانی   مرتضی ستاری

مقدمه: عفونت های مجاری ادراری از شایع ترین بیماری های باکتریایی در انسان می باشند. باکتری اشریشیا کلی از شایع ترین عوامل اتیولوژیک آن بوده که 80 درصد از این موارد را به خود اختصاص داده است. آمینوگلیکوزیدها عوامل باکتریسیدال قدرتمندی هستند که با اتصال به زیر واحد ریبوزومیs 30 باعث مهار سنتز پروتئین های باکتریایی می شوند. e. coli مقاومت چندگانه ای را نسبت به برخی از آنتی بیوتیک ها از جمله آمینوگلیکوزیدها نشان می دهد. غیرفعال سازی آنزیماتیک آنتی-بیوتیک های خانواده آمینوگلیکوزید ها توسط آنزیم های تغییردهنده ی آنها (ames) اصلی ترین مکانیسم مقاومت به این داروها در این باکتری می باشد. در مطالعه حاضر ژن های کد کننده آنزیم های تغییر دهنده آمینوگلیکوزیدها (aac(3)-iia،-ia ant(2??) و aph(3?)-ia) در میان اشریشیا کلی یوروپاتوژن جدا شده از ادرار با روش pcr بررسی گردید. مواد و روش ها: در این تحقیق 276 ایزوله اشریشیا کلی جدا شده از عفونت های دستگاه ادراری بیماران مراجعه کننده به مرکز قلب تهران به روش تصادفی جمع آوری شدند. پس از تائید هویت ایزوله ها با آزمون های میکروب شناسی، الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی ایزوله ها در مقابل آنتی بیوتیک های جنتامیسین، توبرامایسین، کانامایسین، آمیکاسین و نتیل میسین (mast co ,uk) به روش انتشار از دیسک با رعایت اصول clsi تعیین شد. جهت تعیین mic برای آنتی بیوتیک جنتامیسین از روش رقیق سازی در آگار استفاده شد. به منظور شناسایی ژن های مقاومتی (aac(3)-iia،-ia ant(2??) و aph(3?)-ia) از روش pcr استفاده گردید. نتایج: 63/24% از ایزوله های اشریشیا کلی به توبرامایسین، 18/23% به کانامایسین، 01/21% به جنتامیسین،15/6% به نتیل میسین و 62/3% به آمیکاسین مقاوم بودند. در نتایج mic، 19/66% از ایزوله های مقاوم در روش انتشار از دیسک به جنتامیسین مقاوم بودند. ژن aac(3)-iia با فراوانی 87/78% به عنوان شایع ترین ژن در میان ایزوله های مقاوم شناسایی شد و پس از آن ژن های -ia ant(2??) و aph(3?)-ia هر کدام به ترتیب در88/47% و 94/23% ایزوله های مقاوم حضور داشتند. نتیجه گیری: بر اساس نتایج این تحقیق، ایزوله های مقاوم اشیر شیاکلی دارای آنزیم های تغییر دهنده آمینوگلیکوزیدها بودند که نشان دهنده اهمیت این آنزیم ها بعنوان یکی از مهمترین مکانیسم های مقاومت به آمینوگلیکوزیدها در اشریشیا کلی می باشد. ژن aac(3)-iia از بقیه شایع تر بود؛ که این نتایج مشابه اکثر تحقیقات انجام شده در کشورهای مختلف جهان می باشد. واژگان کلیدی: اشریشیا کلی، آنزیم های تغییر دهنده آمینوگلیکوزید، ژن aac(3)-iia، عفونت ادراری.

بررسی شیوع پلی مورفیسم های rs4244285 و rs4986893 از ژن cyp2c19 در افراد مشکوک به بیماری قلبی-عروقی( cad)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1390
  مرتضی محمودی صابر   مهرداد بهمنش

در جوامع پزشکی مهار موثر لخته شدن پلاکت به نقطه عطفی در درمان بیماران مبتلا به بیماری های قلبی مبدل گشته است. تجویز همزمان پلاویکس و آسپیرین کاهش چشمگیری را در بروز مجدد وقایع قلبی-عروقی در بیماران مبتلا به بیماری قلبی از خود نشان داده است. با این وجود مطالعات بیانگر این حقیقت است که پاسخ درمانی به پلاویکس در میان بیماران متفاوت می باشد و مهار کنندگی کم یا ناقص در بیماران، رابطه مستقیمی با افزایش ریسک بروز مجدد وقایع قلبی دارد .آخرین تحقیقات نشانگر آن می باشد که پلی مورفیسم های موجود در ژن cyp2c19 - فعال کننده اصلی پیش داروی پلاویکس درون بدن -فاکتور اصلی تعیین کننده پاسخ افراد می باشد. مطالات مختلف همچنین نشان داده است که هشت پلی مورفیسم شناخته شده در ژن cyp2c19 شامل آلل های *4,*5,*6,*7,*8*2,*3, و*17 بیش از 98? تمامی پلی مورفیسم های تاثیر گذار در این ژن را تشکیل می دهند. در این مطالعه روش های مختلف تعیین ژنوتیپ در دسترس از لحاظ کیفیفت و هزینه مورد بررسی قرار گرفت که در نتیجه آن روش (taqman real time genotyping )5nuclease genotyping assay به عنوان روشی بسیار دقیق و درعین حال مقتصدانه شناسایی گردید وسپس با استفاده از این روش شیوع آلل *2 و*3 از ژن cyp2c19 مورد بررسی قرار گرفت و و دقت آن محاسبه شد. صحت عملکرد بدست آمده همچنین باروش هایtaqman endpoint genotyping assay، pcr-rflp و همچنین sequencing تایید گردید. براساس نتایج حاصل شده از مطالعه فراوانی آلل ها، فراوانی افراد متابولیزه کننده ضعفیف (1.9%) و فراوانی افراد متابولیزه کننده حد واسط((21.3%در جامعه به طرز معنی داری بالا می باشد که ریسک خطر بالای مواجه شدن بیماران با عوارض سوء ناشی از عدم عملکرد دارو را در پی خواهد داشت. متاسفانه درایران تست تشخیصی افراد متابولیزه کننده ضعیف داروی کلوپیدوگرل در دسترس بیماران نمی باشد وبسیاری از بیماران بعد از مصرف پلاویکس از پیامدهای ناشی از عدم عملکرد دارو رنج می برند که این امر اجرای این تست ژنتیک را به یک امر لازم و ضروری مبدل ساخته است.

بررسی ارتباط بین 3 پلی مورفیسم در ژن نوروپپتید y با بیماران قلبی عروقی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  مینا ظفرپیران   مهرداد بهمنش

بیماری های قلبی عروقی(cvd) گروهی از بیماری های آسیب رسان در افراد هستند که در قلب و رگ های خونی مشکل ایجاد می کنند. براساس آمار ارائه شده از سوی سازمان بهداشت جهانی، 41.3 درصد کل مرگ های سال 2005 در کشور ایران ناشی از cvd بوده است و متأسفانه پیش بینی می شود تا سال2030 این میزان به 44.8 درصد برسد. از آن جا که روز به روز سن ابتلا برای این بیماری ها کاهش می یابد، لذا یکی از نگرانی های اصلی برای سلامت عمومی محسوب می شوند. cvd در گروه بیماری های پیچیده قرار دارد که حاصل برهم کنش عوامل محیطی و ژنتیکی است. مطالعات همبستگی ژنتیکی که در آن فراوانی آللی و ژنوتیپی پلی مورفیسم های ویژه در بین افراد سالم و بیمار مقایسه می شود، از جمله مهم ترین مطالعات ژنتیکی در cvd است. بهره گیری از مطالعات ژنتیکی منجر به ایجاد لیستی از ژن های دخیل در این بیماری ها شد که ژن npy به عنوان یکی از ژن های ایجاد کننده استعداد ابتلا به بیماری های قلبی عروقی معرفی شده است. همبستگی npy با cvd در جمعیت های مختلف بررسی و نتایج متفاوتی گزارش شده است. تا به حال هیچ مطالعه ای در این رابطه در جمعیت ایرانی صورت نگرفته است. در تحقیق حاضر همبستگی بین ژن npy و گرفتگی سرخرگ کرونری یا آترواسکلروزیس در جمعیت ایرانی بین 250بیمار و 250 کنترل مورد بررسی قرار گرفت. سه اسنیپ به ترتیب در پروموتر، اگزون 3 و اینترون 3 ژن npy از طریق روش های hrm و mismatch-rflp تعیین ژنوتیپ شدند و فراوانی آللی و ژنوتیپی در دو جمعیت مقایسه شد. نتایج در این مطالعه به گونه ای ارتباط بین اسنیپ های این ژن و گرفتگی های سرخرگ کرونری را نشان می دهد. سپس مقدار پروتئین npy در دو گروه بیمار و سالم و هم چنین گروه های مختلفی از ژنوتیپ های این سه اسنیپ با استفاده از الایزا سنجیده و با هم مقایسه شدند. نتایج ارتباط معناداری بین دو گروه نشان نداد. واژگان کلیدی: cvd، npy، اسنیپ، همبستگی، بیماری های سرخرگ کرونری

بررسی شیوع پلی مورفیسم های rs4244285 و rs4986893 از ژن cyp2c19 در افراد مشکوک به بیماری قلبی-عروقی (cad)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1390
  مرتضی محمودی صابر   مهرداد بهمنش

در جوامع پزشکی مهار موثر لخته شدن پلاکت به نقطه عطفی در درمان بیماران مبتلا به بیماری های قلبی مبدل گشته است. تجویز همزمان پلاویکس و آسپیرین کاهش چشمگیری را در بروز مجدد وقایع قلبی-عروقی در بیماران مبتلا به بیماری قلبی از خود نشان داده است. با این وجود مطالعات بیانگر این حقیقت است که پاسخ درمانی به پلاویکس در میان بیماران متفاوت می باشد و مهار کنندگی کم یا ناقص در بیماران، رابطه مستقیمی با افزایش ریسک بروز مجدد وقایع قلبی دارد .آخرین تحقیقات نشانگر آن می باشد که پلی مورفیسم های موجود در ژن cyp2c19 - فعال کننده اصلی پیش داروی پلاویکس درون بدن -فاکتور اصلی تعیین کننده پاسخ افراد می باشد. مطالات مختلف همچنین نشان داده است که هشت پلی مورفیسم شناخته شده در ژن cyp2c19 شامل آلل های *4,*5,*6,*7,*8*2,*3, و*17 بیش از 98? تمامی پلی مورفیسم های تاثیر گذار در این ژن را تشکیل می دهند. در این مطالعه روش های مختلف تعیین ژنوتیپ در دسترس از لحاظ کیفیفت و هزینه مورد بررسی قرار گرفت که در نتیجه آن روش (taqman real time genotyping )5nuclease genotyping assay به عنوان روشی بسیار دقیق و درعین حال مقتصدانه شناسایی گردید وسپس با استفاده از این روش شیوع آلل *2 و*3 از ژن cyp2c19 مورد بررسی قرار گرفت و و دقت آن محاسبه شد. صحت عملکرد بدست آمده همچنین باروش هایtaqman endpoint genotyping assay، pcr-rflp و همچنین sequencing تایید گردید. براساس نتایج حاصل شده از مطالعه فراوانی آلل ها، فراوانی افراد متابولیزه کننده ضعفیف (1.9%) و فراوانی افراد متابولیزه کننده حد واسط((21.3%در جامعه به طرز معنی داری بالا می باشد که ریسک خطر بالای مواجه شدن بیماران با عوارض سوء ناشی از عدم عملکرد دارو را در پی خواهد داشت. متاسفانه درایران تست تشخیصی افراد متابولیزه کننده ضعیف داروی کلوپیدوگرل در دسترس بیماران نمی باشد وبسیاری از بیماران بعد از مصرف پلاویکس از پیامدهای ناشی از عدم عملکرد دارو رنج می برند که این امر اجرای این تست ژنتیک را به یک امر لازم و ضروری مبدل ساخته است.

بررسی بیان ژنهای xrcc1, ogg در نمونه های افراد مبتلا به ریستنوزیس (انسداد مجدد عروق کرونری)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  ساغر پهلوان نشان   مهرداد بهمنش

بیماریهای عروق کرونری که اغلب آنها را با عنوان آترواسکلرزیس می شناسیم به عنوان شایع ترین عامل مرگ و میر در دنیا شناخته می شوند. انسداد عروق کرونری با روش های متعددی از جمله قرار دادن استنت دررگ مسدود, درمان می گردد. با وجود موفقیت آمیز بودن این روش, وقوع مجدد انسداد (in-stent restenosis) در گروهی از بیماران پس از 3تا12 ماه, چالش های پیش رو را دو چندان می کند. اگرچه مطالعات فراوانی در زمینه شناخت ماهیت مولکولی ریستنوزیس صورت پذیرفته, اما همچنان پاسخ قانع کننده ای برای آن وجود ندارد. گونه های فعال اکسیژن (ros) و نقش آنها در آسیب به ژنوم در بیماریهای مختلف ازجمله آترواسکلرزیس شناخته شده است. آسیب به ماده ژنتیکی با برهم زدن نظم سلولی, سبب رخدادهای متفاوتی از جمله تکثیر سلولی, اپوپتوز و تغییر بیان فاکتورهای رونویسی و ژن های مختلف دیگر می گردد. با توجه به روند تکثیر سلولی, مهاجرت سلولی و التهاب در ریستنوزیس پیش بینی می گردد افزایش آسیب به ماده ژنتیکی و نیز اجزای سیستم ترمیمی بتوانند خود را به عنوان عاملی در ایجاد و پیشرفت ریستنوزیس معرفی کنند. در این پژوهش با بررسی بیان 5 عضو از سیستم ترمیم ماده ژنتیکی (xrcc1, ogg1, msh2, mth1 و itpa) و نیز انتخاب actb به عنوان کنترل داخلی, به بررسی نقش این سیستم به عنوان پیش زمینه ی بروز ریستنوزیس پرداخته شده است. پس از استخراج rna و ساخت cdna از سلولهای تک هسته ای خون بیماران )دو گروه 30 و 35 نفره به ترتیب از افراد درمان شده با استنت و گروه مبتلا به isr) به آنالیز بیان ژنها با روش real-time rt-pcr پرداخته شد و سپس مقایسه میانگین اختلاف بیان ژنها و کنترل داخلی (اکتین بتا) در بین دو گروه شاهد و مورد انجام گرفت. اگرچه آنالیزهای آماری, با وجود تفاوت در بیان ژنها اختلاف معناداری در بین گروه درمان شده و گروه ریستنوز شده نشان نمی دهند اما نمی توان این فرضیه را به طور کامل منتفی دانست و نیاز به مطالعات تکمیلی در سطح پروتئین پابرجاست.