نام پژوهشگر: ماندانا بهبهانی

بررسی خاصیت ضد هرپس سیمپلکس ویروسی یک گیاه بومی ایران (avicennia marina) در شرایط in vitro
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1389
  راحله نمازی   ماندانا بهبهانی

گیاه حرا (avicenina marina) از خانواده آکانتاسه یکی از گیاهان دارویی است که در مناطق گرمسیری و نیمه گرمسیری می روید. در ایران این گیاه در حاشیه خلیج فارس یافت می شود. گیاه حرا بطور گسترده ای در طب سنتی برای درمان زخم، آبله و روماتیسم استفاده می شده است. اثرات ضد ویروسی گیاه حرا بر روی ویروس هپاتیت b، انسفالومیوکاردیت و ویروس پولیو میلیت گزارش شده است. در این پژوهش اثر ضد ویروسی عصاره های مختلف برگ گیاه حرا روی hsv-1 بررسی گردید. برگ گیاه حرا در فروردین ماه سال 1388 از جزیره قشم جمع آوری شد. برگ ها پس از شستشو با آب در دمای اتاق خشک گردیده و آسیاب شدند. پودر برگ ها با متانول، اتانول، آب کلروفرم و هگزان در دمای اتاق به مدت سه روز بر روی شیکر و با سه بار تکرار عصاره گیری شدند. اثر ضد hsv-1عصاره های گوناگون توسط آزمون کاهش پلاک ارزیابی شد. عصاره متانولی با کروماتوگرافی ستونی روی سیلیکاژل خالص سازی شده و اثر ضد ویروسی فراکشن های حاصل بررسی گردید. به منظور تعیین اثر سمیت سلولی عصاره های گوناگون و فراکشن های عصاره ی متانولی روی سلول های vero از آزمون xtt استفاده گردید. جهت بررسی اثر مهارکنندگی فراکشن فعال عصاره ی متانولی روی مراحل تکثیر hsv-1 آزمون کاهش پلاک زمان بندی شده (آزمون زمان افزایش) به کار برده شد. در این آزمون یک غلظت از فراکشن فعال در زمان های مختلف قبل،در حین وبعد از آلوده سازی با hsv-1 به سلول های کشت داده شده افزوده گردید. به منظور تایید نتایج حاصل از آزمون زمان افزایش میزان dna ویروسی در گروه های تیمار شده با فراکشن فعال در زمان های مختلف آلوده سازی با ویروس با روش flash-pcr سنجیده شد. ماهیت فراکشن فعال عصاره ی متانولی با بررسی های فیتوشیمیایی تعیین شد. نتایج نشان داد که عصاره ی متانولی برگ گیاه حرا با µg/ml80 = ic50 اثر ضد ویروسی بالاتری نسبت به دیگر عصاره ها دارد. از سوی دیگر عصاره ی متانولی با µg/ml200 < cc50 اثر سمیت سلولی بسیار کمتری نسبت به دیگر عصاره ها (به جز عصاره ی آبی) بر روی سلول های vero داشت. فراکشن فعال عصاره ی متانولی با 14/57 < ti و 66/106 = si پتانسیل ضد ویروسی بسیار بالایی بر hsv-1 نشان داد. تیمار سلول ها با این فراکشن در زمان های قبل و بعد از آلوده سازی با hsv-1 نشان داد که ترکیب ویا ترکیبات موثر موجود در این فراکشن احتمالاً مراحل اولیه چرخه تکثیر ویروس شامل اتصال، ورود، انتقال dna ویروسی به هسته و مرحله فوری اولیه را مهار می کند. نتایج بررسی فیتوشیمیایی نشان داد که ترکیب فعال عصاره ی متانولی گیاه حرا فلاونوئید است.

بررسی اثرات ضد سرطانی و ضد باکتریایی عصاره برگ حرا (avicennia marina) در شرایط in vitro
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده فنی و مهندسی 1389
  عباس ممتازی بروجنی   ماندانا بهبهانی

زمینه و هدف: گیاه حرا (avicennia marina) یکی از گیاهان دارویی ایران و از اعضای خانواده آکانتاسه است که در مناطق حاره ای و نیمه حاره ای می روید. هدف از این مطالعه بررسی اثرات ضد سرطانی و ضد باکتریایی عصاره های مختلف برگ گیاه حرا است. در این پژوهش مکانیسم اثر ضد سرطانی یک فراکسیون جداسازی شده از عصاره متانولی بر روی سلول های سرطان سینه انسانی بررسی گردید. روش ها: برگ گیاه حرا در فروردین ماه سال 1388 از جزیره قشم جمع آوری شد. برگ ها پس از شستشو با آب در دمای اتاق خشک گردیده و آسیاب شدند. پودر برگ ها با کلروفرم، هگزان، متانول، اتانول و آب در دمای اتاق به مدت سه روز بر روی شیکر و با سه بار تکرار عصاره گیری شدند. عصاره متانولی با روش ستون کروماتوگرافی بر روی سیلیکاژل خالص سازی شده و اثر ضد سرطان فراکسیون های حاصل بررسی گردید. رده سلولی نرمال فیبروبلاست موشی (l929) و رده سلولی سرطان سینه انسانی (mda-mb231) در فلاسک های کشت در محیط dmem با 10% سرم جنین گاوی کشت داده شدند. اثر سایتوتوکسیسیتی غلظت های مختلف عصاره ها ی حاصل از گیاه حر ا بر روی سلول های کشت داده شده با استفاده از روش mtt اندازه گیری شد. میزان بیان ژن tp53 و bcl-2 که نقش مهمی در تنظیم آپوپتوز دارند با استفاده از روش flash- pcr در سلول سرطان سینه تیمار شده بررسی گردید . بدین صورت که rna تام سلول های سرطانی تیمار شده با استفاده از کیت rnx tm plus استخراج شد. rna با استفاده از آنزیم نسخه بردار معکوس به cdna تبدیل شد و سپس با روش pcr تکثیر شد. اثر ضد باکتریایی عصاره متانولی با روش انتشار دیسک ارزیابی گردید. نتایج : عصاره های قطبی (متانول و اتانول) برگ گیاه حرا اثر ضد سرطانی بالاتری نسبت به عصاره های غیر قطبی (هگزان، کلروفرم) نشان دادند. عصاره متانولی اثر سایتوتوکسیک کمتری نسبت به دیگر عصاره ها بر روی سلول های نرمال داشت. نتایج حاصل نشان داد که عصاره متانولی دارای پتانسیل بالایی به عنوان یک عامل ضد سرطانی دارد و مشخص شد که ترکیب موثر آن یک فلاونوئید است. نتایج حاصل از flash-pcr نشان داد که در سلول های سرطانی تیمار شده با ترکیب موثر فلاونوئیدی، میزان بیان ژن tp53 اختلاف معنی داری باگروه شاهد نداشت و میزان بیان ژن bcl-2 به طور چشمگیری کاهش یافت. عصاره متانولی اثر ضد باکتریایی نشان نداد. نتیجه گیری: نتایج حاصل نشان می دهد فلاونوئیدهای موجود در برگ گیاه حرا دارای بالاترین پتانسیل ضد سرطانی نسبت به دیگر ترکیبات موجود در این گیاه هستند و در تحقیقات بعدی، مطالعات بیشتر برروی خواص ضد سرطانی آنها توصیه می شود.

بررسی اثرات ضد سرطانی انگورهای سالم و آلوده به ویروس ایران بر روی سلولهای سرطان سینه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1389
  زهرا اصفهانیان زاده   ماندانا بهبهانی

چکیده انگور به دلیل داشتن انواع مختلفی از ترکیبات فنولی همچون فلاونوئیدها و رسوراترول دارای خصوصیات آنتی اکسیدانتی و ضد سرطانی می باشد. در این پژوهش اثر سایتوتوکسیسیتی عصاره متانولی بخشهای مختلف هسته، پوست، برگ کوچک، برگ بزرگ و نیز آب ?? نوع انگور کشت شده در ایران ( انگور ریش بابای سفید، بیدمشکی، سرکش شیراز، کج انگور بجنورد، روچه کاشمر، رطبی زرقان و شاهرودی، سیاه زرقان، قره محلی، طایفی، ارومیه، سیاه قوچان، شاهانی قصر شیرین، دانه دو رنگ، فارس، عسگری نجف آباد و عسگری سیرک) بر روی رده ها ی سلولی سرطان سینه -231 mda-mb و سلولهای نرمال l929 بررسی شدند. همچنین اثر سایتوتوکسیسیتی برگهای سالم و آلوده به وبروس دو رقم انگور ریش بابای سفید و کج انگور بجنورد نیز بر روی سلولهای سرطانی و نرمال سنجیده شد. سلولها در محیط کشت dmem حاوی ده درصد سرم جنین گاوی کشت داده شدند. از تمام نمونه ها ی انگور غلظتهای ???? ، ??? ، ??? ، ??? ، ??? و ?/ ?? میکروگرم بر میلی لیتر تهیه شد و اثر هر کدام از آنها با استفاده از تست mtt بر روی سلولها ارزیابی گشت. نتایج نشان داد که در انگورهای قرمز، پوست بیشترین خاصیت ضد سرطانی را نسبت به سایر قسمتها داراست که نشان دهنده تجمع بیشتر مواد ضد سرطانی در پوست انگورهای قرمز می باشد. هچنین در اکثر موارد مشاهده شد که برگهای بزرگ اثر سایتوتوکسیسیتی بیشتری نسبت به برگهای کوچک دارند. آب انگور در تمامی ارقام، کمترین میزان بازدارندگی را نسبت به سایر عصاره ها در سلولهای سرطانی داشت و تقریبا بر سلولهای نرمال بی اثر بود. در بررسی اثر سایتوتوکسیسیتی برگهای آلوده به ویروس، مشاهده گردید که اثر بازدارندگی تا ??% نسبت به برگهای سالم افزایش می یابد که ممکن است در نتیجه سنتز بیشتر ترکیبات فنولی در انگورهای آلوده باشد. کلیدواژگان: انگور، سلول سرطان سینه mda-mb-231، سلول نرمال l929، اثر سایتوتوکسیسیتی

بررسی باززایی و خاصیت ضد سرطانی گوجه فرنگی در رقم چری، کشت شده در ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی 1390
  محمدرضا صفایی محمدابادی   ماندانا بهبهانی

گوجه فرنگی چری با نام علمی lycopersicon esculentum از خانواده solanacee می باشد. گوجه فرنگی به علت دارا بودن متابولیت های ثانویه نظیر فلاونوئید ها و پلی فنول ها بسیار مورد توجه قرار گرفته است. یکی از این متابولیت های ثانویه لیکوپن می باشد که جلوگیری کننده از برخی سرطانها مانند سرطان سینه بعنوان شایع ترین سرطان بعد از سرطانهای پوست می باشد. تکثیر گوجه فرنگی چری از طریق روش های سنتی با مشکلاتی مانند قیمت بالای بذر و تنها توانایی استفاده از بذر های f1 که پس از آن پس روی و کاهش محسوس تولید اتفاق می افتد، همراه می باشد. برای غلبه بر این مشکلات و صرفه جویی در زمان و تولید گیاهان عاری از بیماری از کشت بافت آن استفاده کردیم. آزمایش بصورت فاکتوریل با طرح پایه کاملاً تصادفی در سه تکرار انجام شد. در این تحقیق برای تولید کالوس از ریزنمونه های برگی استفاده شد. بیشترین وزن کالوس در محیط ms حاوی 5/1 میلی گرم بر لیتر 2,4,d و 1 میلی گرم bap بدست آمد. . نتایج حاصل نشان داد که محیط حاوی 5/1 میلی گرم بر لیتر ga3 بهترین محیط برای پرآوری است. بیشترین طول و درصد ریشه زایی در محیط حاوی یک میلی گرم بر لیتر naa به بدست آمد. به منظور بررسی خاصیت ضد سرطانی اندامها(برگ،ساقه، ریشه، دمگل،پوست،گوشت و بذر) و کالوس های حاصل از گوجه فرنگی چری در محلول متانول(قطبی) حل شده و سپس عصاره-گیری شدند. عصاره های حاصل جهت بررسی اثرات ضد سرطانی بر روی سلولهای نرمال کلیه جنین انسان (hek) و سلول-های سرطان سینه mda)) مورد مطالعه قرار گرفتند. بر طبق نتایج حاصل پوست میوه مسن بیشترین و کالوس تاریکی کمترین اثر کشندگی و سمیت را بر روی لاین سلول سرطانی سینه داشت.

پیش بینی کامپیوتری خصوصیات ضد باکتریایی پپتیدهای پروتئین p24 ویروس hiv-1 و بررسی تجربی آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1391
  مایده خسرویان قادیکلایی   حسن محبت کار

مقاومت میکروبی به آنتی بیوتیک ها نگرانی در حال افزایشی در میان متخصصان مراقبت از سلامت می باشد که آن ها را وادار به جستجو برای درمان های جایگزین می نماید. در سال های اخیر پپتیدهای ضد میکروبی توجه زیادی را به عنوان جایگزینی برای آنتی بیوتیک های سنتی به خود جلب نموده اند. پپتیدهای ضد میکروبی طیف گسترده ای از فعالیت را دارا می باشند و می توانند به عنوان داروهای ضد باکتریایی، ضد ویروسی، ضد قارچی و گاهی اوقات حتی به عنوان داروهای ضد سرطانی و ضد توموری عمل نمایند. پپتیدهای ضد باکتریایی با وجود داشتن ویژگی های مشترک معمول، از نظر توالی، همولوژی پایینی دارند. از آنجایی که نیازی برای گسترش یک روش محاسباتی برای پیشگویی پپتیدهای ضد باکتریایی وجود دارد، در مطالعه ی حاضر، ما مفهوم ترکیب سودوآمینواسید چو و روش های یادگیری ماشین را برای دسته-بندی پپتیدهای ضد باکتریایی استفاده نمودیم. سپس روش اعتبارسنجی زیرنمونه ای را برای به دست آوردن پارامترهای صحت، ضریب همبستگی متیو و ناحیه ی زیرمنحنی برای ارزیابی عملکرد پیشگو استفاده نمودیم. نتایج ما نشان داد که با استفاده از مفهوم سودوآمینواسید و بکارگیری ماشین بردار پشتیبان می توان اطلاعات مفیدی برای پیشگویی پپتیدهای ضد باکتریایی فراهم کرد. همچنین ما پپتیدهای پروتئین p24 ویروس hiv-1 را با این روش دسته بندی نمودیم. در نهایت، خاصیت ضد باکتریایی این پپتیدها را با استفاده از روش انتشار دیسک مورد آزمایش قرار دادیم. خاصیت ضد باکتریایی این پپتیدها علیه دو باکتری گرم مثبت شامل باسیلوس سوبتیلیس و باسیلوس سرئوس و دو باکتری گرم منفی شامل سودوموناس آئروجینوزا و سودوموناس پوتیدا تست شد. نتایج بررسی های محاسباتی و تجربی نشان داد که این پپتیدها فاقد اثرات ضد باکتریایی می باشند.

تولید ویروس کاذب نقص ایمنی اکتسابی انسان
پایان نامه 0 1391
  المیرا محمدی   ماندانا بهبهانی

انتقال ژن خارجی به سلول ها با اهداف مختلف تحقیقاتی و درمانی و با بکارگیری سه روش فیزیکی، شیمیایی و زیستی صورت می گیرد. روش زیستی یا انتقال ژن با استفاده از ناقل های ویروسی یکی از پرکاربردترین روش های انتقال ژن در کارآزمایی هایی بالینی است. ناقل های لنتی ویروسی بر پایه جنس لنتی ویروس از خانواده رتروویریده تولید می شوند و ناقل های بر مبنای hiv-1 از پرکاربردترین این ناقل ها هستند. علت توجه به این ناقل ها توانایی آن ها برای تحویل ژن به سلول های تقسیم شونده و غیرتقسیم شونده و بیان طولانی مدت ژن خارجی در این سلول هاست که موجب استفاده گسترده این ناقل ها در شرایطin vitro و in vivo شده است. در این پژوهش یک ناقل لنتی ویروسی بر پایه hiv-1 با روش ترانسفکشن همزمان سه پلاسمید pwpxl (پلاسمید بیانی و حامل ژن gfp به عنوان گزارشگر) و pspax2 (حامل ژن هایgag و (pol و pmd2.g (حامل ژن vsv-g به عنوان پوشش ویروس کاذب) با استفاده از روش کلسیم فسفات روی رده سلولیhek293t، تولید شد. ناقل تولید شده توانایی تکثیر و تولید ذرات ویروسی جدید را پس از ترانسداکشن در نسل های بعد نداشته و ایمن است. کارایی ترانسفکشن با استفاده از فلوسیتومتری بررسی شد و میزان سلول های بیان کنندهgfp ، 37/51 گزارش شد. تغلیظ ویروس با استفاده از اولتراسانتریفوژ و پلی اتیلن گلیکول انجام و ترانسداکشن روی رده های سلولی vero و a549 صورت گرفت و پس از آن بیان gfp با میکروسکوپ فلورسانس بررسی و تایید شد. بررسی سلول های آلوده شده با ویروس کاذب، 15 روز پس از ترانسداکشن با استفاده از میکروسکوپ فلورسانس و همچنین تکنیک فلوسیتومتری نشان دهنده بیان مداوم gfp بوده بعلاوه ویروس کاذب تولید شده تاثیر مخرب بر چرخه سلولی نداشته است. در این پژ‍وهش ویروس کاذب hiv-1 (یک ناقل لنتی ویروسی) تولید شد. این ناقل ایمن بوده و با توجه به توانایی آن در آلوده کردن هر دو نوع سلول های غیر تقسیم شونده و سلول های در حال تقسیم، ابزاری سودمند جهت کاربردهای انتقال ژن می باشد.

تولید، تغلیظ و تعیین عیار ناقل ویروسی بر پایه murine leukemia virus
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم پایه 1391
  فاطمه رادمنش   ماندانا بهبهانی

ابزارهای گوناگونی به منظور انتقال ژن به سلول های یوکاریوتی توسعه یافته اند، در میان آن ها، کارایی ویروس های rna دار متعلق به خانواده رتروویریده به دلیل الحاق پایدار ژنوم خود در کروموزوم های میزبان بالاتر است. ویروس لوکمی موش (mlv) شناخته شده ترین عضو جنس اورتورتروویرینا از گامارتروویروس ها است. ناقل ویروسی بر پایه mlv تنها قادر به بیان ژن های خارجی در سلول های در حال تقسیم میتوز می باشد، که بیانگر مناسب بودن این ناقل به عنوان ابزار انتقال ژن در ژن درمانی سرطان است. دراین مطالعه، ناقل ویروسی بر پایه mlv در رده سلولی hek293t با روش ترانسفکشن همزمان و گذرا سه پلاسمید شامل pbabe-gfp (پلاسمید بیان کننده ژن گزارشگر gfp)، pbs-cmv-gagpol (پلاسمید حاوی ژن های gagpol) وpmd2g (پلاسمید بیان کننده ژن vsvg) و استفاده از کلسیم فسفات تولید شد. سلول های ترانسفکت شده از طریق تکنیک فلوسیتومتری بررسی شدند و نرخ بیان gfp، 94/50 درصد حاصل گردید. ناقل ویروسی تولید شده با دو روش اولتراسانتریفیوژ و محلول پلی اتیلن گلیکول غلیظ شد. رقت های سریالی از ویروس غلیظ شده تهیه گردید و عیار ویروس بر حسب واحد عفونی بر میلی لیتر (106 × 21 ذره عفونی در هر میلی لیتر) محاسبه شد. سپس، ترانسداکسیون دو رده سلولی vero و a549 با استفاده از ناقل تولید شده صورت گرفت و نرخ بیان gfp حدود 49 درصد برای هر دو رده سلولی بدست آمد.

بررسی اثر جهش زایی پپتیدهای مربوط به پروتئین p24 ویروس hiv-1 به صورت آزمایشگاهی و بررسی اثر ضد سرطانی آنها به صورت کامپیوتری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1392
  زهره حاجی شریفی   ماندانا بهبهانی

سرطان در سراسر جهان به عنوان یکی از مهم ترین دلایل مرگ و میر مطرح می باشد. روشهای درمانی سنتی و عمومی مثل پرتودرمانی و شیمی درمانی دارای اثرات جانبی هستند و هزینه های بالایی دارند. اخیرا طراحی پپتیدهای ضدسرطانی به عنوان یک راه موثر درمان عنوان می شود. بنابراین توسعه ی یک روش کامپیوتری برای پیش بینی پپتیدهای ضدسرطانی ضروری است. در این مطالعه دو روش برای پیش بینی پپتیدهای ضدسرطانی با استفاده از روش یادگیری ماشین به عنوان یک الگوریتم قدرتمند استفاده شده است. طبقه بندی ها با استفاده از ترکیب شبه اسیدآمینه و کرنل ترازیابی محلی انجام شده است. از آنجایی که در مطالعات پیشین تعدادی از پروتئین های ویروس hiv-1خاصیت ضدسرطانی را نشان دادند، در این مطالعه خاصیت ضدسرطانی پپتیدهای پروتئین p24 ویروس hiv-1 با روشهای کامپیوتری پیش بینی شد. پس از پیش بینی، خاصیت جهش زایی 2 پپتید ضدسرطانی و 2 پپتید که خاصیت ضدسرطانی ندارند با تست ایمز بررسی شد. نتایج نشان می دهند که صحت و اختصاصیت روش کرنل ترازیابی محلی به ترتیب 7/89 و 68/92 درصد هستند. هم چنین صحت و اختصاصیت روش بر مبنای pseaac به ترتیب 82/83 و 36/85 درصد هستند. با آنالیز های کامپیوتری از 22 پپتید پروتئین p24، 4 پپتید خاصیت ضدسرطانی را نشان دادند و 18 پپتید این خاصیت را نشان ندادند. در نتایج تست ایمز به وضوح مشخص است که پپتیدهای ضدسرطانی در غلظتی که به عنوان پپتید ضدسرطانی استفاده می شوند جهش زا نیستند. بنابراین نتایج به طور کلی نشان می دهند که روشهای کامپیوتری برای پیش-بینی پپتیدهای ضدسرطانی موثر هستند و پپتیدهای ضدسرطانی نام برده بدون خاصیت جهش زایی می توانند به عنوان گزینه های جدید ضدسرطانی استفاده شوند.

مقایسه ی چند خصوصیت در ژن ها و پروتئین های انواع پرخطر و کم-خطر ویروس پاپیلومای انسانی به صورت کامپیوتری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1392
  مهسا عالمی   حسن محبت کار

ویروس پاپیلومای انسانی (hpv)، یک عامل بیماری زای مهم است که می تواند باعث ایجاد مشکلاتی در سلامتی گردد. hpv به خانواده پاپیلوماویریده تعلق دارد. این ویروس دارای ژنوم dna دو رشته ای می باشد که این ژنوم توسط پروتئین های کپسیدی حفاظت می شود. تا به حال، بیش از 200 تایپ hpv مختلف شناسایی شده است. hpvها به دو گروه جداگانه ی پرخطر و کم خطر دسته بندی می شوند. تایپ های کم خطر مانند hpv6 و hpv11 باعث ایجاد زگیل های خوش خیم تناسلی می گردند اما تایپ های پرخطر مانند hpv16 و hpv18 می توانند باعث ایجاد عفونت های مزمنی گردند که منجر به ایجاد سرطان می شود. ژنوم hpvمجموعه ای از پروتئین های اولیه (e1 و e2 و e4 و e5 و e6 و e7) و تأخیری (l1 و l2) را کد می-کند. پروتئین های تایپ های پرخطر و کم خطر hpv عملکرد متفاوتی را دارا می باشند؛ بنابراین یافتن روشی کامپیوتری برای پیش بینی این دو گروه ویروسی مورد نیاز به نظر می رسد. در مطالعه ی حاضر، خصوصیات فیزیکوشیمیایی پروتئین های اولیه و تأخیری و ویژگی های ژنومی تایپ های پرخطر و کم خطر hpv مطالعه گردید. هم چنین، به منظور ارزیابی اثری که فلاونوئیدها بر ضد hpvهای پرخطر دارند، مطالعاتی به صورت داکینگ انجام گرفت. نتایج نشان می دهدکه محتوای اسیدآمینه ای، خصوصیات فیزیکوشیمیایی و ساختمان دوم پروتئین e2 به طور معناداری بین دو گروه پرخطر و کم خطر hpv متفاوت اند. هم چنین، مشخص شد که میزان دی نوکلئوتید gc1 و میزان استفاده از کدون های agu، uau، uguو aaaدر بین این دو گروه متفاوت است. نتایج داکینگ با استفاده از نرم افزار نیز حاکی از آن است که ترکیبات catechin 5,4-di-o-gallate، luteolin 7-sambubioside، kaempferol-3-glucoside، cyanidin 3-(6-acetylglucoside) ، cyanidin 3-galactoside، eugenol، amyloxy iso-eugenol، eugenol benzoate، eugenyl phenylacetate، o,o-dimethylphosphonothionate of eugenol، luteolin 7-galactoside و kaempferol-7-o-glucoside کاندیداهای خوبی برای بلوکه کردن ناحیه ی pdz پروتئین e6 در تایپ پرخطر hpv16 به شمار می آیند. داده های این پژوهش نشان داد که ویژگی های بیوانفورماتیکی می تواند اطلاعات مفیدی را برای پیش بینی تایپ های پرخطر و کم خطر hpv فراهم آورد.

بررسی اثر عصاره متانولی آویشن های ایرانی بر روی لنفوسیت های انسانی و hivکاذب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1392
  مریم سلیمانی فارسانی   حمید زرکش اصفهانی

گیاه آویشن با نام علمی تیموس، گیاهی معطر از خانواده لابیاته می باشد. این گیاه در ایران برای درمان روماتیسم و برونشیت استفاده می شود. هدف از این پژوهش، مطالعه اثر ریشه، ساقه، برگ و بذر چهار گونه و دو زیرگونه آویشن رشد یافته در ایران، بر روی تکثیر سلول های تک هسته ای خون محیطی انسان و جلوگیری از همانندسازی ویروس hiv-1 بود. گونه های مورد مطالعه، تیموس دائننسیس زیرگونه دائننسیس، تیموس دائننسیس زیرگونه لانسی فولیوس، تیموس کوتشیانوس، تیموس وولگاریس و تیموس کارمانیکوس بودند که از مناطق مختلف ایران جمع آوری شدند. فعالیت عصاره های متانولی قسمت-های مختلف این گیاهان بر روی تکثیر سلول های تک هسته ای خون محیطی انسان، همانندسازیhiv و بیان نشانگرهای,cd4 ,cd3 cd45 وcd19 موجود بر روی جمعیت لنفوسیت ها به ترتیب با استفاده از روش های آزمون mtt، کیت الایزای پادگن p24 و فلوسیتومتری بررسی شد. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که عصاره های متانولی تمامی قسمت های گونه های آویشن، توانایی تکثیر سلول های تک هسته ای خون محیطی انسان را دارند. عصاره های ریشه دارای فعالیت تکثیرکنندگی بیشتری در مقایسه با برگ، ساقه و بذر بودند. شدت بیان نشانگر هایcd4 ، cd3 و cd45 در حضور عصاره های ریشه کاهش یافته ولی شدت فلورسنت و بیان cd19 در مقایسه با کنترل افزایش یافته بود. تمامی عصاره ها در غلظت های بالا (200 و500)، دارای خاصیت ضد hiv-1 بودند. فعالیت ضد hiv-1 تیموس دائننسیس زیرگونه دائننسیس با ec50 برابر 300 از سایر گونه ها بیشتر بود.ec50 سایر عصاره ها بیشتر از 500 بود.با توجه به نتایج به دست آمده می توان گفت که عصاره های ریشه آویشن با دارا بودن خاصیت ضد hiv می توانند کاندیدای مناسبی جهت بررسی های بالینی آزمایشات ضد hiv باشند.

بررسی اثر عصاره متانولی افتیمون جمع آوری شده از میزبان های مختلف (همیشه بهار، خارشتر، ریحان و مو) روی سلول های لنفوسیت و باکتری ها.
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1392
  پریسا اعتدالی   ماندانا بهبهانی

گیاه انگلی افتیمون با نام علمی cuscuta متعلق به خانواده cuscutaceae می باشد. گونه های این جنس انگلی فاقد ریشه بوده و برای به دست آوردن آب ، موادغذائی و کربوهیدرات ها وابسته به گیاه میزبان هستند. گونه های مختلف جنس کاسکوتا محصولات زراعی، گیاهان زینتی، سبزیجات و علف های هرز را در سراسر دنیا مورد حمله قرار می دهند. هدف از این پژوهش بررسی رابطه میزبان های اصلی کاسکوتا در ایران (خارشتر، ریحان، همیشه بهار و مو) و انگل موجود بر آن ها و نیز اثر آن ها بر رشد وتکثیر سلول های لنفوسیت انسانی و باکتری ها می باشد. گیاهان میزبان و سس های موجود بر آن از مناطق مختلف جمع آوری و عصاره گیری شدند. اثر عصاره های متانولی گیاهان میزبان و انگل به صورت جداگانه با غلظت های متفاوت (10 و 100 mg/lµ) بر تکثیر سلول های تک هسته ای خون محیطی به روشmtt و بر روی باکتری های سودوموناس آئروجینوزا و باسیلوس سوبتیلیس به روش انتشار دیسک مورد بررسی قرار گرفت. ستون کروماتوگرافی به منظور خالص-سازی ترکیبات موثر بر تکثیر لنفوسیت ها که در گیاه انگل وجود داشتند و مقایسه آن با گیاه میزبان انجام شد. نتایج نشان داد که در همه موارد ترکیب موثر میزبان در انگل نیز وجود دارد و همه گیاهان مورد آزمایش و انگل ها باعث افزایش وابسته به دوز در تکثیر لنفوسیت ها شدند. نتایج حاصل از nmr جزء اصلی سس campestris موجود برخارشتر ثابت کرد که لوپئول اپوکسید ماده اصلی افزایش دهنده لنفوسیت بوده که به شکل لوپئول در خارشتر وجود دارد. هم چنین نتایج nmr های بعدی نشان داد که لوتئین موجود در همیشه-بهار و یوگنول موجود در ریحان که باعث افزایش تکثیر لنفوسیت هستند در همین نوع سس وجود دارد. سس موجود بر انگور از نوع سس kotschyana بود و باز هم باعث افزایش وابسته به دوز در تکثیر لنفوسیت ها شد. هیچ کدام از عصاره های مورد بررسی بر باکتری های ذکرشده موثر نبودند. نتایج این بررسی نشان داد که رابطه مستقیمی بین میزبان و انگل وجود دارد و اکثر ترکیبات موجود در میزبان در انگل نیز یافت می شود. در این بررسی برای اولین بار یوگنول از سس campestris جداسازی شد.

بررسی خاصیت ضد هرپس ویروسی گیاه securigera securidaca در شرایط in vivo و in vitro
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - پژوهشکده علوم 1391
  سیده ثنا سیدی پور   ماندانا بهبهانی

چکیده: گیاه عدس الملک با نام علمی securigera securidacaاز تیره نخودیان یکی از گیاهان دارویی است که پراکندگی رشد این گیاه در سطح جهان در اروپا، آسیا و استرالیا و در ایران در استان تهران و اطراف آن، استان خوزستان فارس و کهگیلویه و بویر احمد است. بذر گیاه عدس المک بطور گسترده ای در طب سنتی ایران و هند برای کنترل قند خون افراد دیابتی استفاده می شده است. در تحقیقات اخیر آثار ضد هرپس ویروسی نوع 1 بذر این گیاه گزارش شده است. در این پژوهش اثر ضد هرپس ویروسی نوع 2 عصاره متانولی بذر گیاه عدس الملک بررسی گردید. بذر گیاه عدس الملک پس از تهیه شدن آسیاب شد، با استفاده از متانول 98 درصد در دمای اتاق به مدت 3 روز بر روی دستگاه هم زن و با سه بار تکرار عصاره گیری شد. عصاره متانولی حاصل با کروماتوگرافی ستونی روی سیلیکاژل خالص شد و اثر ضد ویروسی یازده جزء حاصل از آن با استفاده از آزمون کاهش پلاک بررسی شد. در میان یازده جزء حاصل، جزء شماره 6 دارای بالاترین اثر ضد ویروسی بود که به منظور خالص سازی بیشتر آن از ستون کروماتوگرافی دوم استفاده شد که نتیجه آن جداسازی 4 جزء بود. به منظور تعیین اثر سمیت سلولی جزء های مختلف عصاره متانولی روی سلول های vero از آزمون mtt استفاده شد. جهت بررسی اثر مهارکنندگی جزء فعال عصاره متانولی روی مراحل تکثیر ویروس هرپس سیمپلکس نوع 2، آزمون کاهش پلاک زمان بندی شده مورد استفاده قرار گرفت. در این آزمون یک غلظت از جزء فعال در زمان های مختلف قبل، حین و بعد از آلوده سازی با ویروس هرپس سیمپلکس نوع 2 به سلول های کشت داده شده افزوده گردید و تعداد کپی dna ویروسی در گروه های مختلف تحت تیمار با عصاره و گروه های شاهد و کنترل تعیین و با یکدیگر مقایسه شد. نتایج نشان داد ترکیب موثر با خاصیت ضد ویروسی در این گیاه نوعی کامفرول 7-o گلیکوزیله می باشد که نسبت به سایر جزء های جدا شده از این گیاه اثر مهاری بیشتری روی ویروس هرپس سیمپلکس نوع 2 نشان می دهد. جزء مورد نظر با cc50 معادل 2/0 ماکروگرم بر میلی لیتر اثر ضد hsv-2 بالایی نسبت به سایر جزء ها داشت. از طرف دیگر این جزء با µg/ml120cc50> اثر سمی پایینی روی سلول های vero نشان داد. میزان si(نسبت cc50 به ic50) برای این ترکیب بیش از 650 محاسبه شد که حاکی از پتانسیل بسیار بالا آن در مهار hsv-2 بود. نتایج مطالعات زمان افزایش و سپس تعیین تعداد کپی dna ویروسی در نمونه های تحت تیمار و شاهد نشان داد جزء مورد نظر در مراحل اولیه آلودگی با ویروس بالاترین اثر مهاری را از خود نشان می دهد.

پیش بینی کامپیوتری خاصیت ضدویروسی پپتیدهای مشتق شده از پروتئین p24 ویروس hiv-1 و بررسی تجربی آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1392
  مریم زارع بهرام آبادی   ماندانا بهبهانی

عفونت های ویروسی در سراسر جهان گسترده هستند. از آنجا که داروهای ضد ویروسی رایج دارای اثرات جانبی زیاد بوده و همچنین دسترسی به آنها محدود بوده و پر هزینه می باشند لذا طراحی دارو های ضد ویروسی جدید دارای اهمیت هستند و پپتیدهای ضد ویروسی از بهترین کاندیدا برای این منظور هستند. سمیت پائین، اثرات جانبی کم، حذف سریع از بدن میزبان و عملکرد اختصاصی باعث ارجحیت این ترکیبات نسبت به سایر ترکیبات ضد ویروسی می شود. اکثر این پپتیدها از پروتئین های ویروسی مانند کپسید ویروس hiv-1 جدا شده اند، این پروتئین تشکیل دهنده هسته ویروس hiv بوده و در بر گیرنده ژنوم ویروسی است و البته نقش بسیار مهمی در بلوغ و گرد هم آیی اجزای ویروسی دارد. به دلیل اهمیت پپتیدهای ضد ویروسی، ایجاد و توسعه یک روش محاسباتی دقیق به منظور پیش بینی فعالیت ضد ویروسی این پپتیدها ضروری است. در مطالعه حاضر از مفهوم ترکیب آمینو اسیدی کاذب و روش یادگیری ماشین جهت طبقه بندی و شناسایی پپتیدهای ضد ویروس استفاده شده است. در نهایت از الگوریتم طراحی شده جهت پیش بینی فعالیت ضد ویروسی پپتیدهای مشتق شده از پروتئین p24 استفاده شد. دقت روش پیش بینی با استفاده از کیت تشخیص آنتی ژنی الیزا ارزیابی شد. تطابق روش آزمایشگاهی با نتایج حاصل از پیش بینی توسط الگوریتم حاکی از بر مفید و کارا بودن روش طراحی شده است.

بررسی اثر ارقام مختلف انگور بر تکثیرسلول لنفوسیت و اثر جهش زایی آنها در باکتری سالمونلا تیفی موریوم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده مهندسی 1392
  زینب ساعدی   حسن محبت کار

چکیده انگور به دلیل داشتن انواع مختلفی از ترکیبات فنولی همچون فلاوونوئیدها دارای خصوصیات آنتی اکسیدانی و ضد سرطانی است. با این وجود چندین مطالعه، خاصیت ژنوتوکسیسیتی برخی ترکیبات موجود در آب انگور همچنین تاثیر منفی بعضی از ترکیبات فلاوونوئیدی را بر تکثیر سلول های لنفوسیت نشان داده اند. در این پژوهش اثر جهش زایی عصاره ی متانولی بخش های مختلف هسته، پوست، برگ پیر، برگ جوان و آب 8 رقم انگور کشت شده در ایران، شامل: بیدانه سفید، شاهرودی، حلوایی، یاقوتی کاشان، یاقوتی سنندج، عسکری، فرخی و قرمز یاقوتی درشت از طریق آزمون ایمز مورد بررسی قرار گرفت. بررسی در غلظت های 1000، 2000 و 3000 میکروگرم بر میلی لیتر و با استفاده از سالمونلا تیفی موریوم سویه 98ta انجام شد. همچنین اثر عصاره ها بر رشد و تکثیر سلول های لنفوسیت در غلظت های 100، 1000، 2000 و 3000 میکروگرم بر میلی لیتر با استفاده از سنجش mtt مورد ارزیابی قرار گرفت. بنابر نتایج به دست آمده، در تمامی ارقام انگور عصاره ی متانولی هسته و برگ پیر بیشترین و عصاره ی تام آب انگور کمترین اثر القایی را بر تکثیر سلول های لنفوسیت دارد که ممکن است در نتیجه وجود ترکیبات فنولی بیشتر در هسته و برگ پیر و کمتر بودن این ترکیبات در آب انگور باشد. نتایج حاصل از آزمون ایمز نیز نشان داد عصاره ی متانولی هسته، پوست و برگ انگور در هیچ کدام از ارقام بررسی شده اثر جهش زایی ندارند. اما عصاره ی تام آب انگور تمامی ارقام، در غلظت 3000 میکروگرم بر میلی لیتر دارای اثر جهش زایی است. ممکن است ترکیبات فنولی موجود در آب انگور منشا این تاثیرات باشند اما بررسی های بیشتری جهت تائید جهش زایی آب انگور همچنین یافتن ترکیب موثر در آن باید انجام گیرد.

بررسی اثر نانوذرات استویا بر رشد سه سویه باکتری لاکتوباسیلوس و مقایسه آن با شکر معمولی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1392
  سحر داودی   حسن محبت کار

پروبیوتیک¬ها باکتری¬های مفیدی هستند که اثرات سودمندی بر سلامت میزبان اعمال می¬کنند. این باکتری¬ها اسیدلاکتیک را به عنوان محصول تخمیر تولید می¬کنند. هدف از پژوهش حاضر بهینه سازی رشد و تولید اسیدلاکتیک توسط سه سویه پروبیوتیک در غلظت¬های مختلف ساکاروز، گلوکز، برگ استویا، استویوزید و نانواستویوزید می¬باشد. این سه سویه لاکتوباسیلوس کازئی، لاکتوباسیلوس برویس و لاکتوباسیلوس پلانتاروم هستند. تولید اسیدلاکتیک و رشد باکتری¬ها به ترتیب با استفاده از کروماتوگرافی گازی و شمارش پلیت انجام شد. حداکثر رشد و تولید اسیدلاکتیک در این سویه¬ها در غلظت¬های بالای ساکاروز حاصل شد. از بین سه سویه لاکتوباسیلوس کازئی و لاکتوباسیلوس برویس در مقایسه با لاکتوباسیلوس پلانتاروم اسیدلاکتیک بیشتری تولید کردند. تمامی سویه¬ها قادر به تولید اسیدلاکتیک در حضور ساکاروز، گلوکز، برگ استویا و نانواستویوزید طی یک روند وابسته به غلظت می¬باشند. اثر استویوزید بر تولید اسیدلاکتیک در سویه¬های لاکتوباسیلوس کازئی و لاکتوباسیلوس پلانتاروم در غلظت¬های بالا و پایین تقریباً یکسان است. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که ساکاروز بهترین منبع کربن برای تولید اسیدلاکتیک و رشد باکتری¬ می¬با¬شد. برگ استویا و استویوزید پتانسیل خوبی برای افزایش تولید اسیدلاکتیک در این سویه¬ها دارند.

تهیه و خالص سازی آلفالاکتالبومین استری شده و بررسی فعالیت ضد باکتریایی آن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان 1392
  نگار قربانی   عبدالخالق بردبار

خصوصیات عملکردی پروتئین ها بسیار وابسته به اندازه ، کنفورماسیون ساختاری ، توزیع و سطح بارهای یونی است. اصلاح پروتئینهای شیر نیز جهت افزایش یا تغییر خصوصیات عملکردی و زیست شناختی آن¬ها می¬تواند کاربرد آن¬ها را افزایش دهد. در این راستا مقالات متعددی مبنی بر القای فعالیت¬های جدید زیستی به پروتئین¬های شیر به چاپ رسیده که بواسطه اصلاحات شیمیایی، آنزیمی و ژنتیکی آن¬ها صورت گرفته است. از جمله آلفالاکتالبومین (?-la) که یک وپروتئین کوچک اسیدی متصل شونده به یون کلسیم است که تقریبا در شیر همه پستانداران یافت می¬شود و به طور طبیعی در تنظیم آنزیم لاکتاز سنتاز نقش دارد درحالی¬که فعالیت های جدید زیستی مانند فعالیت¬های ضدسرطانی و ضدویروسی ، حاصل تغییرات ساختاری آن مشاهده شده است. ازجمله این اصلاحات، واکنش استریفیکاسیون است که بواسطه افزایش بار خالص مثبت و آبگریزی پروتئین، سبب القای فعالیت ضدویروسی به پروتئین¬های شیر و القای فعالیت ضدباکتریایی به پروتئین¬های غلات شده است. باتوجه به اینکه هیچ¬گونه گزارشی مبنی بر فعالیت ضدباکتریایی مشتقات استری پروتئین های شیر ارائه نشده است، در این پژوهش، بررسی فعالیت ضد باکتریایی آلفالاکتالبومین استری شده مورد هدف واقع گردید. در این راستا، از طریق روش رسوب نمکی با آمونیوم سولفات، این پروتئین با خلوص 81% از شیر تازه تهیه گردید و به کمک الکل¬های مختلف تحت شرایط اسیدی و دمای 4 درجه مشتقات استری آن تهیه شد. از طریق یک واکنش رنگی ایجاد شده بوسیله هیدروکسیل¬آمین هیدروکلراید، میزان کمی پیشروی واکنش استریفیکاسیون مورد ارزیابی قرار گرفت. میزان پیشرفت استریفیکاسیون برای متانول، اتانول، 1-پروپانول، 1-بوتانول و 2-پنتانول، به ترتیب 79/53%، 95/34%، 1/85%، 2/32% و 07/6%، بدست آمد. نتایج حاصل نشانگر نقش موثر عواملی چون مدت زمان واکنش، ماهیت الکل مورد استفاده، ماهیت پروتئین، مقدار آب موجود در محیط واکنش و نسبت مولی، در بازدهی واکنش استریفیکاسیون می¬باشد. سپس با استفاده از روش رایج دیسک آنتی بیوتیک مشخص شد که آلفالاکتالبومین تغییر یافته، هیچ اثر مهار رشدی برروی باکتری¬های گرم مثبت و گرم منفی ندارد. این موضوع می¬تواند به ویژگی¬های ساختاری و مکانیسم-های مهاری باکتری¬ها ، ساختارهای تصادفی بدست آمده از تغییر شیمیایی پروتئین و ماهیت پروتئین تغییریافته مرتبط باشد.