بازهای dna با انواع گوناگونی از آسیب ها روبرو می شوند که از آن جمله می توان به آلکیله شدن هترو اتم های سرشار از الکترون بازهای پورین و پیریمیدین توسط الکتروفیل ها اشاره کرد. dna-گلایکوزیلازها عوامل آغاز کننده یک عملیات فشرده برای حذف بازهای آسیب دیده dna هستند که شکستن پیوند کربن–نیتروژن (پیوند گلیکوزیدی) را انجام می دهد. پیکر بندی نوکلئوتیدها و عوامل محیطی از جمله آنزیم ها نقش مهمی در شکسته شدن پیوند گلیکوزیدی ایفا می کنند. اثر صورت بندی و عوامل محیطی، از جمله آنزیم، بر سد انرژی جدا شدن نوکلئوباز از حلقه قند (?e) در 2-داکسی آدنوزین (da) و شکل آسیب دیده آن 3-متیل-2-داکسی آدنوزین (3mda) با استفاده از روش های مکانیک کوانتومی مورد بررسی قرار گرفته است. تغییر در صورت بندی نوکلئوزید با ثأثیر بر برهم کنش های درون مولکولی و همچنین از طریق اثر آنومری بر ?e اثر می گذارد. آنزیم ها از طریق حذف یا اضافه کردن پروتون در موقعیت های مستعد، بر هم کنش های درون مولکولی و همچنین پخش بار را در نوکلئوزید تغییر داده و ?e را تحت تأثیر قرار می دهند.

در این پروژه ساختار استخلافهای مختلف کمپلکسهای آنیلید-(h2o)n و آنیلین- oh- در روش های hf، b3lyp و mp2 و با توابع پایه6-311++g(d,p) و 6-311++g(2d,2p) بهینه شده اند. محاسبات نظری نشان داد که در برهمکنش آنیلید با یک و دو مولکول آب هیچ واکنش انتقال پروتونی رخ نمیدهد اما در برهمکنش آنیلید با سه و چهار مولکول آب واکنش انتقال پروتون مشاهده میشود. همچنین در برهمکنش بین آنیلین و یون هیدروکسید نیز واکنش انتقال پروتون مشاهده گردید. انرژیهای محاسبه شده نشان داد که افزایش مولکولهای آب منجر به افزایش پایداری کمپلکسها میگردد. از طرفی، استخلافهای دهندهی الکترون (h, ch3, och3) باعث پایداری بیشتر کمپلکسها نسبت به استخلافهای کشندهی الکترون (cho, no, no2) میشوند. در ادامه، این نتایج با اطلاعات حاصل از آنالیز این سیـستم توسط نظریه اتم ها در مولکول (aim) و اوربیتال های پیوندی طبیعی(nbo) مقایسه شده است. علاوه بر این از روش nics نیز برای تعیین آروماتیسیته و آنتیآروماتیسیتهی حلقه های شش ضلعی آنیلید و آنیلین استفاده شد.

محاسبات از اساس بر روی کمپلکس های mim-bf4در فاز گازی، با استفاده از روش های dft(b3lyp)و mp2 با مجموعه پایه های 6-311++g(2d,2p)، 6-311++g(2df,2pd)، 6-311++g(3df,2pd)، aug-cc-pvdz و aug-cc-pvtz انجام شده است. ما چهار کمپلکس برروی سطوح انرژی پتانسیل بر همکنش بین bf4وmim یافته ایم. تحلیل اوربیتال پیوند طبیعی(nbo) و نظریه اتم در مولکول (aim) برای ارزیابی ماهیت برهمکنش ها در کمپلکس های mim-bf4 استفاده شد. محاسبات aim ماهیت الکتروستاتیک برهمکنش h…f را در کمپلکس های mim-bf4پیش بینی می کند.