نام پژوهشگر: مهدی بنان

بررسی بیان ژن گاما گلوبین با کاهش پایدار بیان ژن mbd2 توسط سیستم لنتی ویروسی در رده سلولی k562
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی 1389
  jسمانه فراشی   مهدی بنان

پروتئین mbd2یکی از مهار کنند ه های ژن گاما گلوبین است.مکانیسم این مهار ناشناخته می باشد.با توجه به بیان ژن گاما گلوبین و پروتئین mbd2در رده سلولی k562،ما از این سلول ها به عنوان سیستم مدل استفاده کردیم.ابتدا پنج کلون لنتی ویروسی حاوی shrna-mbd2در سلول های 293tتست شدند،به این ترتیب که لنتی وکتور های plko.1به همراه shrna-mbd2به صورت گذرا به درون سلول های293tترانسفکت شدند و از اسکلت وکتور plko.1 به عنوان کنترل منفی استفاده شد. چهار کلون کاهش بیان ژن mbd2 را نشان دادند که ما برای ادامه کار دو shrnaرا که بیشترین کاهش را داشتند انتخاب نمودیم.سلول های k562با استفاده از سیستم لنتی ویروسی و روش آلوده سازیco-culture ترنسدیوس شدند.نتیجه اولیه میزان بالایی از کاهش بیان ژن mbd2را نشان داد.همچنین با توجه به مطالعات گذشته مبنی بر القای بیان ژن گاما گلوبین همزمان با کاهش بین ژن mbd2، ما انتظار افزایش قابل توجهی را در بیان ژن گاما گلوبین داشتیم. با تولید رده ی سلولی با کاهش بیان پایدار ژن mbd2 (حدود 70%)،بیان ژن گاماگلوبین حدود 11 برابر افزایش داشت.

بررسی مکانیسم مهار ژن گاما گلوبین : نقش mbd2 و کمپلکسlarc
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی 1389
  معصومه حسینی   مهدی بنان

mbd2 به عنوان یک مهار کننده روی ژن گاماگلوبین انسانی عمل می کند. مشخص شده که این پروتئین از طریق اتصال مستقیم به توالی های cpg اطراف پروموتر عمل نمی کند. در یک مدل پیشنهاد شده که ممکن استmbd2 با اتصال غیر مستقیم به نواحی تنظیمی گاماگلوبین از طریق یک کمپلکسlarc(lcr associated remodeling complex) عمل کند .دراین مطالعه احتمال تاثیر مهاریmbd2 روی بیان ژن گاماگلوبین از طریق کمپلکس larc بررسی شد. نتایج قدیمی که در آزمایشگاه ما بدست آمده پیشنهاد می کند که sirna mbd2 بیان گاماگلوبین را در سولهای k562 القا می کند گرچه sirnaهایی که پروتئین متصل شونده به dna را در larc هدف قرار دادند چنین تاثیری نشان ندادند. سلولهای k562 بیان کننده c1/c2shrna مهار رشد نشان دادند. آزمایشات(electrophoretic mobility shift assay) emsa با استفاده از پروتئین های هسته رده سلولی k562 پایدار بیان کننده mbd2shrna نشان می دهد که القا گاماگلوبین ایجاد شده در نتیجه mbd2 knockdown با کاهش larc در ارتباط نیست. رویهم رفته این نتایج پیشنهاد می کند که مهار ژن گاماگلوبین حاصل از mbd2 به ارتباط ان با larc مرتبط نبوده و این مهار به دلیل مکانیسم دیگری می باشد.

بررسی نقش فاکتور رونویسی creb1 در مسیر القایی هیدروکسی اوره در القای ژن گاما گلوبین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی 1389
  الیکا اسماعیل زاده قره داغی   مهدی بنان

هیدروکسی اوره(hu)به طور رایج در درمان بیماری ?- تالاسمی استفاده می شود، ولی مسیر سیگنالی آن در القای ژن گاما گلوبین هنوز به طور کامل شناسایی نشده است.در مقایسه مسیر سیگنالی هیدروکسی اوره با سدیم بو تیرات تشابهاتی وجود دارد از جمله هر دو از طریق فعال کردن mapk(p38) عمل می کنند و فقط منجر به القای بیان ژنg? می گردند. همچنین در مسیرسیگنالی سدیم بوتیرات اتصالcreb1/atf-2 فقط برروی پروموتر g? دیده شده است . با توجه به این شواهد ما نیز creb1را بعنوان کاندید مناسب جهت قرارگیری در پایین دست مسیر سیگنالی هیدروکسی اوره انتخاب کردیم. ما از پدیدهrnai جهت بررسی نقش ژنcreb1 درمسیر القایی گاما گلوبین توسط هیدروکسی اوره استفاده کردیم.ما با knockdown ژنcreb1 درسلولهای k562 که بصورت پایدار creb1shrna را بیان می کنند و توسط سیستم لنتی ویرال تهیه شده اند دریافتیم که القای ژن گاماگلوبین توسط هیدروکسی اوره در این سلولهابلوک می شود. این امر نشان دهنده نقش اصلی creb1 در مسیرسیگنالی هیدروکسی اوره جهت القای ژن گاما گلوبین می باشد. ما روش armspcrرا جهت استفاده در سیستم qrt-pcr برای تمایزژن g? ازژن a? راه اندازی کردیم وبا استفاده از این تکنیک در سلولهای k562تیمار شده با هیدروکسی اوره القای هر دو ژن a?و g?را مشاهده کردیم. ما بااستفاده از تکنیک emsa افزایش اتصال کمپلکس پروتئینیcreb1 به پرو موتر g?را در سلولهای k562 تیمار شده با هیدروکسی اوره مشاهده کردیم.

بررسی نقش creb1 در مسیر سیگنالی هیدروکسی اوره/القای گاما گلوبین در سلولهای k562
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - دانشکده علوم توانبخشی 1390
  مجید نظامی   مهدی بنان

هیدروکسی اوره(hu)به طور رایج در درمان بیماری ?- تالاسمی استفاده می شود.هیدروکسی اوره از طریق افزایش تنظیمی رونویسی و تولید هموگلوبین جنینی (hbf) در سلولهای اریتروییدی کار میکند ؛ ولی مسیر سیگنالی آن در القای ژن گاما گلوبین هنوز به طور کامل شناسایی نشده است.در مقایسه مسیر سیگنالی هیدروکسی اوره با سدیم بو تیرات تشابهاتی وجود دارد.از جمله هر دو از طریق فعال کردن mapk(p38) عمل می کنند و فقط منجر به القای بیان ژنg? می گردند. همچنین در مسیرسیگنالی سدیم بوتیرات اتصالcreb1/atf-2 فقط برروی پروموتر g? دیده شده است . با توجه به این شواهد ما نیز creb1 را بعنوان کاندید مناسب جهت قرارگیری در پایین دست مسیر سیگنالی هیدروکسی اوره انتخاب کردیم و هدف ما در این مطالعه بررسی حضور این ژن در مسیر سیگنالی هیدروکسی اوره است.ما از وسترن بلات برای بررسی سطح پروتئین creb1 استفاده کردیم. نتایج وسترن بلات نشان داد creb1 پس از تیمار سلولها ی k562 به صورت وابسته به دوز فسفریله میشود.این نتایج نشان دهنده حضور creb1 در مسیر سیگنالی هیدروکسی اوره است.همچنین ما نقش عناصر پاسخ دهنده به creb1 در پروموتر g? را در این مسیر با استفاده از روش reporter assays بررسی کردیم .از انجا که هیدروکسی اوره نتوانست فعالیت لوسیفراز را درکانستراکتهای ما افزایش دهد بنابراین نتایج ما در این قسمت ارزشمند نیست.

بررسی همبستگی پلی مورفیسم های hbf qtls بر پاسخ به داروی هیدروکسی اوره در ?9 بیمار مبتلا به بتا تالاسمی نیازمند تزریق خون
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - پژوهشکده علوم بهزیستی 1391
  هادی بیات   مهدی بنان

هیدروکسی اوره (hu) به عنوان دارویی که توانایی فعال کنندگی دوباره هموگلوبین جنینی (hbf) را دارد به طور مستمر برای بیماران مبتلا به بتا تالاسمی تجویز می شود. اما تنها تزریق خون مورد نیاز در یک زیر مجموعه خاصی از بیماران تحت درمان با هیدروکسی اوره کاهش می یابد. به دلیل اینکه این دارو پتانسیل ایجاد اثرات جانبی دارد تجویز هدفمند آن امری ضروری به نظر می رسد. برای شناسایی مارکرهای ژنتیکی که با پاسخ این دارو همبستگی دارند ما یک مطالعه همبستگی (association study) برای پلی مورفیسم موجود در سه quantitative trait loci(qtls) hbf : پلی مورفیسم xmniو پلی مورفیسم های اینترون دوم bcl11a و منطقه بین ژنی hbs1l-myb با پاسخ به هیدروکسی اوره در یک نمونه 81 نفری از بیماران بتا تالاسمی نیازمند تزریق خون انجام دادیم. افزایش در مدت زمان فواصل تزریق خون پس از مصرف دارو معیاری برای پاسخ دهندگی به دارو در نظر گرفته شد. نتایج بدست آمده حاکی از آن است که حضور ژنوتایپ xmni t/t و آلل c bcl11a rs766432 همراهی معنی داری با پاسخ به hu دارد (p<0.001) . بر پایه این یافته ها این مارکرها ممکن است برای پیش بینی دقیق تر پاسخ به هیدروکسی اوره بیماران بتا تالاسمی ایران به کار برده شود.

بررسی ارتباط بین هاپلوتایپ های اینترون دوم ژنbcl11a با پاسخ به هیدروکسی اوره در 89 بیمار مبتلا به بتاتالاسمی وابسته به تزریق خون
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - دانشکده پزشکی 1391
  سعید محمدپرست   مهدی بنان

هیدروکسی اوره (hu) به عنوان دارویی که توانایی فعال کنندگی دوباره هموگلوبین جنینی (hbf) را دارد به طور مستمر برای بیماران مبتلا به بتا تالاسمی تجویز می شود. اما تنها تزریق خون مورد نیاز در یک زیر مجموعه خاصی از بیماران تحت درمان با هیدروکسی اوره کاهش می یابد. به دلیل اینکه این دارو پتانسیل ایجاد اثرات جانبی دارد تجویز هدفمند آن امری ضروری به نظر می رسد. برای شناسایی هاپلوتایپ هایی از اینترون دوم ژن bcl11a که با پاسخ به این دارو همبستگی دارند ما یک مطالعه همبستگی (association study) بین پلی مورفیسم موجود در اینترون دوم ژن bcl11a با پاسخ به هیدروکسی اوره در یک نمونه 81 نفری از بیماران بتا تالاسمی نیازمند تزریق خون انجام دادیم. افزایش در مدت زمان فواصل تزریق خون پس از مصرف دارو معیاری برای پاسخ دهندگی به دارو در نظر گرفته شد. نتایج بدست آمده حاکی از آن است که حضور آلل های با فرکانس کمتر پلی مورفیسم های rs4671393 a, rs766432 c, rs1427407 t همراهی معنی داری با پاسخ به hu دارد . علاوه بر این ما نشان دادیم که آلل با فرکانس کمتر این مارکرها با هم به ارث می رسند و ناحیه ی بین پلی مورفیسم های rs1427407 و rs4671393 بلاکی را تشکیل می دهد که با پاسخ به دارو در ارتباط می باشد(p <0.001).

مطالعه ی وابستگی بین واریاسون های ژن های (g / c) bat1-22 و il4-590 (c / t) بابیماری آلزایمردیررس (اسپورادیک) در جمعیت ایرانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - دانشکده توانبخشی 1391
  محسن سوسن ابادی   حمیدرضا خرم خورشید

مقدمه : بیماری آلزایمر به عنوان شایعترین عامل دمانس یا زوال عقل در دوران میانسالی و پیری، با نقص در فعالیت های شناختی از جمله عدم توانایی در سخن گفتن، عدم تشخیص افراد و اشیاء با وجود سالم بودن حواس، از دست دادن حافظه، از دست دادن توانایی انجام حرکات هدفدار و تغییرات شخصیتی همراه است. محققان با انجام آزمایشهای متعدد دریافتند که سیتوکین های پیش التهابی و کموکین ها در پاتوژنز چندین نوع از نواقص نورولوژیکی و نورودژنریتیو نقش دارندکه در این مطالعه دو ژن il4 و bat1 که در مسیر التهابی نقش دارند مورد مطالعه قرار گرفتند.پلی مورفیسم درژنهای عامل التهابی در طی زمان باعث ایجاد اختلالات مغزی شده و در طولانی مدت بیماری آلزایمر را به وجود آورد که التهاب مغز یکی از اشکال پاتولوژیکی درمغز مبتلایان به آلزایمر می باشد . همچنین در برخی جمعیتها آلل t حاصل از پلی مورفیسم c>t در موقعیت -590 ژن il4 و آلل c حاصل از پلی مورفیسم g>c در موقعیت -22 واقع درپروموتر ژن bat1 به عنوان عامل محافظت کننده گزارش شده اندکه در این پژوهش سعی بر این داریم که ارتباط پلی مورفیسم های مذکور را با بیماری آلزایمر دیررس در جمعیت ایرانی مورد بررسی قرار دهیم. روش کار : در این مطالعه مورد – شاهدی، واریاسیون c>t در موقعیت -590 ژن il4 در 153 فرد سالم و 153 فرد بیمار و واریاسیون g>c در موقعیت -22 واقع درپروموتر ژن bat1 در 152 فرد سالم و 157 فرد مبتلا به آلزایمرمورد بررسی قرار گرفت و افراد برای پلی مورفیسم های مذکور بررسی شدند . dna ژنومی با روش salting out از نمونه ها استخراج شده و ژنوتایپینگ نمونه ها با استفاده از روش pcr-rflp و الکتروفورزپلی آکریل آمید انجام شد و نتایج به دست آمده با استفاده از chi-square و spss مورد تجزیه و تحلیل آماری قرار گرفتند.همچنین با استفاده ازlogistic regression ، intraction دو واریاسیون مورد بررسی قرار گرفت . یافته ها : نتایج به دست آمده نشان دهنده تفاوت معنادار الل t از واریاسیون il4-590 در جمعیت مورد مطالعه بیمار و کنترل بوده است ( p=0.009 ) .همچنین در گروه جنسیتی زنان تفاوت معناداری بین افراد بیمار و سالم برای ژنوتیپ هتروزیگوت il4-590 c/t مشاهده می شود(p=0.037). گرچه تفاوت معنی داری در فراوانی ژنوتیپ bat1 -22 g/c وجود ندارد ( p>0.05) . نتایج : در بین بیماران و افراد کنترل تفاوت مهمی در فراوانی آللی و توزیع ژنوتیپها برای پلی مورفیسم bat1 -22 یافت نشد ( p>0.05) ، اما برای پلی مورفیسم il4 -590 درتوزیع ژنوتیپی هتروزیگوت در بین افراد بیمار و کنترل در جمعیت زنان تفاوت معنی داری مشاهده شد( p=0.037 ). همچنین در توزیع آللی در ژن il4 بین افراد بیمار و سالم تفاوت معنی دار مشاهده شد(p=0.009).در intraction دوپلی مورفیسم با الل های ژن apoe، تفاوت معنی داری بین گروه بیمار و کنترل مشاهده نشد . این مطالعه ارتباط و همراهی برخی پلی مورفیسم های ژنهای عامل التهابی با بیماری آلزایمر را در برخی جمعیتهای ایرانی تقویت می کند . مطالعات دیگر پلی مورفیسم های ژنهای عامل التهابی در کنار عوامل محیطی نیاز است تا بتوان ارتباط ژنهای عامل التهابی و بیماری آلزایمر تک گیر را هر چه بهتر بررسی کرد و شناخت .

بررسی رابطه 5 مارکر ژنتیکی شناخته شده با نوع بتا تالاسمی (اینترمدیا و ماژور) با استفاده از آنالیز چند متغییری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - پژوهشکده علوم بهزیستی 1392
  پگاه نامدارالیگودرزی   مهدی بنان

از آنجا که تالاسمییکی از بیماری هایخونی تک ژنی است که در نقاط مختلف جهان از جمله ایران به دلایل مختلف به ویژه مهاجرت وازدواج های خویشاوندیشایع است هدف از بررسی همزمان 5 مارکر ژنتیکی شناخته شده که در تغییر شدت فنوتیپ بیماران بتا تالاسمی دخیل هستند این بود که ما بتوانیم با این پژوهش نوع بتا تالاسمی بیماران مبتلا را تشخیص دهیم .تا کنون نوع بتاتالاسمی تنها بر اساس پارامترهای کلینیکی و نظر پزشک معالج تشخیص داد شده است و ما می خواهیم با کمک مارکر های ژنتیکی چنین تشخیصی را انجام دهیم.در صورتی که ما بتوانیم نوع بتا تالاسمی بیماران را در بدو تولد و یا قبل از ان(در دوران جنینی ) به درستی تشخیص دهیم خواهیم توانست اقدامات بعدی را در راستای درمان یا بهبود فنوتیپ این بیماران به طور مطلوب تری انجام دهیم و باعث پیشبرد مشاوره ژنتیک گردیم. بدین منظورگروهی شامل 306 بیمار مبتلا به بتا تالاسمی برای 5 مارکر ژنتیکی اعم از موتاسیون های ژن بتاگلوبین،وراثت همزمان آلفاگلوبین و پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدیbcl11a ،xmni،hbs1l-mybمورد بررسی قرار گرفتند.در مطالعات قبلی که در فرانسه و برروی 106 بیمار بتاتالاسمی برای این 5 مارکر صورت پذیرفته بود توانسته بودند نوغ بتاتالاسمی اینترمدیا و ماژور را تا 83% پیش بینی کنند در این مطالعه بیماران بر اساس سن اولین تزریق خون به دو دسته اینترمدیا و ماژور تقسیم بندی شدند(ماژور=8 تزریق خون منظم قبل از 4 سالگی ).برای انالیز داده ها از روش multivariate analysisاستفاده شد وبرای پیش بینی نوع بتاتالاسمی از یکسیستم اسکورینگ ساده استفاده شد. ما نوع بتاتالاسمی را در سه حالت مختلف ارزیابی کردیم تا ببینیم آیا نقص در مطالعه قبلی به دلیل تعریف مبهم از بتاتالاسمی اینترمدیا و ماژور است یا نه به دلایل دیگری است.که در حالتی که تنها بیماران بتا تالاسمی ماژور شدید واینترمدیا خفیف در نظر گرفته شدند6/77%،با استفاده از پارامترهای کلینیکی5/75%و با استفاده از سن اولین تزریق خون 68%نوع بتا تالاسمی تشخیص داده شد.

غربالگری برای جهش های ژن klf1 با استفاده از sscp در 240 بیمار بتا تالاسمی ایرانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - پژوهشکده علوم بهزیستی 1392
  بهزاد ذاکر کندجانی   مهدی بنان

ژن klf1 یک فاکتور رونویسی اریتروئیدی را کد می کند که نقش مهمی در تغییر گلوبین جنینی به گلوبین بزرگسالی بازی می-کند.از انجایی که این ژن نقش مهمی در تنظیم جایگاه بتا دارد پس جهش های این ژن احتمالا می تواند روی فنوتیپ بیماران بتا-تالاسمی تاثیر گذار باشد.در این تحقیق جهش های این ژن در 240 بیمار بتاتالاسمی بوسیله ی تکنیک sscp بررسی شد.در بیماران بتا تالاسمی دو تغییر دیده شد. در یکی از نمونه ها یک تغییر هتروزیگوت t>c در جایگاه 2096 ژن klf1 یافت شد که این نمونه از لحاظ فنوتیپی دارای میزان hba2 وتعدادپلاکت بالا بود.و در نمونه دیگر یک تغییر هموزیگوتa>g در اینترون 2 درنوکلئوتید 82 یافت شد.

بررسی انکوژن های مرتبط با سرطان پستان در تعدادی از زنان ایرانی مبتلا به سرطان پستان تک گیر و ارتباط آن با شاخصهای بالینی و ایمونوهیستوشیمی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - دانشکده علوم پزشکی 1392
  رضا پژومند   فرخنده بهجتی

سرطان پستان شایعترین سرطان در زنان و دومین عامل مرگ ناشی از سرطان در زنان شناخته میشود.در میان انکوژنهای دخیل در سرطان پستان، ژنهای erbb1،myc، her2/neu و top2a مهمترین نقش را از لحاظ پاسخ به دارو و تعیین پیشآگهی دارا می باشند. از آنجاییکهفاکتورهای پیشآگهی دهنده کنونی پاسخگوی مناسبی برای تعیین رژیم درمانی مناسب و توضیح رفتار تومور این بیماران نمیباشد، تعیین پروفایل ژنهای تاثیرگذار در روند ایجاد و درمان این بیماری میتواند به مدیریت بهتر این بیماران کمک شایانی نماید.در این مطالعه از بافت تومور 81 بیمار مبتلا به سرطان پستان تکگیر اولیه و همچنین 30 بافت نرمال(برای نرمالیزه کردن نتایج) ،dna و rna استخراج گردید.برای تعیین تغییرات بیان و کپی این ژنها به ترتیب از روشهای rt-pcrوmlpaاستفاده گردید. به منظور بررسی اهمیت و نقش ژنهای مورد بررسی در سرطان پستان، وضعیت افزایش کپی و بیان این ژنها و ارتباط آن با فاکتورهای پیشآگهی دهنده در سرطان پستان مورد بررسی قرارگرفت. در بررسی ارتباط بین همراهی افزایش کپی و افزایش بیان این ژنها، ژن her2/neuبیشترین همراهی را نشان داد. در تمامی 23 بیمار با افزایش بیان این ژن افزایش کپی مشاهده گردید و تنها 3 بیمار با افزایش کپی این ژن، افزایش بیان نشان ندادند. همچنین به علت اهمیت این ژن و استاندارد طلایی بودن روش fish، بررسی ژن her2/neu به روشihc/fish انجام پذیرفت. برای دو گروه از بیماران آزمون fish انجام پذیرف؛ گروه اول (براساس پروتوکل انجمن پاتولوژی و انکولوژی آمریکا) بیمارانی با (مبهمihc 2+( و گروه دیگر بیمارانی (4 بیمار) با نتایج متناقض آزمون ihc با دو آزمون دیگر mlpa و rt-pcr. قابل توجه است که نتایج آزمون fish برای تمامی 4 بیمار نتایج دو آزمون mlpa و rt-pcr را تایید نمود و این روش ترکیبی ihc-fish نامیده شد. همراهی بین افزایش کپی و افزایش بیان ژن top2aنیز از لحاظ آماری معنی دار بود با این تفاوت که تعداد زیادی از بیماران بدون افزایش تعداد کپی، افزایش بیان این ژن را نشان دادند در دو ژن دیگر (erbb1 وmyc) هیچ ارتباط معنی داری بین افزایش کپی و بیان مشاهده نشد. در این بررسی همراهی معنی داری بین همزمانی افزایش کپی ژنهایher2/neu و top2aمشاهده گردید. بیشترین ارتباط با فاکتورهای پیشآگهی ضعیف در بین این ژنها مربوط بهژن her2/neuبود. افزایش کپی این ژن با وضعیت منفی گیرنده پروژستروژن، بالا بودن grade تومور و افزایش شاخص دانسیته عروقیmvd)) همراه بود، همچنین افزایش بیان این ژن با منفی بودن وضعیت پروژسترون و استروژن و همچنین بالا بودن stage و grade تومور همراهی داشت. نتایج مثبت ihc-fish برای این ژن علاوه بر تمامی موارد ذکر شده، با وضعیت مثبت گره لنفاوی و سن زیر 50 سال نیز همراهی نشان داد. افزایش کپی ژن mycبا سن زیر 50 سال و افزایش شاخص پرولیفرسیون سلولی ارتباط داشت.همچنین افزایش کپی ژن top2a در بیماران با stage iii نسبت به stage i بیشتر مشاهده شد. افزایش بیان این دو ژن با هیچ شاخص بالینی پاتولوژی ارتباط معنی دار نشان نداد. افزایش همزمان کپی دو ژن myc-her2و افزایش بیان همزمان دو ژن her2 -top2a در بیماران با grade وiii) stage ) در مقایسه با بیماران با grade وstage i & ii)) بیشتر مشاهده شد همچنین افزایش همزمان بیان دو ژن her2 -top2a با بالا رفتن دانسیتهی عروقی نیز همراه بود. همزمانی افزایش کپی دو ژن erbb1-myc در بیماران با سایز تومور بالای 5 سانتی متر بیشتر مشاهده شد. افزایش همزمان بیان دو ژن erbb1-her2با بالا رفتن دانسیتهی عروقی در بیماران همراه بود. با توجه به بررسیهای انجام شده مشخص شد که علاوه بر اهمیت نقش ژن her2ژنهایmycو top2a در سطح dna دارای ارزش پیشآگهی دهنده میباشند. همچنین بررسی افزایش کپی و بیان همزمان این دو ژنبا ژنher2 از اهمیت بالایی در تعیین پیشآگهی بیمار برخوردار میباشد. با توجه به اهمیت ویژهی ژن her2(در تعیین پیشآگهی و تعیین رژیم درمانی مناسب) و نقاط ضعف بررسی این ژن در سطح پروتئین ((ihc لزوم بررسی این ژن با روشهای دیگر، در جهت تعیین وضعیت هرچه دقیقتر بیماران احساس میشود.

بررسی عملکردی توالی تکراری پروموتر مرکزی ژن mecom انسانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - دانشکده توانبخشی 1392
  الهه ولی پور   مینا اوحدی

کمپلکس های پروتئینی که به عناصر dnaیی gaga متصل می شوند برای جا به جا یی نوکلئوزوم ها ضروری هستند ، سه تا چهار عنصر ga برای تخریب نوکلئوزوم های از پیش ساخته لازم است . در یک مطالعه ی قبلی پروموتر مرکزی ژن های کد کننده ی پروتئین انسانی که دارای تکرارهای طویل و استثنائی ga هستند شناخته شد . نقش تکرارهای ga در پروموتر مرکزی در ابتدا با بررسی پروموتر مرکزی ژن sox5 ، که درگیر در مراحل مختلف رشد و نمو است، مشخص شد. در این مطالعه ، نقش عملکردی تکرارهای ga را در پروموتر مرکزی یک ژن دیگر ، mecom ، که در امبریوژنز دخالت دارد ، بررسی کردیم. نتایج حاصل از این مطالعه نشان دهنده ی تفاوت معنادار بیان ژن در سلول hek-293t است که نتیجه ای از آلل های متفاوت پروموتر مرکزی mecom از نظر طول تکرارهای ga می باشد. و همینطور با بررسی همولوژی پروموتر مرکزی mecom در بین گونه ها، حفاظت شدگی تکرارهای ga این ناحیه در طی تکامل در میان گونه ها اهمیت عملکردی این تکرارها را بیش از پیش تقویت می کند(p > 1 × 10?8) . انسان بلندترین و پیچیده ترین تکرار را به خود اختصاص میدهد. اطلاعات ما مکانیسم جدیدی را در ارتباط با نقش توالی های تکراری پروموتر مرکزی در تنوع بیان ژن معرفی می نماید و پیشنهاد می کند که تکرارهای ga پروموتر مرکزی می توانند مکانیسم جدیدی برای تنوع بین فردی و بین گونه ای در بیان ژن باشد.

شناسایی ژنهای مرتبط با ناتوانی ذهنی اتوزومی مغلوب غیر سندرمی در ده خانواده بزرگ ایرانی با کمک روش نقشه برداری هموزیگوسیتی و بررسی عملکردی آنها
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - دانشکده علوم توانبخشی 1392
  فرزانه لارتی   حسین نجم آبادی

ناتوانی ذهنی یک اختلال تکامل سیستم عصبی است، که سبب ناتوانی شدید برای تمام طول عمر می گردد. از آنجا که ناتوانی ذهنی اتوزومال مغلوب در کشورهایی مانند کشور ایران که ازدواج خویشاوندی رایج می باشد، شیوع بیشتری دارد، شناسایی ژنهای مرتبط با این نوع ناتوانی ذهنی نیز در این جوامع اهمیت بیشتری می یابد. هدف از این تحقیق شناسایی ژنهای جدید برای ناتوانی ذهنی اتوزومال مغلوب با استفاده از روش نقشه برداری اتوزیگوسیتی و نسل جدید دستگاه های تعیین توالی بود. پس از معاینات بالینی دقیق، ده خانواده ایرانی که فرزندان آنها مبتلا به ناتوانی ذهنی اتوزومال مغلوب بودند، بررسی شدند. با بررسی پلی مورفیسمهای تک نوکلئوتیدی در کل ژنوم و سپس انجام آنالیز پیوستگی ، نواحی با بیشترین lod score، درهر خانواده مشخص شد. در این تحقیق دو جایگاه جدید برای ناتوانی ذهنی اتوزومال مغلوب یافت شد. با بررسی توالیهای کدکننده پروتئین در نواحی هموزیگوت، در چهار خانواده، ژنهای جدیدی برای ناتوانی ذهنی اتوزومال مغلوب مشخص شد. در یکی از خانواده ها، که افراد بیمار دارای علایم دیگری از جمله تشنج، استرابیسموس، و آزوسپرمی بودند، جهشی بی معنا در توالی ژن clip1 مشخص شد. این پروتئین در ارتباط با انتهای رشد یابنده میکروتوبولها بوده و در جابجایی وزیکولها در درون سلول نقش دارد. جهش ذکر شده سبب ایجاد یک کدون متوقف کننده زودرس می شد. بررسی در سلولهای دارای جهش، کاهش بیش از 50 درصد در میزان rna مربوط به ایزوفورم یک با روشهای reverse transcription pcr و real time pcr نشان داد. بررسی با روشهای western blotting و میکروسکوپ ایمونوفلورسانس، نشان دهنده عدم وجود پروتئین clip1 در سلولهای افراد بیمار بود. یافته های این مطالعه هتروژن بودن ناتوانی ذهنی اتوزومال مغلوب را تایید نمود. همچنین نشان داد که نقص در پروتئین clip1 می تواند ناتوانی ذهنی اتوزومال مغلوب ایجاد نماید.

بررسی عملکردی توالی تکراری پروموتر مرکزی ژنgabra3 انسانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی - دانشکده پزشکی 1392
  علی کوثری   مینا اوحدی

تکرارهای ga در پروموتر ژن ها، موتیفهایی هستند که با ساختارهای تنظیمی g4 چهارتایی، هم پوشانی دارند و در تشکیلات نوکلئوزوم درگیر هستند.قبلا پروموتر مرکزی ژن های کدکننده پروتئین را که دارای مقادیر زیادی تکرارهای ga هستند شناسایی شده است. ضرورت عملکرد این تکرارها با تحقیق بر روی ژن sox5، که در فرآیندهای تکاملی نقش دارد، مشخص شد. در این مطالعه عملکرد str پروموتر مرکزی ژن gabra3، که گیرنده مهمترین نوروترانسمیتر مهاری مغز میباشد، مورد بررسی قرار گرفت. اختلاف بیان معنی داری بین آلل ها، در ترانسفکشن hek293t مشاهده گردید. بررسی همولوژی این تکرارها مابین گونه ها، از حفظ شدگی بسیار زیاد این تکرارها در طول تکامل در ناحیه پروموتری بین نخستی ها و موش خبر داد(p< 1x10-8). با توجه به اینکه هسته مرکزی ژنgabra3 (فاصله بین +1 تا-120 )، متشکل از یک توالی ga تکراریست، واز طرفی فاقد عناصر مرسوم رونویسی است،پیشنهاد میشود که این تکرارهای ga در پروموتر مرکزی، یک مکانیسم جدید برای تنظیم بیان ژنهایی است که در رشد و تکامل نقش دارند.