در ایران بیش از 170 گونه لاله به طور طبیعی رشد و نمو می کنند. در این میان لاله واژگون (fritillaria imperialis l) از اهمیت و اصالت منحصر به فردی برخوردار است و همه ساله گردشگران داخلی و خارجی زیادی برای تماشای این گیاه راهی زیستگاه های آن در دامنه های زاگرس می شوند. همچنین اخیراً کلاس های جدیدی از آلکالوئیدها از این گیاه استخراج شده است. در این مطالعه تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیت های لاله واژگون منطقه زاگرس ایران با استفاده از نشانگرهای مولکولی issr و 32 صفت مورفولوژیکی مورد بررسی قرار گرفت. در کل 160 نمونه لاله واژگون از 8 جمعیت زاگرس واقع در 6 استان جمع آوری و بررسی های مولکولی و مورفولوژیکی روی آنها انجام گرفت. استخراج dna به روش ctab تغییر یافته صورت گرفت. از بین 20 آغازگر مورد بررسی که در انتهای ´3 دارای قلاب بودند 6 آغازگر الگوی الکتروفورزی مشخص و تکرار پذیری بالایی نشان دادند. در مجموع 57 نوار تولید شد که 49 نوار چندشکل بودند. میانگین درصد چندشکلی مشاهده شده برابر 2/82 درصد و میانگین تعداد نوارهای چندشکل به ازای هر واحد سنجش برابر با 17/8 درصد بود. میانگین محتوای اطلاعات چندشکل 8/0 بود. بالا بودن میزان pic در این تحقیق نشان دهنده سطح بالای تمایز می باشد. با توجه به ماتریس تشابه، ضریب تشابه ژنتیکی بین نمونه های مورد بررسی از 3/0 تا 94/0 متغیر بود. در دندروگرام حاصل از خوشه بندی نمونه ها بر اساس ضرایب تشابه جاکارد و روش گروه بندی upgma، همه جمعیت های مورد بررسی تشکیل خوشه مجزایی دادند که بیانگر کارایی بالای آغازگرهای مورد استفاده در تکثیر قطعات مناسب از ژنوم است. تجزیه واریانس مولکولی (amova) به واریانس داخل و بین 8 جمعیت لاله واژگون با گروه بندی ناحیه ای و بدون گروه بندی ناحیه ای انجام شد. این تجزیه به روش لوکوس به لوکوس و توسط دو نرم افزار arlequin وgenalex انجام شد. واریانس بین جمعیت ها و بین افراد این جمعیت ها به ترتیب 45 و 55 درصد از کل واریانس را پوشش دادند. گروه بندی ناحیه ای نتوانست درصدی از واریانس کل را توجیه کند که این نتیجه به طور جداگانه توسط هر دو نرم افزار به دست آمد. نتایج تجزیه تنوع ژنی که توسط نرم افزار aflpsurv انجام شد نشان داد که نسبت بیشتری از تنوع کل مربوط به تنوع داخل جمعیت هاست (62/0=hw/ht) .در تجزیه مورفولوژیک، روش های چند متغیره آماری تجزیه خوشه ای، تجزیه مولفه های اصلی و تجزیه همبستگی صفات مورد استفاده قرار گرفت. دندروگرام مورفولوژیکی الگوی مشخص مبنی بر جدا سازی افراد متعلق به جمعیت ها ارائه نداد. تجزیه به مولفه های اصلی نیز موید تجزیه خوشه ای بود که نشان دهنده عدم تأثیر گذاری عامل جمعیت در دسته بندی مورفولوژیکی افراد است. بیشترین ضریب همبستگی مربوط به دو صفت عرض و مساحت گلبرگ بود (90/0r2=). با توجه به اینکه صفات مورفولوژیکی مربوط به بخش های رمزکننده ژنوم است، اما قطعات dna تکثیر شده در نشانگرهای issr، هم مربوط به بخش های رمزکننده و هم مربوط به بخش های غیر رمزکننده ژنوم است کارایی بیشتر نشانگرهای مولکولی نسبت به صفات مورفولوژیکی دور از انتظار نیست. در کل نتایج پژوهش انجام شده دال بر سطح بالای تنوع ژنتیکی داخل و بین جمعیت های لاله واژگون در کوه های زاگرس ایران است.