بیماری پوسیدگی طوقه و ریشه برنج به طور گسترده در مناطق برنج کاری دنیا پراکنده است به طوری که از عوامل محدود کننده کشت این گیاه محسوب می شود. به منظور مطالعه پوسیدگی طوقه و ریشه برنج در فصل زراعی 1388 از شالیزار های برنج در استان-های فارس(فیروزآباد، رامجرد، درودزن، شیراز، پاسارگاد و سپیدان)، خوزستان(ایزه، آهودشت و رامهرمز) و ایلام(سرابله و شیروان) نمونه برداری به عمل آمد. از کشت نمونه های آلوده ریشه و طوقه گیاه برنج جمعا 132جدایه قارچ جداسازی گردید. جهت شناسایی جدایه ها ی قارچ از محیط کشت های برگ میخک-آگار(cla)، سیب زمینی-دکستروز-آگار(pda) استفاده به عمل آمد. قارچ های شناسایی شده شامل f. verticillioides(80 جدایه)، f. equiseti(25 جدایه) و cylindrocarpon hederae (26 جدایه) بود. تعداد 41 جدایه ازگونه f. verticillioides از مناطق مختلف استان ها ی ذکر شده انتخاب شد و تنوع ژنتیکی آنها با استفاده از گروه-های سازگار رویشی مورد مطالعه قرار گرفت. در این بررسی با استفاده از دو محیط mmc و pdc حاوی 6% و محیط زاپک حاوی 5% کلرات پتاسیم جمعا 446 جهش یافته نیت بدست آمد که بر اساس استفاده از منابع مختلف ازت در سه کلاس فنوتیپی nit 1 ) 32/49%) nit3(02/30%) و nit m ( 4/20%) قرار گرفتند. آزمون مکمل سازی بین جهش یافتگان نیت روی محیط کشت حداقل، انجام گرفت. در مجموع 17 گروه سازگار رویشی در بین جمعیت قارچ مشخص شد که بزرگترین گروه دارای 21 عضو بود و همچنین 12 گروه تک عضوی و سایر گروهها دو عضوی بودند. آزمون بیماری زایی برای 37 جدایه از قارچ f. verticillioides صورت گرفت نتایج آزمون نشان دهنده بیماریزا بودن همه جدایه ها بود. همچنین بیماریزا بودن جدایه های c.hederae نیز مورد بررسی قرار گرفت که نتایج حاکی از بیماری زا بودن هر 10 جدایه مورد استفاده بود. این اولین گزارش از وقوع بیماری پوسیدگی ریشه و طوقه برنج در دنیا می باشد که توسط گونه c. hederaeایجاد می شود. تنوع ژنتیکی تعداد 24 جدایه از قارچ f.verticillioides با استفاده از 7 آغازگر با تکنیک rapd مورد مطالعه قرار گرفت.. تجزیه خوشه ای داده های rapd با استفاده از ضریب تشابه ساده و روش upgma نشان داد که جدایه ها در سطح تشابه 52 درصد در 9 گروه قرار گرفتند که این نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا در بین جدایه ها ی قارچ عامل بیماری می باشد. بیشترین تشابه بین جدایه ها 84 درصد برآورد شد.