نام پژوهشگر: محمدرضا بحرینی بهزادی

بررسی ژنتیکی و فنوتیپی خصوصیات منحنی رشد و پیش بینی برخی صفات لاشه توسط شبکه عصبی مصنوعی در گوسفند بلوچی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1390
  محمدرضا بحرینی بهزادی   علی اصغر اسلمی نژاد

جهت بررسی ژنتیکی و فنوتیپی منحنی رشد و نیز استفاده از شبکه عصبی مصنوعی در پیش بینی رشد و برخی صفات لاشه در گوسفند بلوچی، شش آزمایش انجام شد. در آزمایش اول، رشد گوسفندان بلوچی در شرایط سیستم پرورش متمرکز مورد بررسی قرار گرفت. مدلهای اثرات ثابت خطی و غیر خطی با یکدیگر مقایسه و بهترین مدل برای تشریح رابطه وزن بدن – سن تعیین شد. در بین تمام مدلها، مدل چند جمله ای درجه سه و در بین مدلهای غیر خطی، تابع ون برتالانفی و سپس تابع گومپرتز بهترین برازش را برای هر دو جنس داشتند. در آزمایش دوم، رشد گوسفندان بلوچی ایستگاه اصلاح نژاد عباس آباد مشهد مورد بررسی قرار گرفت. بهترین مدل اثرات ثابت خطی و غیر خطی برای تشریح رابطه وزن بدن - سن تعیین و سپس بهترین مدل اثرات ثابت غیر خطی با مدل اثر مختلط متناظر مقایسه شد. در بین تمام مدلها، مدل چند جمله ای درجه سه و در بین مدلهای غیر خطی، تابع برودی بهترین برازش را برای هر دو جنس داشتند. مدل اثر مختلط برودی بهتر از مدل اثرات ثابت برودی قادر به برازش داده های وزن بود. در آزمایش سوم، مدلهای رگرسیون خطی، رگرسیون غیر خطی و شبکه عصبی در پیش بینی وزن بدن با هم مقایسه شد. نتایج نشان داد که مدلهای غیر خطی کارایی بیشتری از مدلهای خطی در پیش بینی وزن آینده دام دارند. همچنین شبکه عصبی نیز کارایی نسبتا قابل قبولی در پیش بینی رشد در سنین بالاتر را نشان داد و به عنوان جایگزینی برای مدلهای رشد غیر خطی و خطی در مدل سازی رشد و پیش بینی وزن در سنین بالاتر می تواند بطور کارآمد مورد استفاده قرار گیرد. در آزمایش چهارم، کارایی شبکه عصبی در پیش بینی برخی صفات لاشه از روی رکوردهای وزن بدن بررسی شد. نتایج نشان داد که با دقت نسبتا مناسب می توان برخی صفات لاشه مانند وزن بدن خالی و وزن لاشه گرم را با استفاده از اندازه گیریهای وزن بدن در سنین مختلف برآورد نمود. در آزمایش پنجم، پارامترهای ژنتیکی صفات وزن بدن با استفاده از مدل رگرسیون تصادفی با درجات برازش یکسان برآورد شد. افزایش درجه برازش رگرسیون تصادفی از 3 تا 5 موجب افزایش دقت برآورد پارامترهای ژنتیکی شد. لذا مدل با درجه برازش 5 به عنوان مدل مناسبتر انتخاب شد. بررسی اولین ویژه تابع نشان می دهد که برای افزایش وزن بدن در سنین بالاتر بهتر است تا انجام انتخاب بر اساس وزنهای بعد از شیرگیری باشد. در آزمایش ششم، پارامترهای ژنتیکی صفات وزن بدن با استفاده از 8 مدل رگرسیون تصادفی با درجات برازش غیر یکسان برآورد و نتایج بهترین مدل با روش مدل دام تک متغیره مقایسه شد. مولفه های واریانس ژنتیکی مستقیم، ژنتیکی مادری و فنوتیپی برآورد شده توسط روش رگرسیون تصادفی در اکثر سنین بالاتر از مقادیر برآورد شده از طریق مدل تک متغیره بودند. واریانس باقیمانده حاصل از روش رگرسیون تصادفی در تمام سنین کمتر از مقادیر حاصل از روش تک متغیره بود که می تواند دلیلی بر دقت بیشتر برآوردهای حاصل از این روش باشد. الگوی کلی تغییرات وراثت پذیری مستقیم و مادری با افزایش سن در هر دو روش تقریبا یکسان و به ترتیب روند افزایشی و کاهشی نشان داد. به طور کلی وراثت پذیری مستقیم و مادری برآورد شده از روش رگرسیون تصادفی به ترتیب بالاتر و کمتر از مقادیر حاصل از روش مدل دام تک متغیره بود. به نظر می رسد با توجه به مزایای بیشتر روش رگرسیون تصادفی نسبت به روش تک متغیره بهتر است که از این روش جهت رتبه بندی و انتخاب حیوانات در ایستگاه اصلاح نژاد عباس آباد مشهد استفاده شود.

ارتباط بین چندشکلی های ژن بتا4-دیفنسین با صفات تولیدی شیر و تعداد سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یاسوج - دانشکده کشاورزی 1392
  اعظم رحیمی رضایی   مصطفی محقق دولت آبادی

دیفنسین ها گروهی از پروتئین های کاتیونی ضدمیکروبی هستند که در سیستم ایمنی ذاتی پستانداران فعالیت دارند. از این رو، ژن های کدکننده این پروتئین ها می توانند به عنوان نشانگر ژنتیکی برای مقاومت به بیماری در گاوهای شیری در نظر گرفته شوند. هدف از این پژوهش، بررسی ارتباط تنوع ژنتیکی ناحیه پیش بر و اینترون ژن بتا4-دیفنسین، با صفات تولیدی شیر (تولید شیر و محتوای پروتئین و چربی) و نمره سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین ایران بود. از این رو دو قطعه تکثیر شده از ژن بتا4-دیفنسین گاوی با تکنیک چندشکلی فرم فضایی رشته های منفرد (sscp) غربالگری شد و تعیین توالی dna صورت گرفت. تعیین ژنوتیپ 200 راس گاو هلشتاین ایرانی، 11 الگوی باندی (a، b، c، d، e، f، g، h، i،jو k) و 5 الگوی باندی (a، b، c، d وe) مجزا به ترتیب برای ناحیه پیش بر و اینترون نشان داد. تجزیه و تحلیل تعیین توالی ناحیه اینترون، 3 عدد چندشکلی تک-نوکلئوتیدی در جایگاه های 2239+، 2312+ و 2323+ آشکار کرد. ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ برای صفات میانگین تولید شیر روزانه، درصد چربی، درصد پروتئین و نمره سلول های بدنی بررسی شد. آنالیز آماری نشان داد که ژنوتیپ های متفاوت ناحیه اینترون ارتباط معنی داری با درصد پروتئین، درصد چربی و نمره سلول های بدنی نداشت ولی تمایل به ارتباط با میانگین تولید شیر روزانه داشت. همچنین تجزیه و تحلیل آماری نشان داد که هاپلوتیپ های متفاوت ناحیه پیش بر ارتباط معنی داری با تولید شیر، درصد چربی و نمره سلول های بدنی داشت اما ارتباط معنی داری بین الگوهای sscp و درصد پروتئین وجود نداشت. علاوه بر این، هاپلوتیپ ترکیبی دیفنسین یک ارتباط معنی داری با تولید شیر و نمره سلول های بدنی نشان داد. این ارتباط نشان داد که این ژن ممکن است بتواند به عنوان نشانگر ژنتیکی برای انتخاب به کمک نشانگر در گاو در نظر گرفته شود.

اثر تغذیه¬ی مکمل چربی و متیونین محافظت شده بر عملکرد و خصوصیات لاشه بره¬های پرواری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یاسوج - دانشکده کشاورزی 1392
  لیلا حیدری   مسیح اله فروزمند

این پژوهش به¬منظور بررسی تأثیر تغذیه¬ی مکمل چربی و متیونین محافظت شده بر عملکرد و خصوصیات لاشه بره¬های پرواری، در مزرعه آموزشی- پژوهشی دانشگاه یاسوج واقع در روستای نره گاه انجام گرفت. تعداد بیست بره پرواری نر نژاد بهمئی با (میانگین سنی 7±90 روز و میانگین وزن 7/1±28 کیلوگرم) در قالب طرح کاملاً تصادفی با چهار تیمار و پنج تکرار به مدت 80 روز (20روز جهت عادت پذیری و 60 روز مدت پروار) مورد آزمایش قرار گرفتند. تیمارهای آزمایشی عبارت بودند از 1-تیمارc: شاهد (بدون مکمل چربی و متیونین)، 2-تیمار :f حاوی 5 درصد مکمل چربی محافظت شده سویا ، 3-تیمار m: حاوی روزانه 4 گرم مکمل متیونین و 4-تیمار fm: حاوی 5 درصد مکمل چربی محافظت شده و روزانه 4 گرم مکمل متیونین محافظت شده سویا. تیمار¬ها از لحاظ انرژی، پروتئین، سطح علوفه به کنسانتره، درصد دیواره سلولی یکسان بودند و سعی شده بود که اجزای جیره دارای کمترین اختلاف باشد. در این آزمایش بره¬ها در روزهای 20، 50 و 80 دوره¬ی پروار (پس از 24 ساعت گرسنگی) توزین و رکوردبرداری از آن¬ها صورت گرفت. نمونه گیری خوراک و مدفوع در طول دوره در دو نوبت انجام شد. در انتهای دوره پروار، بره-ها ابتدا توزین و سپس کشتار و لاشه آن¬ها به¬طور یکنواخت تجزیه ¬شد و وزن لاشه گرم، درصد لاشه، وزن بخش های مختلف لاشه شامل ران، سردست، راسته، دنبه و.... اندازه گیری شد. در این آزمایش اگرچه بیشترین درصد لاشه بدون دنبه و درصد راسته همچنین کمترین وزن و درصد دنبه به تیمار حاوی مکمل چربی محافظت شده تعلق داشت، لیکن اثر معنی ¬داری از مکمل چربی مورد استفاده بر عملکرد و سایر خصوصیات لاشه مشاهده نشد. تیمار حاوی مکمل چربی بر مصرف ماده خشک و قابلیت هضم مواد مغذی از جمله ماده خشک، پروتئین خام و دیواره سلولی تأثیر منفی نداشت که نشان داد، چربی مورد استفاده کاملاً محافظت شده بوده است. در این تحقیق مکمل متیونین محافظت شده تأثیر مثبتی بر عملکرد دام نداشت که احتمالاً به دلیل سطح پروتئین خام جیره (14 درصد پروتئین خام) بوده است که توانسته است اسیدهای آمینه ضروری مورد نیاز دام را تأمین نماید. متیونین محافظت شده موجب تأثیر منفی بر قابلیت هضم پروتئین خام و خصوصیات لاشه از جمله کاهش معنی¬دار درصد ران، وزن راسته، درصد راسته و درصد لاشه بدون دنبه و افزایش معنی¬دار وزن دنبه و درصد آن شد (05/0>p)، لذا بر پایه نتایج این آزمایش استفاده از متیونین محافظت شده برای بره های پرواری توصیه نمی¬شود

تحلیل شجره در گوسفندان لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یاسوج - دانشکده کشاورزی 1393
  محمد کشاورزپور   محمدرضا بحرینی بهزادی

در این تحقیق ساختار و تنوع ژنتیکی گوسفندان نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک با استفاده از تحلیل شجره مورد بررسی قرار گرفت. اطلاعات شجره ای ثبت شده برای گوسفندان لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک جهت برآورد سطح تکامل شجره، فاصله نسل، ضریب همخونی و همتباری، اندازه موثر جمعیت و پارامترهای احتمال منشا ژن شامل حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر ژنوم حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر اجداد، مورد استفاده قرار گرفت. میانگین فاصله نسل در سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 23/4، 50/4 و 85/4 سال برآورد شد. تعداد نسل های کامل برای نژادهای لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 8، 5 و 11 نسل برآورد شد. میانگین همخونی در هر سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 56/0، 09/0 و 01/5 بود. ضریب همتباری در گوسفندان نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 76/0، 35/0 و 71/4 بود. اندازه موثر جمعیت در گوسفندان نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک 249، 284 و 26 راس محاسبه شد. تعداد حیوانات بنیان گذار در هر سه نژاد لری-بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 506، 406 و 167 راس بود. تعداد موثر حیوانات بنیان گذار در هر سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک 105، 209 و 22 راس بود. تعداد موثر اجداد در گوسفندان نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 90، 73 و 17 راس محاسبه شد. تعداد اجدادی که 50 درصد تنوع ژنتیکی جمعیت مورد مطالعه از آنها منشاء گرفته است در نژاد لری-بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 35، 26 و 11 راس برآورد شد. تعداد موثر ژنوم حیوانات بنیان گذار در هر سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک به ترتیب 65، 144 و 11 راس برآورد شد. میزان مشارکت حیوانات بنیان گذار و اجداد اصلی در ایجاد جمعیت کنونی در هر سه نژاد لری بختیاری، کرمانی و ایران بلک، نامتعادل بود که می تواند باعث کاهش تنوع ژنتیکی شود.

پیش بینی برخی صفات لاشه با استفاده از شبکه عصبی مصنوعی و مقایسه رگرسیون غیرخطی و شبکه عصبی در توصیف رشد در گوسفند لری بختیاری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یاسوج - دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی 1391
  علیرضا عباسی   محمدرضا بحرینی بهزادی

در این مطالعه از داده¬های اندازه¬گیری شده بر روی 58 رأس بره نر از نژاد لری¬بختیاری، جمع-آوری شده در ایستگاه شولی شهرکرد استفاده شد. ارتباط بین اندازه¬های بدن (طول بدن، دور قفسه سینه، عرض کپل و عرض شانه) با وزن بدن و برخی صفات لاشه با استفاده از معادلات رگرسیون خطی و تکنیک شبکه¬ی عصبی مصنوعی مورد بررسی قرار گرفت. همبستگی بین اندازه¬های بدن با وزن زنده و صفات لاشه تقریبا بالا برآورد گردید. نتایج نشان داد که تکنیک شبکه¬ی عصبی مصنوعی به مراتب بهتر از معادلات رگرسیون خطی قادر به پیش¬بینی وزن و صفات لاشه در گوسفندان لری¬بختیاری است. نتایج این مطالعه با توجه به ارتباط بین اندازه های بدن و صفات لاشه و اهمیت این صفات در تعیین پتانسیل ژنتیکی و تنظیم برنامه های اصلاح-نژادی برای تولید گوشت بالا می¬تواند مفید واقع شود. همچنین از چهار مدل غیرخطی برودی، ون¬برتالانفی، گومپرتز و لجستیک و شبکه¬ی عصبی مصنوعی جهت برازش رشد استفاده شد. از داده¬های وزن بدن شامل 6495 رکورد وزن بدن متعلق به 1999 بره لری بختیاری در قالب وزن تولد، سه¬ماهگی، شش¬ماهگی، نه¬ماهگی و یک¬سالگی که از ایستگاه اصلاح نژاد شولی شهرکرد جمع آوری شده بود استفاده شد. مقایسه مدل¬ها توسط ضریب تعیین (r2) ، میانگین قدر مطلق انحرافات (mad) و میانگین قدر مطلق درصد خطاها (mape) انجام شد. نتایج نشان داد که شبکه¬ی عصبی مصنوعی بهتر از مدل¬های غیر¬خطی توانست رشد را در گوسفندان لری-بختیاری برازش کند. در میان مدل¬های غیر¬خطی نیز مدل برودی بهتر از سایر مدل¬ها بود.

بررسی اثر شیرابه ی گیاه چویل (ferulago angulata) روی رشد و نمو باکتری های پروبیوتیکی در شرایط آزمایشگاهی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یاسوج - دانشکده کشاورزی 1392
  حمیرا حسینی   رضا نقی ها

این پژوهش برای بررسی پیامد شیرابه¬ی گیاه چویل بر رشد و زنده¬مانی باکتری¬های پروبیوتیکی در دو آزمایش کاملا تصادفی با سه سطح شیرابه¬ی گیاه چویل و چهار باکتری با سه تکرار انجام گردید. در آزمایش یکم، در شرایط آزمایشگاهی توانایی شیرابه ی گیاه چویل با محیط کشت شیر پس¬چرخ برای بررسی ویژگی هایی مانند زنده¬مانی، افزاینده سازی و مرگ باکتری های سودمند و زیان بار دستگاه گوارش بررسی شد. در آزمایش دوم با همانندسازی شیره¬ی معده و شیره ی روده، پیامد شیرابه¬ی گیاه چویل بر زنده مانی، افزاینده¬سازی و مرگ باکتری¬های سودمند و زیان¬بار بررسی گردید. تیمارهای هر دو آزمایش (سوای محیط کشت) دربرگیرنده¬ی سه سطح )0، 1 و 3 درصد( شیرابه¬ی چویل برای سه گونه باکتری پروبیوتیکی (لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس، لاکتوباسیلوس کازئی و لاکتوباسیلوس پلانتاروم) و یک گونه باکتری زیان¬بار (سالمونلا تیفی¬موریوم) بودند. چهار گونه باکتری به شمار 107 واحد تشکیل دهنده¬ی پرگنه برای هر میلی لیتر به محیط کشت افزوده شد و در آزمایش نخست برای 24 ساعت و در آزمایش دوم برای 2 ساعت در شیره¬ی معده و 4 ساعت در شیره¬ی روده، در 37 درجه سانتی¬گراد گرم خانه گذاری گردید. داده¬ها با نرم¬افراز sas 9.1آنالیز و میانگین¬ها با آزمون چند دامنه¬ای دانکن در سطح معناداری 5 درصد مقایسه شدند. یافته¬های آزمایش نخست نشان می دهند با افزایش غلظت شیرابه¬¬ی چویل تا سطح 1 درصد، شمار باکتری¬های پروبیوتیکی نسبت به تیمار شاهد افزایش معناداری یافت و شمار باکتری سالمونلا تیفی موریوم در سنجش با تیمار شاهد کاهش معناداری داشت. به کارگیری شیرابه¬ی چویل در سطح 3 درصد در سنجش با گروه 1 درصد چویل، شمار باکتری¬های لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس و لاکتوباسیلوس پلانتاروم را افزایش داده و سبب کاهش شمار باکتری لاکتوباسیلوس کازئی شده، از رشد باکتری سالمونلا تیفی موریوم جلوگیری کرده و هیچ باکتری در این تیمار رشد نکرد. یافته های آزمایش دوم روی شیره¬ی معده¬ی ساختگی نشان دادند که شمار باکتری¬های لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس و لاکتوباسیلوس پلانتاروم افزایش و شمار باکتری های لاکتوباسیلوس کازئی و سالمونلا تیفی¬موریوم کاهش یافته است اما تفاوت میانگین¬ها معنادار نبود. هم¬چنین یافته های زنده¬مانی باکتری¬ها روی شیره¬ی روده¬ی ساختگی نشان می¬دهند که تفاوت معناداری در زنده¬مانی باکتری¬های لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس و لاکتوباسیلوس پلانتاروم و سالمونلا تیفی موریوم وجود ندارد و با افزایش غلظت شیرابه¬ی چویل زنده¬مانی باکتری¬های لاکتوباسیلوس کازئی کاهش معناداری یافته¬است.

بررسی ارتباط چندشکلی ژن اینترفرون گاما با صفات تولیدی شیر و سلول های بدنی در گاوهای شیری هلشتاین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه یاسوج - دانشکده کشاورزی 1392
  حمیده تاجی   مصطفی محقق دولت آبادی

بررسی ارتباط چندشکلی ژن اینترفرون گاما با صفات تولیدی شیر و سلول های بدنی در گاوهای شیری هلشتاین چکیده اینترفرون گاما، پروتئینی همودایمری است، که توسط سلول های کشنده طبیعی، سلول های cd 4+t و سلول های cd8+t تولید می شود، سلول های کشنده طبیعی در پاسخ به اجزاء ناشناخته ی میکروب ها این سایتوکین را می سازند و اعمال مهمی را هم در ایمنی ذاتی و هم ایمنی اکتسابی انجام می دهند. از این رو این ژن می تواند به عنوان یک نشانگر ژنتیکی برای ایجاد مقاومت به بیماری در گاوهای شیری در نظر گرفته شود. هدف از انجام این پژوهش بررسی ارتباط چندشکلی دو ناحیه ی اینترون و پیش بر ژن اینترفرون گاما با صفات تولیدی شیر و نمره سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین بود. از این رو دو قطعه تکثیر شده از ژن اینترفرون گاما انتخاب و به کمک تکنیک تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد (sscp) تعیین ژنوتیپ گردید. نتایج حاصل از تعیین تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد (sscp) در ناحیه اینترون ، 3 الگوی باندی b, aو c را نشان داد که فراوانی آن ها به ترتیب 85/33،52/50 و 62/15 بود در حالی که در ناحیه پیش بر این ژن هیچ چندشکلی ای مشاهده نگردید و باندها از یک الگوی مشابه پیروی می کردند. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل آماری ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ برای صفات تولیدی مانند میانگین تولید شیر، درصد پروتئین، درصد چربی و نمره سلول های بدنی نشان داد که ژنوتیپ های متفاوت ناحیه اینترون با میانگین تولید شیر، ارتباط معنی داری دارد p=0.03)) در حالی که با درصد چربی و پروتئین و نمره سلول های بدنی هیچ ارتباط معنی داری مشاهده نشد این نتایج نشان می دهد که د این ژن می تواند به عنوان یک نشانگر ژنتیکی کاندیدا جهت انتخاب به کمک نشانگر در گاو مورد استفاده قرار گیرد.