کیفیت آب از نظر شاخص های باکتریایی و فیزیکی شیمیایی از جمله عوامل موثر در بهره برداری بهینه از سیستم های پرورش ماهیان دریایی در قفس است. در مطالعه حاضر به منظور مقایسه آب خور های غزاله (محل استقرارقفس های پرورش ماهیان دریایی) و دورق، شمارش پارامتر های باکتریولوژیکی (تعداد کل باکتری ها تعداد کل ویبریو ها ، تعداد کل کلیفرم) ، و شناسایی گونه های ویبریو و سنجش پارامتر های فیزیکی- شیمیایی انجام شده است. نمونه برداری ماهیانه از آب 4 ایستگاه در خورهای غزاله ایستگاه 1(درون قفس)، ایستگاه 2(50 متری از قفس)، ایستگاه 3 (500 متری قفس در نزدیکی اسکله ) و خور دورق (ایستگاه 4) از خوریات فرعی خور ماهشهر در منتهی الیه خور موسی، بوسیله بطری‏های شیشه‏ای بروسیلیکات(پیرکس) جهت آزمون های باکتریولوژی و بطری های نانسن جهت آزمایشات فاکتور های فیزیکی- شیمیایی آب از تیر ماه تا اسفند ماه 86 انجام گرفت. شمارش تعداد کل باکتری ها و ویبریو ها به روش کشت سطحی، شمارش تعداد کل کلیفرم به روش چند لوله ای و شناسایی گونه های ویبریو بر محیط کشت اختصاصی ویبریو (tcbs) انجام گردید. پارامتر های باکتری شناسی در ایستگاه های مختلف میزان تعداد کل باکتری ها را با دامنه تا نشان می دهد که بیشترین تعداد تیر ماه و در ایستگاه 3 ، واقع در خور غزاله و کمترین آن آذر ماه در ایستگاه 2 واقع در خور غزاله مشاهده گردید. میزان تعداد کل ویبریو ها،در 4 ایستگاه تحت مطالعه بین بود که در این حالت بیشترین تعداد در ایستگاه 1 واقع در خور غزا له در مهر ماه، و کمترین تعداد در ایستگاه 4 واقع در خور دورق در اسفند ماه تعیین گردید. تعداد کل کلیفرم بین cfu/100ml2 تا150 تعیین گردید. آنالیز واریانس دو طرفه anova نشان می داد، شاخص های باکتریایی و فاکتور های فیزیکی شیمیایی در ایستگاه های مورد مطالعه اختلاف معنی داری ندارد اما طبق آنالیز آماری فوق و آزمون lsdدر ماه های مختلف شاخص های مذکور اختلاف معنی داری (p<0/05) نشان داد، که بیانگر عدم تاثیر حضور قفس ها(ایستگاه 1) بر تراکم باکتریایی و فاکتور های فیزیکی شمیایی می باشد. در تحقیق حاضر، از36 نمونه کشت داده شده؛ 22 گونه باکتری متعلق به جنس ویبرو جداسازی گردید که گونه vibrio alginolyticus دارای بیشترین درصد فراوانی در طی نمونه برداری های مختلف بود. گونه های vibrio proteolyticus، vibrio anguillarum به ترتیب با فراوانی های 33/8 % ؛ 66/6 % بعد از گونه v. alginolyticus؛ در آب های منطقه غالب بودند. اما تعداد گونه های شناسایی شده در ایستگاه های مورد مطالعه در ماه های تیر، مرداد، مهر و دی به طور نسبی بیشتر بود و ایستگاه 1 نسبت به سایر ایستگاه ها از بالاترین درصد فراوانی گونه ای برخوردار بود.نتایج حاصله از مطالعه حاضر نشان می دهد که پرورش در قفس بر روی شاخص های مذکور اثر قابل توجه ای نداشته و آب خور های غزاله و دورق از نظر بار باکتریایی و عوامل فیزیکی و شیمیایی در شرایط یکسانی قرار دارند و از هر دو منطقه فوق می توان جهت پرورش در قفس بهره برداری نمود.