باکتری های مولد اسید لاکتیک و مخمرهای جدا شده از ماست ودوغ سنتی (به عنوان دو ماده اولیه در تولید کشک) مناطق مختلف استان فارس با استفاده از خصوصیات مورفولوژی، کشت، فیزیولوژی و بیوشیمیایی شناسایی شدند. در بهار سال1386 ،تعداد 12 نمونه دوغ سنتی و 14 نمونه ماست سنتی تولید شده بوسیله عشایر مناطق مختلف استان فارس مورد بررسی و آزمایش قرار گرفت. در این تحقیق 673 سویه ی باکتریای مولد اسید لاکتیک (369 سویه از ماست و 304 سویه از دوغ سنتی) جدا شدند که 117(17.38%) سویه به گروه لاکتیک اسید کوکسی و 556 (82.62%) به جنس لاکتیک اسید باسیل تعلق داشتند. با انجام تست های بیوشیمیایی در گروه لاکتیک اسید کوکسی 52 سویه (44.44%) مربوط به جنس لاکتوکوکوس گونه ی لاکتیس زیرگونه ی کرموریس و 65 سویه (55.56%) مربوط به جنس لوکونوستوک گونه ی مزنتروئیدس زیرگونه ی کرموریس تشخیص داده شدند و گونه های یافت شده در گروه لاکتیک اسید کوکسی عبارت بودند از: لاکتوباسیلوس هلوتیکوس 85 (15.3%)، لاکتوباسیلوس پلانتاروم 124 (22.3%)، لاکتوباسیلوس برویس 117 (21%)، لاکتوباسیلوس کازئی زیرگونه ی کازئی 86 (15.5%) و لاکتوباسیلوس دلبروکی زیرگونه ی بولگاریکوس 144 (25.9%).در گروه لاکتیک اسید کوکسی و باسیل میکروارگانیسم های غالب به ترتیب عبارت بودند از: لوکونوستوک مزنتروئیدس زیرگونه ی کرموریس و لاکتوباسیلوس دلبروکی زیرگونه ی بولگاریکوس. همچنین از مجموع 217 مخمر جدا شده از این نمونه ها، 106 مخمر از ماست و 111 مخمر از دوغ سنتی جدا شدند. سویه های مخمری جدا شده عبارت بودند از: دبارومایسز هانسنی (59)، کلویورومایسز لاکتیس (80)، رودوتورولا موسیلاژی (16)، تریکوسپورون بایژلی (14) و کلویورومایسز مارکسیانوز (48). در این تحقیق کشک به 4 روش مورد تولید آزمایشگاهی قرار گرفت. مورد الف و ب به ترتیب از شیر خام کم چرب و پرچرب گاو (با افزودن میکروارگانیزم های مورد آزمایش و ماست به عنوان آغازگر لاکتیکی) تولید شدند و مورد ج و د به ترتیب از ماست کم چرب و پرچرب (با افزودن میکروارگانیزم های مورد آزمایش به کشک تولید شده از ماست های اخیر) تولید شدند. میکروارگانیزم های مورد آزمایش به صورت خالص یا ترکیبی در تولید محصول کشک مورد استفاده قرار گرفتند. در بررسی ارگانولپتیک تفاوت محسوسی از نظر طعم بین چهارمورد الف، ب، ج و د مشاهده شد ((p<0.05. موارد الف وب بهتر بودند از ج و د (p<0.05). و این بدین معناست که افزودن میکروارگانیسم به شیر در مقایسه با افزودن آن به کشک اثر مطلوب تری در طعم محصول نهایی به جای می گذارد. از سوی دیگر مورد الف بهتر بود از ب و مورد ج بهتر از د(p<0.05) . و این بدین معناست که استفاده از شیر کم چرب در تولید کشک اثر مطلوب تری در طعم محصول نهایی خواهد داشت. در میان چهار گروه نامبرده مورد الف به عنوان بهترین تولید شناسایی شد که در نمونه های این مورد افزودن میکروارگانیزم های مورد آزمایش به صورت خالص یا در ترکیب های زیر بیشترین امتیاز را از نظر ارگانولپتیک دریافت کردند: لاکتوباسیلوس هلوتیکوس لاکتوباسیلوس پلانتاروم لاکتوباسیلوس دلبروکی زیرگونه ی بولگاریکوس لوکونوستوک مزنتروئیدس زیرگونه ی کرموریس لاکتوباسیلوس هلوتیکوس + لوکونوستوک مزنتروئیدس زیرگونه ی کرموریس لاکتوباسیلوس پلانتاروم + لوکونوستوک مزنتروئیدس زیرگونه ی کرموریس لاکتوباسیلوس برویس + لوکونوستوک مزنتروئیدس زیرگونه ی کرموریس لاکتوباسیلوس برویس + لوکونوستوک مزنتروئیدس زیرگونه ی کرموریس + مخمر از میان موارد فوق لاکتوباسیلوس پلانتاروم بهترین تاثیر را در طعم محصول نهایی به جای گذاشت((p<0.05. این مطالعه نخستین گام در طراحی کشت های آغازگر لاکتیک اسید باکتریایی به منظور حفاظت از خصوصیات ارگانولپتیک دوغ سنتی ایرانی می باشد.در آینده با انجام تحقیقات در زمینه شناسایی ژنتیکی این باکتری ها و انتخاب مطلوب ترین سویه ها گام های بیشتری به منظور استفاده از آنها در صنعت برداشته خواهد شد.