الگوریتم های زیادی جهت جستجوی توالی پروتئین ها ایجاد شده است که از متدولوژی و پروتکل های مختلفی جهت محاسبه تشابه توالی ها استفاده می کنند. در این پایان نامه، تبدیل موجک گسسته هار که از سرعت و کارایی بالا در انجام محاسبات برخوردار است به کار گرفته شده و الگوریتم جستجوی الفبایی با استفاده از برنامه نویسی پویا، جهت محاسبه تشابه پروتئین ها طراحی و ارائه شده است. بی شباهت به blast، که یک ابزار جستجوی هم ترازی است و خروجی آن به سختی جهت یافتن تشابه توالی ها پارس می شود، الگوریتم پیشنهادی سریع تر بوده و روش موثرتری از مفهوم هم ترازی برای یافتن تشابه در توالی پروتئین ها و حتی نوکلئوتیدها می باشد. این الگوریتم بر مبنای تبدیل موجک گسسته هار، معیاری برای تعیین تشابه توالی پروتئین ها ارائه می دهد و با به کارگیری الگوی الفبایی شباهت های دو توالی را به دست می آورد و در vb پیاده سازی شده و با ایجاد توالی پرس و جوی استاندارد بر اساس طرح پیشنهادی، عمل جستجو در پایگاه داده موجود انجام می گردد. نتایج جستجو شامل توالی های مشابه در دسترس خواهد بود.