همزمان با شکل گیری دولن صفویه در ایران و رسمیت یافتن مذهب تشیع، درگیری هایی بین دو مکتب اخباری و اصولی به وجود آمد. موارد اختلافی بین اخباری ها و اصولی ها بسیار می باشد. اما مهمترین این اختلافات مربوط به نحوه و میزان استفاده از عقل در درک احکام دین می باشد. مهمترین عالم اصولی ای که در این دوره به مقابله با اخباری ها پرداخت، وحید بهبهانی بود. وی هم عصر شیخ یوسف بحرینی _ رئیس اخباری ها در این دوره_ بود و مباحثاتی نیز با وی داشت. بعد از تلاش های وحید بهبهانی اصولی ها بر اخباری ها غلبه یافتند و این امر منجر به انزوای کامل اخباری ها شد. با ظهور میرزا محمد اخباری_معروفترین عالم اخباری عصر فتحعلی شاه قاجار_ بار دیگر اخباری ها در ایران قوّت گرفتند. وی با شیخ جعفر نجفی_کاشف الغطاء_ مجادلات و مباحثاتی داشت. با قتل میرزا محمد اخباری دیگر هیچ فرد اخباری معروفی در ایران ظهور نکرد. مقابله علمای اخباری و اصولی در این دوره بیشتر در مباحث علمی وسیاسی روی داد. مقابله دو مکتب در حوزه علمی بیشتر به صورت نوشتن ردّیات علیه یکدیگر و تشکیل جلسات برای سرکوبی یکدیگر بود و در مباحث سیاسی بیشتر حول محور مجتهد و نحوه ورود وی به مباحث سیاسی بود. غلبه اصولی ها بر اخباری ها دارای نتایج مهمی در زمینه های علمی وسیاسی بود که از مهمترین آنها می توان به تکامل علم اصول و گسترش نقش مجتهد در حوزه های علمی وسیاسی اشاره کرد.