مدل های مارکوف پنهان دسته ای از فرایندهای تصادفی هستند که در مسائل کاربردی بسیار متنوعی با موفقیت به کار رفته اند. در این پایان نامه، مباحث مربوط به مدل احتمالی مارکوف پنهان در رابطه با مسأله ژن یابی در توالی های dna ارائه گردیده است. ژن ها قسمت هایی از dna می باشند که توانایی سنتز پروتئین ها را دارند. بنابراین ژن یابی مرحله بسیار حساسی در تحلیل داده های توالی dna است.