چکیده: از بین انواع باکتری هائی که در خاک یافت می شو ند باکتریهای همزیست با ریشه دولپه ای ها بیشتر مورد توجه قراردارند. مطالعه تنوع ژنتیکی باکتری های ریزوبیومی و ارزیابی کارایی همزیستی آن ها در جمعیت های بومی خاک و همچنین نقش مدیریت های متفاوت بر تنوع این باکتری ها از اهمیت زیادی برخوردار است. تعیین تنوع ژنتیکی میان جدایه های باکتری های گره زای ریشه شبدر قرمز در مناطقی از خاک استان کردستان، شناسایی و آنالیز فیلوژنتیکی و همچنین شناسایی فنوتیپی این باکتری هااز اهداف این تحقیق است. برای انجام این تحقیق 21 نمونه باکتری از گره شبدر قرمز جدا شدند.dna آن ها استخراج شد و تنوع آن ها با استفاده از روش های ملکولی rflp ژن srdna16 ، توالی یابی ژن srdna16 ، rflp نواحی جدا کننده بین ژنی igs و rapd غنی از c-g مطالعه شد.جهت rflp مقداری از محصول pcr برای هضم بوسیله سه آنزیم haeiii،hpaii و hinfi بکار رفت. برای رسم دندروگرام، قطعات حاصل از pcr/rflp امتیاز بندی شده و برای محاسبه تنوع آن از نرم افزار ntysis استفاده شد.محصولات pcr با نرم افزارblast از پایگاه ncbi مقایسه شدند.درخت فیلوژنی با روش نیبرجوینینگ با نرم افزار مگا4 ترسیم شد. بر اساس آنالیز توالی یابی، استرین ها همولوژی بالایی با بعضی از استرین های گونه sinorhizobium meliloti و rhizobium leguminosarum داشتند. جدایه ها بر اساس الگوی rflp ژن rdna16 در چهار گروه توزیع شدند. آنالیز- rflp igs باعث تقسیم جدایه ها به پنج گروه وrapd ایزوله ها را به شش گروه متفاوت تقسیم کرد. این تحقیق اطلاعات شناسایی باکتری های گره زای شبدر را در استان کردستان فراهم می کند. نتایج حاضر تنوع ژنتیکی غنی ریزوبیوم ها را پیشنهاد می کند می تواند در سطوح اقتصادی و اکوسیستمی با ارزش باشد.