مقدمه: نقص در آنزیم کبدی فنیل آلانین هیدروکسیلاز باعث بیماری فنیل کتونوری شده که یک اختلال متابولیک با الگوی وراثتی اتوزومی مغلوب می باشد. اساس مولکولی این اختلال شایع، در جهش های مختلف موجود در ژن فنیل آلانین هیدروکسیلاز قرار دارد. از دست رفتن فعالیت pah باعث تجمع فنیل آلانین در بافت ها و مایعات بدن شده که منجر به ایجاد متابولیت های ثانویه نوروتوکسیک می شود. تاکنون بیش از 600 جهش مختلف در ژن pah شناسایی و در پایگاه های داده pah و hgmd ثبت شده است. میزان شیوع pku در جوامع اروپایی یا سفید پوست 1 بر 10000 ذکر شده است. میزان شیوع pku در ایران بنابر آخرین گزارش حاصل از طرح غربال گری در جنوب ایران 6/1 در 10000 برآورد شده است. مواد و روش ها: در این تحقیق 40 بیمار hpa از جنوب غرب ایران وارد مطالعه گردیدند. استخراج dna با استفاده از کیت شرکت دیاتوم صورت گرفت. پرایمرهای مورد نظر به صورت دستی طراحی و واکنش pcr برای اگزونهای 6، 7، 11-10 و 12 صورت گرفت و سپس محصولات pcr مورد توالی یابی قرار گرفتند. نتایج توالی یابی با استفاده از نرم افزارهای chromas، mutation surveyor و clc و همچنین پایگاه داده ncbi blast مورد آنالیز قرار گرفتند. نتایج: در این مطالعه 13 جهش مختلف در 23 بیمار مورد شناسایی قرار گرفت که عباتند از: i224t، s231p، r176x، r243x، r252w، r261q، c.592_613del22، ivs10-11g>a، y356x، q375r، v388m،ivs11+1g>c و ivs11-2a>g . جهش q375r برای اولین بار در این مطالعه گزارش می شود که یک جهش جدید بوده و در اگزون 11 رخ می دهد. علاوه بر این، 3 پلی مورفیسم q232q ، v245v و l385l به ترتیب در اگزونهای 6، 7 و 11 و همچنین 7 پلی-مورفیسم مختلف و 3 واریانت جدید در مناطق اینترونی ژن pah نیز شناسایی شدند. بحث: جنوب غرب ایران به خصوص استان خوزستان از لحاظ قومیتی بسیار ناهمگن می باشد. لذا وجود طیف متنوعی از جهش ها در این منطقه قابل انتظار است. با نرخ شناسایی جهش برابر با 75/53 درصد، 6/69 درصد از بیماران هموزیگوت، 40/17 درصد هتروزیگوت و 13 درصد هتروزیگوت مرکب بودند. میزان بالای هموزیگوسیتی نشان دهنده میزان بالای ازدواج خویشاوندی در جمعیت مورد مطالعه است.