مسأله توحید افعالی یکی از مسائل مهم در حوزه افعال الهی است که همواره ذهن انسانها را به خود مشغول داشته است؛ در این میان از امامیه و اشاعره به عنوان طرفداران توحید افعالی و از معتزله و قدریه به عنوان مخالفان توحید افعالی یاد شده است. بر این اساس ملاصدرا نیز به عنوان یکی از برجسته ترین فیلسوفان مسلمان، طرفدار توحید افعالی دانسته شده است. نگارنده در این پژوهش با جستجو در آثار ملاصدرا، به این نتیجه رسیده است که توحید افعالی در اندیشه ملاصدرا تقریرهای متعددی دارد و تلاش کرده است تا تقریرهای متعدد وی را جمع بندی کرده و نشان دهد که خداوند به عنوان مرتبه عالی هستی، در عین بساطت، واجد کمالات همه اشیاء و امور است و همه چیز از جمله افعال اختیاری انسان را در بر می گیرد. ملاصدرا بر اساس رابطه علیت ثابت کرد، که علل متوسطه چون خودشان معلول خدای متعال هستند هیچگونه استقلالی ندارند و اساساً افاضه وجود بمعنای دقیق کلمه مختص به خدای متعال می باشد و سایر علتها بمنزله مجاری فیض هستند که با اختلاف مراتبی دارند نقش وسایط را بین سرچشمه اصلی وجود و دیگر مخلوقات ایفا می کنند. بنابراین معنای عبارت معروف «لا موثر فی الوجود الاّ الله» این خواهد بود که تأثیر استقلالی و افاضه وجود مخصوص به خدای متعال است. وی با استناد به آیات و روایات اهل بیت(علیهم السلام) توانست با تحلیل عقلی، فلسفی،کلامی و عرفانی اثبات کند که واجب تعالی علت همه موجودات و به اصطلاح «علهالعلل» است، و همگی علتها و معلولها نسبت به خدای متعال، عین فقر و وابستگی و نیاز هستند و هیچگونه استقلالی ندارند از این رو خالیقیت حقیقی و استقلالی منحصر به خدای متعال است و همه موجودات در همه شوون خودشان و در همه احوال و زمانها نیازمند به وی می باشند و محال است که موجودی در یکی از شوون هستی اش بی نیاز از وی گردد و بتواند مستقلاً کاری انجام دهد و حتی افعال اختیاری انسان به اذن و مشیت و اراده و تقدیر و قضای الهی انجام می شود.