چکیده شانکر آسیایی مرکبات از جمله بیماری های قرنطینه ای است که خسارت شدیدی بر تولید مرکبات ایران وارد ساخته و سهم این محصول در صادرات کشاورزی کشور را کاهش داده است. باکتری عامل این بیماری xanthomonas citri subsp. citri (xcici) بر اساس دامنه میزبانی ، با دو پاتوتیپ مشخص شده است: پاتوتیپ a، که قادر به ایجاد علائم بیماری روی کلیه واریته های مرکبات می باشد و پاتوتیپ a* که از نواحی مختلف آسیا و ایران معرفی شده و دارای دامنه میزبانی محدود به لیمو ترش است. این دو پاتوتیپ از نظر ژنتیکی متفاوت هستند اما اساس این تفاوت ژنتیکی نامشخص می باشد. در جنس xanthomonas ژن های متعددی یافت شده اند که در بیماریزایی (pathogenicity) و قدرت تهاجمی (virulence) باکتری های این جنس نقش دارند. از این میان، می توان به ژن های آویرولانس (avr)، فاکتورهای تنظیم گر بیماریزایی rpf regulation of pathogenicity factors)) و ژن های دخیل در بیماریزایی و واکنش فوق حساسیت (hrp: hypersensitive response and pathogenicity) اشاره نمود. بیماریزایی xanthomonas citri subsp.citri ، عامل شانکر آسیایی مرکبات، واغلب باکتریهای فیتوپاتوژن گرم منفی وابسته به سیستم ترشحی تیپ 3(اینجکتیزوم) است که بیش از بیست وپنج افکتور پروتیین به سلول گیاهی وارد میکند. در این مطالعه، تغییر سطح بیان 16 ژن کاندیدا که در استفرار سیستم ترشحی تیپ3 و در بیماری زایی xanthomonas citri subsp.citri نقش دارند در شرایط درون گیاهی مورد بررسی قرار گرفت. برای تعیین سطح بیان ژنها ی دخیل در بیماریزایی و اختصاصیت میزبانی باکتری، سوسپانسیون باکتریایی(od=0.6) سویه شماره nigeb-88، جدا شده از لیموترش(citrus aurantifolia)، به برگهای گیاه میزبان مایه زنی شد. سلول های باکتری، سپس از برگهای مایه زنی شده در تیمارهای زمانی 1، 2 ،3، 4 و 7 روز پس از مایه زنی بازیافت شده و rna آنها استخراج گردید. آنالیز rt-pcr و real-time rt-pcrبا استفاده از پرایمرهای اختصاصی برای 16 ژن کاندیدا جهت تعین سطح بیان این آنها انجام گرفت. داده های آزمایشی مبین وجود تفاوت در سطح تظاهر ژنهای مورد بررسی در زمانهای مختلف پس از مایه زنی بود. این نتایج بر این دلالت دارد که ژنهای مورد مطالعه در زمانهای متفاوتی پس از مایه زنی بیان می شوند که هر دو دسته این ژنها معرفی شده اند. این داده ها میتوانند فهم بهتری از بیماریزایی باکتری عامل شانکر آسیایی مرکبات، در سطح مولکولی فراهم کنند که در حقیقت میتواند اساس مطالعات مولکولی آینده در زمینه بر همکنش میزبان-باکتری باشد.