نحوه استقرار و نفوذ مولکول های بنزن در حفرات زئولیت nay توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. شبیه سازی ها در هنگرد nvt با گام زمانی 1 فمتوثانیه طی دو مرحله انجام گرفتند. در مرحله اول پیکربندی هایی شامل 16، 32، 64 و 96 مولکول بنزن به همراه یک سلول واحد زئولیت جهت بررسی استقرار مولکول های بنزن در حفرات زئولیت، شبیه سازی شدند. در مرحله دوم چندین شبیه سازی برای یک پیکربندی ثابت محتوی 32 مولکول بنزن و 1 سلول واحد زئولیت و در محدوده دمایی 300 تا k 420 انجام گرفت. نتایج حاصل از شبیه سازی، دو مکان را برای استقرار مولکول های بنزن در حفرات زئولیت نشان دادند: یکی در داخل و دیگری در پنجره قفس مرکزی. فواصل بین اتمی نیز اندازه گیری و با نتایج تجربی مقایسه شدند. از طرفی انرژی فعالسازی نفوذ بنزن در زئولیت kjmol-1 5097/24 اندازه گیری شد. مقدار تجربی kj/mol-1 5/23 می باشد. درهردو مورد فوق نتایج حاصل از شبیه سازی دینامیک مولکولی، انطباق خوبی را با نتایج تجربی نشان دادند.