بحث روش و روش شناسی از جمله مباحث پر اهمّیت در مسیر شناخت یک فیلسوف و ماهیت مکتب اوست. صدرالمتألّهین شیرازی(979-1050 هـ . ق) از مهمترین فلاسفه جهان اسلام است که در عین نقش مهم و تأثیر شگرفش در فلسفه اسلامی از جهات بسیاری مغفول و ناشناخته مانده است. یکی از نقاط مبهم در عرصه صدرا و صدراشناسی، روش فلسفی وی در استفاده از منبع مهم آیات و روایات است. اصطلاح «روش» ممکن است حوزه های متعدد و متفاوتی از اندیشه های صدرالمتألّهین و مکتب وی را شامل شود اما مقصود از روش شناسی ملاصدرا در این پژوهش، کشف و شناخت شیوه برخورد و مواجهه این حکیم عالی قدر با مولّفه وحی و سنّت در حل مسائل و معضلات فلسفی و جایگاه آیات و روایات در مقام اقامه برهان و اثبات مدّعاست. در حقیقت سوال اساسی این است که: موسّس و مبتکر حکمت عالی متعالیه، از آیات و روایات در کدام مرحله از اندیشه ورزی های فلسفی خویش استفاده کرده و تا چه میزان به وحی و سنّت اجازه ورود به حیطه فلسفه را داده است؟ آیا چنان که حامیان روش عقلی محض صدرالمتألّهین معتقدند، وی به دلیل روش صرفاً عقلی و برهانی فلسفه، همچون حکمای بزرگ پیش از خود- البّته با اندکی تفاوت در کمّیت- شرع و نقل را در هر موضعی جز داوری و اثبات مدّعا به کار گرفته یا این که وی با توسعه تعریف برهان در حکمت خویش و با تغییر روش فلسفه، استفاده از آیات و روایات را به مقام داوری و اثبات صدق و کذب گزاره های فلسفی و ثبوت محمول برای موضوع نیز کشانده است؟ پاسخ این پرسش، رخنه معرفتی بزرگی را در عرصه دین پژوهی از یک سو و صدراشناسی از سوی دیگر پر خواهد کرد. دیدگاه مختار این است که روش صدرالمتألّهین، ممزوجی است از جهات ایجابی و نقاط قوّت دیدگاه های دوگانه روش شناسی صدرالمتألّهین با نفی جهات سلب و نقص هر یک از این دو نظر؛ امری که ایضاح و اثبات آن، در گرو شناخت ارکان حکمت متعالیه و توانایی ها و ناتوانی های آن ها ، تحلیل و تبیین دیدگاه های موجود در باب روش شناسی ملاصدرا با بررسی دلایل و مستندات هر یک از این آراء و جستار و کنکاش مورد به مورد مواضع استفاده صدرالمتألّهین از آیات و روایات در مباحث فلسفی حکمت متعالیه و براهین ارائه شده در آن است.