نام پژوهشگر: محمود تولایی

بیش بیان ژنهای nt3 و trkc و مهار بیان ژن p75 در سلولهای بنیادی مغز استخوان موش صحرایی و تاثیر این تغییرات در پیوند به مدل ضایعه نخاعی contusion موش صحرایی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1390
  حوری عدالت   سید جواد مولی

غالب ضایعات نخاعی موجب از بین رفتن عملکرد اعصاب حسی و حرکتی در بخش تحتانی ناحیه آسیب دیده می گردند. نخاع یک فرد بالغ قادر است با سازماندهی مجدد اتصالات آکسونها و ایجاد سلولهای پیش ساز جدید، به ضایعات ایجاد شده در این اندام پاسخ دهد. پیوند سلولهای بنیادی/اجدادی با تولید سلولهای گلیایی و نورونها، استراتژیهای ترمیمی اندوژن را تشدید کرده و با کاهش عوارض آسیبها کیفیت زندگی بیماران مزمن مبتلا به ضایعات نخاعی را افزایش می دهند. لکن، علی رغم پیشرفتهای عمده در روشهای جراحی و فارماکولوژیکی، تا کنون درمان قطعی برای بیماران مبتلا به ضایعات نخاعی پیشنهاد نشده است. طبیعت این بیماری پیچیده بوده و از این رو درمانهای موثر در آینده می بایست ترکیبی از روشهای مختلف مانند 1) پیوند بافت یا سلول، 2) تامین فاکتورهای تامین کننده رشد از جمله نوروتروفینها، 3) مسدود کردن فاکتورهای ممانعت کننده از باززایی آکسونها و 4) تنظیم پاسخهای التهابی ایجاد شده پس از ضایعات نخاعی را به کار برند. پیوند سلولهای بنیادی مغز استخوان، به دلیل سهل الوصول بودن و قابلیت پیوند اتولوگ، دارا بودن گرایش ذاتی به سمت محل ضایعه، سنتز نوروتروفینها و قابلیت تمایز به سمت سلولهای نورونی و گلیایی، نسبت به پیوند سایر سلولهای بنیادی ارجح می باشد. اما، نتیجه موفقیت آمیز پیوند سلولها به بقا و عملکرد طولانی مدت آنها در محیط جدیدشان بستگی دارد. p75 که به گیرنده مرگ معروف است، به ویژه در زمانی که گیرنده های trk بیان نمی شوند با اتصال به نوروتروفینها موجب القای آپوپتوز در سلولهای عصبی می شود. به علاوه مطابق با نتایج قبلی ما p75 با القای تمایز عصبی در سلولهای بنیادی مزانشیمی مغز استخوان در in vitro شروع به بیان می کند. از سوی دیگر، نوروتروفینها در تنظیم بقا و مرگ نورونها در سیستم عصبی مرکزی نقش اساسی دارند. بر اساس مطالعه قبلی ما، سلولهای استرومایی مغز استخوان ngf و bdnf را قبل و بعد از تمایز عصبی بیان می کنند. در حالی که فاکتور nt-3 و گیرنده مربوط به آن، trkc، قبل و بعد از تمایز در in vitro بیان نمی شوند. از این رو، ما با بیش بیان ژنهای nt3 و trkc و مهار بیان ژن p75 در سلولهای بنیادی مزانشیمی قصد داشتیم با ادغام روشهای پیوند سلول، تامین فاکتورهای رشد و ممانعت از آپوپتوز، میزان بقا و عملکرد سلولهای بنیادی مغز استخوان موش صحرایی را بعد از پیوند افزایش دهیم. بدین منظور ابتدا طی بررسیهای in vitro، رده های سلولی بنیادی مغز استخوان موش صحرایی مهندسی شده با nt3/trkc و p75-sirna تولید گردید. آنگاه بیان ترانس ژن در این رده های سلولی تایید شد. سپس با القای تمایز عصبی در سلولهای تغییر یافته ژنتیکی فوق، بیان برخی ژنهای کلیدی در آنها قبل و بعد از تمایز بررسی گردید. در نهایت تغییرات آپوپتوز در آنها مورد ارزیابی قرار داده شد. سپس در سطح in vivo پس از ایجاد موشهای صحرایی مدل ضایعه نخاعی و پیوند رده های سلولی حاصل شده به آنها، مطالعات بافت شناختی، رفتاری و آنالیزهای آماری در آنها صورت گرفت. نتایج، بیش بیان و مهار بیان ژنهای مذکور و کاهش آپوپتوز را در سلولهای تغییر یافته ژنتیکی تایید نمود. هم چنین بهبودی عملکردی نیز در موشهای مدل پس از پیوند سلولها حاصل گشت. بنابراین، روش مورد استفاده در این پژوهش می تواند به عنوان یک روش درمانی ترکیبی بالقوه مناسب برای درمان ضایعات نخاعی استفاده گردد.

بررسی تاثیرات مهار و بیش بیان واریانت ویرایشی oct4b1 بر روی رده های سلولی سرطانی و بنیادی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1390
  احسان فراشاهی یزد   سید جواد مولی

ژن oct4 یکی از ژنهای اصلی و محوری در خصوصیات پرتوانی و خودنوزایی سلولی است و بیان آن علاوه بر سلولهای بنیادی، در نمونه های توموری سرطانهای مختلف تایید گردیده است. این ژن دارای سودوژنهای متعدد و سه واریانت پیرایشی oct4a، oct4b و oct4b1 است. واریانت oct4a نقش اصلی و محوری را در خصوصیت پرتوانی و خودنوزایی سلولهای بنیادی سرطانی ایفا می کند و نقش واریانت oct4b هنوز مبهم است. oct4b1 جدیدترین واریانت پیرایشی oct4 بوده و بسیار شبیه oct4b می باشد. این واریانت جدید دارای رفتار بیانی مشابهی با واریانت oct4a در سلولهای بنیادی و سرطانی رویانی است بطوریکه به مانند oct4a، بیانش در هنگام تمایز به حداقل ممکن کاهش می یابد. به منظور افزایش اطلاعات در مورد نقش زیستی و شکل عملکردی این واریانت بیش بیان و مهار بیان این واریانت جدید در سلولهای 5637، a549 و ussc انجام گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد درصد عمده ای از پیش نسخه های oct4b1 به oct4b پیرایش می شوند اما درصد این پیرایش در سلولهای مختلف و در شرایط مختلف سلولی مثل استرس گرمایی و ژنوتوکسیک ثابت نیست. در شرایط استرس گرمایی از درصد نسخه های oct4b کاسته و به oct4b1 افزوده می شود ولی در استرس ژنوتوکسیک شکل عکس آن اتفاق می افتد. این تغییر نسبت در استرس گرمایی در سطح پروتئینی نیز برقرار است. پروتئین تولیدی واریانت oct4b1، پروتئینی کوتاه شده و پایدار است که از نظر وزن مولکولی با orf پیش بینی شده یعنی 14 کیلودالتون مطابقت می کند. نتایج سلولی بیش بیان oct4b1 در شرایط طبیعی سلول حاکی از افزایش سلولها در فاز g1 و افزایش مقاومت این سلولها به مرگ سلولی ناشی از شوک حرارتی در سلولهای 5637 بود. و نتایج حاصل از مهار این واریانت در سلولهای 5637 و a549، نتایج بدست آمده از مطالعات سلولی قبلی تیم ما در ارتباط با مهار و خصوصیت آنتی آپوپتوتیک این واریانت در دودمان سلولی ags را تایید و حاکی از افزایش مرگ سلولی به ترتیب 31% و 13% بود. اما مطالعات مولکولی جدید نشاندهنده کاهش شدید بیان واریانت دیگر oct4 یعنی oct4b به همراه مهار oct4b1 بود. نتایج حاصل از پژوهش حاضر ارتباط عملکرد زیستی این واریانت را در مقابله با استرس گرمایی و آپوپتوز مطرح می کند اما سئوالات زیادی در ارتباط با مکانیسمهای مولکولی ارتباط دهنده این فعالیتها و واریانت جدید وجود دارد که لازم است در آینده مورد مطالعه قرار بگیرند.

بررسی اثر کاهش بیان grp78 درسلول های اپی تلیالی رنگدانه ای شبکیه ی انسانی (rpe) و تاثیر آن بر روی بیان فاکتورهای رگزایی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1391
  مهدی نادری   زهرا سهیلا سهیلی

مقدمه شبکه آندوپلاسمی به واسطه وجود چاپرون هایی نظیر grp78 نقش مهمی در بلوغ و تاخوردگی پروتئینها بازی میکند. تجمع پروتئین های تا نخورده در شبکه آندوپلاسمی منجر به فرایند استرس شبکه آندوپلاسمی می شود که پاسخ به این فرایند با کاهش کلی سنتز پروتئین و افزایش بیان چاپرون هایی نظیر grp78 همراه می باشد. در سلولهای رنگدانه دار شبکیه چشم افراد بالغ طولانی شدن فرایند er stress باعث مرگ برنامه ریزی شده این سلولها شده و به احتمال زیاد منجر به تغییراتی در شبکیه مانند نو- رگزایی می گردد که این امر منتج به آسیب های شبکیه و بیماری های شبکیه نظیر amdوrp میشود. هدف از این مطالعه بررسی کاهش بیان grp78 در سلولهای rpe و اثر آن برروی برخی از فاکتورهای مهم رگزایی ونیز اثر آن برروی آپوپتوز و تکثیر سلولی بود. در این پژوهش سلولهای rpe از کره ی چشم انسان بالغ که از بانک چشم جمهوری اسلامی ایران تهیه شده بود ، جداسازی شد ودر محیط کشت dmem/f12 که حاوی %?? سرم جنین گوساله (fbs ) در کشت اولیه و%?? سرم جنین گوساله در پاساژهای بعدی بود کشت داده شد. هویت سلولها به وسیله ی مارکرهای اختصاصی rpe65 و سیتوکراتین 18/8 اثبات شد. سلولها بین پاساژهای 2-7 توسط sirna مخصوص knock down در سطح رونویسی علیه grp78 مورد تیمار قرار گرفتند. سلولهای تیمار شده با sc sirna ، transfection reagent و سلولهای rpe بدون تیمار به عنوان کنترل های آزمایش مورد بررسی قرار گرفتند. پس از استخراج rna از سلول ها وبررسی با real time-pcr انجام knock down برروی grp78 مورد تایید قرار گرفت. متعاقب آن rna از سلول های rpe که به شیوه قبل knock down شده بودند ونیز سلول های کنترل که در بالا به آنها اشاره شد، استخراج شد و توسط تکنیکreal time-pcr ، در سطح رونویسی، تغییرات میزان بیان ژنهایvegfa ، vegfr-2 ، mmp-2، mmp-9،ctgf ،timp-1 ، timp-2، cathepsin d، ?-sma مورد بررسی قرار گرفت. همچنین تکثیر،زنده ماندن ومرگ سلولهایrpe تیمار شده با استفاده از تکنیک elisa بررسی شد. نتایج real time pcr کاهش قابل ملاحظه ای دربیانgrp78 نشان داد. بیان ژنهای timp-2 vegf-a ، (kdr or flk-1)vegfr-2 و mmp-2 کاهش معنی داری را نشان داد. مقدار رونوشت هایctgf,mmp-9، timp-1 ، cathepsin dو ?-sma بدون تغییر باقی مانده بود. تیمارهای rnai هیچ اثر ناخواسته ای برروی مرگ برنامه ریزی شده و تکثیر سلولی در سلولهای ترانسفکت شده در مقایسه با کنترل ها نداشت.

بررسی مقایسه ای بیان mir-491 و mir-588 در نمونه های توموری و غیرتوموری ریه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  پریسا نایلی   جواد مولی

مقدمه و هدف: سرطان ریه اولین عامل مرگ و میر ناشی از سرطان در جهان است، از این رو تحقیقات زیادی با هدف شناخت مسیرهای درگیر در بیماری در حال انجام است. microrna ها، rna های غیر کدکننده¬ای هستند که در تنظیم بیان ژن نقش دارند. بر هم خوردن تنظیم بیان microrna ها با سرطان¬های مختلفی در ارتباط است. mir-491 در ناحیه¬ی ژنومی 9p21.3 قرار گرفته است. mir-491 از طریق هدف قرار دادن bcl-xl بر مسیر مرگ سلولی اثر دارد. این microrna بر مسیر p53 نیز تاثیر دارد. mir-588 در ناحیه¬ی q22.32 بر روی کروموزوم 6 قرار گرفته است. این ناحیه از کروموزوم به وفور در نمونه¬های سرطان ریه حذف شده است. نقش بیولوژیکی این microrna شناخته نشده است. هدف این پژوهش بررسی تغییرات بیانی این دو microrna در سرطان ریه است. مواد و روش ها: نواحی توموری و حاشیه¬ی تومور در بلوک¬های پارافینه تعیین و برش¬هایی از این بلوک¬ها تهیه شد. برای نمونه¬های تهیه شده استخراج rna، سنتز cdna و real-time pcr انجام شد. نتایج توسط نرم افزارlinregpcr پردازش و بیان microrna ها توسط نرم افزار rest 2009 آنالیز شد. نتایج: آنالیز داده¬ها نشان می¬دهد که بیان mir-491 در نمونه¬های توموری نسبت به غیرتوموری 68/2 برابر افزایش یافته است(p value = 0.04) . بیان mir-588 در نمونه¬های توموری و غیرتوموری تفاوت معناداری نشان نمی¬دهد. بحث و نتیجه¬گیری: بیان mir-491 در سرطان ریه نیز مشابه برخی سرطان¬های دیگر تغییر معناداری نشان می¬دهد، اما برخلاف گزارش¬های ارائه شده برای رده¬های سلولی پانکراس، سرطان روده¬ی بزرگ و سرطان سلول¬های سنگفرشی دهان بیان آن در بافت توموری ریه افزایش یافته است. با توجه به نقش پیش برنده¬ی آپوپتوز و ضدتکثیری mir-491 در سلول این microrna می¬تواند در تومورزایی نقش داشته باشد. با توجه به ناشناخته بودن نقش بیولوژیکی mir-588، مطالعات بیشتری برای درک نقش این microrna در سلول مورد نیاز است.

تایید آزمایشگاهی یک microrna نوین در ناحیه حذف ژنومی شایع (3p26.3) در سرطان ریه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1393
  عبدالله مدلج   بهرام محمد سلطانی

سرطان ریه یکی از علل اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در سطح دنیاست. مطالعات سیتوژنتیکی نشان می دهد که تومورهای ریوی ناهنجاری کروموزومی مختلفی را نشان می دهند که جهش در بازوی کوتاه کروموزوم 3 یکی از موارد شایع می باشد. mirna ها rna های غیر کد کننده تک رشته ای کوچکی هستند که بعنوان تنظیم کننده های بیان ژن در سطح بعد از رونویسی عمل می کنند. mirna ها فرایندهای مهم سلولی همانند تکثیر، تمایز، اپوپتوز و تومورزایی را کنترل می کنند. ناحیه ژنومی mirna ها نشان می دهد که انها در نواحی کروموزومی حساس و مرتبط با سرطان قرار گرفته اند. در مطالعه حاضر ناحیه بازوی کوتاه کروموزوم 3 برای وجود mirna های جدید که ممکن است نقشهایی در سرطانزایی ریوی داشته باشند، تحت مطالعه قرار گرفت. با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی متعدد، ما نواحی حفاظت شده در ساب باند 3p26.3 را برای یافتن ساختارهای سنجاق سری که مشخصه پیش سازهای mirna است، جستجو کردیم. با توجه به امتیازهای بدست امده توسط نرم افزارها، ما سه ساختار سنجاق سری را برای تایید تجربی انتخاب کردیم. از بین سه ساختار سنجاق سری انتخاب شده، یکی از انها بنام mir-stlb-3 بیان اندوژنوس ان توسط pcr شناسایی شد و تعیین توالی صحت وجود این mirna را تایید کرد. ترانسفکشن سلولهای sw480 با وکتور بیانی حامل پیش ساز این mirna منجر به بیش بیانی فرم بالغ mir-stlb-3 گردید که بیانگر واقعی بودن این mirna است. از نرم افزار lab diana برای پیش بینی اهداف ژنی mir-stlb-3 استفاده گردید. نتایج real-time pcr در سلولهای sw480 ترانسفکت شده با حامل بیان کننده mir-stlb-3 نشان داد که بیان دو ژن itg?1bp1 و trkc در سطح معنی داری کاهش یافته است.

بررسی پروفایل بیانی micrornaدر نمونه هاب سرم و ادرار مصدومین شیمایی خردل
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  صدیقه غربی   محمدرضا نورانی

گاز خردل (سولفور موستارد) از گروه سلاحهای شیمیایی تاول زا است. علیرغم دانش کافی در مورد آثار پاتولوژیک ناشی از مواجهه با گاز خردل، مکانیسم دقیق مولکولی عملکرد این گاز هنوز به درستی مشخص نیست. micrornaها مولکولهای rnaی غیر کدکننده ای هستند که بسیاری از مسیرهای مهم سلولی را تنظیم می نمایند. در این مطالعه، پروفایل بیانی 739 microrna، در نمونه ی سرم 43 مصدوم شیمیایی و 27 نمونه کنترل تعیین شد. آنالیز آماری با استفاده از نرم افزار genesis، 61 microrna را که تغییرات بیانی معنی داری در گروه بیمار نسبت به گروه کنترل داشتند را مشخص کرد(p-value<0.05). نتایج این مطالعه نشان داد که پروفایل بیانی microrna در مصدومین شیمیایی، نسبت به گروه کنترل تفاوت معنی داری را نشان می دهد و برخی از micrornaهای به دست آمده، قادر به تفکیک گروههای مختلف بیماران می باشد. مطالعات بیوانفورماتیکی بر روی پروفایل بیانی به دست آمده در بیماران به همراه بررسی عملکرد مسیرهای پیری، senescence و توقف چرخه سلولی را به عنوان مسیرهای اصلی تغییریافته در این بیماری مشخص کرد.

بررسی مقایسه ای و تداخل در پروفایل بیانی نوروتروفین ها، رسپتورهایشان و ژن های خانواده -pc در سلول های استرومایی مغز استخوان و بافت نخاعی- عصبی آسیب دیده rat
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  زهرا حاج ابراهیمی   محمود تولایی

چکیده ندارد.