به منظور بررسی تنوع ژنتیکی لاین های نخود از لحاظ تحمل سرما و یخ زدگی، 65 لاین نخود به همراه لاین حساس (ilc533) جهت بررسی تحمل سرما در مزرعه و 45 لاین نخود به همراه لاین حساس در آزمایشگاه جهت بررسی تحمل یخ زدگی در سه سطح دمای صفر، 4- و 8- درجه سانتی گراد مورد مطالعه قرار گرفتند. تجزیه واریانس صفات مزرعه ای حاکی از تنوع بین لاین ها از نظر صفات تعداد روز تا غلاف دهی، ارتفاع بوته، وزن صد دانه، عملکرد، درجه تحمل سرما و درصد بقا بود. تجزیه خوشه ای، لاین ها را به سه گروه متحمل، نیمه متحمل و حساس تفکیک کرد. تجزیه واریانس صفات یخ زدگی نشان داد که بین سطوح یخ زدگی تفاوت معنی داری از نظر صفات نشت الکترولیت، میزان کلروفیل و درصد بقا وجود داشت. تجزیه issr، پنجاه و پنج لاین به همراه لاین حساس ilc 533 با استفاده از 9 ترکیب آغازگر، 35 نوار چندشکل تولید کرد. میانگین درصد چندشکلی 66/01 درصد بود. میانگین mi و pic برای آغازگرهای مورد استفاده به ترتیب 1/01 و 0/266 به دست آمد. سه مولفه هماهنگ اصلی اول حدود 72/74 درصد تغییرات مولکولی بین لاین ها را تبیین کرد. رابطه بین نشانگرهای issr و هشت صفت مزرعه ای از طریق رگرسیون چندگانه بررسی شد. مقادیر ضرایب تبیین تصحیح شده نشان داد که در صفت درصد بقا 26 درصد و در صفت درجه تحمل سرما 31 درصد تغییرات، توسط نشانگرهای مثبت شناسایی شد.