طیف سنج جرمی زمان پرواز به دلیل توان تفکیک بالای آن، یکی از پرکاربردترین طیف سنجها در علوم و تکنولوژی است. در این طیف سنج، یون ها پس از تشکیل در منبع یونی توسط یک میدان الکتریکی شتاب گرفته و با توجه به سرعت-هایشان جداسازی می شوند. در این مطالعه، با استفاده از نرم افزار simion نسخه ی 7.0، یک طیف سنج جرمی زمان پرواز انعکاسی ?rtof? با سه الکترود استوانه ای به منظور آنالیز یون های بیومولکولی سنگین طراحی و شبیه سازی شده است. تأثیر ولتاژهای اعمال شده بر الکترودهای طیف سنج و نیز طول این الکترودها بر توان تفکیک و درصد انتقال بررسی شده است. همچنین در این پایان نامه یک طیف سنج جرمی زمان پرواز انعکاسی رادیوفرکانسی جدید ??rfrtof? ارائه شده است. بدین منظور تأثیر پارامترهای مختلفی همچون فرکانس و دامنه ولتاژ rf الکترودهای چهارقطبی بر مسیرهای یونی در این طیف سنج و توان تفکیک و درصد انتقال این سامانه بررسی شده است. سپس عملکرد rtof معمولی با طیف سنج rfrtof جدید مورد مقایسه قرار گرفته است. نتایج محاسبات بهبود 30.3% در توان تفکیک سامانه ی rfrtof را در مقایسه با طیف سنج rtof نشان می دهد. همچنین نتایج نشان می دهند که انتقال یونها در rfrtof حدود 98.5 درصد است.