هدف از مطالعه حاضر ارزیابی تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنی بین مرغان بومی ایران بوده است. نمونه های خون به طور تصادفی از 300 قطعه مرغ بومی مراکز اصلاح نژاد مرغ بومی کشور شامل استان های آذربایجان غربی، خراسان، فارس، مازندران، یزد، اصفهان، جمع آوری شد.دی ان ای به روش نمکی بهینه یافته استخراج و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی قطعه ای به طول 1325 جفت باز از ناحیه d-loop میتوکندریایی به کمک واکنش زنجیره پلی مراز (pcr) تکثیر شد. برای شناسایی چند شکلی در این ناحیه از تیمار آنزیمی hinfi و محصولات حاصل از هضم آنزیم روی ژل آگارز 2 درصد الکتروفورزو از رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید برای روئیت باندها استفاده شد. در نتایج حاصل از هضم آنزیمی چند شکلی در قطعه تکثیر شده مشاهده نشد و همه نمونه ها در جایگاه مورد مطالعه ژنوتیپ مونومورف را نشان دادند.در مرحله بعدی، 39 نمونه از محصول pcr از بین نمونه های جمعیت مورد مطالعه به طور تصادفی انتخاب و پس از خالص سازی مورد تعیین توالی قرار گرفتند. توالی های به دست آمده با استفاده از توالی مرجع موجود در پایگاه داده ژنی و به کمک نرم افزار bioedit مورد ویرایش قرار گرفت. حاصل این ویرایش استحصال یک قطعه 2-1231 جفت بازی ناحیه d-loopژنوم میتوکندری بوده است که در ادامه جهت آنالیزهای بعدی مورد استفاده قرار گرفت. با آنالیز توالی قطعه 2-1231 جفت بازی این ناحیه با استفاده از نرم افزار dnasp در بین نمونه های تعیین توالی شده 14 جایگاه متغیر و 16 هاپلوتایپ (h1-h16) به دست آمد. بیشترین تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی با فراوانی 181/0± 714/0 و 00074/0 ± 00116/0 در جمعیت مازندران و کمترین تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی با فراوانی 215/0±333/0 و 00036/0±00027/0 در جمعیت مرغان یزد مشاهده شد. از مجموع 14 جایگاه متغیر شناخته شده، 13جایگاه فرم جانشینی با فراوانی 8/0 و یک جایگاه اضافه شدن یک نوکلئوتید (سیتوزین) با فراوانی 2/0را نشان داد. بیشترین وفور هاپلوتیپی مربوط به هاپلوتایپ سه (h3) با دوازده نکرار بود. آنالیز واریانس مولکولی بر مبنای شاخص کیمورا مقدار واریانس داخل و بین جمعیتی را به ترتیب05/81 و 95/18 درصد نشان داد. فاصله ژنتیکی بین جمعیت اصفهان با همه جمعیت های دیگر از نظر آماری معنی دار بود (p<0/05). همچنین بین جمعیت های فارس و خراسان و نیز فارس و یزد از نظر ژنتیکی تفاوت معنی دار وجود داشت (05/0p<). جمعیت آذربایجان با جمعیت های فارس، خراسان، مازندران و یزد و همچنین جمعیت فارس و مازندران و جمعیت خراسان با مازندران و یزد و نیز جمعیت مازندران و یزد از نظر ژنتیکی تفاوت معنی داری را نشان ندادند (p>0/05). جمعیت اصفهان و فارس بیشترین و جمعیت یزد و مازندران کمترین فاصله ژنتیکی را نشان دادند. در برآورد روابط فیلوژنی بین جمعیت های مختلف مرغ بومی ایران از توالی هاپلوتیپی مرغ بومی آسیایی و دو نژاد مرغ تجاری شامل لگهورن سفید و ردآیلندرد موجود در ncbi و رویهmedian-joining در نرم افزار network4.6.0.0 استفاده شد .نتیجه این بررسی نشان داد که هاپلوتایپ سه (h3) با بالاترین وفور هاپلوتایپی در بین جمعیت مرغ بومی ایران به همراه مرغ بومی ژاپن و لگهورن سفید با هاپلوتایپ a03 در یک دسته قرار گرفتند. گزارش شده است که گروه هاپلوتیپیa شامل مرغان بومی ژاپن، اندونزی، ردآیلندرد و لگهورن سفید می باشد که منشاء آن ها آسیای جنوب شرقی و شبه جزیره هندوستان می باشد.نتایج به دست آمده در مطالعه حاضر موید این مطلب است که مرغ بومی ایران نیز احتمالا از آسیای جنوب شرقی و هندوستان منشا گرفته و سپس از مسیر ایران وارد کشورهای غربی شد.