عفونت با ویروس هپاتیت c به عنوان یک معضل مهم کلینیکی در سراسر جهان رو به گسترش است. گسترش شیوع این ویروس بسیار وسیع و به وسعت جهان می باشد. طبق آمار سازمان بهداشت جهانی بیش از 170 میلیون نفر در دنیا مبتلا به هپاتیت c هستند. شیوع این ویروس در ایران کمتر از 1 درصد از کل جمعیت کشور پیش بینی شده است که این درصد معادل 300-200 هزار نفر مبتلا در ایران است ویروس هپاتیت c عضوی از جنس هپاسی ویروس و متعلق به خانواده فلاوی ویریده است. ژنوم این ویروس به صورت تک رشته ای با پلاریته مثبت و بسیار متغیر می باشد. ویروس هپاتیت c از 6 ژنو تیپ اصلی و چندین تحت تیپ تشکیل شده است. اهمیت ژنو تیپ های مختلف در نوع ایجاد بیماری مزمن و مقاومت دارویی مشخص شده است. در مناطق مختلف دنیا ژنوتیپ های مختلفی از این ویروس مشاهده شده است. با توجه به نتایج مختلف به نظر می رسد ژنوتیپ اصلی در کشور ما ژنوتیپ 1 باشد و تنها 40 تا 50 درصد بیماران آلوده به ژنوتایپ 1 به این درمان ترکیبی پاسخ میدهند. آنالیز فیلوژنی سکانس کامل ویروس برای طبقه بندی صحیح مورد نیاز می باشد. تعیین ژنوتیپ ابزار مفیدی برای مشخص کردن اپیدمیولوژی مولکولی می باشد. اساس تقسیم بندی ژنوتایپ های hcv در بسیاری از مطالعات، توالی نوکلئوتیدی ناحیه ns5b می باشد. در چندین سال گذ شته مطالعاتی براساس بررسی آنالیز ژنومی کامل شروع شده است. استفاده ازسکانس ژنومی کامل hcv به عنوان یک استاندارد طلایی برای مشخصص کردن ژنوتایپ و ساب تایپ می باشد. روش ها: به منظور به دست آوردن کل سکانسhcv از بیماران ایرانی، پس از مطالعه فراوان و به کار گرفتن مجموعه های مختلفی از پرایمر های اختصاصی به این نتیجه رسیدیم که طراحی 8 قطعه همپوشان که کل ژنوم hcv را در بر بگیرد بهترین استراتژی برای به دست آوردن سکانس کامل ژنوم این ویروس می باشد نتایج: دراین مطالعه مشاهده شد که نتایج بدست آمده بوسیله آنالیز کامل ژنومی به آنالیز ناحیه ns5b نزدیکتر است تا به ناحیه ncr. آنالیز تشابه توالی اسید نوکلئیک و اسید آمینه ای نشان می دهد که بین این ایزوله ها و سایر ایزوله ها تشابه فراوانی وجود دارد. بحث: ژنوتایپینگ براساس این ناحیه جواب های با صحت بالاتری به ما می دهد. و قابل ذکر است که در نمونه های ایرانی بررسی شده نوترکیبی وجود نداشت. و مشاهده گردید که طبق مطالعات گذشته ژنوتیپ 1 به ژنوتیپ 4 نزدیکتر می باشد.