نعناع یکی از سبزیهای معطر و نیز گیاه دارویی مهم از خانواده lamiaceae است. این گیاه دارای تعداد زیادی گونه و هیبرید می-باشد. این مطالعه با هدف بررسی تنوع ژنتیکی درون و بین گونه-ای توده های نعناع ایرانی با استفاده از نشانگر مولکولی issr و برخی خصوصیات مورفولوژیک انجام گردید. بدین منظور 50 ژنوتیپ نعناع مشتمل بر 39 ژنوتیپ از گونه ی m. spicata، 7 ژنوتیپ از گونه ی m. longifolia، 3 ژنوتیپ از گونه ی m. piperita و یک ژنوتیپ از گونه ی m. aquatica مورد استفاده قرار گرفت. مطابق با نتایج به دست آمده 22 آغازگر issr باندهای چند شکل با الگوی باند واضح ایجاد کردند. در مجموع 421 باند ایجاد شد که از این بین 416 نوار چند شکلی نشان دادند(71/98 درصد تنوع). باندها با اعداد صفر برای عدم وجود باند و یک برای وجود باند امتیاز دهی شدند. میزان تشابه ژنتیکی براساس ضریب تشابه جاکارد 88/0 محاسبه شد. براساس نتایج حاصل از نشانگر مولکولی issr، در این پژوهش گونه ی m. longifolia نسبت به گونه ی m. spicata قرابت بیشتری را نشان داد به طوری که براساس ضریب تشابه نی، میزان تشابه بین این دو گونه حدود 86 درصد برآورد گردید. شاید دلیل احتمالی این تشابه را بتوان چنین بیان کرد که گونه m. spicata از تلاقی m. suaveolens با m. longifolia به وجود آمده است. نتایج حاصل از تجزیه ی خوشه ای و تجزیه به مولفه ها توانست ژنوتیپ های نعناع را به 6 گروه تقسیم کند. ژنوتیپ متعلق به گونه m. aquatica در تجزیه خوشه ای از سه گونه دیگر جدا شدند و تجزیه واریانس مولکولی(amova) نشان دهنده تنوع درون گونه ای بیشتر(58/87) در مقایسه با تنوع بین گونه ای(42/12) بود. ژنوتیپ های مربوط به مراکز جمع آوری گونه های نعناع جهت مطالعه دقیق تر و برای تنوع ژنتیکی بین و درون این مراکز با استفاده از تجزیه واریانس مولکولی(amova ) مورد بررسی قرار گرفتند. بر این اساس 5 مرکز جمع آوری از گونه های نعناع شامل شمال، جنوب، مرکزی، غرب و شرق در نظر گرفته شد. مطابق با این نتایج در حدود 86/1 درصد از کل تنوع مربوط به تفاوت بین مراکز در مقابل 14/98 درصد از کل تغییرات مربوط به تفاوت های درون مراکز مشاهده گردید. بیشترین تشابه ژنتیکی بین مراکز جمع آوری نعناع مناطق مرکزی با غرب و کمترین تشابه ژنتیکی بین مناطق مرکزی با جنوب بود. نمودار تجزیه خوشه ای 50 ژنوتیپ گونه های نعناع را بر اساس صفات مورفولوژیک به 3 گروه تقسیم کرد. کوفنتیک بین نمودار خوشه ای مورفولوژیک با مولکولی جداگانه محاسبه شد و همبستگی آن ها با ntsys محاسبه گردید. با توجه به اینکه ضریب همبستگی 005/0 r=-است می توان چنین بیان کرد که همبستگی بین صفات مورفولوژیک و مولکولی وجود ندارد. در مجموع نتایج حاصل از نشانگر مولکولی issr در تلفیق با داده های مورفولوژیک نشان داد که تنوع قابل ملاحظه ای بین گونه های نعناع وجود دارد که می تواند برای برنامه-های اصلاحی مورد استفاده قرار گیرد.