سیر از محصولات مهم زراعی در منطقه طارم استان زنجان به شمار می آید. طی سالیان اخیر پوسیدگی نرم پیاز و ساقه، تولید این محصول را در منطقه با تهدید جدی روبرو کرده است. هدف از این تحقیق شناسایی باکتری های مرتبط با این بیماری بود. بدین منظور در بهار سال 1390 طی چند نوبت از مزارع آلوده منطقه بازدید و از پیازهای آلوده به همراه خاک اطراف آنها نمونه برداری گردید. پس از انتقال نمونه ها به آزمایشگاه گروه گیاه پزشکی دانشگاه زنجان، جداسازی باکتری ها به روش معمول خیساندن قطعات خرد شده هر نمونه در آب و کشت سوسپانسیون حاصل روی محیط های کشت آگار غذایی و کینگ-ب انجام شد. براساس خصوصیات مرفولوژیکی کلنی های رشد یافته و نتایج آزمون های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی، باکتری های جدا شده به باکتری های متعلق به جنسsp. pectobacterium شباهت داشتند اما این خصوصیات با خصوصیات ذکر شده برای گونه های شناخته شده این جنس، صد در صد مطابقت نداشت. بیماری زایی جدایه ها در دو سری آزمون لهانیدن حبه های سیر در پتری و تزریق سوسپانسیون باکتری به پیاز سیر کاشته شده در گلدان و بررسی پیشرفت بیماری در گیاهچه های رشد یافته بررسی گردید. و از گیاهان دارای علایم، باکتری مورد نظر مجدداً جداسازی شد. آزمونpcr با جفت پرایمرهای y1/y2, expccf/r، اختصاصی برای باکتری های متعلق به جنس pectobacterium قادر به شناسایی هیچ یک از جدایه های سیر غیر از جدایه استانداردp. carotovorom نبود. اما pcr با جفت پرایمر s1f/s1r طراحی شده در آزمایشگاه برای جدایه های pectobacterium شایع در منطقه باندهای اختصاصی 300 و 400 جفت بازی را در همه جدایه های سیر تکثیر نمود. تنوع ژنتیکی میان جدایه ها با استفاده از روش rep- pcr و با آغازگرeric بررسی شد که بیانگر زیادی تنوع بین زیرگونه های p. carotovorum در این مناطق بود .