جزئیات فرایند ترمیم 6o- متیل گوانین (o6mg) توسط سیستئین (cys145) در چندین مدلسازی با روش b3lyp/6­31+g* در دو فاز گازی و محلول مورد بررسی قرار گرفت. برای آنالیز برهمکنش های ایجاد شده بین o6mg و cys145 و دیگر اجزای واکنش، مقادیر چگالی الکترونی در نقاط بحرانی پیوند (?bcp) و انرژی-های برهمکنش دهنده-پذیرنده (e2) به ترتیب توسط روش های اتم ها در ملکول ها (aim) و اوربیتال پیوندی طبیعی (nbo) محاسبه شده است. همچنین، بارهای اتمی chelpg و توزیع بار در سطح نظری ذکر شده بررسی شده است. مدل سازی های صورت گرفته به منظور 1) بررسی نقش و توالی انتقال پروتون از cys145 به o6mg، مقدم بر انتقال گروه متیل در فرایند ترمیم باز آسیب دیده، 2) فرایند ترمیم با واسطه مولکول های آب و همچنین 3) بررسی فرایند در محیط اسیدی انجام شده است. انتقال پروتون از cys145 به o6mg قبل از انتقال گروه متیل از o6mg به cys145، فرایند ترمیم را تسهیل و سد انرژی این فرایند را کاهش می دهد. انتقال پروتون از طریق مولکول های آب پل شده بین o6mg و cys145 سد انرژی فرایند ترمیم را کاهش می-دهد. همچنین محیط اسیدی در کاهش این سد انرژی نیز موثر می باشد.