شناسایی و جمع آوری ژنوتیپ های بومی درختان میوه اولین گام در برنامه های اصلاحی به شمار می رود، در کشور ما به دلیل عدم شناخت کافی از ژرم پلاسم گیاهان باغی، برنامه های اصلاحی مناسبی بر روی محصولات باغی خصوصاً زیتون انجام نشده است. به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی 50 ژنوتیپ مختلف زیتون بر اساس صفات مورفولوژیک و آزمایشات مولکولی، آزمایشی در قالب طرح پایه کاملا تصادفی با چهار تکرار اجرا شد. صفات مورد ارزیابی شامل صفات کمی طول میوه، عرض میوه، طول هسته، عرض هسته، طول برگ و عرض برگ بود. نتایج حاصل از تجزیه به مولفه های اصلی برای داده های مورفولوژیک نشان داد که مولفه اول قادر به توجیه 68/47 درصد از کل تنوع می باشد. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های مورفولوژیک، ژنوتیپ ها را در 6 کلاستر گروه بندی نمود. در این مطالعه، از نشانگر مولکولی aflp برای بررسی تنوع ژنتیکی درون و بین گونه ای 50 ژنوتیپ زیتون استفاده گردید. این تحقیق در سال 2010 در یک باغ هشت هکتاری در گرگان انجام گرفت. استخراج dna از برگ های جوان هر گیاه به نمایندگی از هر ژنوتیپ، با استفاده از بافر ctab و روش سقای معروف و همکاران (1984) انجام شد. کمیت و کیفیت dna به ترتیب با استفاده از روش اسپکتروفتومتری و الکتروفورز ژل آگارز اندازه گیری شد. با استفاده از 8 ترکیب آغازگری (ecori/msel)، 371 باند قابل امتیازدهی ایجاد شد که 247 بانداز آنها (5/66 درصد)، چندشکل بودند. بیشترین تعداد باند چندشکل (63 باند) با استفاده از ترکیب آغازگری (e-acc/m-cta) و کمترین تعداد باند چندشکل (19 عدد) با استفاده از ترکیب آغازگری (e-acc/m-ctc) ایجاد شد. همچنین میانگین چندشکلی ایجاد شده توسط هشت ترکیب آغازگری 2/34 بود. میانگین محتوای اطلاعات چندشکل (pic) برای همه ترکیبات آغازگری 34/0 بود. ترکیب آغازگری m-cac/e-acc با بالاترین میزان pic نشان داد که بهترین کاندید به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در زیتون می باشد. در تجزیه تنوع ژنی بین و درون ارقام، گروه بندی ژنوتیپ ها با استفاده از تجزیه خوشه ای بر پایه ضریب همانندی ژاکارد و روش upgma انجام شد و ژنوتیپ ها در 5 گروه اصلی قرارگرفتند. تجزیه به مختصات اصلی (pcoa)، نشان داد دو مولفه اول، pc1 و pc2 به ترتیب برابر با 68/30 و 29/25 از واریانس کل را توجیه کردند. نتایج تجزیه به مختصات اصلی (pcoa)، تجزیه خوشه ای را تائید کرد. کمترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ های arbequina2 و shengueh5 و بیشترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ mission3با سایر ژنوتیپ ها نشان داده شده است. این اطلاعات می تواند برای ساختن واریته های سینتیک یا ساختگی به منظور انتخاب جمعیت ها با بیشترین فاصله ژنتیکی، برای رسیدن به بیشترین میزان هتروزیس مورد استفاده قرار گیرد. بر اساس نتایج به دست آمده از بررسی مورفولوژیک و مولکولی مشخص شد که تنوع ژنتیکی درون ارقام از دامنه بالایی، نسبت به تنوع ژنتیکی بین ارقام، برخوردار است. نتایج این تحقیق نشان می دهد که نشانگرهای aflp ابزار موثر در ارزیابی تنوع ژنتیکی جمعیت زیتون ایران هستند، همچنین مقایسه روش های مورد بررسی نشان داد که اطلاعات حاصل از داده های مولکولی می تواند مکمل اطلاعات حاصل از صفات مورفولوژیک باشد.