به منظور تعیین جایگاه کروموزمی ژن های کنترل کننده ی برخی خصوصیات فیزیولوژیکی و زراعی مرتبط با مقاومت به خشکی در گندم نان و بررسی ارتباط آنها با خصوصیات ریشه، از 9 لاین جایگزین شده ی کروموزومی سری تایمستین در زمینه ی ژنتیکی رقم بهاره چینی (چاینزاسپرینگ) به همراه والدین آنها استفاده گردید. این لاین ها عبارت بودند از لاین های کروموزومی1a ، 3a، 3b، 4b، 7b، 1d، 3d،6d ،7d. این پژوهش در قابل طرح بلوک های کامل تصادفی در چهار تکرار و دو آزمایش جداگانه ی تنش خشکی و شرایط رطوبتی مطلوب، در گلخانه ی تحقیقاتی دانشگاه شهرکرد به اجرا درآمد. تنش خشکی از مرحله ی سه برگی گیاهچه ها آغاز و تا زمان رسیدگی فیزیولوژیکی ادامه داشت. در این مدت، دور آبیاری براساس درجه روز رشد (gdd) گیاهان در اولین مرحله ی قطع آبیاری، صورت می گرفت. سپس صفات محتوای آب نسبی برگ، میزان آب از دست رفته، میزان واکس برگ، خصوصیات روزنه ای برگ پرچم، عملکرد بیولوژیکی، عملکرد دانه، شاخص برداشت، ارتفاع بوته، طول پدانکل، طول سنبله، طول و وزن خشک ریشه، و نهایتاً نسبت وزن ریشه به اندام های هوایی اندازه گیری و محاسبه شد. انجام تجزیه واریانس ساده در شرایط محیطی مختلف (تنش خشکی و بدون تنش)، برای اکثر صفات نشان داد که اثر ژنوتیپ معنی دار است. تجزیه واریانس مرکب، اثر بروز تنش خشکی را بر اکثر صفات بجز محتوای آب نسبی، میزان واکس، طول سنبله، عرض روزنه و مساحت روزنه-ای معنی دار نشان داد. اثر ژنوتیپ × محیط نیز برای همه صفات بجز آب از دست رفته، میزان واکس، مساحت روزنه ای و طول سنبله معنی دار شد. نقش کروموزوم های کاندید در کنترل میزان واکس که برای اولین بار در این مطالعه بررسی گردید؛ جز برای کروموزوم 3a تائید نشد. از میان لاین های مورد بررسی، لاین های1a ، 3a و 3dهم در شرایط تنش و هم در شرایط نرمال، بر حداقل یکی از خصوصیات فیزیولوژیکی، تاثیر گذار بودند. در شرایط تنش خشکی، کروموزوم های موثر بر همه صفات بجز ارتفاع بوته و مساحت روزنه ای تعیین شد و کروموزوم 1d تنها کروموزومی بود که در هیچ یک از شرایط محیطی، بر هیچ یک از خصوصیات فیزیولوژیکی تاثیر نداشت. اثر پلیوتروپیک کروموزوم ها نیز در بقیه ی صفات مشاهده گردید. همه ی کروموزوم ها در شرایط تنش رطوبتی اثر پلیوتروپیک داشتند. به نحوی که کروموزوم 3a، 1d،6d و 7b به صورت همزمان در کنترل صفات ریشه و خصوصیات روزنه ای نقش داشتند. تجزیه ی همبستگی بین صفات مورد مطالعه و دو صفت مهم عملکرد دانه و میزان واکس برگ، نشان داد که میزان واکس برگ در شرایط آزمایش حاضر، در افزایش عملکرد دانه موثر نبود؛ اما عملکرد دانه ضرایب همبستگی مثبت و معنی داری (**552/0 و **85/0) با صفت شاخص برداشت به ترتیب در آزمایش تنش و بدون تنش، داشت. گروه بندی ژنوتیپ ها برمبنای صفات فیزیولوژیکی نشان داد که در فاصله تشابه 98/66 سه گروه اصلی تشکیل گردید که از لحاظ خصوصیات فوق، با همدیگر مشابهت بیشتری داشتند. دندروگرام حاصل از گروه بندی لاین ها براساس تمام صفات در دو شرایط محیطی، در فاصله تشابه 44/60 دارای 4 گروه متمایز بود. این گروه بندی 63/63 درصد از کل لاین ها را در یک دسته قرار داد که شامل لاین های والدینی نیز بود.