مدیریت ذخایر ژنتیکی و در این راستا، آگاهی از تنوع ژنتیکی اصول مهم پروژه های به‏نژادی می باشند. گیاهان غالباً در معرض طیفی از تنش‏های محیطی، زیستی و غیر‏زیستی، هستند که بر میزان رشد و عملکرد آن‏ها می‏توانند موثر باشند. تنش دماهای پایین تولید غلات را در مناطق سرد و فراسرد محدود می کند و در بعضی از سال‏ها خسارات فراوانی وارد می سازد. با پایان یافتن فصل سرما و ادامه رشد گندم با شروع فصل بهار، تحمل این گیاه به دماهای پایین به تدریج کاهش پیدا می کند. لیکن هر یک از مراحل رشد در این بخش از حیات گیاه ممکن است با نوعی دیگر از مدل‏های کاهش دما که از آن به کاهش سریع دما در فصل بهار و یا به طور خلاصه "سرمای بهاره" نام برده می شود، مواجه گردد و در نتیجه بعضی از قسمت های گیاه متناسب با مرحله رشدی صدمه ببیند، که اگر این تنش در دوره زایشی گیاه واقع شود، کاهش در محصول این گیاه استراتژیک اجتناب ناپذیر خواهد بود. در این تحقیق که بخشی از یک برنامه به نژادی می باشد، تنوع ژنتیکی 20 رقم گندم نان با استفاده از نشانگرهای مولکولی و صفات فیزیولوژیک مرتبط با تحمل به تنش سرمای بهاره، اسید‏آمینه پرولین و قند فروکتان، بررسی گردید. برای صفات فیزیولوژیک، گیاهان در مرحله خوشه رفتن و معادل با کدهای زیداکی 50 الی 68، به طور مصنوعی در معرض تنش‏های دمایی در سطوح °c8 ( به عنوان شاهد)، °c2، °c0 و °c2- در یک آزمایش فاکتوریل، فاکتور دما در 4 سطح و فاکتور ژنوتیپ در 20 سطح و در قالب طرح کاملاً تصادفی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که اثر متقابل رقم در سرما در هر دو صفت در سطح احتمال 5 درصد و 1 درصد معنی دار بود. بررسی تنوع ژنتیکی در بخش مولکولی با استفاده از 9 جفت نشانگر ریز‏ماهواره انجام شد که 8 جفت از آغازگرها توانستند چند شکلی مطلوبی را ظاهر سازند. تعداد آلل‏های تولید شده به ازای هر آغازگر از 1 تا 4 متغیر بود. میانگین تعداد آلل در هر لوکوس 75/2 و در مجموع 22 آلل شناسایی شد. میزان محتوای اطلاعات چند شکلی از 27/0 تا 83/0 متغیر بوده و میانگین آن برابر 53/0 بود. فواصل ژنتیکی با استفاده از ضرایب تشابه دایس محاسبه گردیده و تجزیه خوشه ای با استفاده از الگوریتم دورترین همسایه یا همبستگی کامل انجام گرفت و بدین ترتیب 20 رقم مورد بررسی در 4 گروه قرار گرفتند. تجزیه به مولفه های اصلی نیز 5 مولفه را مشخص نمود که در مجموع توانستند بیش از 62% از کل تغییرات را توجیه کنند. برای تعیین ازتباط بین داده های مولکولی و فیزیولوژیکی از روش تجزیه ارتباطی که بر اساس روش رگرسیون گام به گام عمل می کند، استفاده گردید که نتایج آن ارتباط معنی دار 3 نشانگر از سری xgwm و به شماره های 55، 194 و 192 با مقدار پرولین و 6 نشانگر از همان سری مذکور و به شماره های 495، 194 و 55 در شرایط شاهد و شماره های 495، 194 و610 در شرایط تنش °c2- با مقدار قند فروکتان به عنوان نشانگرهای آگاهی بخش به اثبات رساند. سرانجام بر اساس تحقیق حاضر، در ویژگی پرولین ارقام سرداری و فلات به ترتیب دارای کمترین و بیشترین مقدار و در ویژگی مقدار قند فروکتان ارقام مهدوی و تجن به ترتیب دارای کمترین و بیشترین مقدار شناسایی شدند.