نام پژوهشگر: علی اسمعیلی زاده کشکوییه

مکان یابی جایگاه های ژنی مرتبط با اجزا و کیفیت لاشه روی کروموزوم 3 با استفاده ازنشانگرهای ریزماهواره در بلدرچین ژاپنی (coturnix coturnix japonica)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  هادی چراتی   علی اسمعیلی زاده کشکوییه

فنآوریهای مولکولی به شکل نشانگرهایی که تفاوت افراد را در سطح dna آنها نشان میدهند، میتوانند نقش مهمی در بهبود ژنتیکی خصوصیات لاشه از طریق انتخاب به کمک نشانگر یا ژن داشته باشند. هدف از انجام این پژوهش، مکان یابی جایگاه های ژنی مرتبط با اجزا و کیفیت لاشه روی کروموزوم 3 با استفاده از نشانگر های ریز ماهواره در بلدرچین ژاپنی بود. برای ایجاد نسل اول دو سویه سفید و وحشی بلدرچین ژاپنی تلاقی داده شد. سپس از تلاقی پرندگان نسل اول، نسل دوم ایجاد شد. داده های فنوتیپی شامل وزن لاشه گرم و سرد، وزن اندام های داخلی و قطعات لاشه پرندگان نسل دوم بود. کل افراد جمعیت مورد مطالعه(472 پرنده) برای 3 نشانگر ریز ماهواره تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز qtl به روش مکان یابی درون فاصله ای مبتنی بر رگرسیون بود. qtl های معنی داری برای وزن نسبی پیش معده ، وزن سر( در محدوده 0-20 سانتی مورگانی و دارای اثر غلبه) ، روده، لاشه، تخمدان، غده یوروپیجیال،کبد و پانکراس(در محدوده 0- 37 سانتی مورگانی و دارای اثر افزایشی) و وزن نسبی سنگدان(0 سانتی مورگانی و دارای اثر ایمپرینتینگ) شناسایی شد.

تحلیل پیوستگی نشانگر های ریز ماهواره روی کروموزم شماره 4 و 5 در یک جمعیت f2از بلدرچین ژاپنی برای شناسایی جایگاه های ژنی (qtl) مرتبط با کیفیت و اجزای لاشه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  مرجان احمدی   علی اسمعیلی زاده کشکوییه

یک جمعیت f2 از بلدرچین ژاپنی به عنوان یک پرنده اقتصادی مهم و زود بازده برای یافتن جایگاه های ژنی مربوط به صفات لاشه در کروموزوم 4 و 5 با استفاده از نشانگر های ریز ماهواره، طی این پژوهش مورد بررسی قرار گرفت. جمعیت مورد مطالعه حاصل از تلاقی دو سویه سفید و وحشی بلدرچین ژاپنی و صفات مورد بررسی شامل وزن لاشه گرم و سرد، وزن اندام های داخلی و قطعات لاشه پرندگان نسل دوم بود. بعد از انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز، افراد برای نشانگر های به کار برده شده، تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز داده ها با استفاده از نقشه یابی مبتنی بر رگرسیون صورت گرفت. طی این مطالعه برای صفات راندمان لاشه (9 سانتی مورگانی)، وزن نسبی سینه (21 و20 سانتی مورگانی)، وزن نسبی ران (21 سانتی مورگانی)، وزن نسبی و مطلق کبد به ترتیب (14و 12 سانتی مورگانی)، وزن مطلق پشت (18، 17، 12 سانتی مورگانی)، وزن نسبی پشت (12 سانتی مورگانی)، وزن نسبی گردن (18 سانتی مورگانی)، وزن نسبی سنگدان (10 سانتی مورگانی) و وزن مطلق غده یوروپیجیال (صفر سانتی مورگانی) روی کروموزوم 5، qtl معنی دار شناسایی شد.

بررسی چندشکلی ژن pou1f1 و ارتباط آن با صفات تولید و تولیدمثلی در بز کرکی نژاد راینی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  فرحناز سلیمانی ساردو   مسعود اسدی فوزی

صفات اقتصادی مرتبط می باشد ژن pou1f1 (کهpit-1 یا فاکتور 1 هورمون رشد ghf1 نیز نامیده می شود) است. ژن pou1f1 به عنوان فاکتور ویژه نسخه برداری هیپوفیز شناخته شده است که بیان ژن های هورمون رشد (gh) و پرولاکتین (prl) در هیپوفیز قدامی را تنظیم می کند. در تحقیق حاضر پس از استخراج dna از 94 نمونه خون بز کرکی راینی، قطعه 611 جفت بازی از dna تکثیر شد. قطعه تکثیر شده با آنزیم hinf-i هضم و در ژل آگارز 6/1 درصد الکتروفورز شد. در نهایت دو ژنوتیپ ab و bb به ترتیب با فراوانی 98/13 و 02/86 و دو آلل a و b به ترتیب با فراوانی های07/0 و 93/0 مشاهده شدند. نتایج حاصل نشان دادند که تعادل هاردی - واینبرگ در جمعیت مورد مطالعه بز کرکی راینی وجود ندارد. ارتباط آماری بین ژنوتیپ ها و 29 صفت بیومتری اندازه-گیری شده به وسیله نرم افزار asreml انجام شد. اثر ژنوتیپ بر صفات طول گوش، طول گردن، طول سر، فاصله جلو پوزه تا پشت گوش، فاصله گوشه لب تا پشت گوش، فاصله جدوگاه تا زیر سینه، دور سینه، فاصله زاویه پسین استخوان تا نقطه هانش، طول ساق و دور شکم در گودترین نقطه کمر معنی دار گردید. دام های با ژنوتیپ ab دارای بیشترین میانگین دور شکم در گودترین نقطه کمر، دور سینه، فاصله زاویه پسین استخوان کتف تا نقطه هانش، فاصله جدوگاه تا زیر سینه، طول گردن، طول سر، فاصله جلو پوزه تا پشت گوش، فاصله گوشه لب تا پشت گوش و طول ساق پا (به ترتیب 58/95، 54/79، 39/48، 95/33، 18/30، 52/29، 69/25، 89/19 و 77/13 سانتی متر) در مقایسه با ژنوتیپ bb (به ترتیب 85/93، 45/78، 59/47، 61/33، 67/29، 23/29، 28/25، 54/19 و 62/13 سانتی متر) بودند. همچنین برای صفت طول گوش ژنوتیپ bb دارای بیشترین (21/18 سانتی متر) میانگین بود. انتظار می رود که این ژن بتواند به عنوان یک ژن کاندیدا برای بهبود ژنتیکی برخی صفات مربوط به رشد در این نژاد به کار رود. کلمات کلیدی: چندشکلی، صفات بیومتریک، بز کرکی راینی، ژن pou1f1، pcr-rflp

مطالعه ساختار ژنتیکی ژن های mc3rو ucp و ارتباط آنها با صفات تولیدی و تولید مثلی در مرغان بومی مازندران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  سید محمد موذنی   مصطفی صادقیان

هدف از این پژوهش بررسی چند شکلی ژن های mc3r و ucp و ارتباط آنها با صفات تولیدی و تولید مثلی در جمعیت مرغان بومی استان مازندران با استفاده از تکنیک pcr-rflp بود. بدین منظور از تعداد 190 قطعه از مرغان بومی مرکز اصلاح نژاد مازندران خونگیری به عمل آمد. استخراج dna با استفاده از روش نمکی بهبود یافته صورت گرفته و کمیت و کیفیت آن نیز با دستگاه نانودراپ بررسی شد. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی و تکنیک pcr قطعات 231 و 222 جفت بازی به ترتیب از ژن های mc3r و ucp تکثیر یافتند. سپس با استفاده از آنزیم های برشی اختصاصی mspi برای ژن mc3r و hhai برای ژن ucp ، محصولات pcr مورد هضم قرار گرفته و به کمک الگوی باندها بر روی ژل آگارز 5/3 % تمامی نمونه ها تعیین ژنوتیپ شدند. دو آلل a و g برای ژن mc3r و 6 الگوی متفاوت برای ژن ucp مشاهده شد. فراوانی ژنوتیپ های gg ، ag و aa به ترتیب برابر 92/0 و 05/0 و 03/0 و فراوانی آللی برای g وa به ترتیب 95/0 و 05/0 بود. فراوانی ژنوتیپ های الگوهای شماره یک تا شش به ترتیب برابر 05/0 ، 1/0، 54/0، 21/0، 02/0 و 08/0 بود. ارتباط ژنوتیپ های این ژن ها با صفات تولیدمثلی، با استفاده از اطلاعات فنوتیپی و ارزش های اصلاحی صورت گرفت. در حالت استفاده از اطلاعات فنوتیپی جایگاه ژنی mc3r ، ارتباط معنی داری با صفات مربوط به میانگین وزن تخم مرغ در هفته 30 و میانگین وزن تخم مرغ هفته های 32،30،28 داشت و جایگاه ژنی ucp ارتباط معنی داری با صفت سن بلوغ جنسی نشان داد. در حالت استفاده از ارزش های اصلاحی، جایگاه ژنی mc3r ، ارتباط معنی داری با صفات مربوط به میانگین وزن تخم مرغ در هفته 32 و میانگین وزن تخم مرغ هفته های 32،30،28 داشت و جایگاه ژنی ucp ارتباط معنی داری با صفت سن بلوغ جنسی نشان داد. مطالعه حاضر نشان داد که چندشکلی های مشاهده شده در این جایگاهها ارتباط معنی داری با صفات تولیدی و تولیدمثلی داشتند و در آینده می توان از این جایگاه ها به عنوان جایگاههای موثر در تولید در برنامه های اصلاح نژادی استفاده نمود.

مطالعه میزان بیان ژن rheb در بافت های مختلف بز کرکی راینی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  فاطمه توحیدی نژاد   محمدرضا محمدآبادی

پروتئین های rheb خانواده ای جدید و منحصر به فرد از پروتئین های با باند gtp از سوپرفامیلی ras هستند که از مخمر تا انسان حفاظت شده اند.اگرچه وظایف بیولوژیکی ژن rheb در پستانداران به خوبی مشخص نشده، اما اخیراً به این ژن توجه زیادی شده است که به دلایلی از قبیل نقش حیاتی پروتئین های rheb در تنظیم رشد و چرخه سلولی و تاثیر معنی دار این ژن در تعدادی از سرطان های انسانی از قبیل سرطان پروستات و سرطان سینه می باشد.لذا با توجه به نقش این ژن و اهمیت جهانی و منطقه ای بز کرکی راینی، بیان این ژن در بز کرکی راینی مورد بررسی قرار گرفته است.در این مطالعه نمونه گیری از هشت اندام حیاتی یک بز کرکی راینی، شامل مغز، قلب، شش، کبد، پانکراس، طحال و بیضه صورت گرفت و با استفاده از روشsemi quantitative rt-pcr بیان ژن اندازه گیری شد.نتایج حاصل از بررسی های صورت گرفته بیانگر این است که ژن rhebدر تمام بافت های بررسی شده بیان شده است و بیشترین سطح بیان در بافت کلیه و کمترین سطح بیان در بافت های پانکراس و بیضه مشاهده شد. توالی نوکلئوتیدی cdna این ژن، 99 درصد شباهت با گوسفند و گاو و 94 درصد شباهت با انسان داشت.

بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر آنالیزژنتیکی صفت میزان چربی شیر در دوره های شیردهی اول تا سوم گاوهای هلشتاین ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  محدثه زمانی   مسعود اسدی فوزی

در این تحقیق به منظوربررسی اهمیت اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر آنالیز ژنتیکی میزان چربی شیر ازرکوردهای 305 روز صفت تولید چربی شیر مربوط به دوره های شیردهی اول تا سوم 56612 رأس گاو هلشتاین مربوط به 384 پدر و 47777 مادر استفاده شد. این داده ها طی سالهای 1388-1381توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور از?43گله جمع آوری شده بود. آنالیز ژنتیکی با استفاده از مدل دام یک متغیره ودو متغیره و به کمک نرم افزار asreml انجام شد. دراین مدل کلیه اثرات ثابت شامل اثرات گله – سال- فصل زایش? سال تولد حیوان، ماه تولد حیوان? ماه زایش حیوان و همچنین سن حیوان برحسب ماه اثرمعنی داری برروی میزان تولیدچربی در هر سه دوره شیردهی داشتند (p<0/001 ). در تحقیق حاضر از پدرها به عنوان ژنوتیپ استفاده شد? همچنین محیط های مورد بررسی شامل استان رکوردگیری، سال تولد حیوان، گله، سال زایش? اندازه گله، میانگین تولید شیرگله، میانگین تولیدچربی گله و میانگین تولید پروتئین گله بودند. اضافه کردن اثرمتقابل پدر در سال زایش و اثر متقابل پدر در میانگین شیر گله (در دوره شیردهی اول) اثر متقابل پدر در میانگین تولید چربی گله (در دوره شیردهی اول و دوم)? اثر متقابل پدر در میانگین پروتئین گله (در دوره شیردهی دوم) و اثر متقابل پدر در گله (برای هر سه دوره شیردهی) باعث بهبود معنی دار لگاریتم حداکثر درستنمایی مدل آنالیز ژنتیکی شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان دادکه تعریف محیط ها براساس گله ها درمقایسه با سایر ملاک های مورد استفاده کارایی بیشتری دارد. به طوری که این اثردر دوره شیردهی اول 5/1 درصد و در دردوره شیردهی دوم و سوم 5/2 درصد از واریانس فنوتیپی میزان چربی گله را به خود اختصاص داد. لحاظ کردن اثر متقابل پدردر گله در دوره شیردهی اول تا سوم به ترتیب موجب کاهش 6% - 15%- 9% درصدی وراثت پذیری شد? اضافه کردن اثر متقابل پدر در گله به مدل آنالیز ژنتیکی باعث افزایش مقدار همبستگی ژنتیکی بین دوره های شیردهی مختلف شد مقدار همبستگی ژنتیکی مقدار چربی شیر بین دوره های شیردهی اول و دوم (97/0) دوم و سوم(99/0 ) و اول و سوم (89/0) برآورد شد. با توجه به نتایج حاصل از این تحقیق لازم است به موضوع اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در آنالیز ژنتیکی صفت میزان چربی شیر در گاوهای هلشتاین ایران توجه شود.