زیتون تلخ melia azadirachta درختی است زینتی، که موطن اصلی آن هیمالیا است و به صورت یک گونه بومی ایران درآمده است. این درخت در ایران درباغ ها و بوستان ها به عنوان درخت زینتی کاشته می شود. طی سال های 1391-1390 علایم گال باکتریایی بر روی درختان زیتون تلخ مشاهده گردید. جداسازی باکتری عامل بیماری از این گال ها روی محیط na انجام گرفت. بر اساس آزمون های بیوشیمیایی انجام شده جدایه ها گرم منفی، اکسیداز منفی، کاتالاز مثبت، آرژنین مثبت، هوازی اجباری بوده و قادر به تولید لوان ذوب ژلاتین، تولید اوره آز، هیدرولیز آسکولین ، هیدرولیز نشاسته و تولید رنگدانه فلورسنت بر روی محیط king-b نبودند و روی گیاه توتون ایجاد فوق حساسیت نمودند. جدایه های مذکور پس از مایه زنی به نهال های بذری زیتون تلخ علایم گال رانشان دادند برای تشخیص قطعی جدایه های مورد نظر به عنوان pseudomonas meliae آغازگر اختصاصی بر اساس ژن16s rrna طراحی گردید و در تمامی جدایه ها ناحیه 429 جفت بازی را تکثیر نمود. به منظور تعیین توالی در ژن 16s rrna در جدایه های شیراز از آغازگر عمومی جنس سودوموناس psf/psr، استفاده شد. توالی های این جدایه ها با جدایه موجود در بانک ژن مقایسه گردید و میزان شباهت این جدایه های شیراز با جدایه موجود در بانک ژن 99.7 درصد به دست آمد. آزمون rep-pcr با استفاده از آغازگرهای box a1r،eric1r/2 و rep1r/2 نشان داد که جدایه های گونهp. meliae یکنواخت بوده و تنوعی را نشان نمی دهندکه با نتایج حاصل از خصوصیات فنوتیپی و الکتروفورز پروتئینی مطابقت دارد. همچنین گونه های p. syringae و p. fluorescens در گروه های جداگانه ای قرار گرفتند.

یکصد و شصت جدایه باکتری از بافت های لیموترش آلوده به شانکر از مناطق مختلف کشت مرکبات در استان های جنوبی و نیز از میوه های لیموترش وارد شده از کشور تایلند جدا شد. جدایه ها بر اساس ردیابی با جفت آغازگر xac01/xac02 به عنوان xanthomonas citri subsp. citri شناسایی شدند. تنوع ژنتیکی 110 جدایه با دو روش rep-pcr و rapd مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس نتایج حاصل از این آزمون ها، جدایه ها در سه گروه اصلی شامل جدایه های استان های کرمان، فارس و هرمزگان، جدایه های سیستان و بلوچستان و جدایه های تایلند قرار گرفتند. نتایج بیانگر تشابه تقریباً 81 درصدی جدایه های ایرانی بود. جدایه های ایران در مقایسه با جدایه های تایلند شباهت بیشتری به سویه تیپ a ( 72درصد) داشتند. دامنه میزبانی جدایه ها روی یازده گونه و رقم مرکبات شامل لیموترش یا مکزیکن لایم، لیمولیسبون، لیموشیرین، نارنج، پرتقال (ارقام والنسیا، ناول و توسرخ) و نارنگی (دو رقم کینو و گلابی)، گریپ فروت و پوملو مورد بررسی قرار گرفت. جدایه ها فقط روی لیموترش علائم شاخص شانکر ایجاد کردند. در سایر گونه ها علائم به صورت آبسوختگی جزئی محل مایه زنی با یک هاله کلروتیک بود. با توجه به دامنه میزبانی محدود جدایه ها و ردیابی جدایه ها با جفت آغازگر xac01/xac02 و جفت آغازگر4/7، جدایه ها به عنوان پاتوتیپ a* شناخته شدند. با بررسی تعداد و جایگاه همولوگ های ptha مشخص شد سویه ها دارای دو همولوگ ptha بر روی پلاسمید هستند. همولوگ اصلی که باعث ایجاد علائم هایپرپلاسی و هایپرتروفی می شود حدود 3400 جفت باز بود. اندازه همولوگ دوم ptha در بین جدایه ها از 2700 تا 3700 جفت باز متفاوت بود. همچنین مشخص شد در دوسویه موتانت که قادر به ایجاد علائم شانکر روی لیموترش نبودند پروفیل همولوگ های ptha تغییر یافته است. بررسی رشد چند جدایه در دو گیاه citrus grandis (غیرمیزبان) و c. aurantifolia (میزبان) بیانگر افزایش تدریجی جمعیت در گیاه میزبان و وقوع واکنش دفاعی و در نتیجه کاهش جمعیت باکتری در گیاه غیرمیزبان بود. جدایه ها از نظر قدرت تهاجم روی گیاه میزبان تفاوت داشتند ولی امکان نسبت دادن جدایه های دارای قدرت تهاجم کم یا زیاد به یک الگوی خاص همولوگ های ptha وجود نداشت. لذا نقش همولوگ دوم ptha در بیماری زایی یا اختصاصیت میزبانی مشخص نیست. با مقایسه پروفیل حاصل از پاتوتیپ های a و a* در آزمون eric-pcr نشانگر متمایزکننده دو سویه یافت شد و بر اساس ترادف آن یک جفت آغازگر طراحی شد که با موفقیت در آزمون pcr برای ردیابی اختصاصی سویه هایa* به کار رفت. با استفاده از جفت آغازگر طراحی شده در این تحقیق و جفت آغازگر xac01/xac02 یک آزمون multiplex-pcr اجرا شد. این آزمون با موفقیت در ردیابی و تمایز همزمان سویه های a وa* به کار برده شد.