از آنجائیکه شناسایی گونه های آلترناریا بر اساس ویژگیهای مورفولوژیک به دلیل درجات بالایی از تشابهات مورفولوژیک در گونه های مرتبط، موجب اشکالاتی در شناسایی آنها می گردد بنابراین استفاده از روشهای مولکولی مانند rflp بعنوان یک روش بسیار حساس و تجدید پذیر که دارای قابلیت تشخیص پلی مورفیسم های مختلف بین نواحی ژنومی می باشد حائز اهمیت است. در این مطالعه، 6455 جدایه قارچی با استفاده از روش پلیت درب باز از هوای استان تهران جدا شد که 826 جدایه قارچی که مشخصات جنس آلترناریا را داشتند، مورد مطالعه مورفولوژیک و مولکولی قرارگرفتند. بررسی مورفولوژیکی جدایه ها بر روی محیط کشت سیب زمینی-هویج-آگار و تحت شرایط کنترل شده انجام گرفت. با استفاده از تلفیق روش مورفولوژیک و تعیین توالی نواحی its1/4، 826 ایزوله آلترناریا جداسازی شده، در 5 گونه قرار گرفتند که شامل آلترناریا سولانی(15.3%)، آلترناریا تنئوسیما(13.6% )، آلترناریا برسیکا(10.2% )، آلترناریا آلترناتا(28.8% ) و آلترناریا پوری(32.2% ) می باشند جهت بررسی و مقایسه الگوی pcr-rflp هر یک از گونه های مزبور، ناحیه تکثیر شده its1/4 که برای تمام گونه های آلترناریا یک قطعه bp570 بود تحت تأثیر آنزیم های برش دهنده taq? ,ecor1 ,rsa1 ,mse1 ,hind??? قرار گرفت. الگوی قطعات حاصل بدنبال تأثیر آنزیم برش دهنده taq?، دو قطعه 280 و80 جفت بازی، برای آنزیم ecor1 یک قطعه 300 جفت بازی، برای آنزیم rsa1 دو قطعه 280 و 150 جفت بازی، برای آنزیم mse1سه قطعه 350، 200 و 100 جفت بازی و برای آنزیم hind??? دو قطعه 350 و 200 جفت بازی بود. نتایج بدست آمده نشان داد که الگوی حاصل از نواحی برش داده شده توسط آنزیم های مذکور بر روی ناحیه its1/4 در بین 5 گونه مورد بررسی اختلاف چندانی با یکدیگر نداشتند. با توجه به نقش بارز آلترناریاها در القاء پاسخ های آلرژیک و خسارات اقتصادی ناشی از آلودگی محصولات کشاورزی شناسایی این جنس در سطح گونه از نظر پراکندگی و میزان شیوع گونه های غالب حائز اهمیت است لذا راه اندازی یک سیستم تشخیصی ملکولی بر اساس تعیین توالی نواحی ژنومی مختلف و استفاده از تکنیکrflp اطلاعات جامعی را در تعیین الگوی جمعیتی آلترناریاهادر اختیار قرار می دهدکه می تواند در جلوگیری و کنترل عفونت های ناشی از آلترناریا ها بویژه القاء پاسخ های آلرژیک در افراد راهگشا باشد.