در این تحقیق به منظور بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر آنالیز ژنتیکی میزان تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران از 68945 رکورد روزآزمون دوره های شیردهی اول، دوم و سوم مربوط به 8515 حیوان از 100 پدر و 7743 مادر و متعلق به 34 گله که توسط مرکز اصلاح دام کشور طی سال های 1386 تا 1388جمع آوری شده بودند، استفاده گردید. آنالیز ژنتیکی رکوردهای روزآزمون تولید شیر با استفاده از روش تابعیت تصادفی و با کمک نرم افزار asreml انجام شد. به منظور بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، گاوهای نر (پدرها) به عنوان ژنوتیپ های مختلف در نظر گرفته شد. همچنین جهت تعریف محیط های مختلف از ملاک هایی چون اندازه گله ها، میانگین تولید شیرگله ها، میانگین تولید پروتئین گله ها و میانگین تولید چربی گله ها استفاده شد. اضافه کردن هر کدام از اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط به مدل آنالیز ژنتیکی تولید شیر شامل اثرات ژنتیکی افزایشی و اثرات محیط دائمی حیوان موجب بهبود لگاریتم حداکثر درستنمایی شد. نتایج حاصل نشان داد که تقسیم بندی محیط ها بر اساس میانگین تولید شیر، بیشترین کارایی را دارد، به طوری که اضافه کردن اثر متقابل پدر و متوسط تولید شیر گله ها موجب کاهش متوسط وراثت پذیری تولید شیر در دوره شیردهی از 22/0 به 16/0 گردید. در این تحقیق تغییرات واریانس ژنتیکی افزایشی و واریانس محیط دائمی حیوان ناشی از اضافه کردن اثر متقابل g×e برآورد گردید. نتایج حاصل نشان داد که اضافه کردن اثر متقابل پدر و متوسط تولید شیر گله ها موجب افزایش همبستگی های فنوتیپی و ژنوتیپی صفت تولید شیر در زمان های مختلف یک دوره شیردهی شد. می توان نتیجه گرفت که اثر متقابل ژنوتیپ و محیط می تواند برآورد پارامترهای ژنتیکی صفت تولید شیر تاثیر بگذارد و در صورتی که در برنامه های اصلاحی به آن توجهی نشود می تواند موجب برآورد اریب پارامترهای ژنتیکی شده و موجب کاهش صحت انتخاب شود. به عبارت دیگر لحاظ کردن این اثر در آنالیز ژنتیکی تولید شیر می تواند باعث تغییر رتبه بندی گاوهای نر در گله های پر تولید، تولید متوسط و کم تولید شود