قارچ rhizoctoniasolani از بیمارگرهای مهم نکروتروف خاکزاد است که دارای دامنه ی میزبانی بسیار وسیعی می باشد. این بیمارگر از عوامل مهم ایجاد کننده ی پوسیدگی طوقه، ریشه و مرگ گیاهچه در مزارع گوجه فرنگی است. هدف از این تحقیق شناسایی، تعیین تنوع ژنتیکی و بررسی بیماریزایی جدایه های رایزوکتونیای به دست آمده از مزارع گوجه فرنگی استان خراسان رضوی بود. بدین منظور در سال های زراعی 91-90 ازمناطق عمده کشت گوجه فرنگی در استان نمونه برداری صورت گرفت. 39 جدایه رایزوکتونیای به دست آمده از نظر مشخصات مورفولوژیکی شامل شکل ریسه، نوع دیواره عرضی، تعداد هسته در هر سلول، اندازه ی قطر ریسه، ابعاد سلول های مونیلیوئید و اسکلروت مورد بررسی قرار گرفتند. در این تحقیق 7 جدایه r. solaniبه دست آمده از سیب زمینی نیز مورد بررسی قرار گرفتند. با احتساب جدایه های بدست آمده از سیب زمینی در مجموع 46 جدایه رایزوکتونیا به دست آمد که 41 جدایه متعلق به گونه ی r. solani بود و 5 جدایه به رایزوکتونیاهای دو هسته ای تعلق داشتند. بررسی صفات مورفولوژیکی جدایه ها حاکی از تنوع این صفات در بین جدایه ها بود. برای تشخیص گروه ها و زیرگروه های آناستوموزی این قارچ ابتدا از روش معمول پیوند ریسه بر روی اسلاید استفاده شد. سپس برای شناسایی دقیق تر گروه های آناستوموزی و هم چنین تعیین زیرگروه های آناستوموزی از روشpcr-rflp استفاده گردید. در این روش با استفاده از آغازگرهای اختصاصی گونه ی r. solani شامل rs1/rs4، ناحیه یits1، 5.8s و its2 از dna ریبوزومی تکثیر شد. سپس این قطعه با استفاده از 4 آنزیم برشی mun i، mse i، hinc ii و ava ii مورد هضم آنزیمی قرار گرفت. در نهایت از مقایسه ی باندهای پلی مورفیک به دست آمده با جدایه های استاندارد، گروه ها و زیرگروه های آناستوموزی تشخیص داده شدند. آنالیز pcr-rflp مشخص کرد که جدایه ها مربوط به زیرگروه های آناستوموزی ag2-1، ag3 pt، ag4 hg i و ag4 hg ii می باشند. فراوانی زیرگروه های آناستوموزی ذکر شده به ترتیب 4، 15، 13 و 9 جـدایه بود. به منظور بررسـی تنوع ژنتـیکی درون گونــه ای بین جدایه های r. solani از روشipbs استفاده شد. نتایج حاصل بیانگر قابلیت بالای این روش در تعیین تنوع ژنتیکی و هم چنین توانایی زیاد آن در متمایز نمودن جدایه های مختلف r. solani بر اساس منشأ جغرافیایی بود. سپس آزمون بیماری زایی جدایه ها بر روی رقم موبیل انجام شد. آزمون بیماری زایی، جدایه ها را با توجه به علایم ایجاد شده درگروه های بیماری زایی مختلف قرار داد و ارتباط مستقیمی بین تنوع ژنتیکی و بیماری زایی جدایه ها مشاهده نشد. واژه های کلیدی: پوسیدگی ریشه و طوقه، گروه های تاکسونومیکی، ipbs، pcr-rflp،thanatephoruscucumeris