هدف اصلی این پژوهش، تحلیل مقایسه ای موانع اثر گذاری برنامه درسی معارف اسلامی از دیدگاه دانشجویان دانشگاه های شهرستان کاشان می باشد. جامعه آماری این تحقیق شامل کلیه دانشجویان دانشگاه های شهرستان کاشان (دانشگاه کاشان، علوم پزشکی، آزاد اسلامی) به تعداد 17057نفر است که به روش نمونه گیری تصادفی طبقه ای متناسب با حجم، تعداد 458 دانشجو به عنوان گروه نمونه انتخاب و مورد مطالعه قرار گرفتند. ابزار جمع آوری اطلاعات در این تحقیق، پرسشنامه محقق ساخته است که ضریب پایایی آن از طریق آلفای کرونباخ 84./. برآورد شد. جهت تجزیه و تحلیل اطلاعات از شاخص های آماری توصیفی و استباطی (آزمونt، تحلیل واریانس و ...) استفاده گردید. یافته های حاصل از این پژوهش نشان داد که اگرچه وضعیت کلی اجرای برنامه های درسی معارف اسلامی در دانشگاه ها نسبتاً درحدی مطلوب می باشد ولی در عین حال وجود مجموعه ای از عوامل درونی و بیرونی مانع از آن می شوند که دروس مذکور در عمل اثربخشی و تأثیرگذاری لازم و مورد نظر را بر روی دانشجویان داشته باشند. در واقع، این پژوهش ضمن مستند ساختن سهم و نقش هریک از مولفه های مرتبط با عوامل درونی و بیرونی مشخصاً نشان داد که در بین عوامل درونی مولفه ارزشیابی و در میان عوامل بیرونی عامل اجتماع و شرایط محیطی از نظر دانشجویان عمده ترین موانع اثربخشی دروس معارف اسلامی می باشد.